做基因组注释 先用augustus训练,然后再用maker做基因注释 augustus提供一些训练好的,如果有和你的物种非常接近的,直接用提供的,没有的话再自己训练. 网址: http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/ 老版本下载: http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/old/ 最后选择下载2.7的 新版本3.2的实在是装不上 太麻烦了!!!!! 下载好后,解压,cd src, sudo ma

  目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论,通过已有物种的注释信息对软件进行训练,从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构,在这方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测,也可以整合EST, cDNA, RNA-seq数据作为先验模型进行预测. 安装 安装较为复杂,可选用conda进行安装 使用 (1)若存在已经被训练的物种(augustus --species=help查看),则直接使用一下代码进行预测基因,以拟南芥为例: 1 augustus

介绍: http://pasapipeline.github.io/ 参考别人的安装教程:http://sihua.us/pasa.htm 软件下载: https://github.com/PASApipeline/PASApipeline/releases 第一步:安装pasa tar -zxvf PASApipeline-2.0.2.tar.gz cd PASApipeline-2.0.2 make pasa在bin目录下,你可以复制到/usr/local/bin下面 第二步:创建mysql

PASA, acronym for Program to Assemble Spliced Alignments, is a eukaryotic genome annotation tool that exploits spliced alignments of expressed transcript sequences to automatically model gene structures, and to maintain gene structure annotation cons

前言 4 月热播的韩剧<王国>,不知道大家有没有看?我一集不落地看完了.王子元子出生时,正逢宫内僵尸作乱,元子也被咬了一口,但是由于大脑神经元尚未形成,寄生虫无法控制神经元,所以医女在做了简单处理后,判断不会影响大脑.这里提到了人脑神经元,它也是 AI 神经网络的研究起源,具体展开讲讲. 人脑中总共有 860 亿个神经元,其中大脑皮层有 160 亿个神经元.大脑皮层的神经元数量决定了动物的智力水平,人的大脑皮层中神经元数量远高于其他物种,所以人类比其他物种更聪明.大象的脑子总共有 2570 亿

MLPerf结果证实至强 可有效助力深度学习训练 核心与视觉计算事业部副总裁Wei Li通过博客回顾了英特尔这几年为提升深度学习性能所做的努力. 目前根据英特尔 至强 可扩展处理器的MLPerf结果显示,英特尔 至强可扩展处理器已超出性能阈值,对于希望在基础设施上运行多个工作负载的数据科学家,因为他们无需投资购买专用硬件,这款处理器是一个有效选择. 20 多年来,我一直致力于在超级计算机.数据库服务器和移动设备等平台上对计算机性能进行优化与基准测试.突出你构建的产品的性能结果,然后与业内其他产品

Augustus指南 官方 Tutorial Index Augustus是一个真核生物基因预测软件,目前有网页服务端和本地版,它基于Hidden-Markov Model(隐马尔科夫链模型HMM)(一个不错的HMM介绍博客)的预测方法,因此需要一个已经研究清楚的物种进行training(学习)之后再对新物种进行prediction(预测),用于trainning的物种应该和需要预测的物种具有较近的亲缘关系 特点:官方介绍 目录 Augustus指南 官方 Tutorial Index Inpu

SSD demo中详细介绍了如何在VOC数据集上使用SSD进行物体检测的训练和验证.本文介绍如何使用SSD实现对自己数据集的训练和验证过程,内容包括: 1 数据集的标注2 数据集的转换3 使用SSD如何训练4 使用SSD如何测试 1 数据集的标注 数据的标注使用BBox-Label-Tool工具,该工具使用python实现,使用简单方便.修改后的工具支持多label的标签标注.该工具生成的标签格式是:object_numberclassName x1min y1min x1max y1maxcl

原文链接 在互联网搜索引擎和医疗成像等诸多领域,深度神经网络 (DNN) 应用的重要性正在不断提升. Pradeep Dubey 在其博文中概述了英特尔® 架构机器学习愿景. 英特尔正在实现 Pradeep Dubey 博文中勾勒的机器学习愿景,并正在着手开发软件解决方案以加速执行机器学习工作负载.这些解决方案将包含在未来版本的英特尔® 数学核心函数库(英特尔® MKL)和英特尔® 数据分析加速库(英特尔® DAAL)中. 本技术预览版展示了配备我们正在开发的软件后,英特尔平台将有望实现的性能.

