hisat2 sra 参数

RNA-Seq基因组比对工具HISAT2

原文网址: http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者,使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用,作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2.官网:https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml HISAT2安装下载HISAT2-2.0.1,并解压: unzip hisat2-2.0.1-beta-Linux_x86_64

StringTie用法详解

StringTie 参考链接: https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input https://www.cnblogs.com/adawong/articles/7977314.html 参数简介 StringTie的基本用法: stringtie <aligned_reads.bam> [options]* 其中,aligned_reads.bam 是输入文件,该输入文件要求必须按其基因组位置排序, HISA

Spring-boot 配置Aop获取controller里的request中的参数以及其返回值

首先在你的Maven的pom文件里加入aop的依赖: <dependency> <groupId>org.springframework.boot</groupId> <artifactId>spring-boot-starter-aop</artifactId> </dependency> 在spring boot里面一切配置都是很简单的,下面为我所有被请求到的controller加上Aop的功能吧,看码: package me.j

【只要有ENA千万别用NCBI】拆分SRA文件，通过SRAtoolkits

只要有ENA千万别用NCBI!!!! 最近开始分析网上Download的数据,一开始用人家现成的GWAS数据,后来觉得反正自己的数据到手该做的也是要做的,出来混早晚是要还的,所以就开始从头分析一些SRA的数据,我以为会很简单,事实证明是我简单了. 首先我们下了这样的一串数据,*.sra格式: -rwxrwxrwx genomics genomics 6月 : SRR1206512.sra -rwxrwxrwx genomics genomics 6月 : SRR1206514.sra -rwxr

转录组分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用

转录组分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用 (2016-10-10 08:14:45) 转载▼ 标签: 生物信息学转录组 1.Hisat2建立基因组索引: First, using the python scripts included in the HISAT2 package, extract splice-site and exon information from the gene annotation file: $ extract_splice_

HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程

HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程 2015年Nature Methods上面发表了一款快速比对工具hisat,作为接替tophat和bowtie的比对工具,它具有更快的比对速度和更高的比对率,最近把这个流程走完一遍,感觉优势还是很明显的. 一.HISAT2: 1.下载安装: hisat2下载地址:ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip his

HISAT2的运用

功能: 用于有参考基因组存在的比对工具(适用于whole-genome, transcriptome, and exome sequencing data) 用法: hisat2-build [options]* <reference_in> <ht2_base> hisat2 [options]* -x <hisat2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r> | --sra-acc <SRA access

8、SRR数据下载https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/

1.prefetch SRRxxxxxx -/ncbi/public/sra 2.fastq-dump --split-files xxxxxxsra 3.SRA.SAM以及Fastq文件高速下载方法 3.1 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive:隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information),它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据 (metad

spring mvc aop拦截controller层获取RequestBody反序列化后参数

最近,为了解耦,把一逻辑从interceptor抽出来,放在aop中处理,需要得到RequestBody.如下: @Aspect @Configuration public class CheckAspect { private final Logger logger = LoggerFactory.getLogger(this.getClass()); // 定义切点Pointcut 自行写入对应的controller包路径 @Pointcut("execution(* com.hs.yido

【.net 深呼吸】细说CodeDom（6）：方法参数

本文老周就给大伙伴们介绍一下方法参数代码的生成. 在开始之前,先补充一下上一篇烂文的内容.在上一篇文章中,老周检讨了 MemberAttributes 枚举的用法,老周此前误以为该枚举不能进行按位操作,后来发现是可以的.不过啊,MemberAttributes 枚举有些情况下不那么好弄,最典型的就是要生成抽象类的时候,反正老周试了很久,用MemberAttributes枚举不能顺利生成抽象类. 这时候,老周想到了 TypeAttributes,然后就试了一下. CodeTypeDeclarati

Angular2入门系列教程6-路由（二）-使用多层级路由并在在路由中传递复杂参数

上一篇:Angular2入门系列教程5-路由(一)-使用简单的路由并在在路由中传递参数之前介绍了简单的路由以及传参,这篇文章我们将要学习复杂一些的路由以及传递其他附加参数.一个好的路由系统可以使我们的程序更好的工作. 假设你已经跟上了我们的进度. 我们来为我们的文章明细新增一个评论框:当我们在明细中点击评论的时候,在我们的明细页面显示评论,这里,我们就可以完全把明细页面看成一个独立的路由,可以建立自己的子路由页面,做一些评论,分享等操作. 那,首先在data目录下建立我们的评论实体Commen

