awk: awk '/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0 }' YourFile sed: sed -n '1{x;d;x};${H;x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};/^>/{x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};H' YourFile

读取fasta文件genome_test.fa,并计算染色体总长,同时输出最长染色体编号.序列以及长度 fasta文件genom_test.fa的内容如下: >chr1ATATATATAT>chr2ATATATATATCGCGCGCGCG>chr3ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT>chr4ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCGCGCG>chr5ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCG

关于awk的多文件处理: awk的数据输入有两个来源,标准输入和文件,后一种方式支持多个文件,如1.shell的Pathname Expansion方式:awk '{...}' *.txt # *.txt先被shell解释,替换成当前目录下的所有*.txt,如当前目录有1.txt和2.txt,则命令最终为awk '{...}' 1.txt 2.txt2.直接指定多个文件: awk '{...}' a.txt b.txt c.txt ...awk对多文件的处理流程是,依次读取各个文件内容,如上例,

1.awk功能和实用形式 awk指定读取文件中的某一行的某个字段 awk      可以设置条件来输出文件中m行到n行中每行的指定的k字段,使用格式如下 awk    'NR==m,NR==n {print $k}'  path/filename m,n,k表示实在的数值.如果要用变量来表示m,n的值,则变量需要用单引号将其引起来. NR,{print }是awk命令在此用法下的规定字段:path/filename表示读取文件的路径及文件名. 当要读取某一行的内容的k字段时,使用格式如下 awk

文件排序 seq: 产生一系列的数字; man seq查看其具体使用.我们这使用seq产生下游分析所用到的输入文件. # 产生从1到10的数,步长为1 $ seq 1 10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 # 产生从1到10的数,步长为1,用空格分割 $ seq -s ' ' 1 10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 # 产生从1到10的数,步长为2 # 如果有3个数,中间的数为步长,最后一个始终为最大值 $ seq -s ' ' 1 2 10 1 3 5 7 9 $ cat

Linux中fasta文件的拆分与合并 FASTA文件的拆分: (1)如果从一个文件a提取第11至20个序列存到另一个文件b: awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=21{print ">"$0}' a.fasta|sed '/^$/d'>b.fasta (2)将某一文件a中每一条序列保存到一个文件中: awk '/^>/{f=++d".fasta"} {print > f

一般我们在linux上读取文件,是用vi工具,如果是写shell 脚本时,一般式通过cat 再 使用管道来达到流的处理. 但如果文件太大,单纯的cat 可能会使用过多的内存,而且实现上还需要后续的加工,不大可取. 下面我分享两个方法来读取部分文件. 方法一 sed -n "10,20p" /opt/chenfool.txt 方法二 awk 'NR==10,NR==20{print}' /opt/chenfoo.txt 上面两个命令就是读取/opt/chenfool.txt 文件的10到

回到: Linux系列文章 Shell系列文章 Awk系列文章 详细分析awk如何读取文件 awk读取输入文件时,每次读取一条记录(record)(默认情况下按行读取,所以此时记录就是行).每读取一条记录,将其保存到$0中,然后执行一次main代码段. awk '{print $0}' a.txt 如果是空文件,则因为无法读取到任何一条记录,将导致直接关闭文件,而不会进入main代码段. touch x.log # 创建一个空文件 awk '{print "hello world"}'

vim/sed/awk/grep等文件批处理总结 https://www.cnblogs.com/cangqiongbingchen/p/9760544.html Vim相关操作 1.基础 * 和 # 对对当前光标所在的单词进行搜索 %匹配括号移动,包括 (, {, [ K 查看man手册 ga 查看ascii值 g CTRL-G 统计字数,使用Visual模式选取统计部分 q: 打开历史记录窗口 :marks 打开编辑标记窗口, `0 准确回到上一次退出vim的位置 gf 打开光标下的指定文件

shell脚本实现读取一个文件中的某一列,并进行循环处理 1) for循环 #!bin/bash if [ ! -f "userlist.txt" ]; then echo "userlist.txt 不存在!" fi for userid in `(cat userlist.txt)` do a=$userid echo $a done #!bin/bash if [ ! -f userlist.txt ]; then echo "userlist.tx

