首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,见如下命令: java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T VariantsToBinaryPed -R GRCh37.fa -V file.vcf --metaData sampleID.fam -mgq 0 -bed

vcf, 通讯录导出的一种格式. 一.生成vcf文件 假设要把我们iPhone通讯录里的数据, 生成vcf格式文件. 我们能够借助iCloud. 小技巧:通过iCloud导出iPhone通讯录的方法 当然, 假设你想在应用中, 利用代码生成, 全然能够.先导出通讯录数据, 再解析, 再生成vcf文件就可以. 參考以下代码: -(NSString*)generateVCardStringWithContacts:(CFArrayRef)contacts { NSInteger counter =

 Android vcard使用示例,生成vcf文件 我们备份手机联系人时,导出到SD卡时,会在SD卡中生成一个vcf文件,用于保存联系人姓名,手机号码. vCard 规范容许公开交换个人数据交换 (Personal Data Interchange PDI)信息,在传统纸质商业名片可找到这些信息.规范定义电子名片(或叫vCard)的格式. 而在Android上使用vcard就要借助第三方包: 将它复制进工程,然后Add jar即可,实现代码很简单,如下: if (Environment.get

2014-01-13 16:53:55 1. 在Phonebook中导出联系人到内部存储,SD卡或者通过蓝牙.彩信.邮件等分享联系人时,通常会先将选择的联系人打包生成.vcf文件,然后将.vcf文件分享出去或者导出到存储设备上.以Phonebook中导出联系人到SD卡为例,前戏部分跳过,直奔主题. 2. 当用户选择导出联系人到SD卡时,会提示用户具体导出的路径等,然后需要用户点击“确定”button,此时启动ExportVcardThread线程执行具体的导出操作.代码的调用流程如下: 启动Ex

plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf 生成

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行,但是这种方式对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们选择使用Bcftools,操作简便. 分三步: 将vcf进行压缩,批量压缩的方法: bgzip -c -f -@ merge.vcf > merg

http://blog.sciencenet.cn/blog-1469385-819498.html 文章目录 一.准备工作 二.流程概览 三.流程 首先说说GATK可以做什么.它主要用于从sequencing 数据中进行variant calling,包括SNP.INDEL.比如现在风行的exome sequencing找variant,一般通过BWA+GATK的pipeline进行数据分析. 要run GATK,首先得了解它的网站(http://www.broadinstitute.org/

1,Fastq数据质控 2,Fastq转化成bam,包含头文件 bwa aln ref.fa test_1.fq > test_1.sai bwa aln ref.fa test_2.fq > test_2.sai bwa sampe ref.fa -r "@RG\tID:<ID>\tLB:<LIBRARY_NAME>\tSM:<SAMPLE_NAME>\tPL:ILLUMINA" test_1.sai test_2.sai test_1

一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法. (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25).下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/downloa

最近在做iOS系统通讯录备份到服务器,并且可以从服务器中下载备份文件恢复到手机的功能,部分实现细节记录如下. 将iphone系统通讯录生成.vcf文件 ABAddressBookRef addressBook = ABAddressBookCreate(); CFArrayRef contacts = ABAddressBookCopyArrayOfAllPeople(addressBook); CFDataRef vcards = (CFDataRef)ABPersonCreateVCardR

FAILED_LOGIN_ATTEMPTS 用于指定连续登陆失败的最大次数 达到最大次数后,用户会被锁定,登陆时提示ORA-28000 UNLIMITED为不限制 精确无误差 是 实时 PASSWORD_LIFE_TIME 用于指定密码有效天数 最少为1,UNLIMITED为不限制 如果已经有用户被提示ORA-28002错误,需要重新修改一次密码,即使此资源已经设置为UNLIMITED 精确无误差 否,始终开启 PASSWORD_REUSE_TIME 用于指定密码可重用时间 UNLIMITED为

利用bcftools软件将vcf格式生成gz格式和index格式,需要用到“-Oz”和“index”命令,具体如下: /bcftools-1.8/bin/bcftools view ExAC.vcf -Oz -o ExAC.vcf.gz /bcftools-1.8/bin/bcftools index ExAC.vcf.gz

