做了好久的RNA-seq分析,基因表达也在口头溜了几年了,但似乎老是浮在表面. 对一件事的了解程度决定了你的思维深度,只想做技工就不用想太多,想做大师就一定要刨根问底. 老是说基因表达,那么什么是基因表达?我们测序得到的基因表达其实只是一种表型,是样本的一个快照,和普通的身高体重之类的连续型表型类似. 常规的转录组分析本质上都是表型分析,clustering.pseudotime.DEG.marker,在这些分析中,每个基因都是独立的维度,属于静态的分析,此时我们关注的是某个基因的功能分析,比如

scRNA-seq做完该做的QC.normalization.imputation.clustering.trajectory和integration,就会开始做转录调控的分析了. 核心就是围绕着TF转录因子做文章 预测TF的靶基因 鉴定regulon 大部分都是高通量的预测,准确性有待论证,需要很好的实验验证设计. 预测的工具不要太多: MARINa — Andrea Califano - paper SCENIC 什么是regulon? 这是一个高通量测序后发明的词,其实就是被同一个调控元件

做生物的想发文章怎么办?转录调控来解析(huyou)! 最简单的情形: 1. 我在研究一个非常重要的基因A,功能已经做得差不多了,现在想深挖,第一步就是想知道哪个转录因子调控这个基因A: 2. 我发现了一个新颖的转录因子B,非常想知道这个TF到底在调控哪个基因. 研究方法不过几种: 1. RNA-seq分析差异基因,间接推测调控的转录因子. 2. 基于大量的ChIP-seq公共数据挖掘,用TF的抗体抓TF,同时抓下来TF结合的DNA,提取DNA,测序,就知道TF结合了哪些DNA,推测DNA附近的

今天要讲的一篇是发表于 Hum Genet 的 "Shared genetic architecture between metabolic traits and Alzheimer's disease: a large-scale genome-wide cross-trait analysis" .很中规中矩的一篇文章,没有什么大的亮点的.写它的主要原因整篇文献思路很流畅,次要原因是我懒,不愿意看费脑子的文章. 以下,进入主题: 背景 阿尔茨海默病(AD)是一种进行性和破坏性的神经

生物医学大数据 Methyl-SeqDNA的甲基化图谱 DNase I-Seq全基因组染色质DNA的开放程度.非基因编码区的调控元件的分布 DNase I高敏感位点:基因处于转录活性状态时,其染色质结构处于相对松散的状态,DNaseⅠ易于接触到染色体DNA,这个区域的DNA对DNase I敏感性就比无转录活性的区域高 eg:小鼠和human比对有同源性,OR gene family DNase I图谱技术 传统方法:Southern blot 细胞核提取--核酸酶提取---富集--识别 Sout

视频  https://www.bilibili.com/video/av7973580?from=search&seid=16993146754254492690 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al 转录的调控 原核生物的转录调控 一.转录调控原理 1.基因表达由调控蛋白控制 激活因子 activator 抑制因子 repressor 它们通常都是DNA结合蛋白 2.大多数的激活因子和抑制因子在转录起

------------------------------- Long noncoding RNAs are rarely translated in two human cell lines. (蛋白,多肽) Bánfai B, Jia H, Khatun J, Wood E, Risk B, Gundling WE Jr, Kundaje A, Gunawardena HP, Yu Y, Xie L, Krajewski K, Strahl BD, Chen X, Bickel P, Gi

生命组学: 细菌和其他物种比,容易发生基因漂移,duplication和重排. 泛基因组学研究的一般思路是通过comparison找到特殊基因区域orspecific gene,研究其调控机制(即通过一维发现特殊三维结构,再利用一维结构解释特殊结构的形成机制eg:基因保守与保守空间结构vs非保守空间结构,同时找两种不同结构的物理位置分布),并向应用上扩展. 重测序与泛基因组的差异在于,重测序是将新测得的genome与referencegenome比较,辨别其中的差异,而泛基因组是将同一个物种中不

景杰生物 | 报道 ​ 组蛋白赖氨酸的翻译后修饰是表观遗传学密码的重要组成部分,它们动态地调节染色质的结构和功能,影响基因表达活性,参与生物体的环境适应性调控.赖氨酸酰化修饰家族(Acylation)包含了乙酰化.丙酰化.琥珀酰化.2-羟基异丁酰化等在内的10余种修饰种类.该家族的不同成员在多种重要生物学过程中的参与作用也成为了近些年的生物学领域研究热点之一. 赖氨酸2-羟基异丁酰化修饰(Lysine 2-hydroxyisobutyrylation; Khib)于2014年被首次鉴定[1].是

概念 利用蛋白质组学数据,结合基因组数据(DNA).转录组数据(RNA)来研究基因组注释问题,被称为蛋白质基因组学."蛋白质基因组学"一词由Jaffe 等于2004 年首次提出,作者采用串联质谱数据匹配DNA翻译得到氨基酸序列的方法,在仅有810 kb 大小的细菌基因组上直接鉴定开放阅读框(open reading frame,ORF),验证并补充.修订了约10%的ORF.后来这种质谱数据结合DNA 和RNA 数据的分析方法被应用到注释病毒基因组.原核生物基因组以及真核生物基因组. 本

