我们在做生物分析的时候,经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件.他们有着相似的名字,甚至连内容都极为相似~那么,他们究竟差在哪里呢? GFF全称为general feature format,这种格式主要是用来注释基因组. GTF全称为gene transfer format,主要是用来对基因进行注释. 数据结构 GTF文件以及GFF文件都由9列数据组成,这两种文件的前8列都是相同的(一些小的差别) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 reference sequence name

1)gff3及gtf2简介 一个物种的基因组测序完成后,需要对这些数据进行解读,首先要先找到这些序列中转录起始位点.基因.外显子.内含子等组成元件在染色体中的位置信息(即注释)后才能再进行深入的分析.gff/gtf是贮存这些注释信息的两种文件格式. GFF(general feature format):这种格式主要是用来注释基因组. 现大部分利用的是第三版,即gff3. GTF(gene transfer format):主要是用来对基因进行注释.当前所广泛使用的gtf格式为第二版,即gtf2

工具推荐:https://github.com/openvax/gtfparse 真不敢相信,Linux自带的命令会这么强大,从gtf中提取出需要的transcript,看起来复杂,其实一个grep就搞定了. grep -F -f out.list gffcmp.combined.gtf > test.out 本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com转载请注明出处 gffcompare官网 gffcompare和gffread可以认为是专门开发出来用于处理gff

参考: GFF格式说明 Generic Feature Format Version 3 (GFF3) 先下载一个 gtf 文件浏览一下 1 havana gene 11869 14409 . + . gene_id "; 1 havana transcript 11869 14409 . + . gene_id "; 有一个 R 的版本,可以看一看:R的bioconductor包TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene详解 另外,看看 Bioconducto

后记: ************************************************************************ 在使用cufflinks和cuffmerge中 我使用的都是gff3, 海宝说最好用gtf, 无论怎么样gtf一定是可以用的. 由gff3转化为gtf用gffread: 命令: gffread Osativa_204_gene.gff3 -T -o Osativa_204_gene.gtf 转化后gff3文件中的信息都会被保留. 虽然featu

1,jbrowse 是什么东西 ? JBrowse is a genome browser with a fully dynamic AJAX interface, being developed as the eventual successor to GBrowse. It is very fast and scales well to large datasets. JBrowse is javascript-based and does almost all of its work di

GTF文件的全称是gene transfer format,主要是对染色体上的基因进行标注.怎么理解呢,其实所谓的基因名,基因座等,都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已,还原到细胞中就是细胞核里面的一条长长的染色体(DNA序列).而这个GTF文件的主要功能,就是指出我们所谓的基因在染色体上的位置(coordinate),并且还标注了这一段区间的其他信息. GTF文件我一般喜欢去ensembl下载,gencode也可以. 这里给出链接: ftp://ftp.ensembl.org/pub/r

一.GTF文件格式 Fields must be tab-separated. Also, all but the final field in each feature line must contain a value; "empty" columns should be denoted with a '.' 1.seqname - name of the chromosome or scaffold; chromosome names can be given with or w

起因 最近在公司做了一次webservice相关的任务,其中我最敢兴趣的就是webservice接受到XML对应的流以后是如何方便的转化成java对象,而java对象又是如何生成对应的XML的. 目的 这篇文章的目的就是为了记录一下: 当我和别人确定了XML的格式以后怎么最方便的将它映射到java对象上,java对象又如何生成对应的XML报文. 原理 java有XML和JAVA对象相互转化的方法,那就是JAXB.除了jaxb之外开发过程中我还发现了一些小技巧,需要记录一下. 具体 webserv

  1.根据Dataset生成json格式的字符串,不管Dataset里面有多少个表都可以一一生成对应的json字符串,并一次性返回 private string dsToJson(DataSet ds) { System.Text.StringBuilder str = new System.Text.StringBuilder("["); ; o < ds.Tables.Count; o++) { str.Append("{"); str.Append(s

Stream/Bytes[]/Image对象相互转化 Stream转Byte数组.Image转Byte数组.文件转Stream等 /// <summary> /// 将 Stream 转成 byte[] /// </summary> /// <param name="stream"></param> /// <returns></returns> public static byte[] StreamToBytes

char与TCHAR相互转化 char strUsr[10] = "Hello"; TCHAR Name[100]; #ifdef UNICODE MultiByteToWideChar(CP_ACP, 0, strUsr, -1, Name, 100); #else strcpy(Name, strUsr); #endif TCHAR转char char* ConvertLPWSTRToLPSTR (LPWSTR lpwszStrIn) { LPSTR pszOut = NULL;

整形.双精度浮点型.字符串与字节型的相互转化,如下 using System; using System.Collections.Generic; using System.Linq; using System.Text; using System.Threading.Tasks; namespace ByteTransformationDEMO { class Program { static void Main(string[] args) { //变量声明 ; string s = "&q

http://www.360doc.com/content/13/0712/09/10504424_299336674.shtml Linq处理List数据 http://blog.163.com/lm_regina/blog/static/17419653620110287530239/ Linq中select查询 http://www.studyofnet.com/news/270.html http://www.cnblogs.com/ForEvErNoME/archive/2012/07

jquery对象和dom对象总是让人感觉很难分清,其实只要做到1对两者概念有明确认识2找出不同点 A DOM 1概念 DOM对象(Document Object Model,文档对象模型)可以把html结构表述为DOM树,在这棵大树中,html的body中的<h><p><ul>>><li>都是DOM元素节点 2获取 通过javascript中的getElementByTagName或者getElementById来获取元素节点 jQuery 1概

我的技术博客经常被流氓网站恶意爬取转载.请移步原文:http://www.cnblogs.com/hamhog/p/3560280.html,享受整齐的排版.有效的链接.正确的代码缩进.更好的阅读体验. [NSDate <-> NSString] NSDateFormatter可在指定的日期格式下使NSDate与NSString相互转化. NSDate -> NSString: +(NSString*)stringFromDate:(NSDate*)date{ NSDateFormatt

在做通信编程的时候,数据发送多采用串行发送方法,实际处理的时候多是以字节为单位进行处理的.在C/C++中 多字节变量与Byte进行转化时候比较方便 采用UNION即可废话少说看示例:typedef union{ double data_df; byte     data_b[8];}DoubleYByte;本示例实现了double与byte的相互转化typedef union{ float data_f; byte data_b;}FloatYByte;本示例实现了float与byte的相互转化

在我们经常应用开发中,经常用到将drawable和string相互转化.注意这情况最好用于小图片入icon等. public synchronized Drawable byteToDrawable(String icon) { byte[] img=Base64.decode(icon.getBytes(), Base64.DEFAULT); Bitmap bitmap; if (img != null) { bitmap = BitmapFactory.decodeByteArray(img

我将从成本分析.制程分析.用户体验三个方面来回答楼主的问题.GFF的触摸屏从字面上翻译过来,就是一层玻璃cover,两层film构成的触摸屏.其中,玻璃cover作为整个手机的coverlens,从外部保护设备,而两层film是作为ITOsensor来实现触控的.OGS是将手机的ITOsensor直接和coverlens整合到一起,一个玻璃就完成了所有的设计. 所以从成本分析上,我个人认为少了两层ITO film,OGS的物料成本会略低于GF,但ITO-film的成本也不贵,我暂且认为这两种触摸