1.数据获取 (1)下载3D Slicer自带的样本数据 (2)选择自由的数据 (3)网上数据库等其他方式下载数据 2.分割工具 Segment Editor是一个用于分割的模块.细分(也称为轮廓)描绘感兴趣的结构.一些工具模仿像Photoshop或者gimp这样的绘画界面,但是可以在三维数组体素上而不是二维像素上工作.改进module_editor模块后的新模块.编辑器包含许多相同的功能和更多新功能,包括:交替细分,2D和3D视图中的显示,每段可视化选项,3D视图编辑,通过在几个切片上插值或外

1.中值滤波概念 中值滤波是对一个滑动窗口内的诸像素灰度值排序,用其中值代替窗口中心象素的原来灰度值,它是一种非线性的图像平滑法,它对脉冲干扰级椒盐噪声的抑制效果好,在抑制随机噪声的同时能有效保护边缘少受模糊.中值滤波可以过滤尖峰脉冲.目的在于我们对于滤波后的数据更感兴趣.滤波后的数据保留的原图像的变化趋势,同时去除了尖峰脉冲对分析造成的影响. 以一维信号的中值滤波举例.对灰度序列80.120.90.200.100.110.70,如果按大小顺序排列,其结果为70.80.90.1000.110.1

3D Slicer在分割后三维重建的图像,效果很好,但是存在一定的不足,默认的颜色并不是很合适,这时手动设置三维视图下的需要的颜色就很有必要了.如下图所示,默认的三维重建后的颜色. 这样的颜色显然不是颅骨正常的颜色,需要设置颜色,设置步骤如下: (1)模块选择窗口——Segment Editor (2)点击图中1位置Logical Operators,点击2位置的颜色块 (3)得到下图所示窗口,选择Tissue(数字标签1)——Bone(数字标签2)——颜色设置位置(数字标签3)——确定即可 (

一.STL文件简介 STL(立体平版印刷术的缩写)是由3D Systems创建的立体平版印刷CAD软件原生的文件格式STL有“标准三角语言”和“标准镶嵌语言”等几个事后回溯.这种文件格式是由许多其他软件包支持的;它被广泛用于快速成型,3D打印和计算机辅助制造.STL文件只描述三维物体的表面几何图形,没有任何颜色,纹理或其他常见CAD模型属性的表示. STL格式指定了ASCII和二进制表示.二进制文件更常见,因为它们更紧凑. STL文件使用三维笛卡尔坐标系统,通过三角形的单位法线和顶点(按右手规则

1.安装MatlabBridge插件 (1)在工具栏找到Extension,点击进入Extension Manager (2)找到MatlabBridge,安装 2.配置MATLAB环境 (1)在模块处找到Developer Tools——Matlab——Matlab Modules Generator (2)在Matlab executable处配置matlab.exe的路径(请确保计算机上安装有matlab,并且可以找到matlab.exe文件的位置):Matlab script direc

1.打开数据与保存数据 (1)打开数据 ——可以将数据拖拽到3D Slicer应用窗口或者从菜单栏工具栏打开. ——多种方式加载大量数据. 有关DICOM数据,请参阅DICOM模块文档. 对于几乎所有其他(包括场景),您可以使用添加数据对话框. 有关支持的数据格式的列表,请参阅此列表. 请注意,仅部分支持列出的某些格式. ——对于一些更复杂的格式(特别是DWI),建议首先使用DICOM到nrrd转换器将DICOM数据转换为nrrd格式,然后将nrrd文件加载到Slicer中. 许多供应商正在使用

3D Slicer是用于医学图像信息学,图像处理和三维可视化的开源软件平台. 通过国家卫生研究院和全球开发人员社区的支持,二十多年来,Slicer为医生,研究人员和公众提供了免费,强大的跨平台加工工具.在多种医疗应用中,包括孤独症,多发性硬化,系统性红斑狼疮,前列腺癌,精神分裂症,矫形生物力学,COPD,心血管疾病和神经外科应用. 3D Slicer作为1998年布里格姆妇女医院外科规划实验室和麻省理工学院人工智能实验室的硕士论文项目开始.3D Slicer版本2已经下载了几千次. 2007年,

在3D Slicer中,我们如果想在自己写的插件中来修改三维视图中的默认设置的话,那么首先就需要获得三维视图的结点,其类型为vtkMRMLViewNode,获得了这个结点后,我们就可以用代码来修改一系列属性了,比如隐藏方框和坐标轴标签等.这里我们通过使用系统函数getNode()来获得三维视图节点,需要注意的是,这里的视图结点的名字是vtkMRMLViewNode1,那么代码如下: viewNode = slicer.util.getNode('vtkMRMLViewNode1') viewNo

关于3D Slicer的下载.安装及模块安装在上一篇博客中以及介绍过,以下将专注于使用3D Slicer进行颅骨去除 准备 此次,我们需要安装SwissSkullStripper模块,安装后需要重启软件才能使用该模块 使用SwissSkullStripper模块,如图划线部分,点击Help,会出现蓝色链接,点击可进入官网 在官网界面,我们可以看到两个下载链接,这两个图谱文件(atlas image.atlas brain mask)是我们进行接下来操作需要使用的 下载下来之后把它们保存在无中文名

在进行深度学习之前,我们需要图像进行一些预处理操作,其中配准是很重要的一环,以下将介绍使用软件3D Slicer来进行图像配准 3D Slicer是(1)一个软件平台,用以图像分析(包括配准和实时编辑),图像可视化以及图像引导治疗:(2)是一个免费.开源软件,并适用于Linux.MacOSX和windows操作系统:(3)拥有强大的可扩展性,可以通过模块嵌入方式来增加新的功能和应用.3D slicer的主要特征有:(1)适用于从头到脚的各个组织器官:(2)兼容MRI.CT.US(超声).核医学以

