circRNA包含外显子

2024-11-03

circRNA

一.circRNA序列提取环状RNA (circRNA)是一类不具有 5' 末端帽子和 3' 末端 poly(A)尾巴.并以共价键形成环形结构的非编码 RNA 分子. 环状RNA (circRNA) 是区别于传统线性 RNA 的一类新型 RNA,大量存在于真核转录组中且表达具有时空特异性.在调控基因转录.作为疾病诊断marker等方面具有重要的研究和临床意义. 在预测circRNA时,都是检测breakpoint 处的reads 数,最后给出的环状RNA的ID 都是诸如 chr14:10699

GlimmerHMM指南

GlimmerHMM指南官方用户手册 GlimmerHMM是一种De novo的新基因预测软件. 新基因发现基于Generalized Hidden Markov Model (GHMM). GlimmerHMM把一个基因看做几种特征序列(状态)的有序切换,这些特征序列包括内含子,基因间隔区,四种外显子(第一个外显子,中间的外显子,最后一个外显子,唯一的外显子),切换的过程形成马尔科夫链. 特征序列内部序列基于Nth-order interpolated Markov models (IMM)

circRNA 序列提取中的难点

在预测circRNA时,都是检测breakpoint 处的reads 数,最后给出的环状RNA的ID 都是诸如 chr14:106994222-107183708 这样的形式,给出了起始和终止位置: 对于某一个基因来说,其可能产生的circRNA的类型是多样的,以下图为例进行说明 1) 由单个外显子组成的环状RNA, 比如 2)有多个外显子组成的环状RNA, 比如以上的两种circRNA在序列提取时都非常容易,只需要将circRNA的起始和终止位置能够和某些外显子正好对应上,那么就可以确定其序

【转】GATK使用方法详解（包含bwa使用）

一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法. (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25).下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/downloa

find_circ 识别circRNA 的原理

find_circ 通过识别junction reads 来预测circRNA 和参考基因组比对完之后,首先剔除和基因组完全比对的reads,保留没比对上的reads, 这部分reads 直接比是比对不上基因组的,因为其来自不同的外显子区域,直接比对的话不允许这么大片段的缺失,那么如何区分剪切的spliced read 和来自环状RNA的junction read呢,从上面的示意图我们可以直接看出,spliced read 的两部分比对在基因组上的前后位置和转录本中的位置保持一致,而来自cir

CIRI 识别circRNA的原理

CIRI 根据circRNA 连接点处的reads来识别circRNA, 在连接点处的reads 其比对情况非常特殊: CIRI 根据3种模型来识别circRNA, 连接点处的read 叫做junction read A) circRNA 由3个外显子环化形成, 由于测序读长的限制,junction read 只覆盖了起始外显子和终止外显子的部分序列,这两部分reads的比对位置在基因组上的位置是相反的, B) circRNA 由3个外显子环化形成, 由于连接点处的一个外显子其长度太短,junc

dagger2系列之依赖方式dependencies、包含方式(从属方式)SubComponent

本篇是实战文章,从代码的角度分析这两种方式.本文参考自下列文章: http://www.jianshu.com/p/1d42d2e6f4a5 http://www.jianshu.com/p/94d47da32656 一般在项目中我们需要全局使用app或者其他,这个时候就需要有一个全局的Component作为桥梁,提供给使用方使用.一个Component可以依赖一个或多个Component,并拿到被依赖Component 暴露出来的实例. <一>依赖关系全局提供App实例类.上下文Cont

ThinkPHP+Smarty模板中截取包含中英文混合的字符串乱码的解决方案

好几天没写博客了,其实有好多需要总结的,因为最近一直在忙着做项目,但是困惑了几天的Smarty模板中截取包含中英文混合的字符串乱码的问题,终于解决了,所以记录下来,需要的朋友看一下: 出现乱码的原因: 对于字符串的截取,truncate函数只适合英文用户,对与中文用户来说,使用 truncate会出现乱码,而且对于中文英文混合串来说,截取同样个数的字符串,实际显示长度上却不同,一个中文的长度大致相当于两个英文的长度.此外,truncate不能同时兼容GB2312.UTF-8等编码. 解决方法:自

C# 用SoapUI调试WCF服务接口（WCF中包含用户名密码的验证）

问题描述: 一般调试wcf程序可以直接建一个单元测试,直接调接口. 但是,这次,我还要测试在接口内的代码中看接收到的用户名密码是否正确,所以,单一的直接调用接口方法行不通, 然后就想办法通过soapUI输入用户名和密码调用接口调试. 解决方案: 1.建立IIS站点a,指向--src\WCF(右键项目名称->在文件资源管理器中打开文件夹,直接复制该打开的文件夹路径,建立站点,指向该路径) 2.设置站点a的IP为127.0.0.1 ,端口随便,无冲突即可 3.在IIS站点中找到服务所在,如"S

