interproscan 软件对序列进行GO 注释】的更多相关文章

interproscan 软件实际上将对输入的查询序列和interpro 数据库中的序列去比对,将比对上的序列对应的GO信息作为查询序列的GO注释 在interpro 数据库中,每条蛋白质序列有一个唯一的interpro 编号,类似 IPR034725 这种格式,而每条蛋白又有对应的GO注释信息: 可以通过下面的链接得到 IPR 编号和GO 注释信息之间的对应关系 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/interpro2go 这个链接中的内容如下:…
#===============================      版本1  ===============================================InterProScan的三种使用方法Interproscan,通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能.是EBI开发的一个集成了蛋白质家族.结构域和功能位点的非冗余数据库.Interproscan整合了一些使用最普及的一些数据库,并应用于功能未知的蛋白进行Interpro注释和GO注释.以下介绍3中interp…
InterProScan 5.18-57.0 安装和使用,目前最新版的interproscan 引用自 每日一生信--interproscan安装及使用(终结版)原文官网:http://code.google.com/p/interproscan/wiki/Introduction 配置要求:至少2 cores and 4 GB of RAM, 这样才能同时分析5 - 10 sequences . 软件要求: Linux, 32 bit or 64 bit (64 bit recommended…
InterProScan 5.25-64.0 安装和使用,目前最新版的interproscan 引用自 每日一生信--interproscan安装及使用(终结版)原文官网:http://code.google.com/p/interproscan/wiki/Introduction 配置要求:至少2 cores and 4 GB of RAM, 这样才能同时分析5 - 10 sequences . 软件要求: Linux, 32 bit or 64 bit (64 bit recommended…
https://www.jianshu.com/p/6284f57664b9 目前对于variant进行注释的软件主要有4个: Annovar, SnpEff, VEP(variant Effect Predictor), Oncotator, 选择合适的软件注释variants对于下游分析是很关键的, 今天我们来比较下这4种软件在variants 注释上的差异,进而帮助我们选择更合适的注释软件. 首先简要介绍下这4个软件的一些特点: Oncotator: 主要用于癌症特异性突变位点的注释,下面…
1.GO资源简介 由于生物系统的惊人复杂性和需要分析的数据集的不断增加,生物医学研究越来越依赖于以可计算的形式存储的知识.基因本体论(GO)项目为基因功能和基因产物的可计算知识提供了目前最全面的资源.GO知识库由两个主要部分组成: 基因本体论Gene Ontology (GO),提供了生物功能(“术语”)及其相互关系的逻辑结构,表现为有向无环图. GO注释(GO annotations)的语料库,将特定的基因产物(蛋白质.非编码RNA或大分子复合物,为简单起见,我们通常将其称为“基因”)与特定的…
转录本组装软件StringTie的使用说明 StringTie 转录本组装软件StringTie的使用说明 转录组分析流程 HISTA + StringTie 组合.其Protocol 发表在Nature Protocol 上“Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown” 其中StringTie 在组装转录本的完整度,精度和速度方面都较以往的cuffl…
本节课程,需要先完成<扩增子分析解读>系列之前的操作 1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们学习了嵌合体的形成,以及基于参考数据库去嵌合体:也学习了基于数据库比对来筛选细菌或真菌:最后基于最确定的OTU,我们生成代表性序列和OTU表,这是每种高通量测序都有的结果,后续的结果将全部基于这两个文件.…
日常我们在阅读一些PDF文章时候,我们会发现有些PDF文章带有非常多的注释,显得非常不美观,影响了阅读体验.那么PDF文章里的批注应该怎么进行删除呢?怎样批量删除PDF文件中的注释?   操作教程: 1.首先我们点击安装在电脑上的PDF编辑器,运行程序,我在看见软件界面之后,我们点击软件界面的“打开”选项.添加并打开我们需要进行编辑的PDF文件.   2.PDF文件打开以后,在软件的工具栏里找到“注释”按钮,单击按钮,会弹出一个下拉框,然后选择“显示注释列表”功能,即可进行批量删除注释操作.  …
StringTie是約翰·霍普金斯大學计算机生物中心开发的一款转录组组装软件,在组装转录本的完整度,精度和速度方面都较以往的cufflinks 有很大的提升,也是目前有参考基因组转录组主流的组装软件. 软件的下载 wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/stringtie-1.3.6.Linux_x86_64.tar.gz tar zxvf stringtie-1.3.6.Linux_x86_64.tar.gz StringTie 使用说明:新…
