1.基因系列中的data索引 2.基因ID之间的转换 对于生信,依托于别人的工具不如自己动手,由于研究发表的滞后性,往往很多工具提供的转换并不是最新的,况且开发者水平也参差不齐,理解原理才能让你来去自如. 今天主要记录几个ID转换的方式: 以果蝇为例 详细的了解阅读下面:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/README 1.从NCBI下载基因ID信息:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/GENE_INFO/Inverte

1)安装载入 ------------------------------------------- if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("org.Hs.eg.db")}suppressMessages(library(org.Hs.eg.db))

DAVID网站提供了id转换的功能 1 选择上传gene list文件 2 选择上传ID的类型,我们ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID,所以这里选ENSEMBL_GENE_ID 3 这个是类型,因为只做ID转换,所以选Gene List就ok了 4 选择你要转换的ID类型,这里我选的ENTREZ_GENE_ID 5 然后选择提交就ok了 bioDBnet 1 输入文件ID类型 2 输出ID类型,这里的Gene ID就是指ENTREZ GENE ID 3 输入ID列表,点击

每个物种都有一个对应的Taxonomy ID: 9606 :人类 10090 :小鼠

1.https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html 2.如下图,筛选出基因所在的通路,并标上不同的颜色. 3.结果页面如下,有些基因会找不到对应的通路,如下图红字,找到通路的会列在下方,点击可以查看对应通路.

LayoutInflater inflater=(LayoutInflater)getSystemService(Context.LAYOUT_INFLATER_SERVICE); View view=inflater.inflate(R.layout.view_dialog, null);

可参考博客:http://blog.csdn.net/carzyer/article/details/5117429 Perl常用命令行参数概览 -e 指定字符串以作为脚本(多个字符串迭加)执行 -M/-m 和 use 模块名 一样. 如果不想引入模块的缺省值, 你可以使用 -m. -m模块名 和 use 模块名() 一样. -I (这是一个大写i)指定目录以搜索标准位置前的模块 -w 打开警告 -c 进行语法检查但并不执行程序. -0 (这是个零)跟一个16 进制或8进制数值,指定输入记录分隔

使用NCBI进行目的基因的引物设计 全文概述 利用生信工具进行目的基因的引物设计,使用了NCBI进行筛选与设计引物,使用 idtdna对筛选出的DNA进行检查.本文分享了如何筛选出高质量的基因引物,帮助想通过生信进行引物设计的学生.从业者找出合适的基因,毕竟购买引物也比较烧钱,避免设计出的基因质量偏低. NCBI查找基因 1.查询目的基因:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=zbed3 备注:这里需要注意的是,要找到合适的目的基因!如果找智人,一

转自:http://www.biotrainee.com/thread-411-1-1.html 常用数据库 ID ID 示例 ID 来源 ENSG00000116717 Ensemble ID GA45A_HUMAN UniProtKB/Swiss-Prot, entry name A5PJB2_BOVIN UniProtKB/TrEMBL, entry name A2BC19, P12345, A0A022YWF9 UniProt, accession number GLA, GLB, UG

前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy.[pubmed:25858807] 作者通过将FoxO1-3-4-floxed小鼠(FoxO1,3,4 f / f)与表达Cre重组酶的转基因系

众多不同的数据库所采用的对 Gene 和 Protein 编号的 ID 也是不同的, 所以在使用不同数据库数据的时候需要进行 ID 转换. 常用数据库 ID ID 示例 ID 来源 ENSG00000116717 Ensemble ID GA45A_HUMAN UniProtKB/Swiss-Prot, entry name A5PJB2_BOVIN UniProtKB/TrEMBL, entry name A2BC19, P12345, A0A022YWF9 UniProt, accessio

2014-07-07更新:苹果在iOS 8中全面使用instancetype代替id Steven Fisher:只要一个类返回自身的实例,用instancetype就有好处. @interface Foo:NSObject - (id)initWithBar:(NSInteger)bar; // initializer + (id)fooWithBar:(NSInteger)bar; // convenience constructor @end 对于简易构造函数(convenience co

参考:http://www.biotrainee.com/thread-558-1-1.html http://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/ http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/topGO.html https://www.jianshu.com/p/9e21f2196178 https://rpubs.com/aemoore62/TopGo_colMap_Func_Trouble

[instancetype和id的异同] 相同点:都可以作为方法的返回类型. 不同点: (1)instancetype可以返回方法所在类相同类型的对象,id只能返回未知类型的对象: (2)instancetype只能作为返回值,不能像id一样作为参数: 注意点: 1.对于init方法,id和instancetype是没有区别的.因为编译器会把id优化为instancetype.当明确返回的类型就是当前类时,使用instancetype能避免id带来的编译不出的错误情况.

首先介绍下两种方法: 一.本地分析 1.在STRING数据库下载人的互作文件,如下图,第一个文件 https://string-db.org/cgi/download.pl?sessionId=HGrreq5g8nLI&species_text=Homo+sapiens 2.在本地电脑上(linux),用grep 检索该蛋白的互作关系:ENSP00000359708 ,发现结果是空 二.直接到STRING数据库进行互作关系分析 1.检索网址 (1)这个支持多个基因ID或者蛋白ID https:/

在本系列的上一篇文章中,我们注意到强类型ID的实体,序列化为 JSON 的时候报错了,就像这样: { "id": { "value": 1 }, "name": "Apple", "unitPrice": 0.8 } 不过想了一下,这样的意外也是在意料之中的,强类型ID是record类型,而不是原始类型,因此将其序列化为一个对象是有意义的,但这显然不是我们想要的--让我们看看如何解决这个问题. System

目录 流程使用 问题 记录下braker2的使用要点,以备忘记. 流程使用 braker2有很多流程,根据你的数据:组装的基因组.转录组.蛋白(同源,包括近缘或远缘)选择不同流程,官网有说明: https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER 现在的动植物组装,大多数都含有以上三类数据吧,因此可选择如下流程,用公共数据库OrthoDB中的直系同源蛋白,根据自己的物种选择,有动物植物微生物等,如我选择植物就有300多万条序列. 作者指出,braker2并非证据越多越

利用DAVID简单的进行GO富集度分析(这里只做简单的分析,即看基因是否存在在GO的三个过程里面) 比如我们有一组要分析的基因:TRPV6    CXADR    PROM1    GRAMD2    SOX10    GPRIN2    VANGL2    GRHL1    BCL11A    MROH8(这里用的是关于人的基因名) 首先打开DAVID网页,选择Functional Annotation: 在左边的框里面按提示输入,步骤1,输入你的ID号,这里可以是基因ID,也可以是基因名,或

项目开发中前后端数据交互常会使用id作为主键索引,通常id数值都不大,使用number类型就可以表示处理,但对于一些分布式id或其他情况,id数值太大且超过了JS的最大处理数(Math.pow(2, 53) = 9007199254740992)时就会存在精度问题:Math.pow(2, 53) + 1 = 9007199254740992; 实际例子: 当后端返回了这样一个id数值的数据,可以看到此数值已经超过了JS的最大处理数,丢失了精度,前端此时拿到的id值是错误的,此时涉及id的前后端数

KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系:基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图:另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签.下面就首先来讲一下KEGG orthology. 任找一个