在转录组测序(RNA-Seq)中,基因的表达量是我们关注的重点.基因表达量的衡量指标有:RPKM.FPKM.TPM. RPKM:Reads Per Kilobase Million:说实话,这个英文说明真的很费解,其实可以理解为“Reads Per Kilobase Per Million Reads”​,即“每一百万条Reads中,对基因的每1000个Base而言,比对到该1000个base的Reads数”,计算公式. FPKM:Fragments per Kilobase Million,F

TPM.read counts.RPKM/FPKM你选对了吗? 已有 3940 次阅读 2017-12-15 15:04 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦|关键词:RNA-seq| RNA-seq 本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权.查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小哈  来源:嘉因 在RNA测序分析,哪家公司适合我一文中,聊过类似的问题. 这次小哈搬来了statQuest的3个最新视频,https://statquest.org/vid

我虚拟机根分区已经使用了35%,现在需要对他进行在线扩容,扩容之后使用率降到30% [root@localhost ~]# dfFilesystem 1K-blocks Used Available Use% Mounted on/dev/mapper/VolGroup00-LogVol006983168 2253172 4369548 35% //dev/sda1 101086 12056 83811 13% /boottmpfs 257668 0 257668 0% /dev/shm[roo

转自:http://www.360doc.com/content/18/0112/02/50153987_721216719.shtml 1.问题提出 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的read counts数目进行标准化(normalization)是一个极其重要的步骤,因为落在一个基因区域内的read counts数目取决于基因长度和测序深度. 很容易理解,一个基因越长,测序深度越高,落在其内部的read counts数目就会相对越多. 当我们进行基因差异表达的分析时,往往是在多个样

对FPKM/RPKM以及TPM的理解 2018年07月03日 16:05:53 sixu_9days 阅读数:559 标签: FPKM/RPKMTPMRNA-Seq 更多 个人分类: RNA-Seq   虽然一直在接触FPKM/RPKM以及TPM,但是仅仅是知道它们是转录本定量的值,并未究其根本.最近看了几篇文献,对其深层次的含义有了进一步的理解,因而在这里记录下来. 首先来看FPKM/RPKM的起源: 在RNA-Seq中,最简单的定量基因表达量(gene expression)的方法就是将RN

2015年9月,一个叫Livecoding.tv的网站在互联网上引起了编程界的注意.缘于Pingwest品玩的一位编辑在上网时无意中发现了这个网站,并写了一篇文章<一个比直播睡觉更奇怪的网站:直播程序员写代码> 来介绍它. Livecoding.tv是在2015年2月在美国正式上线的.公司的总部位于旧金山,创办人也是一位程序员. 网上直播已经不是新鲜事了,但正儿八经地直播程序员写代码确实少见.难怪品玩的编辑在他的文章中这样写道:"这么逗的一个东西,你跟我说它是一个教育平台?呃,然而好

关于Scrapy如何安装部署的文章已经相当多了,但是网上实战的例子还不是很多,近来正好在学习该爬虫框架,就简单写了个Spider Demo来实践.作为硬件数码控,我选择了经常光顾的中关村在线的手机页面进行爬取,大体思路如下图所示. # coding:utf-8 import scrapy import re import os import sqlite3 from myspider.items import SpiderItem class ZolSpider(scrapy.Spider):

基于本地存储的kvm虚拟机在线迁移 kvm虚拟机迁移分为4种(1)热迁移基于共享存储(2)热迁移基于本地存储(3)冷迁移基于共享存储(4)冷迁移基于本地存储 这里介绍的是基于本地存储的热迁移 动态块迁移版本要求qemu版本要求  大于或等于0.12.1(centos6.7或以上都没问题)rpm -qa|grep qemuqemu-kvm-0.12.1.2-2.491.el6_8.1.x86_64qemu-kvm-tools-0.12.1.2-2.491.el6_8.1.x86_64 目标宿主机:

年前在线公开课程通知: 近期在开启VIP课程,隔天讲一次,年前其它时间插空讲公开课,主题:设计模式系列 1:培训 - 大概不会讲的内容: 1:不讲系列. 2:不讲入门. 3:不讲我不懂的! 2:培训 - 大概会讲的内容: 1:.NET 技术栈方向. 2:框架的源码解析. 3:编码及框架的思维. 4:性能的优化. 5:编码的习惯. 6:并发的处理方式. 7:.NET技术套路. 8:心理学基础教程. 9:虾为什么能扯到蛋的原因. 3:培训 - 讲课的节奏: 1:每次课为1到1个半小时间. 2:讲课的

在ASP.NET Core中使用百度在线编辑器UEditor 0x00 起因 最近需要一个在线编辑器,之前听人说过百度的UEditor不错,去官网下了一个.不过服务端只有ASP.NET版的,如果是为了能尽快使用,只要把ASP.NET版的服务端作为应用部署在IIS上就可以立即使用了.不过我的需求并不急,所以把ASP.NET移植到了ASP.NET Core上.整个过程很简单,只是重新引用了一些包,修改了几处代码,另外就是把Controller中比较长的一个switch语句块重构为了字典,根据url中

平台之大势何人能挡? 带着你的Net飞奔吧!:http://www.cnblogs.com/dunitian/p/4822808.html#skill 下载地址:http://mozilla.github.io/pdf.js/getting_started/#download 解压打开,这两个文件夹是精华 你可以自己看看目录 我们的目标是:web/viewer.html 先打开看看: 噢,shit 了(PDF.js默认情况下不可以打开本地PDF文件(发布后可以打开服务器文件),也不可以跨域浏览P

