Gromacs分子动力学模拟主要可以分为以下几个步骤,不同的体系步骤可能略有不同. 在开始之前,先简单了解一下预平衡: 分子动力学模拟的最终目的是对体系进行抽样,然后计算体系的能量,各种化学键,成分分析等等.打个比方说,我们有一个蛋白质,我们想将它放入一种溶液中(可能是水,也可能不是),然后看看这个体系的能量如何变化,蛋白质的化学键,与水分子形成的氢键等等信息,那么我们需要将蛋白质放入溶液中,映射到现实中就是讲溶剂放入溶剂中,然后等体系稳定后,观察其性质. 在MD中,这一过程不向现实中一样是自然…

技术背景 在分子动力学模拟过程中会遇到一些拓扑结构非常复杂的分子模型,所谓的复杂不仅仅是包含众多的原子,还有各种原子之间的成键关系与成键类型等.这时候就非常能够体现一个好的可视化软件的重要性了,这里我们介绍的VMD是一个业界非常常用.功能也非常强大的一款软件. VMD的安装 首先访问VMD官方网站,找到适合自己本地OS和硬件系统的版本进行下载.这里我们本地是Ubuntu20.04的系统,所以下载了一个Linux通用的版本: 下载到本地之后,找到一个合适的文件夹进行解压: dechin@ubunt…

技术背景 在分子动力学模拟的过程中,考虑到运动过程实际上是遵守牛顿第二定律的.而牛顿第二定律告诉我们,粒子的动力学过程仅跟受到的力场有关系,但是在模拟的过程中,有一些参量我们是不希望他们被更新或者改变的,比如稳定的OH键的键长就是一个不需要高频更新的参量.这时就需要在一次不加约束的更新迭代之后(如Velocity-Verlet算法等),再施加一次约束算法,重新调整更新的坐标,使得规定的键长不会产生较大幅度的变更. 初始化坐标参数 为了实现LINCS这一算法,我们先初始化一组随机的坐标用于测试,比…

技术背景 在上一篇文章中,我们讨论了在分子动力学里面使用LINCS约束算法及其在具备自动微分能力的Jax框架下的代码实现.约束算法,在分子动力学模拟的过程中时常会使用到,用于固定一些既定的成键关系.例如LINCS算法一般用于固定分子体系中的键长关系,而本文将要提到的SETTLE算法,常用于固定一个构成三角形的体系,最常见的就是水分子体系.对于一个水分子而言,O-H键的键长在模拟的过程中可以固定,H-H的长度,或者我们更常见的作为一个H-O-H的夹角出现的参量,也需要固定.纯粹从计算量来考虑的话,…

[Apio2011]寻路 Time Limit: 20 Sec  Memory Limit: 256 MBSubmit: 624  Solved: 193[Submit][Status][Discuss] Description TooDee是一块二维格子状的土地(就像著名的笛卡尔坐标系那样) ,在这里生活着很多可爱的Dee.Dee是像蜜蜂一样的小动物,它们只在二维活动,而且它们非常的文明开化.TooDee 的蜂窝和正常世界的蜂窝也是很不一样的,它们是矩形的且它们的边平行于TooDee的地理坐标…

点此进入比赛 得分: \(97+0+10=107\) 排名: \(Rank\ 3\) \(Rating\):\(+47\) \(T1\):[HHHOJ187]Hashit(点此看题面) 容易想到可以用后缀自动机来做,结果比赛时被\(Hack\)了.(后缀自动机题解详见博客[BZOJ5084]hashit) 正解貌似是后缀数组,但实际上\(X\_o\_r\)神仙的后缀自动机也能过. 反正我的是过不了. 这里贴出被\(Hack\)掉的代码: #include<bits/stdc++.h> #def…

系统环境 Win11 22H2 企业版 开启虚拟化.window subsystem for liunx等虚拟机相关的功能 应用商店中安装WSL2 安装步骤 打开Ubuntu,输入sudo apt full-upgrade,并输入设置好的密码 安装cmake编译器sudo apt install cmake 安装c和c++编译器sudo apt install gcc&g++ 下载gromacs源码sudo wget ftp://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2…

转载自:https://www.cnblogs.com/sysu/p/10817315.html  和   https://www.cnblogs.com/panscience/p/4953940.html lammps做分子动力学模拟时,需要一个输入文件(input script),也就是in文件,以及关于体系的原子坐标之类的信息文件(data file)和势文件(potential file).lammps在执行计算的时候,从这个in文件中读入命令,所以对LAMMPS的使用最主要的就是对in…

lammps做分子动力学模拟时,需要一个输入文件(input script),也就是in文件,以及关于体系的原子坐标之类的信息文件(data file)和势文件(potential file).lammps在执行计算的时候,从这个in文件中读入命令,所以对LAMMPS的使用最主要的就是对in文件的编写和使用. 下面是in文件书写方面的注意事项以及对4个模块的详细解释,原文来源于百度文库: http://wenku.baidu.com/view/152b56906bec0975f465e26a.h…

http://www.kuqin.com/hardware/20080830/15726.html 一 在硬件和软件之间选择     “计算机软件和硬件的逻辑等价性”是计算机组成原理中一个非常重要的理论,意思是指计算机硬件能够完成的功能,逻辑上都能通过软件来同样实现.这一理论带来的实际好处是,使得我们今天的使用的计算机日趋小型化,成本和价格不断降低.比如,多年前我们需要用解压卡才能在PC上观看影碟,今天我们只需通过视频播放软件就行,当然这些都得益于伟大的“摩尔定律”在过去一直发挥的神奇功效. 所…