注意:本文的内容主要来自于GATK官网的讲解,所以vcf也是GATK产生的,用其他caller,比如varscan2产生的vcf文件的内容注释可能不一致. 参考:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/1268/what-is-a-vcf-and-how-should-i-interpret-it VCF:由HEADER和RECORDS组成. RECORDS的FORMAT内容详解: QUAL:指的是caller正确的识别该变异位

GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同,更加趋于流程化. 软件安装 1 wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.5.0/gatk-4.1.5.0.zip 2 unzip gatk-4.1.5.0.zip GATK 简单说明 1 ## 帮助信息 2 gat --help 3 4 ## 列出所有的工具 5 gatk --list 6 7 ## 工具的说明,比如以VariantAnnotator 为例

Requests 网络资源(URLs)撷取套件 改善Urllib2的缺点,让使用者以最简单的方式获取网络资源 可以使用REST操作(POST,PUT,GET,DELETE)存取网络资源 import requests newsurl='http://www.sina.com.cn/' res=requests.get(newsurl) print(res)#<Response [200]> print(res.encoding)#单字节编码ISO-8859-1 res.encoding='ut

文章来源:http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4562064.html VCF文件示例(VCFv4.2) ##fileformat=VCFv4.2 ##fileDate=20090805 ##source=myImputationProgramV3.1 ##reference=file:///seq/references/1000GenomesPilot-NCBI36.fasta ##contig=<ID=20,length=62435964,assembly=B3

前面几篇发布了一些有关五子棋的基本算法,其中有一些BUG也有很多值得再次思考的问题,在框架和效果上基本达到了一个简单的AI的水平,当然,我也是初学并没有掌握太多的高级技术.对于这个程序现在还在优化当中,主要是完善所使用的启发方式.编写多线程搜索代码.加入开局库等一些工作.开局库和多线程还没有实现,仅在棋盘表示.模板表示上修改较多,而启发方式上有一些改进,主要是修改了置换表为双置换表(深度和实时),内部迭代加深启发和我们接下来要说明的VCT和VCF代码.其中棋盘表示采用了一组15个32位表示,每一

2014-01-13 16:53:55 1. 在Phonebook中导出联系人到内部存储,SD卡或者通过蓝牙.彩信.邮件等分享联系人时,通常会先将选择的联系人打包生成.vcf文件,然后将.vcf文件分享出去或者导出到存储设备上.以Phonebook中导出联系人到SD卡为例,前戏部分跳过,直奔主题. 2. 当用户选择导出联系人到SD卡时,会提示用户具体导出的路径等,然后需要用户点击“确定”button,此时启动ExportVcardThread线程执行具体的导出操作.代码的调用流程如下: 启动Ex

在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此类工具集成的大多是标准功能,在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活. 本文介绍的是一个处理基因组数据的python模块,它打包了htslib-1.3.samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能,能在编程时非常灵活的处理bam和bcf文件. 以下主要介绍pysam的安装和使用方

2014-01-11 17:29:22 1. 当用户选择Phonebook中从SD卡导入联系人的操作后,程序回调转到ImportVCardActivity,然后用户选择好要导入的.vcf文件,并点击“确定”button,调用ImportVCardActivity中的importMultipleVCardFromExternalStorage()方法: private void importMultipleVCardFromExternalStorage( final List<VCardFile

PS:尽量不要用什么豌豆荚啊.微信啊.QQ啊之类的通讯录备份,那就等于把自己的通讯录免费送给腾讯他们了....还是自己手动的好一些,但是小白用户或者经常丢手机的卖就卖吧,总比联系人都丢了要好~~~ 默认的 什么诺基亚PC套件啊,什么windows通讯录啊,豌豆荚啊 之类的到处的VCF格式的文件编码都不一样,所以再导入到手机的时候中文部分就会出现乱码. 先说下把多个VCF文件合并成一个. 导出的vcf联系人是一个人一个VCF文件,一个一个导入太慢了.现有如下方法合并VCF文件:1.C盘根目录下建c

vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很重要的文件,所以怎么处理它也显得十分重要.它的文件信息如下: 文件的开头是一堆以“##”开始的注释行,包含了文件的基本信息.然后是以“#”开头的一行,共9+n个部分,前九部分标注的是后面行每部分代表的信息,相当于表头.后面部分是样本名称,可以有多个.注释行结束后是具体的突变信息,每一行分为9+n个部

pysam 模块介绍!!!! http://pysam.readthedocs.io/en/latest/index.html 在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此类工具集成的大多是标准功能,在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活. 本文介绍的是一个处理基因组数据的python模块,它打包了htslib-1.3.samtools-1

