What is TopHat? TopHat is a program that aligns RNA-Seq reads to a genome in order to identify exon-exon splice junctions. It is built on the ultrafast short read mapping program Bowtie. TopHat runs on Linux and OS X. How does TopHat find junctions?…

tophat输出结果junction.bed BED format       BED format provides a flexible way to define the data lines that are displayed in an annotation track. BED lines have three required fields and nine additional optional fields. The number of fields per line mus…

1     依赖软件:bowtie,bowtie2,samtools,boost c++ library 2     建立索引文件:      bowtie包括bowtie,bowtie-build,bowtie-inspect      bowtie2包括bowtie2,bowtie2-build,bowtie2-inspect,默认会找bowtie2      bowtie-build运行结果会得到一些.ebwt的文件      bowtie2-build建index,运行结果得到一些.bt…

RNA-seq差异表达基因分析之TopHat篇 发表于2012 年 10 月 23 日 TopHat是基于Bowtie的将RNA-Seq数据mapping到参考基因组上,从而鉴定可变剪切(exon-exon splice junctions). 安装 最简单的安装方法,注意版本 下载Bowtie.TopHat.Cufflinks的二进制发布包,解压到相同的目录 下载samtools,make,将生成的可执行samtools程序也cp到同一个目录 增加该目录到PATH 参数与使用 Usage: t…

1.op = cv2.TOPHAT  礼帽:原始图片-开运算后的图片 2. op=cv2.BLACKHAT 黑帽: 闭运算后的图片-原始图片 礼帽:表示的是原始图像-开运算(先腐蚀再膨胀)以后的图像 黑帽:表示的是闭运算(先膨胀再腐蚀)后的图像 - 原始图像 代码: 第一步:读取图片 第二步:使用cv2.MOPRH_TOPHAT获得礼帽图片 第三步:使用cv2.MOPRH_BLACKHAT获得黑帽图片 import cv2 import numpy as np # 第一步读入当前图片 img =…

使用Tophat+cufflinks分析差异表达  2017-06-15 19:09:43     522     0     0 使用TopHat+Cufflinks的流程图 序列的比对是RNA分析流程中核心的一步.序列的比对,或者说是字符串的比对本身就是计算机科学中的一个经典问题,在生物信息学中更加频繁的出现.序列比对中的错配,插入.缺失可以识别出样本和基因组之间的多态性,甚至可以找出肿瘤样本中的gene fusion.而map到没有注释的基因可能是新的编码基因,或者是非编码RNA.同时RN…

------------------------------------------ 安装fastqc--------------------------------------------------- 1)下载:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html 2) ------------------------------------------ 安装tophat------------------------…

概述:tophat是以bowtie2为核心的一款比对软件. tophat工作分两步: 1.将reads用bowtie比对到参考基因组上. 2.将unmapped-reads打断成更小的fragments,比对到参考基因组上,如果比对成功,建立剪切点. 用法:tophat [options]* <index_base> <reads1_1[,…,readsN_1]> [reads1_2,…readsN_2] <index_base>:参考基因组的index文件的具体目录,…

生物信息学-基因表达分析 为了丰富中心法则,研究人员使用不断更新的技术研究lncRNA的方方面面,其中技术主要是生物学上的微阵列芯片技术和表达数据分析方法,方方面面是指lncRNA的位置特征. Background:根据中心法则,发现DNA与RNA与protein之间的关系,此时认为找到的RNA全部用于编码protein,但是实验结果中:非编码RNA含量高,而coding区只占很少的一部分.研究非编码RNA,发现noncoding与protein expression有关,所以总思路变成了研究n…

生物信息学 Sanger采用链终止法进行测序 带有荧光基团的ddXTP+其他四种普通的脱氧核苷酸放入同一个培养皿中,例如带有荧光基团的ddATP+普通的脱氧核苷酸A.T.C.G放入同一个培养皿,以此类推,存在4种不同类型碱基的识别机制,同时,该ddXTP一旦结合在互补链上则会迫使复制停止. 高通量测序是二代测序,先建库后测序: 建库方法: 单末端测序:将DNA双链打碎并接上接头序列,通过改变条件使双链变单链,将待测的单链固定在flowcell上,再加入游离的脱氧核苷酸,采用边合成边测序方法比配并…