GATK的--excludeNonVariants参数

vcf文件去除非变异的基因型（use GATK exclude nonvariant in vcf format,0|0,0/0）

对于某些特殊vcf,想去除没有变异的基因型(主要形式为0|0或者0/0),则需要用到GATK的--excludeNonVariants参数,命令行如下: java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T SelectVariants -R GRCh37.fa -V 1000Genomes.vcf --excludeNonVariants -o 1000Genomes_onlyvariants.vcf 参考链接: https://www.biostars.org/p

GATK--使用转载

http://blog.sciencenet.cn/blog-1469385-819498.html 文章目录一.准备工作二.流程概览三.流程首先说说GATK可以做什么.它主要用于从sequencing 数据中进行variant calling,包括SNP.INDEL.比如现在风行的exome sequencing找variant,一般通过BWA+GATK的pipeline进行数据分析. 要run GATK,首先得了解它的网站(http://www.broadinstitute.org/

【转】GATK使用方法详解（包含bwa使用）

一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法. (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25).下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/downloa

GATK --- wdl 语言

GATK的pipeline使用WDL进行编写 WDL是一种流程管理语言,内置的支持并行,适合编写pipeline 运行wdl脚本需要两步:第一步编辑参数列表对应的json文件,第二步直接运行Cromwell.jar eg workflow helloWorld{ call myTask; } task myTask{ commond{ echo "hello world" } output { String out = read_string(stdout()) } } 对于一个WDL

17、GATK使用简介 Part2/2

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6721167201018jik.html Change Logs: 13/01/12: 增加了一篇文献,外加一些无聊的修改.12/08/20: 修正了一个代码错误:增加了对-rf(Read filters)参数的说明.12/08/14: 补充了2.x版本有改动的一些地方.12/08/10: 更正一个错误.12/11/06:因为后面一直都没什么时间,同时也觉得没有什么好讲的了就一直搁置了,在这边再补充说明一下,其实GATK毕竟只

16、GATK使用简介 Part1/2

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6721167201018fyw.html GATK (全称The Genome Analysis Toolkit)是Broad Institute开发的用于二代重测序数据分析的一款软件,里面包含了很多有用的工具. 网址:http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php/Home_Page 前段时间刚发布了2.x版本的,最近几天都在不断更新,网址也搬迁到 http://www.br

【.net 深呼吸】细说CodeDom（6）：方法参数

本文老周就给大伙伴们介绍一下方法参数代码的生成. 在开始之前,先补充一下上一篇烂文的内容.在上一篇文章中,老周检讨了 MemberAttributes 枚举的用法,老周此前误以为该枚举不能进行按位操作,后来发现是可以的.不过啊,MemberAttributes 枚举有些情况下不那么好弄,最典型的就是要生成抽象类的时候,反正老周试了很久,用MemberAttributes枚举不能顺利生成抽象类. 这时候,老周想到了 TypeAttributes,然后就试了一下. CodeTypeDeclarati

Angular2入门系列教程6-路由（二）-使用多层级路由并在在路由中传递复杂参数

上一篇:Angular2入门系列教程5-路由(一)-使用简单的路由并在在路由中传递参数之前介绍了简单的路由以及传参,这篇文章我们将要学习复杂一些的路由以及传递其他附加参数.一个好的路由系统可以使我们的程序更好的工作. 假设你已经跟上了我们的进度. 我们来为我们的文章明细新增一个评论框:当我们在明细中点击评论的时候,在我们的明细页面显示评论,这里,我们就可以完全把明细页面看成一个独立的路由,可以建立自己的子路由页面,做一些评论,分享等操作. 那,首先在data目录下建立我们的评论实体Commen

Angular2入门系列教程5-路由（一）-使用简单的路由并在在路由中传递参数

上一篇:Angular2入门系列教程-服务上一篇文章我们将Angular2的数据服务分离出来,学习了Angular2的依赖注入,这篇文章我们将要学习Angualr2的路由为了编写样式方便,我们这篇文章开始引入第三方的css库materializecss,引入方法直接在index.html中普通引用就可以了众所周知,Angular出现的目的就是解决web编程的一些限制,让我们编写的网页能像App一样运作,我们现在称之为单页面应用(SPA),单页面应用程序有诸多好处,譬如页面响应快,良好的前后

Scrapy框架爬虫初探——中关村在线手机参数数据爬取

关于Scrapy如何安装部署的文章已经相当多了,但是网上实战的例子还不是很多,近来正好在学习该爬虫框架,就简单写了个Spider Demo来实践.作为硬件数码控,我选择了经常光顾的中关村在线的手机页面进行爬取,大体思路如下图所示. # coding:utf-8 import scrapy import re import os import sqlite3 from myspider.items import SpiderItem class ZolSpider(scrapy.Spider):

【每日一linux命令4】常用参数：

下面所列的是常见的参数(选项)义: --help,-h 显示帮助信息 --version,-V 显示版本信息 -v 繁琐模式(显示命令完整的执行过程) -i 交谈模式(指定界面) -l

【每日一linux命令3】参数（或称选项）顺序

一般除了特殊情况,参数是没有顺序的.举例而言,输入"–a –v"与输入"–v –a"以及"–av" 的执行效果是相同的.但若该参数后指定了要接的文件或特殊对象,如"–a cmd1 –v cmd2",则不能任意改变选项顺序.

