JAligner是一个集成多个罚分矩阵的蛋白质序列比对工具包,提供充足的API供开发人员调用. 但是,不可否认的是,它的结构写得不够规范.以前我是将它放在普通的Java项目里使用,没有问题.但是,今天,放在Maven目录里却出现问题,起初还以为是我的多线程或者是Hadoop部分出错,debug后却发现JAligner中的罚分矩阵与java类文件混在一起,并且它的程序通过相对路径的方式调用文本格式存储的罚分矩阵. 如下图这样: 显然,在Maven的结构里就会出现问题,Maven只会编译.java结…