NGS基础 - 高通量测序原理 原创: 赑屃 生信宝典 2017-07-23 NGS系列文章包括NGS基础.转录组分析.ChIP-seq分析.DNA甲基化分析.重测序分析五部分内容. NGS基础系列文章包括高通量测序原理,测序数据获取和质量评估,常见文件格式解释和转换4部分. 本文 (高通量测序原理) 涉及测序文库构建原理.连特异性文库的构建方式和识别方法.测序簇生成过程.双端测序过程.测序接头产生.PCR duplicate.测序通量选择标准等.…

针对PacBio单分子测序——第三代测序技术的测序原理和读长     DNA基因测序技术从上世纪70年代起,历经三代技术后,目前已发展成为一项相对成熟的生物产业.测序技术的应用也扩展到了生物.医学.制药.健康.农林.园艺.花卉.环保.法医等许多领域,并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业.据最新统计,2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿,按最近几年增长速度,预计2017年市场产值将加倍.因此可以说,基因测序在我国生物科技领域具有非常重要的战略意义.        “第三代测序技术”的…

参考: 独占鳌头的Illumina仪器(二代测序篇) HiSeq2000测序原理.流程与仪器 NGS文库制备的方法比较[心得点评] 各种测序文库构建方式 样本:就是待测的DNA.RNA或蛋白序列,样本来源单一的就是单样本,样本来源于多处就是多样本,一般我们测序用的样本都是单样本,但有时候有特殊需求,我们会把一些样本混合在一起测序,也就是多样本测序. 文库:二代三代读长都是有限的,为此我们必须将全长的序列打断成小片段的文库才能进行测序.总的来说,在NGS分析之前,制备RNA或DNA的主要步骤包括:…

Gene Expression Omnibus(GEO)是一个公共存储库,可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列,新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据. 除数据存储外,还提供一系列基于Web的界面和应用程序,以帮助用户查询和下载存储在GEO中的研究和基因表达模式. GEO的数据储存方式 GEO数据库具体存放四类数据:GSE.GDS.GSM.和GPL. 一个GSE号(GSExxx)对应的是整个研究项目的系列的数据,可能涉及不同平台: 一个GDS号(GDSxxx)对应的一个同一平台的数据集…

目录 1. 正文 1.1. 任务划分 1.2. 任务程序 2. 相关 1. 正文 1.1. 任务划分 使用高通量计算第一步就是要针对密集运算任务做任务划分.将一个海量的.耗时的.耗资源的任务划分成合适粒度的小任务,需要综合考虑资源.数据等多方面因素.HTCondor并不参与这方面的工作,任务划分需要用户自己实现. 默认情况下,HTCondor会把一个CPU核心当成一个计算资源.最理想的情况,就是计算集群网络内所有的集群主机都是同样的配置,数据也是易于划分的,那么可以按照计算机集群内CPU的总核心…

python基础——高阶函数 高阶函数英文叫Higher-order function.什么是高阶函数?我们以实际代码为例子,一步一步深入概念. 变量可以指向函数 以Python内置的求绝对值的函数abs()为例,调用该函数用以下代码: >>> abs(-10) 10 但是,如果只写abs呢? >>> abs <built-in function abs> 可见,abs(-10)是函数调用,而abs是函数本身. 要获得函数调用结果,我们可以把结果赋值给变量:…

python基础--继承实现的原理 1 继承顺序 class A(object): def test(self): print('from A') class B(A): def test(self): print('from B') class C(A): def test(self): print('from C') class D(B): def test(self): print('from D') class E(C): def test(self): print('from E')…

zabbix监控的基础概念.工作原理及架构 转载于网络 一.什么是zabbix及优缺点 Zabbix能监视各种网络参数,保证服务器系统的安全运营,并提供灵活的通知机制以让系统管理员快速定位/解决存在的各种问题.是一个基于WEB界面的提供企业级的开源分布式系统监视以及网络监视功能的企业级的开源解决方案. Agent端:主机通过安装agent方式采集数据 Server端:通过收集agent发送的数据,写入数据库(MySQL,ORACLE),在通过php+apache/nginx在web前端展示 Za…

Hadoop基础-MapReduce的工作原理第二弹 作者:尹正杰 版权声明:原创作品,谢绝转载!否则将追究法律责任. 一.Split(切片)  1>.MapReduce处理的单位(切片) 想必你在看MapReduce的源码的时候,是不是也在源码中看到了一行注释“//Create the splits for the job”(下图是我跟源码的部分截图),这个切片是MapReduce的最重要的概念,没有之一!因为MapReduce处理的单位就是切片.  2>.逻辑切割 还记得hdfs存储的默认…

Hadoop基础-MapReduce的工作原理第一弹 作者:尹正杰 版权声明:原创作品,谢绝转载!否则将追究法律责任. 在本篇博客中,我们将深入学习Hadoop中的MapReduce工作机制,这些知识将为我们随后学习写MapReduce高级编程奠定基础. 一.剖析MapReduce作业运行机制 MapReduce是hadoop的编程模型,它的核心思想就是映射(Map)和化简(Reduce). 1>.作业的提交 可以通过一个简单的方法调用来运行MapReduce作业:Job对象的submit()…