前言: 一直有个想法,就是把工作中遇到的坑通过自己的深挖,总结成一套相同问题的解决方案供各位同行拍砖探讨.眼瞅着2015年第一个工作日就要来到了,小匹夫也休息的差不多了,寻思着也该写点东西活动活动大脑和手指了.那么今天开始,小匹夫会记录一些平时工作中遇到的坑,以及小匹夫的应对方法,欢迎各位拍砖讨论.那么今天主要讨论一下Unity3D在移动端如何动态的读取外部文件,比如csv(txt),xml一类的文件.主要涉及的问题,就是PC端上本来测试的好好的东西,到了移动端就不能用了,所以要讨论一下PC端和

caffemodel是二进制的protobuf文件,利用protobuf的python接口可以读取它,解析出需要的内容 不少算法都是用预训练模型在自己数据上微调,即加载"caffemodel"作为网络初始参数取值,然后在此基础上更新.使用方式往往是:同时给定solver的prototxt文件,以及caffemodel权值文件,然后从solver创建网络,并从caffemodel读取网络权值的初值.能否不加载solver的prototxt,只加载caffemodel并看看它里面都有什么东

以下为一个完整的informatica读取ftp文件,并导入到系统中. 第一步: 通过shell脚本下载压缩包文件 /server/infa_shared/crm_prod/shell/ftpFromLive.sh $$ZIP_FILE_NAME shell脚本内容如下: #!/bin/bash filename=$ ftp -niv xxx.xxx.xxx.xxx <<-EOF user username password binary #服务器增加防火墙后,ftp请求已经修改为主动模式 p

在Android读取Word文件时,在网上查看时可以用tm-extractors,但好像没有提到怎么读取Word文档中字体的颜色,字体,上下标等相关的属性.但由于需要,要把doc文档中的内容(字体,下划线,颜色等)读取应用到android中(不包括图片和图表). 后面采用的是poi三方jar包(原包太大,可以从源代码里自己抽取有用的一些代码减少包的大小). 我的想法是:把doc中的内容解析出来后,加上html对应的标签,在android中通过Html.fromHtml在TextView中进行显示

一.背景 最近,在项目开发的过程中,遇到需要在properties文件中定义一些自定义的变量,以供java程序动态的读取,修改变量,不再需要修改代码的问题.就借此机会把Spring+SpringMVC+Mybatis整合开发的项目中通过java程序读取properties文件内容的方式进行了梳理和分析,先和大家共享. 二.项目环境介绍 Spring 4.2.6.RELEASE SpringMvc 4.2.6.RELEASE Mybatis 3.2.8 Maven 3.3.9 Jdk 1.7 Id

文章主要介绍了Javascript写入txt和读取txt文件的方法,需要的朋友可以参考下1. 写入 FileSystemObject可以将文件翻译成文件流. 第一步: 例: 复制代码 代码如下: Var fso=new ActiveXObject(Scripting.FileSystemObject); 创建一个可以将文件翻译成文件流的对象. 第二步:用于创建一个textStream 对象 括号里边有三个属性 1. 文件的绝对路径 2. 文件的常数 只读=1,只写=2 ,追加=8 等权限.(Fo

wjgl.aspx.cs: using System; using System.Collections; using System.Configuration; using System.Data; using System.Linq; using System.Web; using System.Web.Security; using System.Web.UI; using System.Web.UI.HtmlControls; using System.Web.UI.WebControl

sparkR读取csv文件 The general method for creating SparkDataFrames from data sources is read.df. This method takes in the path for the file to load and the type of data source, and the currently active SparkSession will be used automatically. SparkR suppo

 java读取properties文件的几种方法一.项目中经常会需要读取配置文件(properties文件),因此读取方法总结如下: 1.通过java.util.Properties读取Properties p=new Properties();  //p需要InputStream对象进行读取文件,而获取InputStream有多种方法:  //1.通过绝对路径:InputStream is=new FileInputStream(filePath);  //2.通过Class.getResou

ApexSQLLog可以只读取ldf文件 需要数据库在线 本文版权归作者所有,未经作者同意不得转载.