目前GWAS方向发了很多文献,但是并没有一个很完善的R包对这些文献的数据进行汇总. 接下来推荐的这个是最新发表的GWAS数据汇总R包​.看了一下功能齐全,但是数据不是收录的很齐全​. 下面具体讲一下.​ 在R上安装 install.packages("remotes") remotes::install_github("ramiromagno/gwasrapidd") 查询是否有发表关于自身免疫性疾病的文章 library(gwasrapidd) my_studie

R包的使用方法 包就是提供了种类繁多的函数,当然还有它的一些数据集,可以使用这些函数来操作这些数据集,来学习使用. library(),当前的工作环境里,可以使用的包 包的帮助文档:help(package="包名") help(package="car"),显示当前工作环境没有安装car包 安装 install.packages("car")  联网的话,会自动到网上找镜像,用户对找到的镜像进行选择,然后自动安装 安装完成后,help(pack

最近安装github上的R包,经常显示Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet, : 无法打开URL'https://api.github.com/repos/之类的错误.起初以为是网络的问题,换了网不行,登梯子不行,关闭重启也不行. 在网上查了下,说是R默认是通过IE浏览器来下载包的,所以需要设置IE的安全选项. but,我已经很多年没用过IE了(但很多政府官方网站的操作都是默认IE,而且是要

转自 http://bnuzhutao.cn/archives/901 一般 R 语言的书籍上,介绍安装 R 包的方法都是这样的: install.packages("packagename"); 一般而言这不会成功,因为它默认会安装到系统目录下面,而普通用户在这个目录里并没有写入的权限. 因此,需要在 install.packages 这个函数里面指定安装的路径,例如想安装到 /home/myname/R 这个目录,就这么写: install.packages("packa

R语言的使用,很大程度上是借助各种各样的R包的辅助,从某种程度上讲,R包就是针对于R的插件,不同的插件满足不同的需求,截至2013年3月6日,CRAN已经收录了各类包4338个. 一. R语言包的安装 1.通过选择菜单: 程序包->安装程序包->在弹出的对话框中,选择你要安装的包,然后确定. 2.使用命令 install.packages("package_name","dir") package_name:是指定要安装的包名,请注意大小写. dir:包

R分析空间数据(Spatial Data) R机器学习包(Machine Learning) R多元统计包(Multivariate Statistics) R药物(代谢)动力学数据分析包 R计算计量经济学包(Computational Econometrics)  R机器学习包(Machine Learning) Machine Learning & Statistical Learning (机器学习 & 统计学习)  网址:http://cran.r-project.org/web/

需求背景:写了一个实时读取日志文件以及监控的小程序,打包成了Jar包可执行文件,通过我们的web主系统上传到各个服务器,然后调用ssh命令执行.每次上传前都要通过解压缩软件修改或者替换里面的配置文件,这样感觉有点麻烦,就想办法能不能通过程序动态生成配置文件,然后修改或者替换掉Jar包里的配置文件,最后再上传到各个服务器去执行. 实现历程:刚开始看了大量文章,整理出来了一个操作Jar包的工具类,用工具类里面的方法去修改一个30M左右的Jar包文件时,发现耗时竟然要7秒,而且修改Jar文件的方法确实

用IKVM,步骤: 下载ikvmbin-7.2.4630.5.zip,解压,把bin目录所在路径加到环境变量path里 2.电脑开始->CMD,输入ikvmc –out:”输出dll文件的路径” “java包路径”,回车,就可以生成对应的Test.dll文件(注意:生成的文件一定要指定到某个文件夹下,否则会找不到生成的文件) 3.创建C#程序,引用文件如下: IKVM.OpenJDK.Core.dll IKVM.Runtime.dll IKVM.Runtime.JNI.dll 添加刚才生成的Te

需求背景:写了一个实时读取日志文件以及监控的小程序,打包成了Jar包可执行文件,通过我们的web主系统上传到各个服务器,然后调用ssh命令执行.每次上传前都要通过解压缩软件修改或者替换里面的配置文件,这样感觉有点麻烦,就想办法能不能通过程序动态生成配置文件,然后修改或者替换掉Jar包里的配置文件,最后再上传到各个服务器去执行. 实现历程:刚开始看了大量文章,整理出来了一个操作Jar包的工具类,用工具类里面的方法去修改一个30M左右的Jar包文件时,发现耗时竟然要7秒,而且修改Jar文件的方法确实

2013-07-15 21:41:04   #本文的目的在于介绍回归建模时变量选择和正则化所用的R包,如glmnet,ridge,lars等.算法的细节尽量给文献,这个坑太大,hold不住啊. 1.变量选择问题:从普通线性回归到lasso 使用最小二乘法拟合的普通线性回归是数据建模的基本方法.其建模要点在于误差项一般要求独立同分布(常假定为正态)零均值.t检验用来检验拟合的模型系数的显著性,F检验用来检验模型的显著性(方差分析).如果正态性不成立,t检验和F检验就没有意义. 对较复杂的数据建模(

