转载:http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/18699154201241014835362/ http://blog.sina.com.cn/s/blog_4476400f0100iq0x.html   EST----对EST序列进行冗余查找,利用CD_HIT软件聚类,快速批量去除冗余序列 est-trimer(去掉帽子和尾巴,去掉太短而不可信的) RepeatMaster(去掉转座子等重复) seqclean(去除载体,线粒体叶绿体等序列) CAP

EST:表达序列标签,expressed sequence tags . 顾名思义,很好理解,就是表达出来的序列,即从基因组DNA上表达出来的RNA,但是我们没法测序RNA,所以我们最终测的是表达序列的cDNA片段. “标签”:就是指这些序列可能比较短,但是可以用来标定一个物种. 常见下载方式有两种: 1. NCBI Web下载 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/ 打开,搜索你要的物种,比如 Camellia ,可以看到结果EST (50287). Web下载

转载链接:http://www.cnblogs.com/zhangyoushugz/archive/2012/11/09/2762720.html 众所周知,在之前的sqlserver版本中,一般采用GUID或者identity来作为标示符,但是identity是一个表对象,只能保证在一张表里面的序列,当我们遇到以下情况时, 表1 ID 订单类型 价格 1 火车票 200 4 飞机票 2000 5 船票 600 表2 ID 订单类型 价格 2 酒店 400 3 公园门票 170 6 租车费用 3

转载请注明来自souldak,微博:@evagle 题目(来自leetcode): 给你一个n个数的乱序序列,O(N)找出其中最长的连续序列的长度. 例如给你[100, 4, 200, 1, 3, 2],那么最长的连续序列为[1, 2, 3, 4],所以返回4. 思路: 最简单直接的想法是:将数组排序,然后扫一遍排好序的序列,从中找出最长的即可,这样的话时间是O(nlogn)+O(n),显然不符合题目要求,会超时. 那怎么样不排序就能做出来呢? 我们先抛开算法,想想自己会怎么找,当数组很小,你可

Given an unsorted array of integers, find the length of the longest consecutive elements sequence. Your algorithm should run in O(n) complexity. Example: Input: [100, 4, 200, 1, 3, 2] Output: 4 Explanation: The longest consecutive elements sequence i

Given an array of numbers, verify whether it is the correct preorder traversal sequence of a binary search tree. You may assume each number in the sequence is unique. Follow up:Could you do it using only constant space complexity? 给定一个数字数组,验证它是否是二进制搜

You want to form a target string of lowercase letters. At the beginning, your sequence is target.length '?' marks.  You also have a stamp of lowercase letters. On each turn, you may place the stamp over the sequence, and replace every letter in the s

A bracket(括号) sequence is a string containing only characters "(" and ")".A regular bracket sequence is a bracket sequence that can be transformed into a correct arithmetic expression by inserting characters "1" and "+&q

Given an unsorted array of integers, find the length of the longest consecutive elements sequence. For example,Given[100, 4, 200, 1, 3, 2],The longest consecutive elements sequence is[1, 2, 3, 4]. Return its length:4. Your algorithm should run in O(n

长度为n的环状串有n种表示法,分别为从某 个位置开始顺时针得到.例如,图3-4的环状串 有10种表示: CGAGTCAGCT,GAGTCAGCTC,AGTCAGCTCG等. 在这些表示法中,字典序最小的称 为"最小表示". 输入一个长度为n(n≤100)的环状DNA串(只包含A.C.G.T这4种字符)的一种表示法,你的任务是输出该环状串的最小表示. 例如,CTCC的最小表示是 CCCT,CGAGTCAGCT的最小表示为AGCTCGAGTC. [分析] 本题出现了一个新概念:字典序.所谓

#!/usr/bin/env python # usages: python extract_seq_by_pos.py input.fasta id_start_end > result.fasta import sys import re FASTA= sys.argv[1] BED= sys.argv[2] fasta= open(FASTA, 'U') fasta_dict= {} for line in fasta: line= line.strip() if line == '':

题目描述: 题目思路: 直接模拟 #include<stdio.h> #include<string.h> #define maxn 105 int less(const char* s, int p, int q) { int n = strlen(s); ; i < n; i++) if(s[(p+i)%n] != s[(q+i)%n]) return s[(p+i)%n] < s[(q+i)%n]; ; } int main() { int T; char s[m