3D Slicer Reconstruct CT/MRI 1. Load DCM file of your CT/MRI 2. Go to Volume Rendering, click the eye button to show volume 3. Go to Editor -> Threshold Effect -> Change Threshold (only include the head) -> Apply 4. Go to Editor - > Make Model

在3D Slicer中,当我们导入.mha/.mhd等格式的volume文件后,那么我们就可以在Axial, Sagittal, Coronal三个方向来观察我们的MRI或者CT的图像了.3D Slicer界面提供了很多交互的功能,比如正上方就有一个滑动条slider,可以用来滑动切片观察,如果我们不想手动来滑动slider,而是通过事件触发,或者其他功能来触发时,那么我们就是要通过代码来对切片进行交互.Slicer的用户界面是Qt写的,所有我们能通过用户交互触发的功能,都可以通过代码来触发.我

在3D Slicer中,我们如果想在自己写的插件中来修改默认的鼠标响应事件的话,就需要先将原有的响应事件链接删除,然后建立自定义的响应事件链接,然后将自己要实现的功能写在响应事件函数中. 比如Slicer中默认的鼠标左键拖拽,是任意旋转视图中的Camera,默认中的滑轮操作是拉远和拉近视图摄像机,默认的鼠标右键操作也是拉远和拉近视图摄像机的操作.这样滑轮就和鼠标右键的功能重复了,我们可以让鼠标右键实现其他的功能.比如在模型的Pitch, Yaw, Roll三个旋转方向上(其实旋转的只是试图中的摄

花了将近一周的时间的,终于在VS2010成功的编译了最新版的3D Slicer 4.7.0,感觉快要崩溃了.Slicer用了20多个外部的库,全都要一起编译,完整编译一次起码要七八个小时,光VS的Output输出窗口有十万多行,复制到txt中,文本内容居然有26MB之多,可怕!经过台式机和笔记本分别进行多次编译,出错,改错,再编译,再出错,再改错...总共编译了有二三十次,终于在台式机上成功了编译了Slicer,感觉眼泪都要掉下来了,下面整理下成功编译的心得,希望给他人开路,不要再像博主这样无数

1.界面介绍 2.菜单及工具栏介绍 (1)菜单 File-文件菜单 文件菜单包含用于加载MRML场景的选项,用于从互联网下载样本数据集或各种类型的各个数据集.此处还提供了保存场景和数据的选项. Edit-编辑菜单 包含一个提升应用程序设置界面的选项.此界面允许用户自定义其Slicer的安装. “编辑 - >应用程序设置”可用于包含或禁止各种模块,自定义Python Interactor的外观,选择自定义字体,指定临时目录以及完成其他自定义.此外,还包含复制.粘贴,截切功能 View-查看菜单 此

原文作者:Jake Simpson译者: 向海Email:GameWorldChina@myway.com ------------------------------------------------------------第1部分: 游戏引擎介绍, 渲染和构造3D世界 介绍 自Doom游戏时代以来我们已经走了很远. DOOM不只是一款伟大的游戏,它同时也开创了一种新的游戏编程模式: 游戏 "引擎". 这种模块化,可伸缩和扩展的设计观念可以让游戏玩家和程序设计者深入到游戏核心,用新

英文原文An Introduction to CSS 3-D Transforms 爱因斯坦说所有概念都必须介绍给儿童们,若他们无法了解,这些理论就毫无价值. 透视 一个元素需要一个透视点才能激活3D空间,有两种方法可以得到透视点: 使用transform属性,赋上perspective函数作为值.-webkit-transform: perspective(600); 或使用perspective属性.-webkit-perspective: 600; 左边是使用transform属性的,右边

2D和3D转换涉及到数学中的知识,作为一个数学专业的毕业生,不研究一下岂不是对不起自己的专业? 首先来看几个参数: 1.transform-origin:origin(起源,起点),也即变形的起点,在数学上可以理解为坐标原点. 其语法为:transform-origin:[<percentage> | <length> | left | center | right | top | bottom] | [<percentage> | <length> | l

1 简介 这篇博文将介绍一个简单易用的3D传感器仿真器,可以用来模拟Lidars,立体视觉,基于时间飞行技术的ToF相机和微软的Kinect实时产生3D点云数据.Glidar仿真器并不是针对特定的某一类3D传感器,它几乎可以用来替代目前任何一种市面上的深度传感器.通过导入的目标的三维模型,实时地产生目标的3D点云数据,并可以将生成的点云数据保存,可视化,或者发布的一个传输控制协议TCP的套接字.如果有对于复杂动力学场景的需求,还可以通过TCP连接实现物理仿真. Fig.1  Glidar 生成点

用过Photoshop的小伙伴都知道图层的概念,在Photoshop中可以创建许许多多的图层,在每一图层中又可以分别编辑图像信息.ZBrush®中的3D图层,也可以简单理解成Photoshop中的图层,但它和Photoshop中的图层有一定的区别.ZBrush可以让用户实现非线性的工作流程.艺术家能够同时在多个不同的阶段雕刻模型,可以为模型建立一个细节“层”,并在其中添加一些细节,如爬行动物的皮肤鳞片.然后关闭细节“层”,继续完善模型的基本形体结构. ZBrush软件下载:http://wm.m