目录 1. FastqCount简介 2. 使用 3. 结果 1. FastqCount简介 快速实用小工具:FastqCount https://github.com/zhimenggan/FastqCount 统计指标包括: Total Reads Total Bases N Bases Q20 Q30 GC 2. 使用 压缩文件可搭配pigz使用更香. 单个fastq(.gz)文件: ./FastqCount input.fastq 多文件: pigz -dc R1.fastq.gz R2…

二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文件中统计这些指标的功能,而且速度非常的快 #include <zlib.h> #include <stdio.h> #include <string.h> #include "kseq.h" // STEP 1: declare the type of…

mycount=`cat SRR108114_new_1.fastq | wc -l` echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_1.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat mycount=`cat SRR108114_new_2.fastq | wc -l` echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_2.fastq: '$((mycount/4)) >>…

之前写的一个小工具,写的很简陋,名字取的也很随意就叫skr,哈哈.主要是fq转fa.合并多个染色体的vcf文件等,功能不多(主要是C写起来太操蛋了T_T),通常我也只用来统计fastq文件信息: 这里给出工具地址:https://github.com/sharkLoc/skrTools usage: Program: skr Usage: skr <command> [options] fq2fa translate fastq file to fasta fqstat summary sta…

在分析中经常需要统计fasta/fastq文件的序列数和碱基数, 但是没有找到一些专门做这件事的小工具,可能是这个功能太简单了: 之前用自己写的perl的脚本统计这些信息, 当fastq文件非常大时,就变的很慢: 今天在网上搜到kseq.h可以parse fasta/fastq文件,用C写的, 速度很快: http://lh3lh3.users.sourceforge.net/parsefastq.shtml 自己试了一下, 在这个基础上添加个小功能, 命名为parse.c: #include…

如何统计指定文件夹下含有.xml格式的文件数目?如题 ------解决思路----------------------Directory.GetFiles(@"路径", "*.xml").Length------解决思路----------------------包含子目录的话:Directory.GetFiles(@"路径", "*.xml",SearchOption.AllDirectories).Length…

语法:wc [选项] 文件- 说明:该命令统计给定文件中的字节数.字数.行数.如果没有给出文件名,则从标准输入读取.wc同时也给出所有指定文件的总统计数.字是由空格字符区分开的最大字符串. 该命令各选项含义如下: - c 统计字节数. - l 统计行数. - w 统计字数. 这些选项可以组合使用. 输出列的顺序和数目不受选项的顺序和数目的影响. 总是按下述顺序显示并且每项最多一列. 行数.字数.字节数.文件名 如果命令行中没有文件名,则输出中不出现文件名. 例如: $ wc -l f1 f2  …

这里介绍一个Mac系统统计代码行数的工具cloc. 1.首先,安装homebrew,已安装的请跳过. 打开终端工具Terminal,输入下列命令.过程中会让你按RETURN键以及输入mac桌面密码,按照提示进行操作即可: ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)" 2.利用homebrew下载并安装cloc. 继续在Terminal中输入: brew…

由于项目需要,我需要给系统加权限,这真是一个让人头疼的问题,如果要每个业务方法都加上权限判断逻辑,那真的不敢想象是多么大的工作量,日后有变动的话,我会不会发疯? 所以我必须利用之前学到的AOP编程,在需要进行权限判断的业务方法前后执行一些权限判断,可是呢AOP已经被我忘记了. 幸好,百度网盘里有之前存的视频(JAVA高级进阶(张孝祥老师),shiro(孔浩老师)). 可是项目有时间要求,我必须在最短的时间内完成"加权限"这个任务.所以我在给领导报告我需要多久能研究好权限的时候,首先自己…

<UNIX环境高级编程>中的程序清单4-7就介绍了如何实现递归地统计某个目录下面的文件!我刚开始看过它的代码后,觉得照着敲太没意思了,所以就合上书自己写了一遍!为此还写了一篇博文,这是博文地址:在linux下用C语言实现递归查看某个目录中的所有文件[CSDN]! 今天做<Unix环境高级编程>的课后题,看到题目4.11这里提供了一种新的实现这个程序的思路,那就是每回读到一个目录,就通过chdir函数进入到这个目录,然后再通过opendir函数和readdir函数来读取这个目录中的文…

