http://homer.salk.edu/homer/ [怪毛匠子-整理] 使用HOMER分析CLIP-SEQ数据 24 5 2月 2013   | 程序员 Tags: 生物信息学 · 软件 HOMER是一个使用perl和C写成的motif分析工具.之前在分析clip-seq分析时,按照文献中材料和方法所写的流程进行分析,却无法得到与文献一致的结果.想来多半是文章发表时,并没有把所有的细节写清楚,导致我在重复时参数选择方面并没有与原作者保持一致.另一个原因是基因组几经修改,原本的hg17的数据

总结: 1.ACK包可以和其他包合在一起,比如ACK包可以携带数据 2.可以接收多个数据包后,一次性给一个应答,不用每个数据包一一对应给应答 3.在通信过程中,通过接收到的包的ack值可以判断是否是上一个本机发送包的应答包(ack值与上一个本机发送包的seq有关),seq值和ack值的确定规则如下: 三次握手: 第一次握手(发送):seq为x(x为任意值),无视ack(因为是第一个包,不需要给其他包应答) 第二次握手(发送):seq为y(y为任意值),ack等于接收包seq+1(即x+1) 第三

大家好,这里是专注表观组学十余年,多组学科研服务领跑者的易基因. 染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白.组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术.由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率.更低的噪声和更大的覆盖范围.随着测序成本的降低,ChIP- seq已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具. 原理:甲醛处理细胞使目标蛋白与DNA交联,通过超声波将交联后的染色质打断成小片段,一般在200-600bp范围内.再利用抗

TCP连接的建立和释放 概述 TCP运输连接的建立和释放是每一次面向连接的通信中必不可少的过程,运输连接有三个阶段:连接建立,数据传送和连接释放. TCP连接的建立 如图所示,假定A主机是客户端程序,B主机是服务端程序.最初两端的TCP进程都是出于CLOSED(关闭)状态. (1)B的TCP服务器进程先创建传输控制块TCB(transmission Control Block),准备接受客户进程的连接请求.然后服务器就进入LISTEN(监听)状态,等待客户端的连接请求. (2)A的TCP客户进程

总是跑数据,却对数据一无所知,这说不过去吧. 看几篇文章吧 Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic analyses(只讲二代) Assembly of large genomes using second-generation sequencing(参考文献) Identification of optimum sequencing depth especially for de novo genome asse

现在的移动端应用几乎都会通过网络请求来和服务器交互,通过抓包来诊断和网络相关的bug是程序员的重要技能之一.抓包的手段有很多:针对http和https可以使用Charles设置代理来做,对于更广泛的协议可以使用tcpdump或者wireshark.wireshark提供GUI,方便做深入全面的数据分析.tcpdump则输出原始的包内容,好处是快速高效,之前写过一篇简单的微信红包图片的破解教程,就是用tcpdump来操作的.这篇文章主要介绍tcpdump的基本使用方法,阅读目标是能基本掌握并运用t

如何在 Android 手机上实现抓包? http://www.zhihu.com/question/20467503 我想知道某个应用究竟在数据提交到哪里,提交了什么.网上的教程太复杂,不想麻烦.有没有快速的方式实现在android网络抓包?比如手机流量类监控软件是否已经实现可否借鉴? 4 条评论 分享   按投票排序按时间排序 48 个回答 190赞同反对,不会显示你的姓名 Trinea,微信codek2,专注于源码解析分享 万象为宾客.殷xx.断掌小馒头 等人赞同 两种方式,各有优劣且互补

tcpdump是最快捷方便的抓包方式,还可以加深对网络协议的理解.android下可以通过如下方式抓包: 1 Android上启动tcpdump Android设备可以把tcpdump的可执行文件上传到android设备上,然后通过mac远程登录android设备运行tcpdump,前提是这台android设备必须已经root过.步骤如下: 下载android版本的tcpdump 从这个链接可以下载到专门为android系统编译的tcpdump版本. 通过adb将tcpdump上传到androi

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源码分析 def seq: TraversableOnce[A] 上面两段代码是scala.collection.TraversableOnce特质的foldLeft方法源代码,实现了TraversableOnce trait的seq就是可迭代的集合: //将初始值z赋给result变量 var result = z //遍历seq集合,将result变量与seq集合取出的每个对象作为参数传递给op函数,每迭代一次op函数的返回值都赋给result变量 this.seq foreach (x =

我们在前面用了许多章节来讨论如何把数据从后台数据库中搬到内存,然后进行逐行操作运算.我们选定的解决方案是把后台数据转换成内存中的数据流.无论在打开数据库表或从数据库读取数据等环节都涉及到对数据库表这项资源的安全使用:我们最起码要保证在完成使用或者使用中途出现错误异常退出时能释放占用的资源.谈到资源使用安全,不得不想到函数式编程通用的那个bracket函数,fs2同样提供了这个函数: def bracket[F[_],R,A](r: F[R])(use: R => Stream[F,A], rel

getopt的两个模块getopt和gun_getopt都可以接收参数,但是又有不同; 先看 getopt.getopt这个模块: import sys import getopt def main(param): opts, args = getopt.getopt(param,"hc:s:") print("opts",opts ) print("args",args) for opt,arg in opts: if opt == "