Oracle新表使用序列(sequence)作为插入值,初始值不是第一个,oraclesequence 使用oracle11g插入数据时遇到这样一个问题: 1 --创建测试表-- 2 CREATE TABLE tbl_test( 3 test_id NUMBER PRIMARY KEY, 4 test_name VARCHAR2(20) 5 ); 6 7 --为tbl_test创建序列-- 8 CREATE SEQUENCE seq_test 9 INCREMENT BY 1 -- 每次加几个

背景 自增序列会遇到也会遇到唯一约束冲突吗?是的,最常见的情况就是数据迁移之后,导致数据最大值超过序列值. 软件开发中不遇到些出乎意料的问题,总感觉不太够劲. 修改序列(ALTER SEQUENCE) 用于修改序列的当前值.最大值.最小值.缓存长度等.我们以Oracle为例,语法如下图 我们要做的是修改序列的当前值,与当前字段的数据最大值做同步.好,我们先来查询一下当前序列当前值 SELECT seqname.CURRVAL FROM dual OR SELECT last_number FRO

Sequence是Python的一种内置类型(built-in type),内置类型就是构建在Python Interpreter里面的类型,三种基本的Sequence Type是list(表),tuple(定值表,或翻译为元组),range(范围).可以看作是Python Interpreter定义了这样三个class. 字符串也是一种序列 1,list,表 Python有一系列的复合数据类型,其中最多才多艺的就是list class list([iterable]) list用方括号括起来,

序列是Oracle特有的,他可以维护一个自增的数字序列,通常从1开始增长,但可以设置. (1)创建序列: increment (2)使用序列: insert into student(sno,name) values(seq_student_sno.nextval,'张三'); insert into student(sno,name) values(seq_student_sno.nextval,'李四'); insert into student(sno,name) values(seq_s

一个问题: 在某张表中,存在一个id列(整数),我们希望在添加记录的时候,该列从1开始,自动的增长,怎么处理? 解决方式:oracle是利用"序列"(sequence)来完成的. 序列(sequence)介绍 oracle中,是通过使用序列(sequence)来处理自动增长列. (1)可以为表中的列自动产生值. (2)由用户创建数据库对象,并可由多个用户共享. (3)一般用于主键或唯一列. 创建序列基本语法: create sequence 序列名称 start with 开始数字 i

Oracle数据库中序列(SEQUENCE)的用法详解   在Oracle数据库中,序列的用途是生成表的主键值,可以在插入语句中引用,也可以通过查询检查当前值,或使序列增至下一个值.本文我们主要介绍了序列的用法,希望能够对您有所帮助. 在Oracle数据库中,什么是序列呢?它的用途是什么?序列(SEQUENCE)其实是序列号生成器,可以为表中的行自动生成序列号,产生一组等间隔的数值(类型为数字).其主要的用途是生成表的主键值,可以在插入语句中引用,也可以通过查询检查当前值,或使序列增至下一个值.

众所周知,在之前的SQL SERVER版本中,一般采用GUID或者IDENTITY来作为标示符,但是IDENTITY是一个表对象,只能保证在一张表里面的序列,当我们遇到以下情况时, 如上表,我们需要在多表之间,实现ID的一致性,在SQL SERVER里面就会有一定的麻烦,通常我们会使用额外使用一张TEMP表来映射这些ID的关系然后再从中取序列来完成. SEQUENCE在ORACLE中其实很早就存在了,SQL SERVER 2012的SEQUENCE功能和那个相似,是一个基于SCHEMA的对象,所

摘 要: 多位点序列分型(MLST)是一种基于核酸序列测定的细菌分型方法,通过PCR扩增多个管家基因内部片段,测定其序列,分析菌株的变异,从而进行分型.MLST被广泛应用于病原菌.环境菌和真核生物中.与传统分子生物学分型方法相比,MLST操作简单,具有更高的分辨力,能将同种细菌分为更多的亚型,并确定不同ST型之间的系统发育关系以及与疾病的联系. 关键词: 多位点序列分型   多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)是一种基于核酸序列测定的细菌分型方法,通过