Windows下Nginx配置SSL实现Https访问（包含证书生成）

Vincent.李 Windows下Nginx配置SSL实现Https访问(包含证书生成) Windows下Nginx配置SSL实现Https访问(包含证书生成) 首先要说明为什么要实现https? HTTP全名超文本传输协议,客户端据此获取服务器上的超文本内容.超文本内容则以HTML为主,客户端拿到HTML内容后可根据规范进行解析呈现.因此,HTTP主要负责的是"内容的请求和获取".问题就出在这部分.行监控.劫持.阻挡等行为很容易导致网站泄密,一些关键参数比如登录密码开发者会在客

mysql 列名中包含斜杠或者空格的处理方式

今天客户那边遇到了一个比较奇葩的问题跑来问我,这个问题比较冷门,所以特别记录下. 问题描述数据库的字段存在斜杠或者空格的时候,怎么用sql进行insert或者select操作. 问题解答对于这种特殊字符,我们一般想到的是用转义符进行处理,所以试了下"/".引号.单引号等常见的转义符,发现依然语法错误,又查了下mysql的官方说明: 特殊字符位于列名中时必须进行转义,如果列名中包含\t,(,),/,\,=,<,>,+,-,*,^,",',[,],~,#,|,&a

ASP.NET Core 1.1 Preview 1 简介(包含.NETCore 1.1升级公告)

ASP.NET Core 1.1 Preview 1于2016年10月25日发布.这个版本包括许多伟大的新功能以及许多错误修复和一般的增强. 要将现有项目更新到ASP.NET Core 1.1 Preview 1,您需要执行以下操作: 1. 下载并安装更新的.NET Core 1.1 Prevew 1 SDK2. 按照.NET Core 1.1 Preview 1升级公告(下一节介绍)中的说明将项目更新为使用.NET Core 1.1 Preview 13. 更新您的ASP.NET Core包依

CSS学习笔记——包含块 containing block

以下内容翻译自CSS 2.1官方文档.网址:https://www.w3.org/TR/CSS2/visudet.html#strut 有时,一个元素的盒子的位置和尺寸根据一个确定的矩形计算,这个确定的矩形叫这个元素的包含块.一个元素的包含块根据以下规则确定: 1.根元素所在的包含块叫初始包含块 initial containing block.对于连续媒体设备(continuous media),初始包含块的大小等于视口viewpor的大小,基点在画布的原点(视口左上角):对于分页媒体(pag

一个java文件中可包含多个main方法

java中的main方法是java应用程序的入口,java程序在运行时,首先调用执行main方法.但并不是说java中只能有一个main方法,不同类中都可以包含main方法.当JVM进行编译时,会提示选择其中一个main方法作为编译的入口.

一个Java文件至多包含一个公共类

编写一个java源文件时,该源文件又称为编译单元.一个java文件可以包含多个类,但至多包含一个公共类,作为编译时该java文件的公用接口,公共类的名字和源文件的名字要相同,源文件名字的格式为[公共类名.java]. 当同一个源文件中包含两个public class时,JVM会立马报出错误但java文件中可以不包含任何public公共类,但编译时JVM仍将与源文件名相同的类作为默认的接口.即便其他的类提供了main方法,JVM仍然无法编译. 当且仅当默认为接口的类中包含main方法时才能进

块级标签包含行内标签底部出现3px间隔的解决办法

当块级标签(如div)内包含了行内标签(如img),则外层元素与内层元素底部会出现3px的间隔: 代码如下: <!doctype html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>Document</title> <style> #box{ background: red; } </style> <

JavaScript（八）——复习一（重要内容基本包含在内）

一.常用对话框 1.alert(""):警告对话框,作用是弹出一个警告对话框 2.confirm(""):确定对话框,弹出一个带确定和取消按钮的对话框——确定返回true,取消返回false 3.primpt("要显示的文字"):可以允许用户输入内容的对话框二.基本语法(跟c#差不多) 1.变量都是通用类型var,可以随便存储其它类型的值,可以直接使用,不用定义.但习惯上定义. 定义变量: var a; //所有变量定义都用var定义,

SQL Server 2012 新特性：包含数据库访问数据库引擎

简单的说就是可以让包含用户访问其他数据库,那么来看看如何配置,并且验证一下: USE test CREATE USER up1 WITH PASSWORD = 'zhuzhu' SELECT * FROM sys . database_principals WHERE name = 'up' CREATE DATABASE test1 ALTER ROLE db_owner ADD MEMBER up USE test1 GO ALTER DATABASE test1 SET CONTA

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Python写红包的原理流程首先来说说要用到的知识点,第一个要说的是扩展包random,random模块一般用来生成一个随机数今天要用到ramdom中unifrom的方法用于生成一个指定范围的随机浮点数通过下面的图简单看下: 这里就打印了一个值范围是在10~20之间的浮点数. 在来说说lambda表达式是匿名函数,是函数的另一种表达方式,以下清晰了介绍了使用效果: t函数有3个值,返回3个数之和,f是lambda表达式,作用同样是返回三个数只和,def 类似 lambda,t类似f, (x,

javascript判断数组中是否包含某个元素

//判断数组array中是否包含元素obj的函数,包含则返回true,不包含则返回false function array_contain(array, obj){ for (var i = 0; i < array.length; i++){ if (array[i] == obj)//如果要求数据类型也一致,这里可使用恒等号=== return true; } return false; }

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