子群的marker基因展示

2024-08-30

单细胞分析实录(9): 展示marker基因的4种图形（二）

在上一篇中,我已经讲解了展示marker基因的前两种图形,分别是tsne/umap图.热图,感兴趣的读者可以回顾一下.这一节我们继续学习堆叠小提琴图和气泡图. 3. 堆叠小提琴图展示marker基因相比于其他可视化形式,小提琴图可以更直观地展示某一类亚群的某一个基因的表达分布情况.我的marker基因一共选了12个,下面来画图: Seurat内置的VlnPlot函数可以直接画, library(xlsx) markerdf2=read.xlsx("ref_marker2.xlsx",

单细胞分析实录(8): 展示marker基因的4种图形（一）

今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图:tsne/umap图.热图.堆叠小提琴图.气泡图,每个图我都会用两种方法绘制. 使用的数据来自文献:Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma. 去年7月发表在Cell Re

百度地图Marker优化方案

简介在使用百度地图的时候,我们需要在地图上增加标注Marker来展示设置信息.随着用户需要不断增多,加载更多的Marker标注信息成为了一种奢望.然而通过自己技术的提升,归结出来了一下方案. 引入百度地图需要在百度http://lbsyun.baidu.com/index.php?title=jspopular注册为开发者.此过程略过... <head> <script type="text/javascript" src="http://api.map

CSS ::marker 让文字序号更有意思

本文将介绍 CSS 中一个比较有意思的伪元素 ::marker,利用它,我们可以让我们的文字序号变得更加的有意思! 什么是 ::marker CSS 伪元素 ::marker 是从 CSS Pseudo-Elements Level 3 开始新增,CSS Pseudo-Elements Level 4 中完善的一个比较新的伪元素,从 Chrome 86+ 开始得到浏览器的支持. 利用它,我们可以给元素添加一个伪元素,用于生成一个项目符号或者数字. 正常而言,我们有如下结构: <ul> <

答读者问(1)：非模式物种找marker；如何根据marker定义细胞类型

下午花了两个小时回答读者的疑问,觉得可以记录下来,也许能帮到一部分人. 第一位读者做的是非模式物种的单细胞. 一开始以为是想问我非模式物种的marker基因在哪儿找,读者朋友也提到了blast 研究的主要细胞类型的marker是有的让读者朋友困惑的是一张表,cluster乘样本的表,每一个值表示表达这个marker基因的细胞数目.这个表其实没有多少信息,且容易给人误导.应该直接从小提琴图看. 解答完了这个问题,另一个问题还是回到"非模式物种如何找marker".找同源基因是一个思路,

使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析易如反掌

使用limma.Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析易如反掌 Charity Law1, Monther Alhamdoosh2, Shian Su3, Xueyi Dong3, Luyi Tian1, Gordon K. Smyth4 and Matthew E. Ritchie5 1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbo

QIIME1 聚OTU

qiime 本身不提供聚类的算法,它只是对其他聚otu软件的封装根据聚类软件的算法,分成了3个方向: de novo: pick_de_novo_otus.py closed-reference: pick_closed_reference_otus.py open-reference OTU: pick_open_reference_otus.py 不同算法的优缺点: de novo: pick_de_novo_otus.py 优

单细胞分析实录(4): doublet检测

最近Cell Systems杂志发表了一篇针对现有几种检测单细胞测序doublet的工具的评估文章,系统比较了常见的例如Scrublet.DoubletFinder等工具在检测准确性.计算效率等方面的优劣,以及比较了使用不同方法去除doublet后对下游DE分析.轨迹分析的影响. 现有的检测方法,基本都会先构造出虚拟doublet,然后将候选droplet与这些虚拟doublet比较,很相似的那些就定义为doublet.这里的虚拟doublet是通过随机组合两个(类)细胞的表达值得到的虚拟的do

基于高德地图的描点操作，监听地图缩放，展示合理数量的marker

原文:基于高德地图的描点操作,监听地图缩放,展示合理数量的marker 版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. https://blog.csdn.net/lx583274568/article/details/54089707 1.根据两点经纬度算两点之间的距离函数 function Rad(d){ return d * Math.PI / 180.0;//经纬度转换成三角函数中度分表形式. } //计算距离,参数分别为第一点的纬度,经度:第二点的纬度,经度 function G

【百奥云GS专栏】1-全基因组选择介绍

目录什么是基因组选择? 基因组选择技术的发展基因组选择的原理和流程基因组选择的模型基因组选择的展望参考资料什么是基因组选择? 基因组选择(Genomic Selection,简称GS)这一概念由挪威生命科学大学的Theo Meuwissen 教授于2001年提出.它是一种利用覆盖全基因组的高密度分子标记进行选择育种的新方法,可通过构建预测模型,根据基因组估计育种值(Genomic Estimated Breeding Value, GEBV)进行早期个体的预测和选择,从而缩短世代间隔

Angularjs+node+Mysql实现地图上特定点的定位以及附加信息展示

注:本博文为博主原创,转载请注明出处. 在上一篇博文中主要讲述了如何利用AngularJs+Node+MySql构建项目,并实现地图上的多点标注,今天在这篇文章中,我们将在上一个项目的基础上,实现特定点的定位以及附加信息的展示.这样我们的项目就更加完善了,从宏观上看到每个点,从微观上分析每个点的不同.这种方法往往在大数据可视化方面很有效果. Angularjs+node+Mysql实现地图上的多点标注原文地址:http://www.cnblogs.com/DonaHero/p/5815595.h