前言 近日项目中做到一个功能,需要上传附件后能够在线预览.之前也没做过这类似的,于是乎就查找了相关资料,.net实现Office文件预览大概有这几种方式: ① 使用Microsoft的Office组件将文件直接转换为html文件(优点:代码实现最简单,工作强度最小.缺点:效果极差) ②使用Microsoft的Office组件将文件转换为PDF格式文件,然后再使用pdf2swf转换为swf文件,也就是flash文件在使用FlexPaper展示出来(优点:预览效果能接受,缺点:代码量大) ③使用Of

Atitit rss没落以及替代品在线阅读器 1.1. 对RSS的疯狂追逐,在2005年达到了一个高峰.1 1.2. Rss的问题,支持支rss,不支持url1 1.3. ,博客受到社交网络的冲击.sns 微博等2 1.4. Sns的问题,对于新闻等问题不大,果壳科普等网站也问题不大,但是对于普通的技术博客来说,很成问题3 1.5. Rss服务应对爬虫解决之道 解决办法:提供RSS,但是内容欠奉. 摘要输出3 1.6. Rss的出路:::下一个增强的rss,支持url数据源3 1.7. 参考资料

别看是在线笔试,但是非常严格,全称窗口不得最小化和关闭,转移,全称需要打开摄像头监控,使用草稿纸需要摄像头对准……反正2个小时,题量在那儿摆着,有作弊的功夫不如好好做做最后的编程题呢……网易不让泄漏原题,但是我只是说了考察的知识点,不犯法吧…… 3月初投了网易内推,当初以为有内推码的就免笔试了,最后空欢喜,有内推码也要在线笔试……先在线填写了简历,等了漫长的半个多月,开始就认为简历挂掉了,毕竟网易,周边的小伙伴,有挂掉的……我都等到上周了才来通知,说今天在线笔试…… 总体感觉考察不算很难,但是很

前两天帮同学实现在线预览word文档中的内容,而且需要提供可以下载的链接!在网上找了好久,都没有什么可行的方法,只得用最笨的方法来实现了.希望得到各位大神的指教.下面我就具体谈谈自己的实现过程,总结一下学习中的收获. 我相信很多程序员都遇到过,有些word文档希望直接在浏览器中打开进行预览,但是浏览器往往不是很配合,直接就提示下载,不像pdf文档,浏览器可以直接进行预览.Word文档甚至始终都会通过本地的Office软件打开.那么,问题来了,如何可以在线浏览word文档呢? 其实,我在最初的时候

这是继上次svn 客户端与服务器安装后的如何在Eclipse 环境下在线安装 SVN插件,我的Eclipse版本是4.50 SVN的在线安装 下面为大家提供SVN 的在线安装教程.下面是安装的 详细过程: 1.打开Eclipse的help的Install New Software 其中http://subclipse.tigris.org/update_1.10.x是最新版本的SVN插件的下载站点[subclipse是Eclipse的SVN插件]. 全部选中 这个过程可能会有点久,根据个人电脑情

关于学习北京理工大学金旭亮老师在线课程的笔记. 介绍: 在线课程网址:http://mooc.study.163.com/university/BIT#/c 老师个人网站:http://jinxuliang.com/MainWebSite 10.10号开课的,主要有三个课程,其中我最想学习的就是老师最新的那个关于讲解ASP.NET Core的课程.现在推出来一章,昨天我学习了,很是受益(虽然我环境还没安装好,电脑配置是个伤呀).对于想了解Core相关技术的同学来说很有帮助.(最起码有个参考的地方

一.前言       前不久因公司产品需要完成了在线升级功能,因为编程技术不精,不敢冒然采用Socket方法实现在线升级,所以使用比较方便稳妥的WCF方式 如果考虑并发能力的话还是Socket>WCF>Remoting,所以如果你是Socket专家的话这篇你就不用看了. 二.流程       本篇主要讲述一个完整的升级思路,如果你正需要实现升级请结合你公司的情况与自身情况作出调整 1. 从本地读取公司的注册表信息: 一般公司软件产品都会在客户机的Local_Machine下将产品信息写入,包括

1.说明 接上一篇文章uploadify实现多附件上传完成后,又突然用到头像上传并在线裁剪.在网上找个众多例子都没有符合要求的,有一篇文章写的不错,就是文旺老兄写的这篇Asp.Net平台下的图片在线裁剪功能的实现,大家可以看一下,写的真不错.我就是在参考了他的代码下,结合uploadify使用一般处理程序实现了这个功能,写下了这篇在asp.net实现图片在线上传并在线裁剪,有点绕口哈,废话不多说,现奉上代码,供同学们交流参考,有什么不对的地方,望请大家多多提提建议,多谢!多谢! 2.组成 首先说

<扫雷>是一款大众类的益智小游戏,于1992年发行.游戏目标是在最短的时间内根据点击格子出现的数字找出所有非雷格子,同时避免踩雷. 在线试玩 http://hovertree.com/texiao/game/7/ 鼠标左键标记非雷格子,右键标记地雷.如果左键点到地雷游戏失败. 这是何问起扫雷成功的一个例子: HTML文档代码如下: <!DOCTYPE html> <html> <head> <meta charset=utf-8 /><me

简单介绍 关于SignalR的简单实用 请参考 Asp.NET MVC 使用 SignalR 实现推送功能一(Hubs 在线聊天室) 在上一篇中,我们只是介绍了简单的消息推送,今天我们来修改一下,实现保存消息,历史消息和用户在线 由于,我这是在一个项目([无私分享:从入门到精通ASP.NET MVC]从0开始,一起搭框架.做项目 目录索引)的基础上做的,所以使用到的一些借口和数据表,不详细解析,只是介绍一下思路和实现方式,供大家参考 用户登录注册信息 当用户登录之后,我们注册一下用户的信息,我们