本文为入门级的基因调控网络文章,主要介绍一些基本概念及常见的GRN模型. 概念:基因调控网络 (Gene Regulatory Network, GRN),简称调控网络,指细胞内或一个基因组内基因和基因之间的相互作用关系形成的网络,特指基因调控 (gene regulation) 导致基因之间的作用.GRN是生物体内控制基因表达的机制,基因表达的主要过程是转录+翻译 GRN构建方法:多数方法使用静态数据来分析基因网络,如基因表达矩阵,该矩阵是一个时刻的基因表达情况.实际上,我们需要考虑动态网络,

基因调控网络的概念在之前已经简要介绍过:https://www.cnblogs.com/pear-linzhu/p/12313951.html 沃丁顿表观遗传景观(The Waddington's epigenetic landscape) 是描述基因调控下细胞分化的动态性的一个经典的隐喻,是由沃丁顿在1957年提出的.他将细胞分化比喻作从高处沿山坡滚落下的小球,直到一个稳定的盆地 (basin),该盆地也就代表一定的分化状态.小球最开始能量较高,处于不稳定状态,对应干细胞等未分化的细胞状态,小

随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜.通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,阐明不同层次多基因协同作用的机理,进而在人类重大疾病如癌症.心血管疾病的发病机理.诊断治疗.药物开发等方面的研究发挥巨大的作用.它将大大推动人类结构基因组及功能基因组的各项基因组研究计划.生物信息学在基因组

世界名校网络课程大盘点   加州大学伯克利分校http://webcast.berkeley.edu/ 加州大学伯克利分校与斯坦福大学. 麻省理工学院等一同被誉为美国工程科技界的学术 领袖,其常年位居泰晤士高等教育杂志全球大学排行前十名. 作为美国第一的公立大学, 伯克利分校提供了学校许多优秀教授的播客和视频讲座, 可以跟踪最新的讲座.想看教授布置的作业和课堂笔记,可以点击该教授的网页进行查看. 麻省理工学院http://www.core.org.cn/ MIT 录取率极低, 每年只录取 200

北京时间2022年3月22日凌晨,<Nature>期刊在线刊登了由中国科学院广州生物医学与健康研究所等单位牵头,深圳市易基因科技有限公司.中国科学技术大学等单位参与,应用人多能干细胞向胚胎8细胞状态人工诱导的科研成果.深圳市易基因科技有限公司运用简化基因组甲基化测序.单细胞和微量细胞基因组DNA甲基化测序等技术,完成了研究中不同人工干预及细胞状态下的基因组DNA甲基化的时空动态变化. 图源Nature官网 论文中,研究者设计了一种非转基因.快速.可控的"细胞重编程"方法,将

研究可以做得很浅,查查genecard数据库,从数据库里找找motif,用工具跑跑target gene,构建一下基因调控网络GRN. 研究也可以做得很深,了解一个物种里面有哪些transcription factor families,这些转录因子各自是如何发挥作用的,这些家族是如何归类的,各自有什么特性. TRANSCRIPTION FACTORS: Structural Families and Principles of DNA Recognition[非常古老的综述1992年,也非常有

4.(2021.6.24)Briefings-生物信息学中的图表示学习:趋势.方法和应用 论文标题: Graph representation learning in bioinformatics: trends, methods and applications 论文期刊: Briefings in Bioinformatics 2021 论文地址: https://www.researchgate.net/profile/Haicheng-Yi/publication/354327323_G

转载来源:http://blog.csdn.net/fengbingchun/article/details/50087005 这篇文章主要是为了对深度学习(DeepLearning)有个初步了解,算是一个科普文吧,文章中去除了复杂的公式和图表,主要内容包括深度学习概念.国内外研究现状.深度学习模型结构.深度学习训练算法.深度学习的优点.深度学习已有的应用.深度学习存在的问题及未来研究方向.深度学习开源软件. 一.            深度学习概念 深度学习(Deep Learning, DL

昨天开始学用Cytoscape,其tutorial分为两个部分,基础的和高级 的.基础教程又分成了四课:Getting Started.Filters & Editor.Fetching External Data和Expression Analysis.为防忘记,做个摘记. 第一课 新手上路 地址:http://wiki.cytoscape.org/Presentations/01_Get_Started Cytoscape可以本地安装,也可以web start.软件得用java,所以要装JR

阅读文献:Distance Dependent Infinite Latent Feature Model 作者:Samuel J.Gershman ,Peter I.Frazier ,and David M.Blei   摘要: 潜在特征模型在对数据进行小模块分解的过程中被广泛使用.这些模型的贝叶斯非参数变量在潜在特征上使用了IBP先验,进而使得特征的数量由数据决定.我们提出了一种一般化的IBP--距离依赖IBP,用来建模不可交换数据.这种模型依赖于数据点之间定义的距离,倾向于使相邻近的数据共

