一. 运行meerkat 前面已经依序安装了meerkat 的环境和meerkat,运行了预处理一步,在相对应的bam文件目录下生成了大批文件,因此,当要用meerkat处理某个bam文件时,应先将该bam文件移动到专有的一个文件夹,manual中也建议这样用. 预处理生成的文件包括: 黑名单文件.gz isinfo文件:包括插入大小信息 pdf文件:插入大小的分布图,unmapped reads长度的分布图,softclip reads长度分布图 pre.log文件:日志文件,包括输入的参数,

最近的项目在做socket通信报文解析的时候,用到了结构体与字节数组的转换:由于客户端采用C++开发,服务端采用C#开发,所以双方必须保证各自定义结构体成员类型和长度一致才能保证报文解析的正确性,这一点非常重要. 首先是结构体定义,一些基本的数据类型,C#与C++都是可以匹配的: [StructLayoutAttribute(LayoutKind.Sequential, CharSet = CharSet.Ansi, Pack = )] public struct Head { public u

1. 套接字地址结构 1.1 IPv4套接字地址结构 IPv4套接字地址结构通常也称为“网际套接字地址结构”,它以sockaddr_in命名,定义在<netinet/in.h>头文件中.下边给出它的定义: 1)struct in_addr专门用来存储IP地址,对于IPv4来说,IP地址为32位无符号整数.其定义如下: 注:in是internet缩写. struct in_addr { unsigned long s_addr; } 具体在<netinet/in.h>的定义是这样子的

工具地址:https://github.com/BothEyes1993/bes-jstools bes-jstools 100多个基础常用JS函数和各种数据转换处理集合大全,此工具包是在 outils 的基础上,加上个人平时收集的代码片段进行的二次整合 Browser Support 7+ ✔ Latest ✔ Latest ✔ Latest ✔ Latest ✔ 6.1+ ✔ Installing npm install bes-jstools --save Using nodejs con

一.准备工作     meerkat 0.189版本和以前的版本相比,支持bwa mem 输出的bam文件,还支持全外显子数据count SV. meerkat原理:参见http://compbio.med.harvard.edu/Meerkat/     1.1 需要准备的软件         1. unix/Linux系统(自带) 2. CMake(自带) 3. PERL 5.8.1及以上(自带) 4. BioPERL 1.5.0及以上(自行安装) 5. R 2.3.1及以上(自带) 6.

原文地址:https://blog.csdn.net/u010216641/article/details/48712503 ##PowerDesigner去除双引号## 平时经常用PowerDesigner设计表结构.但是有时候在设计表结构和字段的时候经常是大小写混合用.导致一张表中有的字段是大写有的是小写.PowerDesigner在设计表示如果表明或字段名是小写.则在生成SQL时会自动在表名上使用双引号.例如: /*=====================================

[转自]http://blog.csdn.net/xysh1991/article/details/8016192 使用方法:进入PowerDesigner,打开一个PDM,在菜单栏找到:Tools – Excute Commands – Edit/Run Script,或者直接按Ctrl+Shift+X调出脚本执行窗口,输入下边的代码就可以了. 下面提供段代码可以把PowerDesigner中的小写字母变为大写字母. 代码如下: Option Explicit  ValidationMode

public static T2 CopyToModel<T1, T2>(T1 source) { T2 model = default(T2); PropertyInfo[] pi = typeof(T2).GetProperties(); PropertyInfo[] pi1 = typeof(T1).GetProperties(); model = Activator.CreateInstance<T2>(); ; i < pi.Length; i++) { pi[i]

全基因组测序 Whole Genome Sequencing 全基因组测序(Whole Genome Sequencing,WGS)是利用高通量测序平台对一种生物的基因组中的全部基因进行测序,测定其 DNA 的碱基序列.利用该技术可在全基因组水平上检测单核苷酸变异 (SNV).插入缺失 (InDel).拷贝数变异 (CNV) 和结构变异 (SV) 等多种全面的突变信息. 研究应用 全基因测序广泛应用于临床医药研究.群体遗传学研究.关联分析.进化分析.变异检测.遗传图谱构建.功能基因挖掘和群体进化

客户端采用C++开发,服务端采用C#开发,所以双方必须保证各自定义结构体成员类型和长度一致才能保证报文解析的正确性. [StructLayoutAttribute(LayoutKind.Sequential, CharSet = CharSet.Ansi, Pack = )] public struct Head { public ushort proMagic; //包起始标记:固定0x7e7e public ushort proPackLen; //包长度:包头 + 数据区 + 包尾长度,注

在通信过程中,一般我们都会操作到字节数组.特别是希望在不同语言编程进行操作的时候. 虽然C#提供了序列化的支持,不用字节数组也行.但操作字节数组肯定会碰到.   一般都会采用结构来表示字节数组.但结构与字节数组直接的转换实在很麻烦. 字节操作不但容易出错,而且每增加一个结构,就自己实现一遍,实在是烦不胜烦.   有没有简单的方法呢?当然有.可以采用非托管区的一些方法来实现.   首先,导入命名空间:System.Runtime.InteropServices;   定义结构的时候,要给结构指定特

