-.gapcloser.fa | > t1.fa bwa index -a bwtsw -p t1 t1.fa >t1.bwa_index.log >& #$ ll #total 292K #-rw-r--r-- XXX Jul : t1.amb #-rw-r--r-- XXX Jul : t1.ann #-rw-r--r-- XXX 98K Jul : t1.bwt #-rw-r--r-- XXX 99K Jul : t1.fa #-rw-r--r-- XXX 25K Jul…

samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外, 其他行的长度必须相同, >one ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC ATGCAT >two another chro…

一 建立索引 比对之前,需要对fasta文件构建FM-index索引:bwa index -a bwtsw hg19.fasta 生成 hg19.fasta.amb.hg19.fasta.ann.hg19.fasta.bwt.hg19.fasta.pac.hg19.fasta.sa四个文件. 起可参数 -a 有两种构建index算法: bwtsw 大的基因组数据,必须大于10MB,比如人的全基因组. is 默认的算法,速度较快,需要较大的内存,不能构建大于2GB的数据库 -P  str  输出数…

一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法. (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25).下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/downloa…

一.bwa比对软件的使用 1.对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa   #  -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string by Smith-Waterman alignment.).-a bwtsw对于短的参考序列是不工作的,必须要大于等于10Mb:-a is 不适用于大的参考序列,必须要小于等于2G: output:hg19.fa.am…

bwa的使用需要两中输入文件:    Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna)    Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File    bwa index -a bwtsw reference.fabwa index 指令更多的用法及 options,通过以下的…

bwa的使用需要两中输入文件:    Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna)    Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq) step 1: 建立 Index根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File    bwa index -a bwtsw reference.fa bwa index 指令更多的用法及 options,通过以…

http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml http://www.plob.org/?p=25 bwa的使用需要两中输入文件: Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna) Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq) step 1: 建立 Index根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File bwa…

bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安装BWA$ tar -jxvf bwa-*.tar.bz2c.编译BWA$ make2.Samtools的安装a.下载Samtools (download from Samtools Source Forge ) ht…

BWA算法简介: BWA-bactrack BWA-SW BWA-MEM BWA安装: # installing BWA .tar.bz2 -C /opt/biosoft/ cd /opt/biosoft/bwa-/ make echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/bwa-0.7.10' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc BWA使用步骤: 使用BWA构建参考基因组的index数据库 BWA-MEM比对(BWA-SW 和 BWA-backtrack…

bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools 1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安装BWA$ tar -jxvf bwa-*.tar.bz2c.编译BWA$ make 2.Samtools的安装a.下载Samtools (download from Samtools Source Forge )…

http://blog.sciencenet.cn/blog-1469385-819498.html 文章目录 一.准备工作 二.流程概览 三.流程 首先说说GATK可以做什么.它主要用于从sequencing 数据中进行variant calling,包括SNP.INDEL.比如现在风行的exome sequencing找variant,一般通过BWA+GATK的pipeline进行数据分析. 要run GATK,首先得了解它的网站(http://www.broadinstitute.org/…

版权声明:本文源自 解螺旋的矿工, 由 XP 整理发表,共 13781 字. 转载请注明:从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第4节 构建WGS主流程 | Public Library of Bioinformatics 转载地址:https://www.plob.org/article/11698.html WGS数据分析的目的是准确检测出每个样本(这里特指人)基因组中的变异集合,也就是人与人之间存在差异的那些DNA序列.我把整个分析过程按照它们实际要完成的功能,将其分成了三个大的…

1. 对原始下机fastq文件进行过滤和比对(mapping) 对于Illumina下机数据推荐使用bwa进行mapping. Bwa比对步骤大致如下: (1)对参考基因组构建索引: 例子:bwa index -a bwtsw hg19.fa.最后生成文件:hg19.fa.amb.hg19.fa.ann.hg19.fa.bwt.hg19.fa.pac和hg19.fa.sa. 构建索引时需要注意的问题:bwa构建索引有两种算法,两种算法都是基于BWT的,这两种算法通过参数-a is 和-a bwt…

1.bowtie 短序列比对工具,blast也是短序列比对工具,速度快,结果易理解. 输入可以是fastq或者fasta文件. 生成比对结果文件sam格式的吧. 2.bwa 转自:https://www.jianshu.com/p/1552cc6ac3be 将DNA序列比对到参考基因组上的软件,包含三种算法: BWA-backtrack:适合比对长度不超过100bp的序列: BWA-SW:合于长度为70-1M bp的序列: BWA-MEM:合于长度为70-1M bp的序列,高质量的测序数据,其比…

chip-seq 流程图 书籍资料 工具 UCSU 安装 使用 原理 手册 Swiss在线分析工具 短序列比对工具 BWA 流程 格式处理 序列比对 peak-calling motif 可视化 输出文档 上下游分析 chip-seq 流程图 [怪毛匠子] [独家整理-怪毛匠子] 书籍资料 生物信息学 许忠能 生物信息学——计算的视角 李岭 译 工具 UCSU http://genome.ucsc.edu 安装 获得源文件 http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/…