目录 背景 报错的代码 原先的写法 编写测试类 找原因 最终代码 背景 项目里需要获取一个excle文件,然后对其里的内容进行修改,这个文件在jar包里,怎么尝试都读取不成功,但是觉得肯定可以做到,因为项目里的配置文件就可以读取到,于是开始了探索之路. 报错的代码 ExcelWriter excelWriter = EasyExcel.write("to.xlsx").withTemplate(t).build(); 我想要成功调用以上的方法,需要读取一个文件的内容,然后写入到另一个文

前言 这是代谢组学数据分析的一个R包,包括用于代谢组学数据分析.可视化和功能注释等众多功能.最近有同事在集群中搭建蛋白和代谢流程,安装这个包出现了问题,于是我折腾了一上午. 这个包的介绍在:https://github.com/xia-lab/MetaboAnalystR,安装确实还比较复杂,依赖的东西太多太多.废话不多说,记录下安装历程. 安装过程 首先最好是已经安装了自己的R版本(非root),比如我的是R-3.5.2.然后进入R中,依照文档给的顺序依次安装: 第一步:安装依赖包 insta

前言 R对windows使用很友好,对Linux来说充满了敌意.小数据可以在windows下交互操作,效果很好很棒.可是当我们要处理大数据,或者要在集群上搭建pipeline时,不得不面对在Linux上装R及想要的R包这个难题,尤其是对非root用户而言更是艰难重重. 准备依赖库 依次安装:zlib/bzip/liblzma/pcre/curl,注意顺序和版本.目前3.4以上3.6以下R版本相对较为稳定和不过时,我自己安装的是3.5.2. cd zlib-1.2.11 ./configure -

1.安装,加载所用到到R包 用BiocManager安装,可同时加载依赖包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocManager::install("clusterProfiler") library(clusterProfiler) ##富集分析library(topGO) ###画GO图library(AnnotationHub) ##获取数据库library(BiocFileCache) ##依赖包

最近打算开始写一个多组学(包括宏基因组/16S/转录组/蛋白组/代谢组)关联分析的R包,避免重复造轮子,在开始之前随便在网上调研了下目前已有的R包工具,部分罗列如下: 1. mixOmics 应该是在多组学领域知名度最高的一个R包,有专门的团队,做了十余年了,引用量也比较高. 官网:http://mixomics.org/ 文章:mixOmics: An R package for 'omics feature selection and multiple data integration Gi

项目 XXX 的 NuGet 程序包还原失败:找不到“xxx”版本的程序包“xxx” 编译新下载的代码出错 修改包管理器的源为 http://www.nuget.org/api/v2/ .重试后成功 记得打勾 其实我的默认就是这个地址,我也不知道为什么没打勾,我到这里打上勾就好了

reference to : http://www.2cto.com/kf/201411/350928.html 随着 Android 5.0 Lollipop 的发布,Android 又为我们提供了更多的支持包,但是我相信大部分开发者都同我之前一样不知道这些包里究竟有些什么东西,我们应该在什么时候使用它.现在,我们就来逐个看看 每一个版本的 Support 包中所拥有的东西,让用到他的时候不再迷茫. 首先,你需要了解每一个 Support 包版本后缀 vX 所代表的含义.当然我相信来看博客的诸

procps包里面的sysctl命令 --http://www.cnblogs.com/createyuan/p/3740917.html?utm_source=tuicool&utm_medium=referral 概述 [root@localhost ~]# rpm -qf /sbin/sysctlprocps-3.2.8-25.el6.x86_64 我们常常在 Linux 的 /proc/sys 目录下,手动设定一些 kernel 的参数或是直接 echo 特定的值给一个 proc下的文件

jar包里查找指定的class文件,排查是否存在或重复,工具软件:Java Class Finder 1,下载工具地址:www.idesksoft.com/classfinder.html,如图: 2,打开工具,输入class文件名和查找文件夹,点击search,如图: OK!

包(package)是多个函数的集合,常作为分享代码的基本单元,代码封装成包可以方便其他用户使用.越来越多的R包正在由世界上不同的人所创建并分发,这些分发的R包,可以从CRAN 或 github 上获取,由于向 CRAN 提交包审核非常严格,有些开发者并没有将自己开发的R包提至CRAN的意向,通过 devtools 可以轻松从 github上下载安装.包的生命周期一般会经历 source.bundled.binary.installed和in-memory五个阶段.参考资料 (http://r-