Angular2入门系列教程5-路由（一）-使用简单的路由并在在路由中传递参数

上一篇:Angular2入门系列教程-服务上一篇文章我们将Angular2的数据服务分离出来,学习了Angular2的依赖注入,这篇文章我们将要学习Angualr2的路由为了编写样式方便,我们这篇文章开始引入第三方的css库materializecss,引入方法直接在index.html中普通引用就可以了众所周知,Angular出现的目的就是解决web编程的一些限制,让我们编写的网页能像App一样运作,我们现在称之为单页面应用(SPA),单页面应用程序有诸多好处,譬如页面响应快,良好的前后

Scrapy框架爬虫初探——中关村在线手机参数数据爬取

关于Scrapy如何安装部署的文章已经相当多了,但是网上实战的例子还不是很多,近来正好在学习该爬虫框架,就简单写了个Spider Demo来实践.作为硬件数码控,我选择了经常光顾的中关村在线的手机页面进行爬取,大体思路如下图所示. # coding:utf-8 import scrapy import re import os import sqlite3 from myspider.items import SpiderItem class ZolSpider(scrapy.Spider):

【每日一linux命令4】常用参数：

下面所列的是常见的参数(选项)义: --help,-h 显示帮助信息 --version,-V 显示版本信息 -v 繁琐模式(显示命令完整的执行过程) -i 交谈模式(指定界面) -l

【每日一linux命令3】参数（或称选项）顺序

一般除了特殊情况,参数是没有顺序的.举例而言,输入"–a –v"与输入"–v –a"以及"–av" 的执行效果是相同的.但若该参数后指定了要接的文件或特殊对象,如"–a cmd1 –v cmd2",则不能任意改变选项顺序.

C# 中参数验证方式的演变

一般在写方法的时候,第一步就是进行参数验证,这也体现了编码者的细心和缜密,但是在很多时候这个过程很枯燥和乏味,比如在拿到一个API设计文档的时候,通常会规定类型参数是否允许为空,如果是字符可能有长度限制,如果是整数可能需要判断范围,如果是一些特殊的类型比如电话号码,邮件地址等,可能需要使用正则表达式进行判断. 通常,我们一般都是在方法开始的地方进行条件判断,然后抛出合适的异常,这是最普通和通用的做法,但是在.NET中,利用一些语言特性和类库,可以使用一些其他的方式将我们从复杂繁琐的工作中解放出来

js中参数不对应问题

因为js是一种弱类型的编程语言,对数据类型的要求没有其他编程语言的要求严格,所以在定义函数的时候不需要像java和C#一样对其传入参数的类型进行定义.那么传入参数的个数有没有影响呢?今天小猪就做了个实验. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 <html> <head> <

C++中的变长参数

新参与的项目中,为了使用共享内存和自定义内存池,我们自己定义了MemNew函数,且在函数内部对于非pod类型自动执行构造函数.在需要的地方调用自定义的MemNew函数.这样就带来一个问题,使用stl的类都有默认构造函数,以及复制构造函数等.但使用共享内存和内存池的类可能没有默认构造函数,而是定义了多个参数的构造函数,于是如何将参数传入MemNew函数便成了问题. 1.变长参数函数首先回顾一下较多使用的变长参数函数,最经典的便是printf. extern int printf(const ch

nodejs进阶(5)—接收请求参数

1. get请求参数接收我们简单举一个需要接收参数的例子如果有个查找功能,查找关键词需要从url里接收,http://localhost:8000/search?keyword=地球.通过前面的进阶3教程<nodejs进阶(3)—路由处理>重介绍的url模块,我们知道接收方法如下这样写 //----------------6_param------------------------------------ var http = require('http');

WebForm获取GET或者POST参数到实体的转换，ADO.NET数据集自动转换实体

最近在修改维护以前的webform项目(维护别人开发的.....)整个aspx没有用到任何的控件,这个我也比较喜欢不用控件所以在提交信息的时候需要自己手动的去Request.QueryString[]或者Request.Form[]去获取,转型,判定等等觉得这样子的代码写多了不甚其烦,就在想能不能自动获取,解析这些参数成我需要的数据实体呢,当然是可以的这里我用反射根据参数的Key与实体的PropertyName进行对比,类型转换赋值给实体 public static T NameValues2E

hisat2 sra 参数

热门专题