一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS

前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化.简单总结下用法,以后用时可直接找来用. 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里? GO的注释信息来自Bioconductor,提供了19个物种的org类型的GO注释信息,如下表所示.Bioconductor中更多的注释包可参考http://www.bioconductor.org/packages/rel

输入数据格式 pathway = read.table("kegg.result",header=T,sep="\t") pp = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway)) #Pathwy是ID,richFactor是富集的基因数目除以背景的基因数目 # 改变点的大小 pp + geom_point(aes(size=R0vsR3)) # 以基因的数目表示点大小 pbubble = pp + geom_point(aes(siz

这个包依赖极有可能是这个:https://www.kegg.jp/kegg/docs/keggapi.html ,如果可以看懂会很好理解 由于KEGG数据库分享数据的策略改变,因此KEGG.db包不在能用,推荐KEGGREST包 But a number of years ago,KEGG changed their policy about sharing their data and so the KEGG.db package is no longer allowed to be curr

IF EXISTS (SELECT 1 FRIN sys.objects where object_id=OBJECT_ID(N'[dbo].[testReturn_up]')AND type in (N'P'),N'PC') DROP PROC [dbo.]testReturn_up GO Create PROC [dbo.]testReturn_up AS BEGIN SELECT 0; RETURN 2; END TEST: DECLARE @a int exec @a = testRet

文献名:Label-Free Proteomic Analysis of Exosomes Secreted from THP-1- Derived Macrophages Treated with IFN‑α Identifies Antiviral Proteins Enriched in Exosomes 期刊名:Journalof Proteome Research 发表时间:December 14, 2018 DOI: 10.1021/acs.jproteome.8b00514 单位:

手把手教你看KEGG通路图! 亲爱的小伙伴们,是不是正关注代谢通路研究?或者你正面对数据,绞尽脑汁?小编当然不能让亲们这么辛苦,今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法,还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~ 怎么看KEGG中代谢通路图? KEGG,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因和基因组百科全书,是系统分析基因功能,联系基因组信息和功能信息的知识库.其中包含有大量的通路图,如下图所示:   1.代谢通路中各种符号标识: 代谢通路图

今天要讲的一篇是发表于 Hum Genet 的 "Shared genetic architecture between metabolic traits and Alzheimer's disease: a large-scale genome-wide cross-trait analysis" .很中规中矩的一篇文章,没有什么大的亮点的.写它的主要原因整篇文献思路很流畅,次要原因是我懒,不愿意看费脑子的文章. 以下,进入主题: 背景 阿尔茨海默病(AD)是一种进行性和破坏性的神经

PM面试分为BW.BO两部分,根据顾问的简历和应聘的岗位所侧重的问题不同. BW包括基础知识.增量.增强.LO抽取.数据源. BO包括 CR.CR.WEBI.UNI. 一. 基础知识 技术面试 1. BW中的数据对象有Info Object,Cube,DSO,Info set,Multi-provider,visual provider. 其中IO,Cube,DSO是实际的物理存储对象,Info set和 Multi-provider可以理解成为建立在其他物理存储对象上的视图,是不存储数据滴 2

1. 引言 标题说是一周年,其实是不是正好是一周年,我也忘记了,光从github的提交记录看也不准确.印象中觉得,如果要论想法,到现在一年多了,如果要论实际写代码,可能差不多正好一年. 从8月底在济南离职来到北京,一直熟悉新的工作环境和工作节奏,好久没有更新博客了.今天来总结一下这一年的wangEditor的成长过程,以及我自己在这一年的时间,对于技术.产品等各方面的思考. 感觉对这几方面的体会和感悟还是挺多的,拿出来和大家分享. 2. 什么鬼? 不过,大部分朋友可能还都不知道wangEdito

今天我测试了一下MongoDB的副本集的配置. 首先从概念上说一下MongoDB副本集和主从复制的区别.其实副本集(Replica Set)是主从复制的高级形式.高级在哪里呢?主动复制实现了数据备份+读扩展,但是master一旦down掉,需要手动启动slave.副本集在此基础上实现了备份自动重启的功能,也就是某一台slave会挺身而出,担当起master的职责.所以有三个角色,master(Primary),slave(Secondary),还有仲裁服务器(这哥们指定哪台slave应该挺身而出

