要做就做深做精! Everything needs good justification. The interpretation should be biologically and statistically sound. shit 做生信,等级确实是真实存在的,初级的就是没有什么想法,别人做什么我模仿着做一下,就是科技服务大部分的客户:中级的就是一个新东西出来了,我正好去抢某个点,典型的就是某些数据库,eRNA出来了,我就去数据挖掘搞个数据库:高级的就是会讲故事的,想法很好,能不断创新,对科

假设想要计算ATP1A4基因上的外显子碱基覆盖度 首先查询这个基因所有exon的起始和终止位置,查询链接:http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Exons?db=core;g=ENSG00000132681;r=1:160121360-160156767;t=ENST00000368081 如下图所示,可以看到该基因有6个转录本,假定选择第二个转录本ENST00000470705.1,点击进去,显示该转录本有5个外显子 具体外显子的详

请看下图: 这是科学家Bernie Tao教授给美国Purdue大学的学生们出的题目"有关大豆.谷物产品的创新竞赛",实质上,就是鼓舞研究.开发及应用生物柴油(Biodiesel)的课题.这幅图画使我回忆起一些往事,以及"在希望的田野上"这首歌曲. 进入本世纪,Bernie Tao(印度籍)教授领先提出使用转基因大豆制作生物柴油.办法是把椰子树(coconut)基因移植到大豆的遗传基因上,使得转基因大豆油及其脂肪酸类似从石油中提炼出的柴油. 生物柴油与化石柴油的最大

视频  https://www.bilibili.com/video/av7973580?from=search&seid=16993146754254492690 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al 转录的调控 原核生物的转录调控 一.转录调控原理 1.基因表达由调控蛋白控制 激活因子 activator 抑制因子 repressor 它们通常都是DNA结合蛋白 2.大多数的激活因子和抑制因子在转录起

这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖. 软件排名不分先后,优先顺序可以看推荐指数. 彩蛋在最后,请坚持看完 1.GWAS4D, 推荐指数:**** 网址:http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持输入格式 1) Variants Coordinates: Chr, Pos, [P-value] 支持输入格式 2) VCF-like Map: Chr, Pos, SNPID, Ref, Alt, [P-value] 支持输入格式 3) Single SN

上篇我们用遗传算法求解了方程,其中用到的编码方式是二进制的编码,实现起来相对简单很多, 就连交配和变异等操作也是比较简单,但是对于TSP问题,就稍微复杂一点,需要有一定的策略, 才能较好的实现. 这次的TSP问题的题目是: 随机产生10~30个城市,每个城市之间的距离也是随机产生,距离的范围是[1,50],求最优的路径 ========================================================== 下面就是具体的求解,由于我的策略是基于知网上的<一种改进的遗

目前移动互联网基本采用了NativeApp.WebApp.HybridApp三种开发模式,很难说这三种模式那种更优越,目前的情况可以说是三分天下吧,不同的开发者可以根据自己的实际情况选择不同的开发模式.谈论那种模式最好实际上事非常无聊的事情. 1.1.     APP三种开发模式 智能手机之普及不用多说,手机APP渗投到各个行业:电商(淘宝.京东等).金融(各手机行业.P2P借贷等).医疗(智慧医疗).交通(滴滴.Uber等).教育(慕课网等).餐饮(饿了吗.美团等)……反正只要是个企业,无论规

近十年来,WAF 已经逐渐发展成熟,被软件行业接受并成为无数企业保护应用的不二选择.很多大型企业甚至相继亲自设计或通过并购涉足其中,在这个硕大的市场里逐鹿竞争,同时也推动了应用层防火墙的技术演进. 与传统防火墙工作在传输层或网络层不同,WAF 工作在应用层,基于对 Web 应用业务和逻辑的理解,WAF 对各类请求进行内容检测和验证,可以做到实时阻断非法的请求,从而对各类网站应用进行有效保护. 然而道高一尺,魔高一丈.现代黑客的技术水平也在日新月异,零日攻击早已不是新鲜事,WAF 做为把守应用安全

Paper Name:Targeted Next Generation Sequencing Identifies Markers of Response to PD-1 Blockade Adress:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3435480/ 高TMB的肿瘤样本可能含有更多的新抗原,从而成为活化免疫细胞的靶标. Prepare: 一.HIPAA:Health Insurance Portability and Accountabi

