Per Base Sequence Content对所有reads的每一个位置,统计ATCG四种碱基(正常情况)的分布: 横轴为位置,纵轴为百分比. 正常情况下四种碱基的出现频率应该是接近的,而且没有位置差异.因此好的样本中四条线应该平行且接近.当部分位置碱基的比例出现bias时,即四条线在某些位置纷乱交织,往往提示我们有overrepresented sequence的污染.当所有位置的碱基比例一致的表现出bias时,即四条线平行但分开,往往代表文库有bias (建库过程或本身特点),或者是测…

REF https://www.plob.org/article/5987.html 解压后,查看html格式的结果报告.结果分为如下几项: 结果分为绿色的"PASS",黄色的"WARN"和红色的"FAIL". 1 Basic statistics如下面例子所示: 2 Per base sequence qualityquality就是Fred值,-10*log10(p),p为测错的概率.所以一条reads某位置出错概率为0.01时,其quali…

用FastQC检查二代测序原始数据的质量 2013-01-28 21:28:10|  分类: Bioinformatics |  标签:bioinformatics  deep-seq   |举报 |字号大中小 订阅 用微信  “扫一扫” 将文章分享到朋友圈. 用易信  “扫一扫” 将文章分享到朋友圈. 下载LOFTER 我的照片书  |     当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量.常用的工具就是fastqc (http://www.bioinformat…

文章转载于 Original 2017-07-06 Jolvii 生信百科 介绍一下如何理解 FastQC 各模块的结果 FastQC 的使用 FastQC的安装介绍请看这里.FastQC 支持 fastq.gzip 压缩的 fastq.SAM.BAM 等格式,在不指定文件类型的情况下,FastQC 会根据文件的名字来推测文件的类型: 以 .sam 或者 .bam 结尾的文件会被当作 SAM/BAM 文件来打开,并统计 mapped 和 unmapped reads 在内的所有 reads:其它…

http://www.molecularevolution.org/resources/activities/QC_of_NGS_data_activity_new table of contents expected learning outcomes getting started exercise 1: checking Illumina data with the FASTX-Toolkit exercise 2: checking 454 data with the FASTX-Too…

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./…

RNA_seq pipline RNA_seq pipline PeRl 2018年3月7日 首先说明一下我做RNA-seq处理流程的文件树格式: RNA-seq/ data/ GRCh38.gtf chroms/ hg38/ samples/ SraAccList.txt sra/ fasta/ fastqc/ cufflinks_result/ tophat_result/ HTSeq_result/ tools/ Trimmomatic-0.36/ 1. 下载参考基因组序列信息及注释文件G…

TextCotent 在Kooboo.CMS.Content下面,在View中有使用到这个模型层. TextContent继承了ContentBase,而ContentBase是由2个部分类组成的,一个是内容对象基类的子类,另一个是实现了持久化.那...我们该如何去理解呢,这里我用PS画一幅图大家就懂了.TextContent有3个构造函数,其中这2个构造函数都和基类(ContentBase)有关系.这3个构造函数分别如下: /// <summary> /// Initializes a ne…

Created by Benjamin M Goetz, last modified on Jun 29, 2015 Assembly of RNA-seq short reads into a transcriptome.  1. Quality Assessment Quality of data assessed by FastQC. Deliverables Reports generated by FastQC. Tools Used FastQC: (Andrews 2010) us…

Created by Dhivya Arasappan, last modified by Dennis C Wylie on Nov 08, 2015 This pipeline uses an annotated genome to identify differential expressed genes/transcripts. 10 hour minimum ($470 internal, $600 external) per project. 1. Quality Assessmen…

Threading and Tasks in Chrome Contents Overview Threads Tasks Prefer Sequences to Threads Posting a Parallel Task Direct Posting to the Task Scheduler Posting via a TaskRunner Posting a Sequenced Task Posting to a New Sequence Posting to the Current…