1.同一个解决方案下的两个项目之间怎么相互调用 在项目的“引用”上右键,添加引用,选你要引用的项目.然后在代码里就能调用引用项目里的某个类的方法了. 2.如果一个项目类型为”类库“的项目要运行,会报如下错误 解决方法:在上面右图里,将输出类型从”类库“改为“控制台应用程序”,并在程序里写好Main函数入口 3.Help viewer启动不起来,或者启动后,文章列表里有些打不开 重装: 1. 在ios镜像安装文件中找到 packages\Help 路径. 2. 打开控制台命令,cd到这个路径下 3

老生常谈:<在前面博客中也介绍过> mongodb官网:https://docs.mongodb.com/manual/introduction/ mongodb:官网上是这样定义的MongoDB is an open-source document database that provides high performance, high availability, and automatic scaling.翻译成中文:是一个开源文档数据库,提供高性能,高可用性和自动扩展. mongodb

①什么是程序集?可以把程序集简单理解为你的.NET项目在编译后生成的*.exe或*.dll文件.嗯,这个确实简单了些,但我是这么理解的.详细:http://blog.csdn.net/sws8327/archive/2006/09/21/1244642.aspx ②程序集和命名空间的区别?一个程序集可以跨越n个命名空间,一个命名空间也可以包含n个程序集.(估计你该晕了) 如果说命名空间是类库的逻辑组织形式,那么程序集就是类库的物理组织形式.只有同时指定类型所在的命名空间及实现该类型的程序集,才能

1)enrichGO:(GO富集分析) 描述:GO Enrichment Analysis of a gene set. Given a vector of genes, this function will return the enrichment GO categories after FDR control 语法:enrichGO(gene, OrgDb, keyType = "ENTREZID", ont = "MF",pvalueCutoff = 0.0

RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异 等 在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞

网上的资料太乱了,等弄好了再看官网才发现官网写的最清晰和简洁 推荐官网的副本集配置:https://docs.mongodb.com/manual/tutorial/deploy-replica-set/ 引述大神一段总结:http://blog.csdn.net/huwei2003/article/details/40453223   从概念上说一下MongoDB副本集和主从复制的区别.其实副本集(Replica Set)是主从复制的高级形式.高级在哪里呢?主动复制实现了数据备份+读扩展,但是

副本集特征: N 个节点的集群 任何节点可作为主节点 所有写入操作都在主节点上 自动故障转移 自动恢复 相关文章: http://www.cnblogs.com/huangxincheng/archive/2012/02/18/2356595.html 菜鸟教程MongoDB配置: http://www.runoob.com/mongodb/mongodb-tutorial.html 推荐官网的副本集配置:   https://docs.MongoDB.com/manual/tutorial/d

灵敏度高 == 假阴性率低,即漏检率低,即有病人却没有发现出来的概率低. 用于判断:有一部分人患有一种疾病,某种检验方法可以在人群中检出多少个病人来. 特异性高 == 假阳性率低,即错把健康判定为病人的概率低. 用于:被某种试验判定为患病的人中,又有多少是真的患了这种病的. 好的检测方法:有高的灵敏度(低的假阴性率).同时又有高的特异性(低的假阳性率). ROC 曲线: 横轴:100 — 特异性..即100减去特异性,特异性高,100减去特异性就低,故越小越好. 纵轴:灵敏度值. ROC分析图的

 人类全基因组测序06 SNP(single nucleotide polymorphism):有了10倍以上的覆盖深度以后,来确认SNP信息,就相当可靠了. 一个普通黄种人的基因组,与hg19这个参考基因组序列相比,会有350万个左右的SNP.又有大概2万个是落在外显子上的,而非同义的SNP有大概9千个. 所谓非同义的SNP,就是这些SNP是会引起蛋白质的序列变化的. indel:(insertion & deletion)是指小于50个bp以内的微小的插入.和缺失突变.一个普通黄种人的基因组