在分析ORACLE的AWR报告时,发现SQL ordered by Executions(记录了按照SQL的执行次数排序的TOP SQL.该排序可以看出监控范围内的SQL执行次数)下有一个SQL语句执行非常频繁,一个小时执行了上万次: update seq$ set increment$=:2, minvalue=:3, maxvalue=:4, cycle#=:5, order$=:6, cache=:7, highwater=:8, audit$=:9, flags=:10 where ob

转载自 http://blog.csdn.net/a19881029/article/details/38091243 序列号为当前端成功发送的数据位数,确认号为当前端成功接收的数据位数,SYN标志位和FIN标志位也要占1位 如果你正在读这篇文章,很可能你对TCP“非著名”的“三次握手”或者说“SYN,SYN/ACK,ACK”已经很熟悉了.不幸的是,对很多人来说,对TCP的学习就仅限于此了.尽管年代久远,TCP仍是一个相当复杂并且值得研究的协议.这篇文章的目的是让你能够更加熟练的检查Wiresh

0. 关键概念 关键概念 Concepts Function Topic 用于划分Message的逻辑概念,一个Topic可以分布在多个Broker上. Partition 是Kafka中横向扩展和一切并行化的基础,每个Topic都至少被切分为1个Partition. Offset 消息在Partition中的编号,编号顺序不跨Partition(在Partition内有序). Consumer 用于从Broker中取出/消费Message. Producer 用于往Broker中发送/生产Me

三次握手 ip 106.120.167.67捕获的数据 数据信息   分析: 从图中可以看出,前三条为三次握手过程,使用TCP协议. 结合图,第一条为建立连接请求,客户端向服务器发送SYN=1的报文,seq=0. 第二条,服务器发送确认链接信息,SYN=1.ACK=1. 第三条,客户端发送确认报文,ACK=1.   四次挥手 后四条为释放连接数据 数据信息   分析: 从图中可以看出,后四条释放连接过程,使用TCP协议. 结合图,第一条为释放连接请求,客户端向服务器发送FIN=1的报文. 第二条

最近闲来有事, 分析了一个非常低端(非常低端的意思是说你不应该对她是否能取代你现有的QQ客户端作任何可能的奢望,她只是一个实验性的东西)的手机QQ的协议, 是手机QQ3.0,      所用到的TCP/HTTP通信协议版本是1.4, 也不知道是哪一年release的了, 至少有七八年的历久了吧, 反正就是: 功能非常弱! 主要的分析原因是想学学网络方面的编程经验(这是我第2次弄socket编程 :-) ), 以及学学怎么抓包分析. 主要用到的工具软件 手机QQ3.0: http://www.ru

Linux mips64r2 PCI中断路由机制分析 本文主要分析mips64r2 PCI设备中断路由原理和irq号分配实现方法,并尝试回答如下问题: PCI设备驱动中断注册(request_irq)时的irq#从哪里来?是硬件相关?还是软件相关? 中断上报时,CPU是如何获得这个irq#的? 本文主要分析PIC(可编程中断控制器)的工作原理,PIC一般集成在CPU中,不同arch.vendor CPU的PIC实现原理也不尽相同.本文基于kerne3.10 + mips64r2 XXX CPU分

linux 系统内核空间与用户空间通信的实现与分析 2 评论: 陈鑫 (chen.shin@hotmail.com), 自由软件爱好者, 南京邮电学院电子工程系 2004 年 7 月 01 日 内容 在 IBM Bluemix 云平台上开发并部署您的下一个应用. 现在就开始免费试用 多数的 Linux 内核态程序都需要和用户空间的进程交换数据,但 Linux 内核态无法对传统的 Linux 进程间同步和通信的方法提供足够的支持.本文总结并比较了几种内核态与用户态进程通信的实现方法,并推荐使用 n

目录 前言 缓冲区分析 多种类型要素栅格化 总结 参考链接 一.前言        上两篇文章介绍了如何使用Geotrellis进行矢量数据栅格化以及栅格渲染,本文主要介绍栅格化过程中常用到的缓冲区分析以及同一范围内的多种类型要素栅格化.        本文主要记录今天过程中碰到的两个问题,第一个问题就是线状要素在进行栅格化的时候只有单个像素,看不出应有的效果:第二个问题就是同一地区的数据既包含面状要素,又包含了线状要素,普通方式只能栅格化成两套数据.下面我为大家介绍解决这两个问题的方法(当然若