目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4)质控.基因组组装.质量评估 5)基因组注释 6)生物学分析 7)更多参考内容 5. 动植物Denovo测序项目的主要分析内容 1. 组装算法 一般有基于OLC(Overlap-Layout-Consensus, 先重叠后扩展)和基于DBG(De Brujin Graph)两种组装算法.基于OLC的…
http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240102uxwy.html 一 COG简介 COG,即Clusters of Orthologous Groups of proteins.构成每个COG的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白,并且因此或者是orthologs或者是paralogs.Orthologs是指来自于不同物种的由垂直家系(物种形成)进化而来的蛋白,并且典型的保留与原始蛋白有相同的功能.Paralogs是那些在一定物种中的来源于基因复制的蛋白,可…
matlab里注释符号是%,只是单行注释,可是没有多行注释符号,就像C/C++/Java中都有多行注释符号/*  */. 如果利用单行注释的方式手工注释一段程序会很麻烦,matlab软件自带快捷键支持注释和取消注释多行程序. 先选中要进行操作的程序段,然后执行快捷键: 注释:Ctrl+/ 取消注释:Ctrl+T 注释换行:Alt+Q 上图,编辑器区中间位置就是注释工具栏,支持快捷键操作.…
1. Java 程序的构成 对象(object):对象是类的一个实例,有状态和行为. 类(class):类是一个模板,它描述一类对象的行为和状态. 方法(method):方法就是行为,一个类可以有很多方法.逻辑运算.数据修改以及所有动作都是在方法中完成的. 实例变量:每个对象都有独特的实例变量,对象的状态由这些实例变量的值决定. 举例 Hello World public class HelloWorld{ public static void main(String[] args){ Syst…
目录 目录 前言 软件环境 序列类型 序列的操作方法 索引调用 切片运算符 扩展切片运算符 序列元素的反转 连接操作符 重复运算符 成员关系符 序列内置方法 len 获取序列对象的长度 zip 混合两个序列对象 enumerate 枚举出序列对象的元素 sorted 序列的排序 reversed 返回一个逆序访问的迭代器 min 取出sequence中的最小值 max 取出sequence中的最大值 sum 计算序列中的各项元素和 all 检测sequence中各项元素是否均为True any…
序列图(时序图) 序列图是一种交互图,它显示了进程如何相互操作以及按什么顺序操作. sequenceDiagram participant l as 大灰狼 participant y as 小羊 l->>y:小坏蛋,弄脏我喝的水 y->>l:狼先生,你在上游,我在下游 l->>y:听说去年你说我的坏话 y->>l:去年我还没出生呢 l->>y:不是你也是你爸爸,说着就扑上去 %% left or right note left of l:对于坏…
昨日内容回顾 外键字段 # 就是用来建立表与表之间的关系的字段 表关系判断 # 一对一 # 一对多 # 多对多 """通过换位思考判断""" 外键约束 # 级联更新 # 级联删除 查询关键字 # where 筛选 # group by 分组 # having 过滤 # distinct 去重 # order by 排序 # limit 分页 # regexp 正则 今日内容概要 多表查询思路 navicat可视化软件 多表查询练习 python操…
Exif是一种图像文件格式,它的数据存储与JPEG格式是完全相同的.实际上Exif格式就是在JPEG格式头部插入了数码照片的信息,包括拍摄时的光圈.快门.白平衡.ISO.焦距.日期时间等各种和拍摄条件以及相机品牌.型号.色彩编码.拍摄时录制的声音以及GPS全球定位系统数据.缩略图等.你可以利用任何可以查看JPEG文件的看图软件浏览Exif格式的照片,但并不是所有的图形程序都能处理Exif信息.   EXIF最初由日本电子工业发展协会在1996年制定,版本为1.0.1998年,升级到2.1,增加了…
读paper的时候觉得自己就是个24K纯学渣(=.=)一大堆问题等着我去解决...所以在这里写一个Q&A好了,先列问题,逐步填充答案- ××××××××××××××××××我是分割线么么哒××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××× 1. PCoA: Principal coordinates analysis 如何绘制的?原理如何? 2. FDR: false discovery rate 如何计算的? Ans: 在多重检验(multiple test…
原文: http://www.ibm.com/developerworks/cn/rational/321_uml/ 简介 参考 UML 基础系列的其他文章和教程 UML基础: 统一建模语言简介 UML 基础: 类图 UML 基础: 序列图 UML 基础: 组件图 绘制整洁的 UML 图 用例建模技巧 UML 序列图简介 养成良好的绘制 UML 序列图的习惯 利用 UML 进行实体关系建模 订阅 UML 相关文章和教程的 RSS 提要 可以看到1990年的早期版本已经对对象模式和相关技术有着浓厚…
