###https://www.biostars.org/p/195758/ Left reads: Input : 49801387 Mapped : 46258301 (92.9% of input) of these: 1703360 ( 3.7%) have multiple alignments (103886 have >20) Right reads: Input : 49801387 Mapped : 45542088 (91.4% of input) of these: 1680…

samtools flagstat命令简介: 统计输入文件的相关数据并将这些数据输出至屏幕显示.每一项统计数据都由两部分组成,分别是QC pass和QC failed,表示通过QC的reads数据量和未通过QC的reads数量.以“PASS + FAILED”格式显示.还可以根据samtools的标志位显示相应的内容,但是这里不做讨论. 命令格式: samtools flagstat <in.bam> |<in.sam> | <in.cram> 运行flagstat命令…

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b…

###参考:https://www.biostars.org/p/163356/ used TopHat to map my reads against their relative reference genome. When I look inside prep_reads.info, I see: left_min_read_len=90 left_max_read_len=90 left_reads_in =24995053 left_reads_out=24994132 right_m…

前言 编译器的主要工作流程: 源码(Source Code)>> 预处理器(Preprocessor)>> 编译器(Compiler)>> 汇编程序(Assembler)>> 目标代码(Target Code)>> 链接器(Linker)>> 可执行程序(Executables) GCC,全称 GNU Compiler Collection,是 GNU 编译器套装,最开始编译 C 语言,后来可以处理 C++ 以及 Fortran, J…

在搜狗实验室里下载了精简版的数据,解压后是一个文件,里面有很多个.txt文档,里面编码格式都是ASCII.现需要将这些编码格式转化为utf-8,以下是python3语言编写的脚本,一般只需改变path路径就可以运行. import os import codecs import chardet def list_folders_files(path): """ 返回 "文件夹" 和 "文件" 名字 :param path: "…

经常收到微信好友的各种问题咨询,今天分享一个比较有代表性的,希望对大家有所帮助. 一位微信好友的提问 问题如下: 问题分析 先简单介绍下服务端的处理逻辑,关于登录,服务端的逻辑一般是:校验用户名.密码(可能还有验证码,但是压测环境都会特殊处理),成功后,会根据规则(比如拼接时间戳等字符串.加盐.加密),生成一个tokenId,然后存入redis:关于依赖登录的请求,服务端的逻辑一般是:会校验传入的tokenId在redis中是否存在,存在,表示用户已经登录ok了,否则会返回登录超时之类的信息:…

原文地址:https://blog.csdn.net/weixin_42555131/article/details/82012642 生成txt文件: mesg = "hello world" with open("test.txt", "w") as f: f.write("{}".format(mesg)) print("加载完成!") 生成json文件: import json mesg = {&q…

重定向管道流读取TXT文本第一次读取为""空字符串.type xxx.txt | go run . 报错.BOM头.[239 186 191] 字节数组…

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)…