参考资料 通讯录导入导出vcf格式文件方法可参考: https://qiaodahai.com/android-iphone-mobile-phones-contacts-import-and-export.htmlvCard维基百科:https://en.wikipedia.org/wiki/VCardvCard Format Specification:https://www.rfc-editor.org/rfc/pdfrfc/rfc6350.txt.pdf 手动导出实例 Android(A

Vcf文件格式是GATK钟爱的表示遗传变异的一种文件格式. 就拿GATK给出的vcf例子说明吧,下面这个文件只表示了一个完整vcf文件的前几个SNP. 看上去确实有点复杂,那就把它分为两部分看吧,第一部分把他归为说明文件,就是每一列最前面有2个#符号的那些列所提到的就是为了解释下面“正文”INFO列中可能要出现的一些tags和和FORMAT列中对基因型的表示.第二部分可以归为下面的内容: #CHROM  POS ID      REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FO

Android开发把项目打包成apk: 做完一个Android项目之后,如何才能把项目发布到Internet上供别人使用呢?我们需要将自己的程序打包成Android安装包文件--APK(Android Package),其后缀名为".apk".将APK文件直接上传到Android模拟器或Android手机中执行即可进行安装.Android系统要求具有其开发者签名的私人密钥的应用程序才能够被安装.生成数字签名以及打包项目成APK都可以采用命令行的方式,但是通过Eclipse中的向导我们会

vcf格式示例 ##fileformat=VCFv4.1 ##FILTER=<ID=LowQual,Description=”Low quality”> ##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description=”Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed”> ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Descripti

生信人的自我修养:Linux命令速查手册 简佐义 ​ 四川大学 生物信息学硕士 科学求真 赢 10 万奖金 · 院士面对面 209 人赞同了该文章 许多人做生物信息学,要么不重视Linux,要么不知道怎么才能学好.翻开厚厚的一本教材,却不知道哪些是重点.Linux的核心知识有哪些,就像英语的核心词汇一样.这篇文章,给你答案. 只要几个小时,掌握生信所需的90%以上的Linux知识,让你一举攻克Linux难关.--生信老司机 man - 获得帮助 man ls # 许多Linux自带命令可以通过m

1.开始 在网站上传图片过程,经常用到缩略图功能.这里我自己写了一个图片处理的Image类,能生成缩略图,并且可以添加水印图. 2.如何生成缩略图 生成缩略图,关键的是如何计算缩放比率. 这里,我根据图片等比缩放,宽高的几种常见变化,得出一个算缩放比率算法是,使用新图(即缩略图)的宽高,分别除以原图的宽高,看哪个值大,就取它作为缩放比率: 缩放比率  = Max( { 新图高度  / 原图高度 ,  新图宽度  / 原图宽度 } ) 也就是: If ( (新图高度  / 原图高度)  >  (新

前言 前些时候研究脚本混淆时,打算先学一些「程序流程」相关的概念.为了不因太枯燥而放弃,决定想一个有趣的案例,可以边探索边学. 于是想了一个话题:尝试将机器指令 1:1 翻译 成 JavaScript,这样就能在浏览器中,直接运行等价的逻辑. 为了简单起见,这里选择古董级 CPU -- MOS 6502. 本系列陆续更新了 8 篇,前面几篇只是理论分析: 跳转处理 流程分割 动态跳转 指令变化 深度优化 原本只打算遐想一下,分析下可行性而已.不过,后来发现实现也不难,于是又补了两篇: 过渡语言

作者:zhbzz2007 出处:http://www.cnblogs.com/zhbzz2007 欢迎转载,也请保留这段声明.谢谢! 1 算法简介 在 结巴分词2--基于前缀词典及动态规划实现分词 博文中,博主已经介绍了基于前缀词典和动态规划方法实现分词,但是如果没有前缀词典或者有些词不在前缀词典中,jieba分词一样可以分词,那么jieba分词是如何对未登录词进行分词呢?这就是本文将要讲解的,基于汉字成词能力的HMM模型识别未登录词. 利用HMM模型进行分词,主要是将分词问题视为一个序列标注(

在web开发中,我们可能会有这样的需求,为了便于前台的JS的处理,我们需要将查询出的数据源格式比如:List<T>.DataTable转换为Json格式.特别在使用Extjs框架的时候,Ajax异步请求的数据格式就是Json.鉴于此,我今天来分享将DataTable 转换成 Json的3种方法.换句话说如何在ASP.NET将一个DataTable序列化为 Json数组.或者如何从一个DataTable返回一个Json字符串.这篇文章将采用StringBuilder,JavaScriptSeri