统计某文件夹下文件的个数 ls -l |grep "^-"|wc -l 统计某文件夹下目录的个数 ls -l |grep "^d"|wc -l 统计文件夹下文件的个数,包括子文件夹里的 ls -lR|grep "^-"|wc -l 如统计/home/han目录(包含子目录)下的所有js文件则: ls -lR /home/han|grep js|wc -l 或 ls -l "/home/han"|grep "js&qu…

1) 统计当前文件夹下文件的个数 复制代码代码如下: ls -l |grep "^-"|wc -l 2) 统计当前文件夹下目录的个数 复制代码代码如下: ls -l |grep "^d"|wc -l 3) 统计当前文件夹下文件的个数,包括子文件夹里的  复制代码代码如下: ls -lR|grep "^-"|wc -l 4) 统计文件夹下目录的个数,包括子文件夹里的 复制代码代码如下: ls -lR|grep "^d"|wc -…

测序数据中经常会接触到fastq格式的文件,比如说拿到fastq格式的原始数据后希望查看测序碱基的质量并去除低质量碱基.一般而言大家都是用现有的工具,比如说fastqc这个Java写的小程序,确实很好用,运行速度快,检查的项目也多.有时候我们也需要对这些数据进行个性化的分析,那么这个时候这些小工具就不能胜任了,需要我们自己写程序(脚本)来处理.本人目前才疏学浅,因此只有一下三种方案: 1.完全自己写脚本,读取每一行,手动解析,然后实现个性化分析.(显然这个比较慢,相当于重造了一个转速很慢的轮子)…

[转][Linux]Linux下统计当前文件夹下的文件个数.目录个数 统计当前文件夹下文件的个数,包括子文件夹里的 ls -lR|grep "^-"|wc -l 统计文件夹下目录的个数,包括子文件夹里的 ls -lR|grep "^d"|wc -l 统计当前文件夹下文件的个数 ls -l |grep "^-"|wc -l 统计当前文件夹下目录的个数 ls -l |grep "^d"|wc -l 附: 统计输出信息的行数 wc…

统计当前文件夹下文件的个数,包括子文件夹里的 ls -lR|grep "^-"|wc -l 统计文件夹下目录的个数,包括子文件夹里的 ls -lR|grep "^d"|wc -l 统计当前文件夹下文件的个数 ls -l |grep "^-"|wc -l 统计当前文件夹下目录的个数 ls -l |grep "^d"|wc -l…

统计当前文件夹下文件的个数,包括子文件夹里的ls -lR|grep "^-"|wc -l 统计文件夹下目录的个数,包括子文件夹里的ls -lR|grep "^d"|wc -l 统计当前文件夹下文件的个数ls -l |grep "^-"|wc -l 统计当前文件夹下目录的个数ls -l |grep "^d"|wc -l 附:统计输出信息的行数 wc -l 将长列表输出信息过滤一部分,只保留一般文件,如果只保留目录就是 ^d gr…

package cn.it.zuoye5; import java.io.File;import java.util.HashMap;import java.util.Iterator;import java.util.Map;import java.util.Scanner;import java.util.Set; /** 键盘录入一个文件夹路径,统计该文件夹(包含子文件夹)中每种类型的文件及个数,注意:用文件类型(后缀名,不包含.(点),如:"java","txt&qu…

统计当前文件夹下文件的个数,包括子文件夹里的 ls -lR|grep "^-"|wc -l 统计文件夹下目录的个数,包括子文件夹里的 ls -lR|grep "^d"|wc -l 统计当前文件夹下文件的个数 ls -l |grep "^-"|wc -l 统计当前文件夹下目录的个数 ls -l |grep "^d"|wc -l 附: 统计输出信息的行数 wc -l 将长列表输出信息过滤一部分,只保留一般文件,如果只保留目录就是…

