Gromacs分子动力学模拟主要可以分为以下几个步骤,不同的体系步骤可能略有不同. 在开始之前,先简单了解一下预平衡: 分子动力学模拟的最终目的是对体系进行抽样,然后计算体系的能量,各种化学键,成分分析等等.打个比方说,我们有一个蛋白质,我们想将它放入一种溶液中(可能是水,也可能不是),然后看看这个体系的能量如何变化,蛋白质的化学键,与水分子形成的氢键等等信息,那么我们需要将蛋白质放入溶液中,映射到现实中就是讲溶剂放入溶剂中,然后等体系稳定后,观察其性质. 在MD中,这一过程不向现实中一样是自然…

技术背景 在分子动力学模拟过程中会遇到一些拓扑结构非常复杂的分子模型,所谓的复杂不仅仅是包含众多的原子,还有各种原子之间的成键关系与成键类型等.这时候就非常能够体现一个好的可视化软件的重要性了,这里我们介绍的VMD是一个业界非常常用.功能也非常强大的一款软件. VMD的安装 首先访问VMD官方网站,找到适合自己本地OS和硬件系统的版本进行下载.这里我们本地是Ubuntu20.04的系统,所以下载了一个Linux通用的版本: 下载到本地之后,找到一个合适的文件夹进行解压: dechin@ubunt…

技术背景 在上一篇文章中,我们讨论了在分子动力学里面使用LINCS约束算法及其在具备自动微分能力的Jax框架下的代码实现.约束算法,在分子动力学模拟的过程中时常会使用到,用于固定一些既定的成键关系.例如LINCS算法一般用于固定分子体系中的键长关系,而本文将要提到的SETTLE算法,常用于固定一个构成三角形的体系,最常见的就是水分子体系.对于一个水分子而言,O-H键的键长在模拟的过程中可以固定,H-H的长度,或者我们更常见的作为一个H-O-H的夹角出现的参量,也需要固定.纯粹从计算量来考虑的话,…

C语言实验报告       题目名称:C语言模拟ATM自动取款机系统 C语言模拟实现ATM自动取款机功能:输入密码,余额查询,取款,存款,转账,修改密码,退出功能: 代码实现的功能: 账号及密码输入:用户输入密码,才能进入. 登陆成功界面:共有六个选项,查询余额.取款.存款.转账,修改密码,退出分别对应1,2,3,4,5,6选项,若序号输入不正确会予以提示. 选定1后,进入查询余额界面: 选定2后,进入取款界面: 选定3后,进入存款界面: 选定4后,修改密码,选定5,进入转账:选定6,退出界面:…

採用MVC风格,将数据写入文件,模拟公司置办货物系统.  A类表示普通员工,B类表示部门精力,C类表示採购部,D类表示资源管理部. 订单状态 1.表示申请状态 2.表示通过审批 3.表示未通过审批 4.表示订单完毕,购物完毕 第三步:创建Po类,代表採购部批准的订单类. package com.jereh14; public class Po implements java.io.Serializable{ public int getPor_no() { return por_no; } pu…

技术背景 在分子动力学模拟的过程中,考虑到运动过程实际上是遵守牛顿第二定律的.而牛顿第二定律告诉我们,粒子的动力学过程仅跟受到的力场有关系,但是在模拟的过程中,有一些参量我们是不希望他们被更新或者改变的,比如稳定的OH键的键长就是一个不需要高频更新的参量.这时就需要在一次不加约束的更新迭代之后(如Velocity-Verlet算法等),再施加一次约束算法,重新调整更新的坐标,使得规定的键长不会产生较大幅度的变更. 初始化坐标参数 为了实现LINCS这一算法,我们先初始化一组随机的坐标用于测试,比…

本文由QQ音乐前端团队发表 前段时间做了一个非常有意思的模拟终端的展示页:http://ursb.me/terminal/(没有做移动端适配,请在PC端访问),这个页面非常有意思,它可以作为个人博客系统或者给 Linux 初学者学习终端命令,现分享给大家~ 开源地址:airingursb/terminal 0x01 样式 打开页面效果如下图所示: 其实这里的样式就直接 Copy 了自己 Mac 上 Terminal 的界面,当然界面上的参数都是自己写的,表示穷人没有钱买这么高配的电脑- 注:截图…

最近学校让我们选课,每天都有不同的课需要选....然后突发奇想试试用python爬学校选课系统的课程信息 先把自己的浏览器缓存清空,然后在登陆界面按f12 如图: 可以看到登陆时候是需要验证码的,验证码图标打算用方法把它存在桌面,手动输入验证码. 或者可以买一个自动输入验证码的平台1快钱可以帮自动识别100到200次验证码,如果这样做 大概过程就是: 1.找到自动输入验证码的平台 2.阅读该平台的API或者手册 3.用编程语言把验证码图片保存到自己电脑后根据平台格式要求打包,通过url发送过去…

根据用户输入的内容,导入模块 #根据用户输入的内容,导入模块 inp = input("请输入模块名: ") print(inp,type(inp)) dd = __import__(inp) r = dd.f1() print(r) inp = input('请输入模块:') inp_func = input('请输入要执行的函数:') #_-import__用于以字符串的形式导入模块 dd = __import__(inp) 以字符串的形式去某个模块中寻找函数 #getattr 用…

package com.huowolf; import java.util.ArrayList; import java.util.List; import org.apache.http.HttpEntity; import org.apache.http.NameValuePair; import org.apache.http.client.entity.UrlEncodedFormEntity; import org.apache.http.client.methods.Closeabl…