版权声明:本文为博主原创文章,遵循CC 4.0 BY-SA版权协议,转载请附上原文出处链接和本声明. 本文链接:https://blog.csdn.net/devcloud/article/details/94549627 GO是Gene Ontology的简称,是基因功能国际标准分类体系.它旨在建立一个适用于各种物种的,对基因和蛋白质功能进行限定和描述的,并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准.GO分为分子功能(Molecular Function).生物过程(Biological Proc

  Simple, fast implementation of Fisher’s exact test. . For example, for the following table: o Having the property Not having the property Selected 12 5 Not selected 29 2 Perhaps we are interested in whether there is any difference of property in se

前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化.简单总结下用法,以后用时可直接找来用. 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里? GO的注释信息来自Bioconductor,提供了19个物种的org类型的GO注释信息,如下表所示.Bioconductor中更多的注释包可参考http://www.bioconductor.org/packages/rel

gene ontology为了查找某个研究领域的相关信息,生物学家往往要花费大量的时间,更糟糕的是,不同的生物学数据库可能会使用不同的术语,好比是一些方言一样,这让信息查找更加麻烦,尤其是使得机器查找无章可循.Gene Ontology就是为了解决这种问题而发起的一个项目.    Gene Ontology中最基本的概念是term.GO里面的每一个entry都有一个唯一的数字标记,形如GO:nnnnnnn,还有一个term名,比如"cell", "fibroblast gro

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS

参考:http://www.biotrainee.com/thread-558-1-1.html http://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/ http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/topGO.html https://www.jianshu.com/p/9e21f2196178 https://rpubs.com/aemoore62/TopGo_colMap_Func_Trouble

本文主要是对没有GO term库的植物进行注释. 1.选用AgriGo 进行注释,在agriGO中点击species后,查看与你目标物种相近的物种作为库 2.比如我以甜菜为例 为了找到和GO term对应的ID,先找到PLAZA,进入网站https://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/versions/plaza_v3_dicots/download/index 点击data ->identifier Conversion, 找到甜菜,下载改ID对应的文件,进

利用DAVID简单的进行GO富集度分析(这里只做简单的分析,即看基因是否存在在GO的三个过程里面) 比如我们有一组要分析的基因:TRPV6    CXADR    PROM1    GRAMD2    SOX10    GPRIN2    VANGL2    GRHL1    BCL11A    MROH8(这里用的是关于人的基因名) 首先打开DAVID网页,选择Functional Annotation: 在左边的框里面按提示输入,步骤1,输入你的ID号,这里可以是基因ID,也可以是基因名,或

Map接口: Map接口与Collection接口无继承关系. 区别:Collection中的元素是孤立的,一个一个存进去的. Map作为一个映射集合,每一个元素包含Key-value对(键-值对).即,Map元素总是成对出现的. Map中的value对象可以重复,但Key不能重复. Map接口的常用集合: 1.HashMap集合,HashMap类与HashSet类基本相同,都是无序的, 2.LinkedHashMap集合,存储数据是有序的. Map接口的常用方法: package Demo2;

在Chromium中.Render端和WebGL端绘制出来的UI终于是通过Browser端显示在屏幕上的.换句话说.就是Browser端负责合成Render端和WebGL端的UI.这涉及到不同OpenGL上下文之间的资源传递和同步问题.当中,资源传递问题通过Mailbox机制解决,同步问题通过Sync Point机制解决.本文接下来就分析Browser端合成Render端和WebGL端UI的过程. 老罗的新浪微博:http://weibo.com/shengyangluo.欢迎关注! <Andr

实际项目当中用到的案例,个人笔记. USE [CA-SM]GO/****** Object:  StoredProcedure [dbo].[PG_SM_AddSum]    Script Date: 07/08/2013 18:56:43 ******/SET ANSI_NULLS ONGOSET QUOTED_IDENTIFIER ONGO --CREATE PROCEDURE [dbo].[pg_AddOtherFee]ALTER PROCEDURE [dbo].[PG_SM_AddSum

