今天在使用muscle 软件进行多序列比对时,发现输出的结果全部为gap, 而且还没有明显的报错信息 找了很久之后,终于发现了问题 muscle 为了追求速度,对输入序列的个数和长度进行了限制 下面是官方说明文档中的原话: 我的输入序列长度为5k 左右, 最终输出的结果全部为gap 经过测试,我发现序列数大于50 的时候,只要长度没有太长,结果也是正常的 所以,muscle 的缺陷就是对于太长的输入序列,没办法正常比对,这个时候推荐使用mafft 这个多序列比对工具…

简介 最经典和广为熟知的多序列比对软件是 clustalw . 但是现有的多序列比对软件较多,有文献报道:比对速度(Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee),比对准确性(MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW).因此,推荐使用 MAFFT 软件进行多序列比对. 安装 1 $ wget http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.158-without-extensions-s…

[环境变量]注释掉conda3,source ~/.bashrc conda install orthofinder # 若在上一章之后没有重启的同学请重启后操作. # 由于是刚开始搭建,这里没有给orthofinder单独一个环境空间,这一套下来,基本的基因分析软件都安装好了.…

随着抗生素药物的发现及使用,越来越多的耐药菌株由此产生.而耐药菌株的发展则会增加疾病治疗的难度和成本,因此耐药微生物的研究则显得尤为重要.目前,通过对耐药基因的鉴定挖掘能够一定程度上帮助我们揭开耐药机制,为疾病的治疗.药物研发提供参考.ARDB是最先整合了各种微生物中抗药基因的数据库,但它从2009年开始就不再更新.而CARD(the Comprehensive Antibiotic Research Database)数据库包含了ARDB数据库中所有抗性信息,并搭建了一个基于志愿者贡献的数据共…

本文基于Python 3.6.5的官文random编写. random模块简介 random为各种数学分布算法(distributions)实现了伪随机数生成器. 对于整数,是从一个范围中均匀选择(uniform selection): 对于序列,是从一个随机元素的均匀选择: 一个函数实现列表的随机排列(random permutation),是在列表本身实现了(in-place,改变了列表),而用于随机采样(random sampling)的函数则没有对列表本身进行更改. On the rea…

DC-9 渗透测试 冲冲冲,好好学习 DC系列的9个靶机做完了,对渗透流程基本掌握,但是实战中出现的情况千千万万,需要用到的知识面太广了,学不可以已. 靶机IP: 172.66.66.139 kali IP: 172.66.66.129 网络模式 NAT netdiscover 拿到靶机ip 172.66.66.139 nmap -sV -A -p- -oN /tmp/dc-9.nmap 22端口的状态时 filtered (被过滤的,不能确定是否开放).80开放. #看到 SSH的22端口是f…

python随机数模块 random - 生成伪随机数,该模块实现了各种分布的伪随机数生成器. 对于整数,从范围中有统一的选择. 对于序列,存在随机元素的统一选择.用于生成列表的随机排列的函数.以及用于随机抽样而无需替换的函数. 几乎所有模块函数都依赖于基本函数 random() ,它在半开放区间 [0.0,1.0) 内均匀生成随机浮点数. 警告 不应将此模块的伪随机生成器用于安全目的. 有关安全性或加密用途 1.整数用函数 random.randrange(stop) 从 range(star…

interproscan 软件实际上将对输入的查询序列和interpro 数据库中的序列去比对,将比对上的序列对应的GO信息作为查询序列的GO注释 在interpro 数据库中,每条蛋白质序列有一个唯一的interpro 编号,类似 IPR034725 这种格式,而每条蛋白又有对应的GO注释信息: 可以通过下面的链接得到 IPR 编号和GO 注释信息之间的对应关系 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/interpro2go 这个链接中的内容如下:…

多重比对序列的格式及其应用   这里对多重序列比对格式(Multiple sequence alignment – MSA)进行总结.在做系统演化分析.序列功能分析.基因预测等,都需要涉及到多重序列比对.特别是当需要用不同软件对多重比对序列进行批量操作时,会遇到各种的格式,而这些格式是如何产生的,有什么区别,格式之间如何转换,从哪里可以下载到相关的格式序列,不同的格式又有什么特殊的用途等,本篇文章将就这些问题进行总结与讨论.因为涉及内容较多,不足之处,欢迎大家补充或者批判. 生物信息学的基础是基…

俗话说,自己写的代码,6个月后也是别人的代码……复习!复习!复习! 软件工程的一般开发过程:愿景分析.业务建模,需求分析,健壮性设计,关键设计,最终设计,实现…… 时序图也叫序列图(交互图),属于软件工程里的第二步——业务建模阶段里的图,业务建模要求我们把视角从系统转向组织,要站在客户的角度看问题,以达到清晰准确地“知彼”,术语就是从组织的角度来定位系统的价值,从而避免软件项目的失败,因为大量软件项目失败的原因都是一个——最终实现和用户需求不一致!故业务建模也叫组织建模,切记在业务建模和需求分析…