充电名词解释 A~G H~N O~T U~Z A~G ACA = accessory charger adapter = 辅助充电适配器 ACC = apparent charge capacity = 表观电荷容量 AICL = automatic input current limiting = 自动输入电流限制 AICR = Average Input Current Regulation = 平均输入电流管控 AMA = Alternate Mode Adapter = 替代模式适配器…

应用场景 angular2(下文中标注位NG2)项目和.net mvc项目分别开发,前期采用跨域访问进行并行开发,后期只需要将NG2项目的生产版本合并到.net项目. NG2项目概述 ng2项目采用的是angular-cli搭建的框架. 使用type script.rxjs等内容开发. .net mvc 项目概述: 前期开发阶段,去除了验证内容,并支持跨域(这里没有使用api). 后期需要与ng2的发布内容进行整合. 具体步骤(只说明.net mvc中的操作内容) 路由内容设置 //防止用户刷新…

0.SDK之必备的基本素质 在项目中免不了要用到各种各样的第三方的sdk,在我现在的工作中就在公司内部积累了各种各样的的公共库(基于.net的,基于silverlight的等等),托管到了内部的nuget私服上,大大的方便了项目的开发. 在积累这些库的过程中走过不少弯路,今天分享给大家(借助微信公众平台开发的消息处理模块的SDK(一下简称微信消息sdk)做个设计思路剖析)笔者的一些思路的,私以为一个sdk需要具备如下的3条基本素质. 站在使用者的角度考虑设计! 易维护( 对修改关闭,对扩展开放…

一.前言 MSBuild是一个既熟悉又陌生的名字,Visual Studio的项目加载和构建均通过MSBuild来实现.VS中右键打开项目菜单,对应MSBuild的Build目标,对应MSBuild的Rebuild目标,对应MSBuild的Clean目标,对应MSBuild的PublishOnly目标.到这里我想大家都明白MSBuild就和Ant一样就是一个用于项目构建的任务执行引擎,只不过它被融入到VS中,降低了入门难度.但融入VS中只是方便我们使用而已,并不代表不用了解学习,尤其项目规模愈发…

Question 40 You have a social networking site in SharePoint 2010 that allows users to post content for all other users to view. Users have read-only access to documents that they did not upload themselves. You are designing a way for users to easily…

原文:http://www.asp.net/mvc/overview/performance/bundling-and-minification=============================================================================== Bundling 和 minification ASP.NET4.5 为了提高请求响应新增的2个技术.  Bundling and minification 通过减少请求的数量(Boudling的…

1. iOS里fixed中有input或者textarea,用户在里面输入文字,触发键盘,fixed容器会居中显示,而不是继续悬浮       解决办法: http://dwz.cn/CrwNz 2.移动端click时间300ms延迟       解决办法:zepto.js  或者百度touch.js 或者是fastclick.js 3.zepto的touch问题:swipe事件在小米1等低端手机不支持 基本不用zepto 4.百度的touch.js通过touch.on进行绑定事件,但是点击会遇…

1.在解决方案下新建UI界面项目,命名以UI作为后缀 2.先删除系统默认新建的UI界面数据模型,并新建界面数据 3.新建单据类型UIModel(界面数据),以model作为界面数据后缀名 4.修改单据类型的命名空间 5.添加表单按钮动作 6.生成数据模型树 7.编辑数据模型树的缺省过滤条件,在弹出的对话框中,可设置单据类型的所属组织 8.设置界面入口参数,用于单据类型界面Form引用参数传值 9.新建UI界面,命名以form作为后缀,在弹出的对话框中选择定制Form模,实体模型选择单据类型实体模…

打包(Bundling)及压缩(Minification)指的是将多个js文件或css文件打包成单一文件并压缩的做法,如此可减少浏览器需下载多个文件案才能完成网页显示的延迟感,同时通过移除JS/CSS文件案中空白.批注及修改JavaScript内部函数.变量名称的压缩手法,能有效缩小文件案体积,提高传输效率,提供使用者更流畅的浏览体验. 在ASP.NET MVC 4中可以使用BundleTable捆绑多个css文件和js文件,以提高网络加载速度和页面解析速度.更为重要的是通过捆绑可以解决IE浏览…