前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析(GWAS)原理的书籍或者文章推荐. 其实我个人觉得,做这个分析,先从跑流程开始,再去看原理. 为什么这么说呢,因为对于初学者来说,跑流程就像一个大黑洞,学习原理就像一个小黑洞. 很多人花了好几个月的时间在看原理,一旦丢给他数据去分析,依旧束手无策. 不会跑流程,内心依旧会很恐慌.就像从来没有入门一样. 所以,我的建议是咱们先不去管原理,直接从分析入手. 等把数据跑出来了,整个流程的技能点满了,再去看看它的原理. 入门:学习GWAS的在线网站: 对于没有

目录 流程使用 问题 记录下braker2的使用要点,以备忘记. 流程使用 braker2有很多流程,根据你的数据:组装的基因组.转录组.蛋白(同源,包括近缘或远缘)选择不同流程,官网有说明: https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER 现在的动植物组装,大多数都含有以上三类数据吧,因此可选择如下流程,用公共数据库OrthoDB中的直系同源蛋白,根据自己的物种选择,有动物植物微生物等,如我选择植物就有300多万条序列. 作者指出,braker2并非证据越多越

NGS又称为下一代测序技术,高通量测序技术 以高输出量和高解析度为主要特色,能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列读取,在提供丰富的遗传学信息的同时,还可大大降低测序费用.缩短测序时间的测序技术. Sanger法测序(一代测序):是一种利用DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物的测序技术.每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP).由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的

1.摘要 群居性的进化是进化的主要过渡之一,但其背后的基因组变化是未知的.我们比较了10种蜜蜂的基因组,它们的社会复杂性各不相同,代表了社会进化中的多种独立过渡,并报告了三项主要发现. 第一,许多重要的基因显示出中性进化的证据,这是随着社会复杂性的增加而放松选择的结果. 第二,没有单一的通往群居社会的路线图;社会性中的独立进化过渡具有独立的遗传基础. 第三,尽管这些转变在细节上明显独立,但它们确实具有类似的一般特征,包括受约束蛋白质进化的增加,伴随基因调控潜力的增加,以及转座因子多样性和丰度的减

第三章 RNA测序   RNA测序(RNA Sequencing,简称RNA-Seq,也被称为全转录物组鸟枪法测序Whole Transcriptome Shotgun Sequencing,简称WTSS),是基于二代测序技术研究转录组学的方法,可以快速获取给定时刻的一个基因组中RNA的种类和数量. RNA-Seq有助于查看基因的不同转录本.转录后修饰.基因融合.突变/SNP和基因表达随时间的变化,或在不同组中基因表达的差异. RNA-Seq除了可以查看mRNA转录本,还可以查看总RNA.小RN

HapMap五周年回顾 2011-01-12 | 作者: [关闭] 作者简介:曾长青,中国科学院北京基因组所研究员,博士生导师.CUSBEA奖学金.百人计划.杰出青年基金.首批新世纪百千万人才工程国家级人选获得者.作为“十五”重大攻关项目课题组长.国际HapMap计划Steering Committee Member和 “中华单体型图协作组”召集人,负责HapMap“中国卷”的实施.主要从事疾病相关基因定位.群体遗传学和基因组多态研究,部分成果在Nature,Nature Genetics, P

RNA Sequencing 选择其他单元: RNA Sequencing 国内领先的转录组定序基地 Transcriptome Sequencing可全面性并快速地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录体(transcriptome)及基因序列,可以用于研究物种基因结构和基因功能.选择性剪接和新的转录序列(transcript)预测等.针对转录体定序研究,与全基因体定序研究一样,可分为两种类型:一种未知参考序列  (No Referenece Genome)的物种转录体定序:另

Dana Pe'er Lab of Computational Systems Biology Dana Pe'er是哥伦比亚大学生物科学系的副教授,被认为是计算系统生物学的主要研究人员之一.Dana Pe'er的研究重点是理解分子网络的组织,功能和进化,特别关注的是遗传变异如何改变调控网络,以及这些遗传变异如何导致癌症. 教育背景: bachelor's degree --- 耶路撒冷希伯来大学(Hebrew University of Jerusalem) --- mathematics -

研究可以做得很浅,查查genecard数据库,从数据库里找找motif,用工具跑跑target gene,构建一下基因调控网络GRN. 研究也可以做得很深,了解一个物种里面有哪些transcription factor families,这些转录因子各自是如何发挥作用的,这些家族是如何归类的,各自有什么特性. TRANSCRIPTION FACTORS: Structural Families and Principles of DNA Recognition[非常古老的综述1992年,也非常有

解读生命密码的基本手段 ——DNA测序技术的前世今生 任鲁风  于军 (中国科学院基因组科学及信息重点实验室,北京基因组研究所) DNA(脱氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)是生命体的两种最基本组成物质,其序列的组成和变化造就了形形色色的生命世界.这两种承担了生命体遗传信息载体功能的物质,一方面在生命的不断繁衍中保持了各个物种的独特面目,另一方面又通过不断的演变改变着自身性状,同时又影响着与之相关的物种,这一规律在生命科学领域被归纳为“中心法则”.笼统而言,几乎全部的生命现象均来源于A.T.C.G