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr

关注嘉为科技,获取运维新知 企业应用系统:从单体应用走向微服务架构:从裸金属走向容器. 如果在诸多热门云计算技术诸如容器.微服务.DevOps.OpenStack等之中,找出一个最火的方向,那么可能非微服务莫属.尽管话题炙手可热,但对传统行业来说,微服务落地和方法论目前处于起步阶段. 单体架构 对于传统企业来说,数字化转型的需求日益迫切,其IT架构面临着互联网融合业务中海量用户和快速迭代的巨大挑战.当前,我们所开发的应用,不管是运行在局域网中还是部署在云端的,都采用了单体架构.分布式架构或微服务

使用limma.Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析易如反掌 Charity Law1, Monther Alhamdoosh2, Shian Su3, Xueyi Dong3, Luyi Tian1, Gordon K. Smyth4 and Matthew E. Ritchie5 1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbo

转录组分析综述 转录组 文献解读 Trinity cufflinks 转录组研究综述文章解读 今天介绍下小编最近阅读的关于RNA-seq分析的文章,文章发在Genome Biology 上的A survey of best practices for RNA-seq data analysis .由于文章较长和枯燥,小编认为重要的信息,已经加粗加红,可以直接看重要信息.不要问我为啥这么好,请叫我雷锋. 摘要 现在RNA-seq数据使用广泛,但是没有一套流程可以解决所有的问题.我们重点关注RNA-

原文:https://blog.csdn.net/enweitech/article/details/78519398 OpenResty 官网:http://openresty.org/  OpenResty® - 中文官方站 http://openresty.org/cn/ OpenResty 是一个nginx和它的各种三方模块的一个打包而成的软件平台.最重要的一点是它将lua/luajit打包了进来,使得我们可以使用lua脚本来进行web的开发.有了lua,我们可以借助于nginx的异步非

转自:http://blog.csdn.net/revolver/article/details/50177219 今年上半年(2015年2月),Google在Nature上发表了一篇论文:Human-level control through deep reinforcement learning.文章描述了如何让电脑自己学会打Atari 2600电子游戏.Atari 2600是80年代风靡美国的游戏机,总共包括49个独立的游戏,其中不乏我们熟悉的Breakout(打砖块),Galaxy In

RNA-seq 测序可以用于融合基因的发现,在过去的十几年里,RNA-seq 测序数据不断增加,发现的融合基因的数据也不断增加: FusionCancer 是一个人类癌症相关的融合基因的数据库,利用NCBI SRA数据库中的RNA-seq 数据,采用tophat-fusion, soap-fusion, fusionmap, chimerascan 4款预测融合基因的软件进行预测: 网址如下: http://donglab.ecnu.edu.cn/databases/FusionCancer/

1)  产生背景---------------------------------------------------2002年的时候,随着人类基因组项目不断推进,需要将大量ESTs(300万) 及mouse基因组的reads (130万)比对到人类基因组来进行注释,而这项任务需要在2周内完成 (90 CPU  Linux 集群),因为blast工具速度相对偏慢,结果也不易处理,无法提供intron 的信息等,因此一款新的比对软件的开发迫在眉睫.为了完成这项任务,W.James Kent(UCS

Strand Specific mRNA sequencing 之重要性与分析 发表评论 2,761 A+ 所属分类:Bioinformatics   收  藏 研究生物基因转录体的方法有许多种,而使用次代定序仪系统进行转录体定序是目前相当热门的一种方式,科学家们使用 RNA-seq 分析转录体表现主要期望能够获得三种重要信息: 1. 了解整个转录体构造.splicing 位置以及批注基因的功能. 2. 将所有转录体的表现量多寡定量. 3. 找出 alternative splicing 的可能

对FPKM/RPKM以及TPM的理解 2018年07月03日 16:05:53 sixu_9days 阅读数:559 标签: FPKM/RPKMTPMRNA-Seq 更多 个人分类: RNA-Seq   虽然一直在接触FPKM/RPKM以及TPM,但是仅仅是知道它们是转录本定量的值,并未究其根本.最近看了几篇文献,对其深层次的含义有了进一步的理解,因而在这里记录下来. 首先来看FPKM/RPKM的起源: 在RNA-Seq中,最简单的定量基因表达量(gene expression)的方法就是将RN

怎么解决Xing欲 来源:微信号 王路在隐身 这是知乎上的一道问题.原题叫<和尚怎么解决性欲>. 本来由出家人回答更合适,但估计出家人一般不太愿意回答. 我看了几十个答案,几乎都是在调侃出家人,讲些笑话.我就依自己的了解,浅尝辄止地回答了.虽然浅尝辄止,也超过了七千字.又简单修改了措辞,把没说清楚的地方略做说明,就超过了一万字.虽然超过一万字,还是比较粗.细说的话,恐怕就要写成一本书了,就此打住. 1.性欲不仅是出家人需要面对的问题,也是几乎所有的世间人需要面对的问题. 2.在性欲的问题上,需