1.读取蛋白问题 读取无配体pdb文件(loadpdb complex.pdb)时,出现一堆 FATAL: Atom .R<ARG >.A<HD1 > does not have a type 错误,导致 check不过关,也无法 saveamberparm: 错误原因:AMBER不能识别用户PDB文件里特定残基(<ARG 18>)的H原子 解决方法:我遇到的问题是很多H原子都无法被识别,所以解决方法比较直接,删除所有氢,再根据AMBER的规则,重新添加H: 1) 使用

CPPTRAJ作为PTRAJ的继任者,拥有比PTRAJ更强大的功能,本教程会简要的介绍CPPTRAJ的用法及注意事项. 需要的文件: trpzip2.gb.nc trpzip2.ff10.mbondi.parm7 Loading a Topology and Trajectory 使用cpptraj命令可以打开cpptraj,log文件可以在cpptraj.log中找到. $ cpptraj CPPTRAJ: Trajectory Analysis. V16. ___ ___ ___ ___ |

sustiva.pdb PDB: 1FKO Create parameter and coordinate files for Sustiva 1. 加氢: $ reduce sustiva.pdb > sustiva_h.pdb sed -i s/"EFZ"/"SUS"/g sustiva_h.pdb 加氢完毕后把文件内所有“EFZ”换为“SUS”. 2.转换为mol2格式: $ antechamber -i sustiva_new.pdb -fi pdb

Section 1: Introduction The input files required (using their default file names): prmtop - a file containing a description of the molecular topology and the necessary force field parameters. inpcrd (or a restrt from a previous run) - a file containi

详细请见AMBER官方文档第18章第6节(18.6) Amber16.pdf The settings can be summarized as follows: imin=1  Choose a minimization run ntx=1 Read coordinates but not velocities from ASCII formatted Inpcrd coordinate file irest=0 Do not restart simulation maxcyc=2000 Ma

Section 1: Preparing the PDB file 1EMA是本次教程所用的pdb,可以在PDB数据库下载. pdb4amber -i 1EMA.pdb -o gfp.pdb --dry --reduce pdb4amber命令用于amber输入pdb格式文件的准备. --dry会删除晶体结构中的水分子(WATER),--reduce会对pdb加氢(H).命令执行完成后需要对产生的gfp.pdb进行手工微调,1) 需要把文件中所有MSE更换为MET:2) 把所有SE 原子(Se)

现在简单介绍一下amber12中安装openmpi并行的过程. 1. 下载openmpi版本在1.5-1.9之间的(openmpi-1.6.5.tar.bz2) 这是因为$AMBERHOME/AmberTools/src/configure_openmpi 文件中的下面这句话: mpidirs=`/bin/ls -d openmpi-1.[5-9]*/ 2>/dev/null | tail -n 1` 2. 下载完成之后进行解压 一定要解压到 $AMBERHOME/AmberTools/src

最近刚开始学习amber软件,看网上的教程勉强知道怎么操作这个amber了.就暂时跑了个分子动力学,其他的啥也没处理.先把我的操作过程记录下来吧,免得日后忘记. 一.构建kcl.pdb结构 利用GaussView构建结构,其实很简单,就分别选择K和Cl,然后在窗口点两下,保存成kcl.pdb. 二.利用xleap获得sander的输入.top拓扑文件和.crd坐标文件 ①打开xleap,在命令行输入xleap ②导入spce水的leaprc文件,这个文件包含一些基本的离子的参数,我这里使用的是s

1. Prepare Input File $ tleap >source leaprc.protein.ff14SB ----- Source: /home/wangq/Programs/amber16/dat/leap/cmd/leaprc.protein.ff14SB ----- Source of /home/wangq/Programs/amber16/dat/leap/cmd/leaprc.protein.ff14SB done Log file: ./leap.log Loadin

训练做的题里有板子单独拉出来. 欧拉筛 ],prim[N+]; int cnt; void Eular() { vis[]=vis[]=; ;i<N;i++) if(!vis[i]) { prim[cnt++]=i; ; } } 辗转相除法求逆元 ll ans,re; void e_gcd(ll a,ll b) { ) { ans=,re=; return; } e_gcd(b,a%b); ll temp=ans; ans=re; ///*** re=temp-a/b*re; } SPFA找环[

很多蛋白质在行驶生物催化反应(如ATP水解,氨基酸的乙酰化,CoA的去乙酰化,甲基化等等)都需要金属离子(Mg,Zn,Ca等等)的参与,换句话说,金属离子对蛋白功能是必须的.模拟金属酶体系,现在也是分子动力学中的热点及难点,尤其现在结合量子力学与分子力学的方法(QM/MM)更是前言.以Amber为例 1.金属的参数文件(在amber中不包括): (1)Ca离子的 0 0 2 Calsium IonCALCAL INT 1CORR OMIT DU BEG0.0000001 DUMM DU M 0

# MahApps.Metro使用 # ## 下载MahApps.Metro ## PM> Install-Package MahApps.Metro ## MainWindow.xaml中添加 ## xmlns:Controls="clr-namespace:MahApps.Metro.Controls;assembly=MahApps.Metro" ## 然后将Window标签替换为如下标签 ## ## MainWindow.xaml.cs添加 ## using MahApp

A string such as "word" contains the following abbreviations: ["word", "1ord", "w1rd", "wo1d", "wor1", "2rd", "w2d", "wo2", "1o1d", "1or1", "

[对A/B测试的看法] 开发者在Dev Center中设置几种应用变体,这几种变体有几个变量的值不一样,比如有变体A和变体B(当然还可以加上变体C,Dev Center最多支持5个变体),A和B的不同在于Button的颜色btnColor,A是Amber,B是Blue 这些值设置好之后,Dev Center通过设置的变体比例随机返回变体的变量值 ,比如变体A:变体B = 1:3,那么返回的btnColor值中Amber : Blue = 1:3 开发者根据这些值对应用做一些改变,不同的返回值对应

今天有个表格需求做到多重折叠子元素功能,仔细想了下实现原理, 1.在html中,把父子节点的关系写在自定义属性,但对于节点是否有孩子(hasChild),是否是最后一个节点(isLastOne),是否是第一个节点(isFirstOne),都还不知道.所以第一步要分析出这些信 息,把这些信息都记录到自定义属性.2.先扫描所有的tr,构造出两个map,分别记录{'pId' => ['id1', 'id2']}和{id => pId}的关系.3.再次扫描所有的tr,根据两个map的关系,给tr增加h

Example of worker.properties: worker.list=myWorker,yourWorker worker.myWorker.port=7505 worker.myWorker.host=my.host.com worker.myWorker.type=ajp13 worker.myWorker.secret=secretword worker.yourWorker.port=7505 worker.yourWorker.host=your.host.com wor

A string such as "word" contains the following abbreviations: ["word", "1ord", "w1rd", "wo1d", "wor1", "2rd", "w2d", "wo2", "1o1d", "1or1", "

You are given an undirected graph G(V, E). Each vertex has a mark which is an integer from the range [0..231 – 1]. Different vertexes may have the same mark. For an edge (u, v), we define Cost(u, v) = mark[u] xor mark[v]. Now we know the marks of som

Time Limit: 5 Seconds Memory Limit: 32768 KB Special Judge Network of Byteland consists of n servers, connected by m optical cables. Each cable connects two servers and can transmit data in both directions. Two servers of the network are especially i

A string such as "word" contains the following abbreviations: ["word", "1ord", "w1rd", "wo1d", "wor1", "2rd", "w2d", "wo2", "1o1d", "1or1", "