HISAT,sTRINGTIE,ballgown三款RNA-seq信息分析软件 2015年04月02日 11:35:47 夜丘 阅读数:8940 标签: 生物 更多 个人分类: 论文笔记   Bowtie 里的FM-index 简介 原文链接:http://m.blog.csdn.net/blog/stormlovetao/7048481 最近看新发表的几篇RNA-seq比对,组装的软件,发现HISAT里面也用到了FM-index这个算法,所以就找了一下,原博文链接如上所示,说的很是透彻 另外S…

软件地址: http://www.htslib.org/ 功能三大版块 : Samtools Reading/writing/editing/indexing/viewing SAM/BAM/CRAM format BCFtools Reading/writing BCF2/VCF/gVCF files and calling/filtering/summarising SNP and short indel sequence variants HTSlib A C library for re…

######################################## ############### Mapping ################ ######################################## ################ #(1) build index ################ bwa index -a bwtsw -p <reference> <reference.fa> ################ #(2…

题目链接:http://poj.org/problem?id=3415 题意:给定2个串[A串和B串],求两个串公共子串长度大于等于k的个数. 思路:首先是两个字符串的问题.所以想用一个'#'把两个字符串拼接起来.求后缀数组. 然后按照k把height数组分组.大于等于k的为一组,然后就是统计每组的贡献.对于每一组的贡献即是组内所有A串的后缀和B串的后缀的lcp值,即为val.那么val对于答案的贡献为(val-k+1).如果我们暴力每组的AB串后缀的组合.时间复杂度是O(n^2).不能满足要求…

1. For the Impatient # Download bwakit (or from <http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwakit/> manually) wget -O- http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwakit/bwakit-0.7.15_x64-linux.tar.bz2/download \ | gzip -dc | tar xf - # Genera…

简单的实现谷歌的代理: 架构就是下面这么简单. ================= my server outside GFW  |    <----------------------> your browser  visit my server at port 8080 ================= 代码如下: #coding=utf-8 from twisted.web import resource, server from twisted.internet import rea…

http://blog.csdn.net/skenoy/article/details/38346489 经过几天的摸索和网上资料的查询对GATK软件有点小心得,现总结如下: 1. fasta文件最好用定位到染色体上的数据,可以不用注释VCF文件(GVF),但如果用VCF文件保证以下几个条件: 1)VCF染色体必须和fasta的染色体数目一致,顺序一致 2)VCF的位点必须从小到大排序 3)VCF的碱基有可能有其他符号,如“~”等,要去除干净 2. 做之前分别使用bwa index,picard…

效果图 数据库代码 create database CardManage use CardManage create table CardManage ( ID ,) primary key, userDep )not null, userName )not null, userTel )not null, carNum )not null, fixedCarport )null, ) ','洒B13580','博士二二二二') ','洒B13580','博士二二二二') ','洒B13580'…

一.准备工作     meerkat 0.189版本和以前的版本相比,支持bwa mem 输出的bam文件,还支持全外显子数据count SV. meerkat原理:参见http://compbio.med.harvard.edu/Meerkat/     1.1 需要准备的软件         1. unix/Linux系统(自带) 2. CMake(自带) 3. PERL 5.8.1及以上(自带) 4. BioPERL 1.5.0及以上(自行安装) 5. R 2.3.1及以上(自带) 6.…

by Umer Zeeshan Ijaz The purpose of this tutorial is to introduce students to the frequently used tools for NGS analysis as well as giving experience in writing one-liners. Copy the required files to your current directory, change directory (cd) to t…

MFC操作Excel 下面的操作基于Excel2003 一．初始化操作 1.导入类库 点击查看->建立类向导-> Add Class...\From a type Library...-> C:\Program Files\Microsoft Office\Office\EXCEL.EXE,接下来就可以看到导入的类excel.h, excel.cpp. 2.初始化COM 找到App的InitInstance()函数,在其中添加 AfxOleInit()函数的调用,如: if (!AfxO…

题目:http://codeforces.com/contest/504/problem/E 树链剖分,把重链都接起来,且把每条重链的另一种方向的也都接上,在这个 2*n 的序列上跑后缀数组. 对于询问,把两条链拆成一些重链的片段,然后两个指针枚举每个片段,用后缀数组找片段与片段的 LCP ,直到一次 LCP 的长度比两个片段的长度都小,说明两条链的 LCP 截止于此. 把重链放到序列上其实就是把 dfn 作为序列角标. 不太会实现,就借鉴(抄)了别人的代码.之后要多多回顾. #include<…

SUBLEX - Lexicographical Substring Search 链接 题意 求第k小的子串.相同的算一个. 分析 建立后缀自动机,在后缀自动机上从一个点经过trans,到另一个点,trans会对应一个子串.而且会对应所有的子串. 每个节点能经过trans到达的点,即它可以形成的子串.所有按照拓扑序更新每个节点能形成多少个子串,如果经过当前点形成的串小于k,那么说明第k小的串不经过高这个点,k-=siz,继续找,如果小于这个的siz,那么就经过这个点,输出.有点像二叉搜索树的查…

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6721167201018jik.html Change Logs: 13/01/12: 增加了一篇文献,外加一些无聊的修改.12/08/20: 修正了一个代码错误:增加了对-rf(Read filters)参数的说明.12/08/14: 补充了2.x版本有改动的一些地方.12/08/10: 更正一个错误.12/11/06:因为后面一直都没什么时间,同时也觉得没有什么好讲的了就一直搁置了,在这边再补充说明一下,其实GATK毕竟只…