流行病学研究常见的分析就是相关性分析了. 相关性分析某种程度上可以为我们提供一些研究思路,比如缺乏元素A与某种癌症相关,那么我们可以通过补充元素A来减少患癌率.这个结论的大前提是缺乏元素A会导致这种癌症,也就是说元素A和癌症有因果关系. 但实际上,元素A和癌症有相关性,不代表他们之间就有因果关系.也有可能是患癌症的人同时有其他的并发症,这种并发症会导致元素A缺乏. 再比如,研究表明,大胸女生与不爱运动相关.那么,到底是因为胸大的女性不爱运动,还是因为不爱运动导致胸大(肥胖). 如果不做其他分析,

好多同学询问孟德尔随机化的问题,我再来尝试着梳理一遍,希望对大家有所帮助,首先看下图1分钟,盯着看将下图印在脑海中: 上图是工具变量(不知道工具变量请翻之前的文章)的模式图,明确一个点:我们做孟德尔的时候感兴趣的是x和y的关系,也就是小b,但是我们直接去跑x对y的回归肯定是不对的,因为有很多的U,因此我们借助工具变量G(关于工具变量我们之前的文章有详细的解释,请自行查阅),去估计我们感兴趣的小b. 现在有天然良好的工具变量G,也就是我们的基因变量,此时有上面的图,再次重申:我们感兴趣的,最终希望

C++ 中数组做参数的分析 1.数组降价问题? "数组引用"以避免"数组降阶",数组降阶是个讨厌的事,这在C语言中是个无法解决的问题,先看一段代码,了解什么是"数组降阶" #include <IOSTREAM> using namespace std; ] ) { cout << sizeof(array) << endl; // 输出 4 } int main( void ) { ] = { }; cout

使用NCBI进行目的基因的引物设计 全文概述 利用生信工具进行目的基因的引物设计,使用了NCBI进行筛选与设计引物,使用 idtdna对筛选出的DNA进行检查.本文分享了如何筛选出高质量的基因引物,帮助想通过生信进行引物设计的学生.从业者找出合适的基因,毕竟购买引物也比较烧钱,避免设计出的基因质量偏低. NCBI查找基因 1.查询目的基因:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=zbed3 备注:这里需要注意的是,要找到合适的目的基因!如果找智人,一

孟德尔随机化(Mendelian Randomization) 统计功效(power)和样本量计算 1 统计功效(power)概念 统计功效(power)指的是在原假设为假的情况下,接受备择假设的概率. 用通俗的话说就是,P<0.05时,结果显著(接受备择假设); 在此结论下,我们有多大的把握坚信结果的显著性,此时需要用到power来表示这种"把握". 统计功效(power)的计算公式为 1-β. 说到β,要提一下假设检验中的一型错误和二型错误. 一型错误,用 α 表示,全称 T

公号:码农充电站pro 主页:https://codeshellme.github.io 今天来介绍一下如何使用 Python 制作词云. 词云又叫文字云,它可以统计文本中频率较高的词,并将这些词可视化,让我们可以直观的了解文本中的重点词汇. 词的频率越高,词显示的大小也就越大. 1,wordcloud 模块 wordcloud 是一个词云生成器,它不仅是一个 Python 库,还是一个命令行工具.我们可以通过 wordcloud 官方文档,和示例库来学习如何使用它. 在使用 wordcloud

来源: http://blog.jobbole.com/31178/ 你的网站正常运转.现在我们来让它运转的更快.网站的性能由页面载入速度和代码执行效率决定.一些服务可以让你的网站载入更快,比如压缩JS和CDN,但是让代码执行的更快你要做的事情. 代码中很小的改动都可能对性能造成巨大的影响.快速灵活的网站和可怕的“无响应脚本”对话框可能只有几行代码的差别.这篇文章告诉你如何通过用Chrome开发者工具(Chrome Developer Tools)找到这几行关键的代码. 设置一个基线 我们来看一

LoadRunner 解的地方--測试结果的分析.其余的录制和加压測试等设置对于我们来讲通过几次操作就能够轻松掌握了.针对 Results Analysis 我用图片加文字做了一个样例,希望通过样例能给大家很多其它的帮助.这个样例主要讲述的是多个用户同一时候接管任务,測试系统的响应能力,确定系统瓶颈所在.客户要求响应时间是1 个人接管的时间在5S 内. 2.系统资源: 2.1 硬件环境: CPU:奔四2.8E 硬盘:100G 网络环境:100Mbps 2.2 软件环境: 操作系统:英文windo

python3做词云 其实词云一般分为两种,一个是权重比,一个是频次分析 主要还是体现在自然语言方向,难度较大,但这里我们用jieba词库 主要思路, 后端算数据+前端生成图(D3-cloud-好像是哈,不确定了) #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf- -*- # 导入扩展库 import re # 正则表达式库 import collections # 词频统计库 import jieba # 结巴分词 import jieba.analyse as