#include <cstdio> using namespace std; int main(){ puts("转载请注明出处:http://www.cnblogs.com/wangyurzee7/"); puts("谢谢您的配合"); puts("by wangyurzee7"); ; } 20160710 去了my 火车晚点了,不想等,于是直接在my住一晚 计蒜之道的决赛通知来辣qwq 20160711 从my去cd 下午去机房

一.背景 近期研究了一下语言模型,同事推荐了一个比较好用的工具包kenlm,记录下使用过程. 二.使用kenlm训练 n-gram 1.工具介绍:http://kheafield.com/code/kenlm/ 2.工具包的下载地址:http://kheafield.com/code/kenlm.tar.gz 3.解压后运行,./bjam 进行编译 4.使用如下命令进行训练:bin/lmplz -o 5 --verbose_header --text data/chat_log.txt --ar

require 'torch' require 'image' local setting = {parent_root = '/home/pxu/image'} function list_children_root(path) ,{},io.popen for file_name in popen('ls -a ' .. path):lines() do i = i + then t[i-] = file_name --if i>0 then --t[i] = file_name end e

菜鸡队训练实录. 现场赛记录: 2016:[名称:奖项/排名] ZJPSC:Gold/1 CCPC中南邀请赛:Gold/1 ICPC Dalian:Gold/24 ICPC Beijing:Gold/9 CCPC Final:Bronze/40 ICPC China-Final:Gold/12 To do List: 所有人需要提高效率 减小罚时 三人组队训练时必须用指定Ubuntu电脑敲题,其他两台电脑只能读题.读代码 为提升代码能力,poursoul和_ilovelife尽量做到每天solo

下载chi_sim.traindata字库下载tesseract-ocr-setup-3.02.02.exe 下载地址:http://code.google.com/p/tesseract-ocr/downloads/list下载jTessBoxEditor用于修改box文件下载地址:http://download.csdn.net/detail/a443475601/5896893 里面自带java运行库,安装后 然后启动命令行 java -jar jTessBoxEditor.jar即可打开

中级训练接着就紧锣密鼓的开始了. 首先是关于变量,变量的作用是给一个数据值标注名称. 注:JavaScript中变量名,函数名,参数名的命名规范:至少由字母,下划线,美元符号,数字其中的一种组成,但不能以数字开头.变量的定义,如:var num =5.关于变量的引用,我觉得这句话已经说的很形象了——数据本来不具有名称,之所以使用变量,就是为了通过某个名称来称呼这样一种不具有名称的数据. 所谓"引用",可以认为是用变量名来取出其代表的数据值.就像在许许多多的箱子里面通过箱子的名称,找到该

这里的初级训练相对简单,差不多都是以前知识温习. 比如输出“hello world”,直接使用console.log()就行.注释符号,“//”可以注释单行,快捷键 alt+/,"/*   */"可以注释一大段,快捷键 alt+shift+/.接着就是温习js里面到数据类型,学这一小节的时候感觉挺有收获到,因为它这里是综合汇总,能一下子很清除的明白js中的数据.javascript中的数据共分两种 - 简单数据 和 复杂数据.简单数据只有undefined,null,boolean,n

现简单对屏幕回显信息进行说明: #iter 为迭代次数, nu  与前面的操作参数 -n nu  相同, obj 为 SVM 文件转换为的二次规划求解得到的最小值, rho  为判决函数的常数项 b , nSV  为支持向量个数, nBSV 为边界上的支持向量个数, Total nSV 为支持向量总个数. 训练后的模型保存为文件 *.model ,用记事本打开其内容如下: svm_type c_svc %  训练所采用的 svm 类型,此处为 C- SVC kernel_type rbf % 训

转载请注明出处,楼燚(yì)航的blog,http://www.cnblogs.com/louyihang-loves-baiyan/ https://github.com/YihangLou/fast-rcnn-train-another-dataset 这是我在github上修改的几个文件的链接,求星星啊,求星星啊(原谅我那么不要脸~~) 在之前两篇文章中我介绍了怎么编译Fast RCNN,和怎么修改Fast RCNN的读取数据接口,接下来我来说明一下怎么来训练网络和之后的检测过程 先给看一

Fast RCNN训练自己的数据集 (2修改读写接口) 转载请注明出处,楼燚(yì)航的blog,http://www.cnblogs.com/louyihang-loves-baiyan/ https://github.com/YihangLou/fast-rcnn-train-another-dataset 这是我在github上修改的几个文件的链接,求星星啊,求星星啊(原谅我那么不要脸~~) 这里楼主讲解了如何修改Fast RCNN训练自己的数据集,首先请确保你已经安装好了Fast RCN

本文为作者原创,未经允许不得转载:原文由作者发表在博客园: http://www.cnblogs.com/panxiaochun/p/5345412.html 因为工作的原因,本人需要用到分类器来检测目标,所以需要训练自己的分类器 在这里我就简单的说下步骤和注意事项. HaarTraining步骤 1.正负样本处理 正样本处理需要对正样本进行归一化处理,一般情况下可以用Photoshop对图像进行尺寸统一处理,比如都是20*20或者24*24,其中其它尺寸比如240*15也可以做成样本的,不要求