HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程 2015年Nature Methods上面发表了一款快速比对工具hisat,作为接替tophat和bowtie的比对工具,它具有更快的比对速度和更高的比对率,最近把这个流程走完一遍,感觉优势还是很明显的. 一.HISAT2: 1.下载安装: hisat2下载地址:ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip his

出于安全性的考虑,不建议在bash脚本中注释掉不使用的代码.也就是说如果某段代码不使用了,那么应该删除掉,而不是简单地注释掉.假如你突然意识到这一点,而以前并没有遵从这个原则,现在需要找出脚本中的注释性代码,这可能是一个不小的工作量,让我们写一个脚本来帮助你吧,准确性无法达到百分之百,但是能够提升效率. 1.找出注释性代码的特点. 因为是bash脚本,注释行必然包含# grep "#" 2.判断其是普通注释还是代码注释 这是重点,也是难点,如何判断一个注释行是普通注释还是对代码的注释呢

我承认,我再一次地当了标题党.但是不可否认,这一定是一篇精华随笔.在这一篇中,我将探讨 Bash 脚本语言中的美学与哲学. 这不是一篇 Bash 脚本编程的教程,但是却能让人更加深入地了解 Bash 脚本编程,更加快速地学习 Bash 脚本编程. 阅读这篇随笔,不需要你有 Bash 编程的经验,但一定要和我一样热衷于探索各种编程语言的本质,感悟它们的魅力. 其实早就想写关于 Bash 的东西了. 我们平时喜欢对编程语言进行分类,比如面向过程的编程语言.面向对象的编程语言.函数式编程语言等等.在我

对脚本变量用“=”赋值时, "=" 左右不能留有空格,否则会提示错误. 比如以下例子: #!/bin/bash BEGIN_TIME = `date +%H:%M:%S` ./a.out END_TIME = `date+%H:%M:%S` echo "程序开始时系统时间为" echo "$BEGIN_TIME" echo "程序结束时系统时间为" echo "$END_TIME" 在将系统时间分别赋值给

首先声明这是网上摘来的.这里的技术技巧最初是来自谷歌的“Testing on the Toilet” (TOTT).这里是一个修订和扩增版本. 脚本安全 我的所有bash脚本都以下面几句为开场白: #!/bin/bash set -o nounset set -o errexit 这样做会避免两种常见的问题: 引用未定义的变量(缺省值为“”) 执行失败的命令被忽略 需要注意的是,有些Linux命令的某些参数可以强制忽略发生的错误,例如“mkdir -p” 和 “rm -f”. 还要注意的是,在“

http://jerkwin.github.io/2013/12/14/Bash%E8%84%9A%E6%9C%AC%E5%AE%9E%E7%8E%B0%E6%89%B9%E9%87%8F%E4%BD%9C%E4%B8%9A%E5%B9%B6%E8%A1%8C%E5%8C%96/ 在Linux下运行作业时, 经常会遇到以下情形: 有大量作业需要运行, 完成每个作业所需要的时间也不是很长. 如果我们以串行方式来运行这些作业, 可能要耗费较长的时间; 若采用并行方式运行则可以大大节约运行时间. 再者

本文转自:http://coolshell.cn/articles/1379.html Bash 是Linux操作系统的默认Shell脚本.Shell是用来处理操作系统和用户交互的一个程序.Shell的脚本可以帮助用户自动化地和操作系统进行交互.你也可以理解为一种脚本式的编程.即然有编程,那么,程序的编译器,解释器,调试器就必不可少了,Bash也一样,但在调试方面可能会有一些和编程语言不一样的东西和技术,所以,下面这篇文章主要是说明调试bash脚本的各种技术. 跟踪脚本的执行 你可以让bash打

DIR="$( cd "$( dirname "${BASH_SOURCE[0]}" )" && pwd )" 这是stackoverflow上推荐的方法 http://stackoverflow.com/questions/4774054/reliable-way-for-a-bash-script-to-get-the-full-path-to-itself 我看了两遍,不明觉厉 后来改了一下: #DIR="$( c

转自 http://blog.chinaunix.net/uid-20328094-id-95121.html 一个很不错的bash脚本编写教程,至少没接触过BASH的也能看懂! 建立一个脚本 Linux中有好多中不同的shell,但是通常我们使用bash (bourne again shell) 进行shell编程,因为bash是免费的并且很容易使用.所以在本文中笔者所提供的脚本都是使用bash(但是在大多数情况下,这些脚本同样可以在 bash的大姐,bourne shell中运行). 如同其

转载: Bash脚本15分钟进阶教程 这里的技术技巧最初是来自谷歌的"Testing on the Toilet" (TOTT).这里是一个修订和扩增版本. 脚本安全 我的所有bash脚本都以下面几句为开场白: #!/bin/bash set -o nounset set -o errexit 这样做会避免两种常见的问题: 引用未定义的变量(缺省值为"") 执行失败的命令被忽略 需要注意的是,有些Linux命令的某些参数可以强制忽略发生的错误,例如"mkd

首先附上自己常用的代码 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------#定义并发进程数量PARALLEL=xx #定义临时管道文件名TMPFILE=$$.fifo #定义导出配置文件全路径名CMD_CFG=${xx} #定义失败标识文件FAILURE_FLAG=failure.lo