刚才把最后的10道题又看了下.也发上来吧. 以下给出试题.和我对题目的一些理解 前10道题地址 (各个公司面试原题)在线做了一套CC++综合測试题.也来測一下你的水平吧(一) 11.设已经有A,B,C,D4个类的定义,程序中A,B,C,D析构函数调用顺序为? C c; void main() { A*pa=new A(); B b; static D d; delete pa; } A.    A B C D B.    A B D C C.   A C D B D.   A C B D 答案:

target_gene_id <- unique(read.delim("miRNA-gene interactions.txt")$EntrezID) # BiocInstaller::biocLite("clusterProfiler") # BiocInstaller::biocLite("org.Hs.eg.db") display_number = c(, , ) ## GO enrichment with clusterProf

D3.js的v5版本入门教程(第九章) 一个完整的柱状图应该包括的元素有——矩形.文字.坐标轴,现在,我们就来一一绘制它们,这章是前面几章的综合,这一章只有少量新的知识点,它们是 d3.scaleBand():这也是一个坐标轴,可以根据输入的domain的长度,等分rangeRound域(类比range域)d3.range():这个比较复杂,建议去看百度(或者官方API),在这里我只讲一下这个返回一个等差数列    1.得到SVG画布 var marge = {top:60,bottom:60,

一.背景 公司的某一金融项目包含 12 个子系统,新需求一般按分支来开发,测完后合并到主干发布.开发团队需要同时维护开发环境.测试环境.模拟环境(主干).目前面临最大的两个问题: 1.子系统太多,每次发布(包括开发环境.测试环境.模拟环境)都比较耗时间 2.业务数据和报表的数据(主要是汇率.金额.手续费之类)仍依赖 Tester 人工验证,一个 sprint 一般需要走一周 以上. 自动化测试和持续集成提了近一年,但由于各种因素的影响,还是在原地踏步.所幸仍有一两个不怕背黑锅的搭档,今日终于迈出

在 <[Hello CC.NET]CC.NET 实现自动化集成> 的 HellowWorld 中经实现: 1.获取源码 2.编译项目 3.集成测试 4.Ftp发布项目 5.创建安装包 6.邮件通知 在方案落地的过程中,FTP 上传开发自测环境(或测试环境)后,仍然需要人手来修改相关配置(比如 Web.config). 假设项目的 Web.config 配置如下:   <appSettings>     <add key="OrgDB" value=&quo

在Windows下使用客户端,直接可以打开.plt文件的gnuplot格式的文件,open->xx.plt 在Linux下使用shell 运行gnuplot脚本, 结果一闪而过.解决办法是在 程序末尾+一句: pause -1 #让程序永久暂停 操蛋的GNUPLOT命令简写,本来命令就很多,现在都用简写,谁tm知道是什么意思,而且还不好查.文档里面也是一大坨.简写是方便了,但是 让新手玩家欲哭无泪.所以本屌觉得这是个傻逼的 缩写方案. 转自:http://qbk378.lofter.com/ 谈

<!DOCTYPE> <html lang='en'> <head> <title>3-Highcharts 3D图之3D柱状图分组叠堆3D图</title> <meta http-equiv="content-type" content="text/html;charset=utf-8"> <script src="../jquery-2.1.4/jquery.min.js&q

1.使用的报表工具: jfree报表 2.下载网址: http://www.jfree.org/ 下载之后先解压:如下图 下载后:需要的jar包!如下图: 打开:找到以下的两个jar包 再导入开发项目中: 之后就可以正常使用jfree报表了: 3.jfree报表API文档: http://tool.oschina.net/apidocs/apidoc?api=jfreechart 参考博文:Bannings博客 http://blog.csdn.net/zhangao0086/article/d

1.前言 看完讲卷积神经网络基础讲得非常好的cs231后总感觉不过瘾,主要原因在于虽然知道了卷积神经网络的计算过程和基本结构,但还是无法透彻理解卷积神经网络的学习过程.于是找来了进阶的教材Notes on Convolutional Neural Networks,结果刚看到第2章教材对BP算法的回顾就犯难了,不同于之前我学习的对每一个权值分别进行更新的公式推导,通过向量化表示它只用了5个式子就完成了对连接权值更新公式的描述,因此我第一眼看过去对每个向量的内部结构根本不清楚.原因还估计是自己当初