随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜.通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,阐明不同层次多基因协同作用的机理,进而在人类重大疾病如癌症.心血管疾病的发病机理.诊断治疗.药物开发等方面的研究发挥巨大的作用.它将大大推动人类结构基因组及功能基因组的各项基因组研究计划.生物信息学在基因组…
qiime 本身不提供聚类的算法,它只是对其他聚otu软件的封装 根据聚类软件的算法,分成了3个方向: de novo:                   pick_de_novo_otus.py  closed-reference:      pick_closed_reference_otus.py open-reference OTU: pick_open_reference_otus.py    不同算法的优缺点: de novo:    pick_de_novo_otus.py  优…
interpro 通过整合多个蛋白相关的数据库,提供了一个方便的对蛋白序列进行功能注释的平台,功能注释的内容包括蛋白质家族预测,domain 和 结合位点预测 interoro 在整合多个数据库的同时,去掉了冗余,提供了一个统一的接口,用来对序列进行功能注释:而且还提供了interproscan 这样的命令行工具,可以方便的对 大规模的蛋白序列进行注释,目前, UniprotKB 和 Gene Ontology 就是使用 interproscan 对蛋白序列进行注释的. interpro 数据库…
1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量值.phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量值,这个质量值的计算与测序预期错误率相关(estimated probability of error): Phred Quality Score     Probability of incorrect bas…
RNA_seq pipline RNA_seq pipline PeRl 2018年3月7日 首先说明一下我做RNA-seq处理流程的文件树格式: RNA-seq/ data/ GRCh38.gtf chroms/ hg38/ samples/ SraAccList.txt sra/ fasta/ fastqc/ cufflinks_result/ tophat_result/ HTSeq_result/ tools/ Trimmomatic-0.36/ 1. 下载参考基因组序列信息及注释文件G…
比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的. 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件. 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的说明并不详细,在众人的博客中也比较零散. 我刚使用这个包的时候(2017年)还很难安装,需要预装各种依赖,不过现在的同学们很幸福了,可以直接用pip一键安装了. 软件包链接:https://github.com/tanghaibao/jcvi 安装过程很简单: pip install jcvi pi…
首先,请google “ultravnc ctrl+alt+delete”,得到的解决方法是,更改UAC.进入组策略-计算机配置-管理模板-windows登陆选项,“禁用或启用软件注意序列”,更改成“已启用”,并选择服务,保存重启.问题依然没解决.终于,在一个台湾it论坛,看得到了解决方法.非常郁闷的.只需在ultravnc服务端设置配置中“ Input/FileTransfer” 选项下,取消勾选“Disable Viewers inputs” 就可以了.…
声明:原创作品,转载时请注明文章来自SAP师太技术博客( 博/客/园www.cnblogs.com):www.cnblogs.com/jiangzhengjun,并以超链接形式标明文章原始出处,否则将追究法律责任!原文链接:http://www.cnblogs.com/jiangzhengjun/p/4257572.html 字符串... 13 19.      char类型相加... 13 20.      程序中的Unicode转义字符... 14 21.      注释中的Unicode转…
在LINUX中,有很多常用的命令,常用的命令我们可以熟练的记忆,但是对于不经常使用的命令恐怕是需要翻阅手册了,但是我们可以简化这些命令的输入来达到简便记忆的效果. 这里以BSH为例: 编辑/etc/bashrc这个文件(所有使用这个SHELL的用户都可以享受到便利,如果没有ROOT权限,则编辑你自己目录下的.bashrc文件,区别在于只有你自己可以使用下面定义的别名) 在最后加入这一段: alias l="ls --color -l"  alias lm="ls --colo…
1. 词法结构 1.1 程序 C# 程序 (program) 由一个或多个源文件 (source file) 组成,源文件的正式名称是编译单元 (compilation unit)(第 9.1 节).源文件是有序的 Unicode 字符序列.源文件与文件系统中的文件通常具有一对一的对应关系,但这种对应关系不是必需的.为实现可移植性的最大化,建议这些文件在文件系统中应按 UTF-8 编码规范编码. 从概念上讲,程序的编译分三个步骤: 转换,这一步将用特定字符指令系统和编码方案编写的文件转换为 Un…