Variant Call Format(VCF)是一个用于存储基因序列突变信息的文本格式.表示单碱基突变, 插入/缺失, 拷贝数变异和结构变异等.BCF格式文件是VCF格式的二进制文件. CHROM [chromosome]: 染色体名称. POS [position]: 参考基因组突变碱基位置,如果是INDEL(插入缺失),位置是INDEL的第一个碱基位置. ID [identifier]: 突变的名称.若没有,则用'.'表示其为一个新变种. REF [reference base(s)]:

最近做了一个关于基因开发的项目,要求最终输出的文件可以在专门的基因浏览器上边显示,类似统计图的东西.废话不说上图(表示表达不出来0.0)! 先说下Jbrowse这个东西吧,一句话:一个简单的,便携式依靠javascript的基因组浏览器.没用过觉得挺高大上的,难度挺高.实际上用过之后觉得也就是那回事,没多少难度,很容易上手.因为我是在虚拟机上边访问,用的是linux系统,所以这里我以linux为版本简述一遍: 1.安装 与其说是安装我还是觉得下载比较好.为什么?实际上也就是下载一个文件,文件夹里

文章来源:http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4562064.html VCF文件示例(VCFv4.2) ##fileformat=VCFv4.2 ##fileDate=20090805 ##source=myImputationProgramV3.1 ##reference=file:///seq/references/1000GenomesPilot-NCBI36.fasta ##contig=<ID=20,length=62435964,assembly=B3

前面几篇发布了一些有关五子棋的基本算法,其中有一些BUG也有很多值得再次思考的问题,在框架和效果上基本达到了一个简单的AI的水平,当然,我也是初学并没有掌握太多的高级技术.对于这个程序现在还在优化当中,主要是完善所使用的启发方式.编写多线程搜索代码.加入开局库等一些工作.开局库和多线程还没有实现,仅在棋盘表示.模板表示上修改较多,而启发方式上有一些改进,主要是修改了置换表为双置换表(深度和实时),内部迭代加深启发和我们接下来要说明的VCT和VCF代码.其中棋盘表示采用了一组15个32位表示,每一

原文:http://www.cnblogs.com/xdp-gacl/p/4221848.html kaptcha是一个简单好用的验证码生成工具,通过配置,可以自己定义验证码大小.颜色.显示的字符等等.下面就来讲一下如何使用kaptcha生成验证码以及在服务器端取出验证码进行校验. 一.搭建测试环境 1.1.创建Web测试项目 新建一个Web项目,并将kaptcha-2.3.2.jar放在项目的WEB-INF/lib目录下,如下图所示:

1,jbrowse 是什么东西 ? JBrowse is a genome browser with a fully dynamic AJAX interface, being developed as the eventual successor to GBrowse. It is very fast and scales well to large datasets. JBrowse is javascript-based and does almost all of its work di

原博文出自于: http://www.cnblogs.com/xdp-gacl/p/4221848.html 感谢! kaptcha是一个简单好用的验证码生成工具,通过配置,可以自己定义验证码大小.颜色.显示的字符等等.下面就来讲一下如何使用kaptcha生成验证码以及在服务器端取出验证码进行校验. 一.搭建测试环境 1.1.创建Web测试项目 新建一个Web项目,并将kaptcha-2.3.2.jar放在项目的WEB-INF/lib目录下,如下图所示:

Genotype: Genotype 是一个有限的基因序列.它是由大写的英文字母A-Z组成,不同的字母表示不同种类的基因.一个基因可以分化成为一对新的基因.这种分化被一个定义的规则集合所控制.每个分化的规则可以用三个大写字母A1A2A3表示,含义为基因A1可以分化成A2A3 我们用S代表特种基因,繁殖genotype是从特种基因序列开始.根据给定的规则,它由被选择控制规则对基因不断进行繁殖而成. 任务 从文本文件GEN.IN 读入一个定义的规则集和一个想生成的genotypes 单词序列 对每一