为实现某个任务,将许多命令组合后,写入一个可执行的文本文件的方法,称为Shell脚本编程. 按照应用的Shell环境不同,可以将Shell脚本分为多种类型.其中最常见的是应用于Bash和Tcsh的脚本,通常将其称为Bash和Tcsh脚本.同Tcsh脚本相比,Bash脚本在Linux中的应用相对较广. 一.Shell脚本的基本内容 Shell脚本其实就是一个文本文件,因此建立新的脚本文件时,可以使用Vi.Emacs.Nano等文本编辑器. 提示:Shell脚本同Linux系统中的其他文件一样,可以

问题描述:     Linux开机执行bash脚本     问题解决:         (1)在 /etc/init.d文件夹中新建一个脚本myinit                     (2)在/etc/rc2.d/文件夹中新建一个软连接             注:     关于软连接的说明,对于开机启动的脚本存放在/etc/init.d/文件件中,软连接的名称为S99***其中S是开始的意思,99是执行顺序           (3)开机启动效果               参考资料

题记:写这篇博客要主是加深自己对脚本命令的认识和总结实现算法时的一些验经和训教,如果有错误请指出,万分感谢. 高等Bash脚本编程指南(31):数学盘算命令 成于坚持,败于止步 操作数字 factor 将一个正数分解为多个素数. root@ubuntu:~/resource/shell-study/0622-2013# factor 2374 2374: 2 1187 root@ubuntu:~/resource/shell-study/0622-2013# factor 27417 27417

总第1篇test就是測试的意思,经常使用在流程控制语句中作为条件.以下做一下介绍. 关于真值 与其它语言不同,Bash(包含其它Shell)中,是用0表示真,非0表示假的.之所以用0表示成功,而不是1来表示.我觉得也是有一定道理的,由于成功的情况仅仅有一种,而出错的可能却有很多,所以用正数来表示错误.不同的正数代表着不同的错误,所以普通情况下能够通过正数的值来推断是出了什么错误. 假设你有过POSIX编程经验(比方Linux下C编程),你会知道一个errno的东西.你也会知道大量的if语句用来測

bash脚本把A和B文件中有相同ID的B文件的内容输出到文件C. Aid文件:ID001.1ID032.1ID090.10 Bfilt文件:XX XX XXX ID001.1 XXX999999999999999999999999999999999999999XX XX XXX ID055.1 XXX6666666666666666666666666666666666666XX XX XXX ID032.1 XXX333333333333333333333333333333333333333 要

高级Bash脚本编程指南(27):文本处理命令(三) 成于坚持,败于止步 处理文本和文本文件的命令 tr 字符转换过滤器. 必须使用引用或中括号, 这样做才是合理的. 引用可以阻止shell重新解释出现在tr命令序列中的特殊字符. 中括号应该被引用起来防止被shell扩展. 无论tr "A-Z" "*" <filename还是tr A-Z \* <filename都可以将filename中的大写字符修改为星号(写到stdout). 但是在某些系统上可能就

为一个Linux过程监控,采用Bash脚本. 采用ps命令的过程监控,使用周期加上连续监测的睡眠时间. 使用方法: psmonitor.sh -p [pid] -d [interval] -n [statistics count] 參数: -p 监控的进程ID -d 读性能数据间隔 -n 统计次数,达到该次数.自己主动退出 #!/bin/bash interval=0 count=0 pid="" while getopts "p:d:n:" arg do case

阅读目录 一.一切皆是字符串 二.引用和元字符 三.字符串从哪里来.到哪里去 四.再加上一点点的定义,就可以推导出整个Bash脚本语言的语法了 五.输入输出重定向 六.Bash脚本语言的美学:大道至简 总结: 我承认,我再一次地当了标题党.但是不可否认,这一定是一篇精华随笔.在这一篇中,我将探讨Bash脚本语言中的美学与哲学. 这不是一篇Bash脚本编程的教程,但是却能让人更加深入地了解Bash脚本编程,更加快速地学习Bash脚本编程. 阅读这篇随笔,不需要你有Bash编程的经验,但一定要和我一

将Linux普通用户添加为系统管理员在Gnome或KDE这样强大与完善的桌面环境下是非常简单的事情,一般来说在用户设置的对话框里就直接有相应选项.不过,出于简洁与高效的风格,自己目前并未使用这些高端但吃内存的“重量级”桌面环境,使用的就是最基本的X视窗+Sawfish窗口管理器的组合.在这样的环境下进行用户管理,都是通过命令行来完成.如,使用useradd命令添加新用户.不过,由useradd命令添加的用户只具有普通使用者的权限,不具备系统管理的能力.这样一来,就给一些常见的操作带来不便,如,使

在ubuntu linux 中编写一个自己的简单的bash脚本. 实现功能:终端中输入简单的命令(以pm为例(play music)),来实现音乐的播放.注:本人ununut中安装了audacious,所以就以audacious为例,来实现音乐的播放. 第一步:进入一个目录,最好是自己特别选定的,如果用文件浏览器可以新建一个名为pm空白文档文件:如果是用终端可以输入命令:vi pm(可能会因为位置问题,需要添加sudo) 第二步:向新建的文档内输入命令: #!/bin/bash 注:此行最好添加