北京时间2022年3月22日凌晨,<Nature>期刊在线刊登了由中国科学院广州生物医学与健康研究所等单位牵头,深圳市易基因科技有限公司.中国科学技术大学等单位参与,应用人多能干细胞向胚胎8细胞状态人工诱导的科研成果.深圳市易基因科技有限公司运用简化基因组甲基化测序.单细胞和微量细胞基因组DNA甲基化测序等技术,完成了研究中不同人工干预及细胞状态下的基因组DNA甲基化的时空动态变化. 图源Nature官网 论文中,研究者设计了一种非转基因.快速.可控的"细胞重编程"方法,将

做了好久的RNA-seq分析,基因表达也在口头溜了几年了,但似乎老是浮在表面. 对一件事的了解程度决定了你的思维深度,只想做技工就不用想太多,想做大师就一定要刨根问底. 老是说基因表达,那么什么是基因表达?我们测序得到的基因表达其实只是一种表型,是样本的一个快照,和普通的身高体重之类的连续型表型类似. 常规的转录组分析本质上都是表型分析,clustering.pseudotime.DEG.marker,在这些分析中,每个基因都是独立的维度,属于静态的分析,此时我们关注的是某个基因的功能分析,比如

scRNA-seq做完该做的QC.normalization.imputation.clustering.trajectory和integration,就会开始做转录调控的分析了. 核心就是围绕着TF转录因子做文章 预测TF的靶基因 鉴定regulon 大部分都是高通量的预测,准确性有待论证,需要很好的实验验证设计. 预测的工具不要太多: MARINa — Andrea Califano - paper SCENIC 什么是regulon? 这是一个高通量测序后发明的词,其实就是被同一个调控元件

做生物的想发文章怎么办?转录调控来解析(huyou)! 最简单的情形: 1. 我在研究一个非常重要的基因A,功能已经做得差不多了,现在想深挖,第一步就是想知道哪个转录因子调控这个基因A: 2. 我发现了一个新颖的转录因子B,非常想知道这个TF到底在调控哪个基因. 研究方法不过几种: 1. RNA-seq分析差异基因,间接推测调控的转录因子. 2. 基于大量的ChIP-seq公共数据挖掘,用TF的抗体抓TF,同时抓下来TF结合的DNA,提取DNA,测序,就知道TF结合了哪些DNA,推测DNA附近的

ceRNA 不同于mRNA, lncRNA, ncRNA 等概念,其指的既不是某一种类型的RNA(比如mRNA, lncRNA), 也不是某一类的RNA(如ncRNA); ceRNA 其实指的是不同种类的RNA之间的调控机制,英文名为 competing endogenous RNA , 翻译成中文叫做 " 竞争性内源RNA "; 在这个概念中有两个关键词,竞争和内源, 内源指的是这个调控机制本来在生物体内就存在,而竞争就是这个调控机制的核心: 对于miRNA, 研究的都很成熟,其通过

水稻是我国重要的粮食作物,稻曲病是水稻三大病害之一,不仅造成稻米产量损失,更重要的是稻曲球中的稻曲菌素的毒性和致畸作用,给人畜健康带来严重威胁.病原菌对植物的侵袭是由病原菌的毒力和植物免疫系统相互作用决定的.深入研究这种复杂的互作过程,对全面理解细菌如何引起植物病害以及植物如何保护自己免受病原菌侵染至关重要. 蛋白翻译后修饰(PTMs)在病原菌与植物互作过程中起关键作用.最新研究发现,组蛋白赖氨酸2-羟基异丁酰化(Khib)修饰是拟南芥.水稻.烟草等多种植物中保守的表观基因组标记,参与植物对暗诱

视频  https://www.bilibili.com/video/av7973580/ 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al 调控RNA 一.细菌中RNA介导的调控 sRNA对翻译的激活与抑制 色氨酸trp操纵子 色氨酸浓度高时: 先导核糖体顺利通过先导RNA的两个Trp密码子 占据位置2 位置3.4形成发夹 形成衰减子(4后面有polyU终止信号) 色氨酸浓度低时: 先导核糖体被两个Trp密码子阻滞

视频  https://www.bilibili.com/video/av7973580?from=search&seid=16993146754254492690 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al 转录的调控 原核生物的转录调控 一.转录调控原理 1.基因表达由调控蛋白控制 激活因子 activator 抑制因子 repressor 它们通常都是DNA结合蛋白 2.大多数的激活因子和抑制因子在转录起

一.Linux网络属性配置 1.Linux主机接入到网络方式 IP/NETMASK:实现本地网络通信 路由(网关):可以进行跨网络通信 DNS服务器地址:基于主机名的通信,Linux可以有三个DNS地址 当第一个地址本身挂了,才会查找其备用地址:若第一个地址无法解析则停止 2.网络属性配置方式 (1)静态指定 1)命令方式 ifcfg系列命令: ifconfig:配置IP,NETMASK route:配置路由相关信息 netstat:状态及统计数据查看 iiproute2系列命令: ip OBJ

paper:cepip: context-dependent epigenomic weighting for prioritization of regulatory variants and disease-associated genes Genotype-Tissue Expression Project (GTEx) - genome上的eQTL位点及其对特定组织的特定基因表达的影响,同时包含了不同eQTL之间的LD关系.这个整合多个疾病的数据.正如其名,该数据包含了genotype.