来到大数据分析的时代,大量的大数据分析软件涌现,尽管如此,如果今天有人问起最常用的数据透视分析工具是什么的时候,我猜想Excel应该是大家的不二之选. 但是其实我想说,用现在的手机来打比方,Excel就好比老人机,当大家都在用新一代的"智能手机"--思迈特软件Smartbi的时候,你还在用老人机,这样一对比,简直就是在被当街吊打. 为什么说Excel就好比老人机呢? 1.Excel数据分析处理能力较低,几十万条的数据转半天都转不出来. 2.Excel入门容易但是想要精通却很难,一旦想要

本文转自:http://blog.csdn.net/ohmygirl/article/details/17849983 上文( http://blog.csdn.net/ohmygirl/article/details/17846199 )中已经介绍了Fiddler的原理和软件界面.本文主要针对Fiddler的抓包处理. Fiddler抓取HTTP请求. 抓包是Fiddler的最基本的应用,以本博客为例,启动Fiddler之后,在浏览器中输入http://blog.csdn.net/ohmygi

上文( http://blog.csdn.net/ohmygirl/article/details/17846199 )中已经介绍了Fiddler的原理和软件界面.本文主要针对Fiddler的抓包处理. Fiddler抓取HTTP请求. 抓包是Fiddler的最基本的应用,以本博客为例,启动Fiddler之后,在浏览器中输入http://blog.csdn.net/ohmygirl 键入回车之后,在Fiddler的web session界面捕获到的HTTP请求如下图所示: 各字段的详细说明已经解

情感分析就是分析一句话说得是很主观还是客观描述,分析这句话表达的是积极的情绪还是消极的情绪.原理比如这么一句话:“这手机的画面极好,操作也比较流畅.不过拍照真的太烂了!系统也不好.” ① 情感词 要分析一句话是积极的还是消极的,最简单最基础的方法就是找出句子里面的情感词,积极的情感词比如:赞,好,顺手,华丽等,消极情感词比如:差,烂,坏,坑爹等.出现一个积极词就+1,出现一个消极词就-1.里面就有“好”,“流畅”两个积极情感词,“烂”一个消极情感词.那它的情感分值就是1+1-1+1=2. 很明显

转载:http://blog.csdn.net/ohmygirl/article/details/17849983 Fiddler抓取HTTP请求. 抓包是Fiddler的最基本的应用,以本博客为例,启动Fiddler之后,在浏览器中输入http://blog.csdn.net/ohmygirl 键入回车之后,在Fiddler的web session界面捕获到的HTTP请求如下图所示: 各字段的详细说明已经解释过,这里不再说明.需要注意的是#号列中的图标,每种图标代表不同的相应类型,具体的类型包

今天要讲的一篇是发表于 Hum Genet 的 "Shared genetic architecture between metabolic traits and Alzheimer's disease: a large-scale genome-wide cross-trait analysis" .很中规中矩的一篇文章,没有什么大的亮点的.写它的主要原因整篇文献思路很流畅,次要原因是我懒,不愿意看费脑子的文章. 以下,进入主题: 背景 阿尔茨海默病(AD)是一种进行性和破坏性的神经

前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析(GWAS)原理的书籍或者文章推荐. 其实我个人觉得,做这个分析,先从跑流程开始,再去看原理. 为什么这么说呢,因为对于初学者来说,跑流程就像一个大黑洞,学习原理就像一个小黑洞. 很多人花了好几个月的时间在看原理,一旦丢给他数据去分析,依旧束手无策. 不会跑流程,内心依旧会很恐慌.就像从来没有入门一样. 所以,我的建议是咱们先不去管原理,直接从分析入手. 等把数据跑出来了,整个流程的技能点满了,再去看看它的原理. 入门:学习GWAS的在线网站: 对于没有

这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖. 软件排名不分先后,优先顺序可以看推荐指数. 彩蛋在最后,请坚持看完 1.GWAS4D, 推荐指数:**** 网址:http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持输入格式 1) Variants Coordinates: Chr, Pos, [P-value] 支持输入格式 2) VCF-like Map: Chr, Pos, SNPID, Ref, Alt, [P-value] 支持输入格式 3) Single SN

  image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a priori defined set of genes shows statistically significant, concordant differences between two biological states (e.g. phenotypes). 用GSEA做富集分析是非常简单的,结

全基因组关联分析除了找到显著的关联位点,我们还可以做基因优化.geneset富集分析.组织富集分析,下面具体讲一讲怎么利用GWAS的summary数据做这个分析. summary数据就是关联分析的结果文件 1 软件安装前请确保需要满足的系统环境 1.1 支持Mac OS X 或者 UNIX, 不支持windows系统 1.2 Java SE 6(或者更高),没有安装Java请自行安装 1.3 需要PIP 怎么确定系统有没有安装PIP呢,输入命令which pip,如果没有路径弹出,说明没有PIP

利用DAVID简单的进行GO富集度分析(这里只做简单的分析,即看基因是否存在在GO的三个过程里面) 比如我们有一组要分析的基因:TRPV6    CXADR    PROM1    GRAMD2    SOX10    GPRIN2    VANGL2    GRHL1    BCL11A    MROH8(这里用的是关于人的基因名) 首先打开DAVID网页,选择Functional Annotation: 在左边的框里面按提示输入,步骤1,输入你的ID号,这里可以是基因ID,也可以是基因名,或