使用python脚本实现统计日志文件中的ip访问次数,注意此脚本只适用ip在每行开头的日志文件,需要的朋友可以参考下 适用的日志格式: 106.45.185.214 - - [06/Aug/2014:07:38:59 +0800] "GET / HTTP/1.0" 200 10 "-" "-" 171.104.119.22 - - [06/Aug/2014:08:55:01 +0800] "GET / HTTP/1.0" 20…

1. 统计当前文件夹下文件的个数 ls -l |grep "^-"|wc -l 2. 统计当前文件夹下目录的个数 ls -l |grep "^d"|wc -l 3.统计当前文件夹下文件的个数,包括子文件夹里的  ls -lR|grep "^-"|wc -l 4.统计文件夹下目录的个数,包括子文件夹里的 ls -lR|grep "^d"|wc -l grep "^-"  这里将长列表输出信息过滤一部分,只保留…

#!/usr/bin/perl -w use warnings; use strict; input_fastq trim_length}; ; my ($fastq, $trim_length) = @ARGV; open(FASTQ, $fastq) or die "Can't open $fastq\n"; while (my $readid = <FASTQ>) { chomp $readid; chomp (my $sequence = <FASTQ>…

ls -l |grep "^-"|wc -l 统计某文件夹下目录的个数 ls -l |grep "^d"|wc -l 统计文件夹下文件的个数,包括子文件夹里的 ls -lR|grep "^-"|wc -l 统计/imagedata/data/20161108目录(包含子目录)下的所有txt文件 ls -lR /imagedata/data/20161108|grep txt|wc -l   或者  ls -lR "/imagedata/…

# -*- coding: utf-8 -*- #python 27 #xiaodeng #统计一个文件中出现字符'a'的次数 #http://www.cnblogs.com/hongten/p/hongten_python_count.html import os number=0 def getNumber(filePath,c): 'c---->the word numbers' #统计一个文件中出现字符'a'的次数 if os.path.exists(filePath): global…

准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件,碱基编码格式为phred64; @FC12044_91407_8_200_406_24 NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA +FC12044_91407_8_200_406_24 SXXTXXXXXXXXXTTSUXSSXKTMQ @FC12044_91407_8_200_720_610 CTCTGTGGCACCCCATCCCTCACTT +FC12044_91407_8_200_720_610 OXXXXXXXXXXXX…

1.统计当前文件夹下文件的个数,包括子文件夹里的 ls -lR|grep "^-"|wc -l 如下图: 2.统计文件夹下目录的个数,包括子文件夹里的 ls -lR|grep "^d"|wc -l 如下图: 3.统计当前文件夹下文件的个数 ls -l |grep "^-"|wc -l 如下图: 4.统计当前文件夹下目录的个数 ls -l |grep "^d"|wc -l 如下图:…

1) 统计当前文件夹下文件的个数 代码如下: ls -l |grep "^-"|wc -l 2) 统计当前文件夹下目录的个数 代码如下: ls -l |grep "^d"|wc -l 3) 统计当前文件夹下文件的个数,包括子文件夹里的  代码如下: ls -lR|grep "^-"|wc -l 4) 统计文件夹下目录的个数,包括子文件夹里的 代码如下: ls -lR|grep "^d"|wc -l 说明: 代码如下: ls -…

[链接][原]Mac下统计任意文件夹中代码行数的工http://www.cnblogs.com/wengzilin/p/4580646.html…

File 递归删除文件夹中所有文件文件夹 package com.swift.kuozhan; import java.io.File; import java.util.Scanner; /*键盘录入一个文件夹路径,删除该路径下的所有文件文件夹,包括自己. 要求:文件夹中包含有子文件夹*/ public class TheLat { public static void main(String[] args) { File dir = inputDir(); delete(dir); } pr…

将fasta文件线性化处理 awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' < input.fa cat Rmh.fasta | awk '{printf("%s%s",$0,((NR+1)%2==1?"\n"…

遍历目录查找Java文件: public static void ergodicDir(File dir, HashSet<String> argNameSet, HashSet<String> classNameSet, ArrayList<Integer> record) { if(dir.isDirectory()){ for(File file : dir.listFiles()){ if(file.isDirectory()){ ergodicDir(file…