Bowtie和Bowtie2使用 [怪毛匠子整理] Source URL: http://www.bbioo.com/lifesciences/40-112837-1.html Bowtie和Bowtie2使用 碱基 序列 种子 前导链 错配 基因组 末端 标题: Bowtie和Bowtie2使用 摘要: [Bowtie和Bowtie2使用]bowtie 比对http: bowtie-bio sourceforge net index shtmlhttp: www ncrna net bowti…

转载:http://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一.转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等.这个问题又会被分成两个问题,是基因组测序(DNA-seq)还是转录组测序(mRNA-seq).其中的区别是对于真核生物而言,mRNA序列与DNA序列并不完全相同,在经历了后剪切之后,成熟的mRNA可能是原基因的一部分,甚至顺序及个别碱基会产生变化.如果是mRNA测…

DART: a fast and accurate RNA-seq mapper with a partitioning strategyDART:使用分区策略的快速准确的RNA-seq映射器 Abstract Motivation(动机): 近年来,大规模并行cDNA测序(RNA-Seq)技术已成为提供高分辨率测量表达和检测低丰度转录本的高灵敏度的强大工具. 但是,RNA-seq数据需要大量的计算量. 最根本和关键的步骤是将每个序列片段与参考基因组进行比对.近年来已经开发了各种从头拼接的RNA…

仍然是两年前的笔记 1. prepare-reference 如果用RSEM对比对后的bam进行转录本定量,则在比对过程中要确保比对用到的索引是由rsem-prepare-reference产生的. ~/software/rsem/rsem-prepare-reference \ --transcript-to-gene-map ~/project/RNA-seq/ref_cds/gene_transcript.txt \ #作用是在后面的定量结果文件中,添加gene名称, 转录本名称两列,该文…

Python是一种面向对象.直译式计算机程序设计语言,也是一种功能强大的通用型语言.首先,Python非常简单,以Hello World为例: Java的Hello World程序一般这么写: public class Hello { public static void main(String[] args) { System.out.println("Hello, world!"); } } 用C++可以这么写: #include <iostream> int main…

------------------------------- Long noncoding RNAs are rarely translated in two human cell lines. (蛋白,多肽) Bánfai B, Jia H, Khatun J, Wood E, Risk B, Gundling WE Jr, Kundaje A, Gunawardena HP, Yu Y, Xie L, Krajewski K, Strahl BD, Chen X, Bickel P, Gi…

首先在linux 里配置conda 下载 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh chmod +x Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh bash Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh 安装完毕,如果忘记选择yes,敲conda命令报错“command not found" 加上source /root/…

许多分析软件 : https://github.com/seandavi/awesome-single-cell#software-packages Smart-seq.CEL-seq.SCRB-seq和Drop-seq.Smart-seqSMART(Switching mechanism at 5’ end of the RNA transcript)是一个具有里程碑意义的重要技术.实际上,能够从单细胞生成全长cDNA的测序方案并不多,Smart-seq就是其中之一.对于等位基因特异性表达或者…

[转载]如何通过RNA-Seq了解转录本的结构 已有 1942 次阅读 2014-12-26 15:22 |个人分类:转录组测序|系统分类:科研笔记|关键词:RNA-Seq,转录组测序,转录本结构| RNA-seq, 转录组测序, 转录本结构 |文章来源:转载 测序转录组的方法可不止一种.一些研究人员的目标是计数转录本,评估表达水平,则测序可代替DNA芯片.而另一些研究人员感兴趣的是转录本的结构.大家都知道,真核生物的基因常常经过选择性剪接.是否包含特定的外显子,这有着深远的生物学影响. 前一个…

简介 LinuxBrew是流行的Mac OS X的一个Linux叉自制包管理器. LinuxBrew是包管理软件,它能从源(在Debian / Ubuntu的如"易/ DEB",并在CentOS的/ RedHat的"Yum/ RPM")系统的默认包管理安装软件包, 为什么要使用LinuxBrew? 自制最初是为Mac OS X的开发(它没有一个标准的开源软件包管理系统). 这所取代包管理层如的MacPorts和芬克 .LinuxBrew的自制程序移植到Linux上.…