文章地址:https://academic.oup.com/gbe/article/10/2/458/4810442#supplementary-data Abstract 在自然生态系统和管理生态系统中,Apis mellifera都是极具影响力的传粉者.在北美,这一物种已经从欧洲和非洲的各种不同来源的种群中被多次引入.从那时起,野生动物种群已经扩展到许多不同的环境,跨越了它们广泛的引进范围.在这里,我们使用了历史博物馆标本和来自美国加利福尼亚州的新收集的现代种群进行了全基因组测序,来分析群体…

全基因组测序 Whole Genome Sequencing 全基因组测序(Whole Genome Sequencing,WGS)是利用高通量测序平台对一种生物的基因组中的全部基因进行测序,测定其 DNA 的碱基序列.利用该技术可在全基因组水平上检测单核苷酸变异 (SNV).插入缺失 (InDel).拷贝数变异 (CNV) 和结构变异 (SV) 等多种全面的突变信息. 研究应用 全基因测序广泛应用于临床医药研究.群体遗传学研究.关联分析.进化分析.变异检测.遗传图谱构建.功能基因挖掘和群体进化…

Dissecting evolution and disease using comparative vertebrate genomics-online 因为基因组不是独一无二的,同时人类基因组可以组为参考数据,所以最近这些年涌现了脊椎动物的基因数据,所以我们可以利用比较基因组学获得生物学各方面的内在机制,以此来预测和调节疾病. 两种方式获得人类基因组:方式一:多级策略:(IHGSC)工程量巨大(因为工程量巨大,所以急需的测序技术(新且造价低)),使用了BAC克隆同时高coverage(准确率…

Reference Genome Components 1. GRCh38 is special because it has alternate contigs that represent population haplotypes. Don't know alternate contig from alternate dimension? Spend five minutes now to review terminology in our Dictionary entryReferenc…

总是跑数据,却对数据一无所知,这说不过去吧. 看几篇文章吧 Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic analyses(只讲二代) Assembly of large genomes using second-generation sequencing(参考文献) Identification of optimum sequencing depth especially for de novo genome asse…

单细胞测序技术(single cell sequencing) 2018-03-02 11:02   来源: 一呼百诺  点击次数:6587关键词:   前言 单细胞生物学最近几年是非常热门的研究方向.在这一领域中,最前沿的则是单细胞测序技术.传统测序方法一次处理成千上万个细胞,得到的变异水平也是成千上万个细胞的平均后水平.但是,就如同世界上没有完全相同的两片树叶一样,没有两个细胞是完全相同的.所以,单细胞测序对于研究单个细胞就显得至关重要. 单细胞测序可以揭示出每个细胞独特的微妙变化,甚至可以…

Metagenomics is defined as the study of the metagenome, which is total genomic DNA from environmental samples. Metagenomics has long been one of the major research tools in microbial ecology since the term was first used in 1998 (Handelsman et al., 1…

The top 100 papers Nature explores the most-cited research of all time. The discovery of high-temperature superconductors, the determination of DNA’s double-helix structure, the first observations that the expansion of the Universe is accelerating —…

准备读四篇denovo的文献: Nature Biotechnology(2015) - Sequencing of allotetraploid cotton (Gossypium hirsutum L. acc. TM-1) provides a resource for fiber improvement Whole-genome sequencing of the snub-nosed monkey provides insights into folivory and evolutio…

注:从进入生信领域到现在,已经过去快8年了.生物信息学包含了我最喜欢的三门学科:生物学.计算机科学和数学.但是如果突然问起,什么是生物信息学,我还是无法给出一个让自己满意的答案.于是便有了这篇博客. 起源 据说在1970年,荷兰科学家Paulien Hogeweg和Ben Hesper最早在荷兰语中创造了"bioinformatica"一词,英语中的"bioinformatics" 在1978年首次被使用.这两位科学家当时使用该词来表示: The study of…