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MindSponge分子动力学模拟——定义一个分子系统(2023.08)
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JAVA 类的定义(定义一个类,来模拟“学生”)
package Code413;/*定义一个类,来模拟“学生”属性 (是什么) 姓名 年龄行为(能做什么) 吃饭 睡觉 学习对应到Java的类当中 成员变量(属性) String nanme; //姓名成员方法(行为) //成员方法不要static public viod eat(){} public viod sleep(){} */public class CodeStudent { //先写成员变量 String name; //姓名 int age; //年龄 public void e…
Gromacs分子动力学模拟流程概述
Gromacs分子动力学模拟主要可以分为以下几个步骤,不同的体系步骤可能略有不同. 在开始之前,先简单了解一下预平衡: 分子动力学模拟的最终目的是对体系进行抽样,然后计算体系的能量,各种化学键,成分分析等等.打个比方说,我们有一个蛋白质,我们想将它放入一种溶液中(可能是水,也可能不是),然后看看这个体系的能量如何变化,蛋白质的化学键,与水分子形成的氢键等等信息,那么我们需要将蛋白质放入溶液中,映射到现实中就是讲溶剂放入溶剂中,然后等体系稳定后,观察其性质. 在MD中,这一过程不向现实中一样是自然…
分子动力学模拟软件VMD的安装与使用
技术背景 在分子动力学模拟过程中会遇到一些拓扑结构非常复杂的分子模型,所谓的复杂不仅仅是包含众多的原子,还有各种原子之间的成键关系与成键类型等.这时候就非常能够体现一个好的可视化软件的重要性了,这里我们介绍的VMD是一个业界非常常用.功能也非常强大的一款软件. VMD的安装 首先访问VMD官方网站,找到适合自己本地OS和硬件系统的版本进行下载.这里我们本地是Ubuntu20.04的系统,所以下载了一个Linux通用的版本: 下载到本地之后,找到一个合适的文件夹进行解压: dechin@ubunt…
分子动力学模拟之基于自动微分的LINCS约束
技术背景 在分子动力学模拟的过程中,考虑到运动过程实际上是遵守牛顿第二定律的.而牛顿第二定律告诉我们,粒子的动力学过程仅跟受到的力场有关系,但是在模拟的过程中,有一些参量我们是不希望他们被更新或者改变的,比如稳定的OH键的键长就是一个不需要高频更新的参量.这时就需要在一次不加约束的更新迭代之后(如Velocity-Verlet算法等),再施加一次约束算法,重新调整更新的坐标,使得规定的键长不会产生较大幅度的变更. 初始化坐标参数 为了实现LINCS这一算法,我们先初始化一组随机的坐标用于测试,比…
分子动力学模拟之SETTLE约束算法
技术背景 在上一篇文章中,我们讨论了在分子动力学里面使用LINCS约束算法及其在具备自动微分能力的Jax框架下的代码实现.约束算法,在分子动力学模拟的过程中时常会使用到,用于固定一些既定的成键关系.例如LINCS算法一般用于固定分子体系中的键长关系,而本文将要提到的SETTLE算法,常用于固定一个构成三角形的体系,最常见的就是水分子体系.对于一个水分子而言,O-H键的键长在模拟的过程中可以固定,H-H的长度,或者我们更常见的作为一个H-O-H的夹角出现的参量,也需要固定.纯粹从计算量来考虑的话,…
Linux——模拟实现一个简单的shell(带重定向)
进程的相关知识是操作系统一个重要的模块.在理解进程概念同时,还需了解如何控制进程.对于进程控制,通常分成1.进程创建 (fork函数) 2.进程等待(wait系列) 3.进程替换(exec系列) 4.进程退出(exit系列,return)四个方面.在大致熟悉进程控制之后,便可基于此 ,来模拟使用一个简单的myshell,实现简单的命令解析. 在此之前,先来简单回顾进程控制一些基本方法 进程控制 (1)进程创建 进程创建一般通过fork来实现,(关于fork,前面有本人一点小小总结:戳=>,这里…
自己动手模拟开发一个简单的Web服务器
开篇:每当我们将开发好的ASP.NET网站部署到IIS服务器中,在浏览器正常浏览页面时,可曾想过Web服务器是怎么工作的,其原理是什么?“纸上得来终觉浅,绝知此事要躬行”,于是我们自己模拟一个简单的Web服务器来体会一下. 一.请求-处理-响应模型 1.1 基本过程介绍 每一个HTTP请求都会经历三个步凑:请求-处理-响应:每当我们在浏览器中输入一个URL时都会被封装为一个HTTP请求报文发送到Web服务器,而Web服务器则接收并解析HTTP请求报文,然后针对请求进行处理(返回指定的HTML页面…
语言模拟ATM自动取款机系统
C语言实验报告 题目名称:C语言模拟ATM自动取款机系统 C语言模拟实现ATM自动取款机功能:输入密码,余额查询,取款,存款,转账,修改密码,退出功能: 代码实现的功能: 账号及密码输入:用户输入密码,才能进入. 登陆成功界面:共有六个选项,查询余额.取款.存款.转账,修改密码,退出分别对应1,2,3,4,5,6选项,若序号输入不正确会予以提示. 选定1后,进入查询余额界面: 选定2后,进入取款界面: 选定3后,进入存款界面: 选定4后,修改密码,选定5,进入转账:选定6,退出界面:…
基于UDP协议模拟的一个TCP协议传输系统
TCP协议以可靠性出名,这其中包括三次握手建立连接,流控制和拥塞控制等技术.详细介绍如下: 1. TCP协议将需要发送的数据分割成数据块.数据块大小是通过MSS(maximum segment size)来控制的,这种机制是一种协商机制,MSS规定了传往接收方的最大数据块的大小.MSS通过SYN报文协商的,若接收方不接受来自另一方的MSS值,则MSS就定为一个固定值.MSS值越大,网络的利用率越高. 2. 重传.设置定时器,等待确认包. 3. 对首部和数据进行校验. 4. TCP对收到的数据进行…
超强教程:如何搭建一个 iOS 系统的视频直播 App?
现今,直播市场热火朝天,不少人喜欢在手机端安装各类直播 App,便于随时随地观看直播或者自己当主播.作为开发者来说,搭建一个稳定性强.延迟率低.可用性强的直播平台,需要考虑到部署视频源.搭建聊天室.优化界面等难题,具备一定的难度与挑战! 那假如自己搭建一个直播平台,该如何下手呢?莫慌,本文就给大家详细介绍如何搭建一个 iOS 系统的直播 App? 1 流程熟悉 1.1 选择协议 想要实现直播 App ,我们得先知道如何播放从服务器传来的视频数据. 目前,主流视频直播网站使用的协议多为 RTMP(…