原文:http://www.cnblogs.com/xdotnet/archive/2012/07/21/aspnet40_webpage20.html 一.可以直接使用“~”,而无需使用Href对象实例 这个是一大变化,给我们ASP.NET MVC开发人员带来了很便捷的代码书写方式,提高不少效率.在MVC3.0中加入我们需要加入一张图片时,需要在IMG标签的SRC属性加上 Url.Content或Href对象方法等来对路径进行解析.在WebPage 2.0中Razor模板引擎能够自动解析基于根…

默认参数: java -jar trimmomatic-0.30.jar PE s_1_1_sequence.txt.gz s_1_2_sequence.txt.gzlane1_forward_paired.fq.gz lane1_forward_unpaired.fq.gz lane1_reverse_paired.fq.gzlane1_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3TRAILING:3 S…

点击打开链接 Blue Jeans Time Limit: 1000MS   Memory Limit: 65536K Total Submissions: 10243   Accepted: 4347 Description The Genographic Project is a research partnership between IBM and The National Geographic Society that is analyzing DNA from hundreds of…

JBoss7配置指南   1.    jboss各主要版本特性... 3 1.1.     jboss4特性... 3 1.2.     jboss5特性... 5 1.3.     jboss6特性... 6 1.4.     jboss7特性... 7 2.    为什么JBoss AS7 这么快... 8 3.    JBoss AS7中的新概念-域... 10 3.1.     域(Domain)的概念及其与群集(Cluster)的区别... 10 3.2.     实验... 11 1…

这一系列文章跨度有点大,由于最近忙于其他事情,没有更新,今天重新安装了下Win8系统,VS2012和SQLServer 2012,顺便抽空继续一篇.随着VS2012 RC版本的放出,ASP.NET MVC4.0也随之有所改变,主要相对于BETA版本.前面几章节都是介绍MVC4.0或者是3.0中内容,今天我们来了解一下WebPage 2.0下面的一些变化.在MVC3.0中使用的是WebPage 1.0版本,这里主要是介绍一下在MVC4.0中对脚本以及样式表的引用变化等等. 一.可以直接使用“~”,…

ExecutorService是JDK并发工具包提供的一个核心接口,相当于一个线程池,提供执行任务和管理生命周期的方法.ExecutorService接口中的大部分API都是比较容易上手使用的,本文主要介绍下invokeAll和invokeAll方法的特性和使用. package tasks; import java.util.concurrent.Callable; import java.util.concurrent.TimeUnit; public class SleepSecondsC…

Blue Jeans DescriptionThe Genographic Project is a research partnership between IBM and The National Geographic Society that is analyzing DNA from hundreds of thousands of contributors to map how the Earth was populated. As an IBM researcher, you hav…

ASP.NET MVC 4 RC的JS/CSS打包压缩功能 打包(Bundling)及压缩(Minification)指的是将多个js文件或css文件打包成单一文件并压缩的做法,如此可减少浏览器需下载多个文件案才能完成网页显示的延迟感,同时通过移除JS/CSS文件案中空白.批注及修改JavaScript内部函数.变量名称的压缩手法,能有效缩小文件案体积,提高传输效率,提供使用者更流畅的浏览体验. 在ASP.NET MVC 4中可以使用BundleTable捆绑多个css文件和js文件,以提高网络…

Description The Genographic Project is a research partnership between IBM and The National Geographic Society that is analyzing DNA from hundreds of thousands of contributors to map how the Earth was populated. As an IBM researcher, you have been tas…

Time Limit: 1000MS   Memory Limit: 65536K Total Submissions: 10083   Accepted: 4262 Description The Genographic Project is a research partnership between IBM and The National Geographic Society that is analyzing DNA from hundreds of thousands of cont…