C# 中参数验证方式的演变

一般在写方法的时候,第一步就是进行参数验证,这也体现了编码者的细心和缜密,但是在很多时候这个过程很枯燥和乏味,比如在拿到一个API设计文档的时候,通常会规定类型参数是否允许为空,如果是字符可能有长度限制,如果是整数可能需要判断范围,如果是一些特殊的类型比如电话号码,邮件地址等,可能需要使用正则表达式进行判断. 通常,我们一般都是在方法开始的地方进行条件判断,然后抛出合适的异常,这是最普通和通用的做法,但是在.NET中,利用一些语言特性和类库,可以使用一些其他的方式将我们从复杂繁琐的工作中解放出来

js中参数不对应问题

因为js是一种弱类型的编程语言,对数据类型的要求没有其他编程语言的要求严格,所以在定义函数的时候不需要像java和C#一样对其传入参数的类型进行定义.那么传入参数的个数有没有影响呢?今天小猪就做了个实验. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 <html> <head> <

C++中的变长参数

新参与的项目中,为了使用共享内存和自定义内存池,我们自己定义了MemNew函数,且在函数内部对于非pod类型自动执行构造函数.在需要的地方调用自定义的MemNew函数.这样就带来一个问题,使用stl的类都有默认构造函数,以及复制构造函数等.但使用共享内存和内存池的类可能没有默认构造函数,而是定义了多个参数的构造函数,于是如何将参数传入MemNew函数便成了问题. 1.变长参数函数首先回顾一下较多使用的变长参数函数,最经典的便是printf. extern int printf(const ch

nodejs进阶(5)—接收请求参数

1. get请求参数接收我们简单举一个需要接收参数的例子如果有个查找功能,查找关键词需要从url里接收,http://localhost:8000/search?keyword=地球.通过前面的进阶3教程<nodejs进阶(3)—路由处理>重介绍的url模块,我们知道接收方法如下这样写 //----------------6_param------------------------------------ var http = require('http');

WebForm获取GET或者POST参数到实体的转换，ADO.NET数据集自动转换实体

最近在修改维护以前的webform项目(维护别人开发的.....)整个aspx没有用到任何的控件,这个我也比较喜欢不用控件所以在提交信息的时候需要自己手动的去Request.QueryString[]或者Request.Form[]去获取,转型,判定等等觉得这样子的代码写多了不甚其烦,就在想能不能自动获取,解析这些参数成我需要的数据实体呢,当然是可以的这里我用反射根据参数的Key与实体的PropertyName进行对比,类型转换赋值给实体 public static T NameValues2E

关于.NET参数传递方式的思考

年关将近,整个人已经没有了工作和写作的激情,估计这个时候很多人跟我差不多,该相亲的相亲,该聚会喝酒的聚会喝酒,总之就是没有了干活的心思(我有很多想法,但就是叫不动我的手脚,所以我只能看着别人在做我想做的事,吃我想吃的东西.).本人由上个月的每周四五篇,到现在的文章缩短到每周一篇,说个实话,现在的一篇也有不想写的心思了(这一篇还是咬着牙写的,感觉实在是写不动了,写博客太折腾人了,谁写谁知道啊!),不过还是希望写出来可以帮到大家,如有写的不足的地方,还望大家多多指正,知识在于总结和反思,对别人也对自

利用apply()或者rest参数来实现用数组传递函数参数

关于call()和apply()的用法,MDN文档里写的非常清晰明白,在这里就不多做记录了. https://developer.mozilla.org/zh-CN/docs/Web/JavaScript/Reference/Global_Objects/Function/call https://developer.mozilla.org/zh-CN/docs/Web/JavaScript/Reference/Global_Objects/Function/apply 虽说了解了call()和

js参数arguments的理解

原文地址:js参数arguments的理解对于函数的参数而言,如下例子 function say(name, msg){ alert(name + 'say' + msg); } say('xiao', 'hello'); 当调用say()函数时,函数会创建arguments参数数组,这个数组跟形参没有多大关系,即使没有形参, function say(){ alert(arguments[0] + 'say' + arguments[1]); } say('xiao', 'hello');

GATK的--excludeNonVariants参数

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