背景 作为网关,有些时候可能报文的结构并不符合前端或者某些服务的需求,或者因为某些原因,其他服务修改报文结构特别麻烦.或者需要修改的地方特别多,这个时候就需要走网关单独转换一次. 实现 话不多说,直接上代码. 首先,我们定义好配置: package com.lifengdi.gateway.properties.entity; import lombok.Data; import org.springframework.util.CollectionUtils; import java.util

摘要:UGO,一款专注于异构数据库对象迁移和应用迁移的专业化工具. 近日,华为云推出数据库和应用迁移 UGO,这是一款专注于异构数据库对象迁移和应用迁移的专业化工具,通过预迁移评估.结构迁移两大核心功能,实现主流商用数据库到华为云数据库的自动化搬迁,助力客户轻松上云.一键切换数据库. 数据库上云已成为企业管理者的共识,但上云哪是想上就能上.其中涉及的迁移问题不仅繁杂,而且不能出差错.尤其是令人头疼的兼容问题,不但涉及到结构迁移.语法转换.SQL转换等复杂操作,对数据库性能要求也很高.针对此难题,

版权声明:本文源自 解螺旋的矿工, 由 XP 整理发表,共 13781 字. 转载请注明:从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第4节 构建WGS主流程 | Public Library of Bioinformatics 转载地址:https://www.plob.org/article/11698.html WGS数据分析的目的是准确检测出每个样本(这里特指人)基因组中的变异集合,也就是人与人之间存在差异的那些DNA序列.我把整个分析过程按照它们实际要完成的功能,将其分成了三个大的

HapMap五周年回顾 2011-01-12 | 作者: [关闭] 作者简介:曾长青,中国科学院北京基因组所研究员,博士生导师.CUSBEA奖学金.百人计划.杰出青年基金.首批新世纪百千万人才工程国家级人选获得者.作为“十五”重大攻关项目课题组长.国际HapMap计划Steering Committee Member和 “中华单体型图协作组”召集人,负责HapMap“中国卷”的实施.主要从事疾病相关基因定位.群体遗传学和基因组多态研究,部分成果在Nature,Nature Genetics, P

1.人类基因组的HapMap和国际HapMap计划 (1)何谓HapMap HapMap是Haplotype Map 的简称,Haplo意为单一,在基因组中专指来自父母的一对染色体中的一条.Haplotype就是单条染色体中的一段,译作单体型(有人译作单倍型),是描述遗传差异的一种主要方式.DNA作为遗传物质,不但编码了物种间的差异,物种内不同个体之间的差异也含在其中,均表现为基因组之间的DNA序列差异,也就是基因组的多态性上. DNA由四种核苷酸单个连接而成,基因组最常见的多态就是单核苷酸多态

Variant Call Format(VCF)是一个用于存储基因序列突变信息的文本格式.表示单碱基突变, 插入/缺失, 拷贝数变异和结构变异等.BCF格式文件是VCF格式的二进制文件. CHROM [chromosome]: 染色体名称. POS [position]: 参考基因组突变碱基位置,如果是INDEL(插入缺失),位置是INDEL的第一个碱基位置. ID [identifier]: 突变的名称.若没有,则用'.'表示其为一个新变种. REF [reference base(s)]:

Linux网络地址转换分析 地址转换用来改变源/目的端口,是netfilter的一部分,也是通过hook点上注册相应的结构来工作. Nat注册的hook点和conntrack相同,只是优先级不同,数据包进入netfilter之后先经过conntrack,再经过nat. 而在数据包离开netfilter之前先经过nat,再经过conntrack. 在ip_conntrack结构中有为nat定义的一个nat结构,为什么把这个结构放在ip_conntrack里呢. 简单的说,对于非初始化连接的数据包,

Hello,every body.又与大家见面了,哈哈.今天我与大家分享一下XSLT,XSL,XML,XPath.因为项目中有些功能用到了XSLT.XML等技术.所以今天好好研究了一下这几个方面的技术,宋桑说过嘛,要学会总结归纳.所以,要把自己学到东西写出来.一来温习一遍,二来与大家交流学习一下. 在研究这些技术的Demo中,发现有用唱片名字来做例子的.所以,无意中发现了一张唱片,发现了一个歌手.感觉不错,与大家分享一下.Bob Dylan----<Empire Burlesque>,很带感的

1. 转换 转换(conversion) 使表达式可以被视为一种特定类型.转换可导致将给定类型的表达式视为具有不同的类型,或其可导致没有类型的表达式获得一种类型.转换可以是隐式的 (implicit) 或显式的 (explicit),这将确定是否需要显式地强制转换.例如,从 int 类型到 long 类型的转换是隐式的,因此 int 类型的表达式可隐式地按 long 类型进行处理.从 long 类型到 int 类型的反向转换是显式的,因此需要显式地强制转换. int a = 123; long