LBS数据分析：使用地图展示统计数据——麻点图与麻数图

作为一个LBS的APP,都获得了用户经纬度,也都使用了友盟统计.google ana等等统计分析系统,不过没有地图展示功能,不能进行直观的展示. 友盟统计.google ana等系统是总体数据统计,无法和业务结合起来,比如淘宝提供每个店.每个商品的用户统计. 当有上述需求时,就需要自己服务器保存一份经纬度,进行统计,这时候如何直观的展示? 查看各个地图开放平台的文档,发现有的提供了“麻点图/点聚合(Marker Cluster)”功能. 原理是:把每个点都画在地图上,缩放时累加聚合. 缺点:只能

Arcgis for Javascript API下类似于百度搜索A、B、C、D marker的实现方式

原文:Arcgis for Javascript API下类似于百度搜索A.B.C.D marker的实现方式多说无益,首先贴两张图让大家看看具体的效果: 图1.百度地图搜索结果图2.Arcgis for JavaScript实现的效果看到了效果,是不是各位有点小鸡动,是不是也宠宠欲动,有木有?但是具体是怎么实现的呢?下面我来详细的给各位说说我的实现思路吧. 第一,数据. 其实搜索的对象从类型上来说,应该是点.线.面都支持的,但是在实际的操作过程中,不论是百度还是我自己做的时候,都会将所有

【高德地图API】从头德国高中生JS API（三）覆盖物——大喊|折线|多边形|信息表|聚合marker|点蚀图|照片覆盖

覆盖物,是一张地图的灵魂.有覆盖物的地图.才是完整的地图.在一张地图上,除了底层的底图(瓦片图,矢量图),控件(有功能可操作的工具).最重要最必不可少的就是覆盖物了.覆盖物有多种.包含.标注.折线.多边形.信息窗体.聚合marker.麻点图和图片覆盖物. 本文会具体介绍每一种覆盖物的概念.加入方法,改动方法.移除方法等.最后会提供演示样例和源码下载. 演示样例demo:http://zhaoziang.com/amap/zero_3_1.html ------------------------

【高德地图API】从零开始学高德JS API（三）覆盖物——标注|折线|多边形|信息窗口|聚合marker|麻点图|图片覆盖物

原文:[高德地图API]从零开始学高德JS API(三)覆盖物——标注|折线|多边形|信息窗口|聚合marker|麻点图|图片覆盖物摘要:覆盖物,是一张地图的灵魂.有覆盖物的地图,才是完整的地图.在一张地图上,除了底层的底图(瓦片图,矢量图),控件(有功能可操作的工具),最重要最不可缺少的就是覆盖物了.覆盖物有多种,包括,标注.折线.多边形.信息窗口.聚合marker.麻点图和图片覆盖物.本文会详细介绍每一种覆盖物的概念,添加方法,修改方法,移除方法等.最后会提供示例和源代码下载. 示例dem

百度地图JavascriptApi Marker平滑移动及车头指向行径方向

相信只要是使用百度地图做实时定位服务的朋友都会遇到这个问题,在对坐标位置进行覆盖物展示的时候,会出现由于获取坐标数据时间或者两个坐标点相距过远,导致在视觉上看Marker移动就像"僵尸跳"一样,一蹦一蹦的给客户看分分钟鄙视你到不能自已.另外如果用的是有指向性图标ICON的时候,更会引来吐槽~诶诶诶,你这小车车怎么在这个立交桥转弯的时候车头向着后面呢?怎么搞得嘛你!会不会弄啊你! 所以今天参照百度大大提供的路书开源文件实现下自己的需求,记录一下以便提供参考. 一.覆盖物在获取坐标数据的同

android高德地图网络路径实现自定义marker并点击弹出自定义窗口

android中使用地图的地方随处可见,今天记录一下网络路径生成自定义marker,点击标记弹出自定义的窗口(在这里使用的是高德地图) 在这里我们使用Grilde去加载网络图片,因为这个简直太方便了! 在android studio下,在app/build.gradle文件当中添加如下依赖: compile 'com.github.bumptech.glide:glide:3.7.0' 接下来就是代码的实现部分代码注释的比较详细 /** * Created by Yyyyq on 2018/4

好久好久没写，，百度API逆地址解析以及删除指定marker

百度地图Api中除覆盖物有两个方法:map.removeOverlay()或者 map.clearOverlays(),其中 clearOverlays()方法一次移除所有的覆盖物removeOverlay()一次移除一个指定覆盖物 <html> <head> <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" /> <meta name=&

高德地图添加marker及反地理编码获取POI

项目中集成百度.高德.腾讯地图已是司空见惯的事情,今天我总结了一下项目中用到的高德地图常用的功能: 1.展示高德地图并定位显示定位图标: 2.添加实时大头针: 3.反地理编码获取周围兴趣点效果如下: 现在开始展示集成流程一.显示地图 1.申请key 至于如何申请高德地图开发者账号,请自行百度.在高德开放平台->控制台->创建新应用 ->添加新Key 需提前获取 SHA1: keytool -v -list -keystore keystore 文件绝对路径或者先定位到keystor

highly variable gene | 高变异基因的选择 | feature selection | 特征选择

在做单细胞的时候,有很多基因属于noise,就是变化没有规律,或者无显著变化的基因.在后续分析之前,我们需要把它们去掉. 以下是一种找出highly variable gene的方法: The feature selection procedure is based on the largest difference between the observed coefficient of variation (CV) and the predicted CV (estimated by a no

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