Finding Enriched Motifs in Genomic Regions (findMotifsGenome.pl) 在指定区域做motif enrichment,大大降低了假阳性. MEME也可以做,但是设定更加复杂. 转录因子的表达具有高度的组织特异性,而且已知的TF只有1000多个,基因有30000多个,所以一个TF的靶基因可能有几百个,而且具有高度的时空组织特异性. 实验的方法就不说了,可靠.成本高.耗费劳力. 以下只说高通量数据的预测方法. 最简单的预测就是基于基因表达,c

需要长期更新! 参考:生信修炼手册 enhancer的基本概念: 长度几十到几千bp,作用是提高靶基因活性,属于顺式作用原件,DNA作用到DNA,转录因子就是反式,是结合到DNA的蛋白. 1981年,Benerji发现SV40中某个140bp的序列可以显著提高血红蛋白融合基因的表达水平. 特性:远距离效应,无方向性. 如何鉴定enhancer区域: 对多个转录因子的peak区域进行聚类,识别增强子区域 将H3K4me1和K3K27ac这两种组蛋白修饰作为增强子区的mark 使用II型RNA聚合酶

10465 - Homer Simpson Time limit: 3.000 seconds http://uva.onlinejudge.org/index.php?option=com_onlinejudge&Itemid=8&category=114&page=show_problem&problem=1406 这数据量..枚举绝对是最快的方式了. 完整代码: /*0.025s*/ #include<bits/stdc++.h> using namesp

                                        Homer Simpson Time Limit: 3 seconds Memory Limit: 32 MB Homer Simpson, a very smart guy, likes eating Krusty-burgers. It takes Homer m minutes to eat a Krusty- burger. However, there�s a new type of burger in A

Problem C: Homer Simpson Time Limit: 3 seconds Memory Limit: 32 MB Homer Simpson, a very smart guy, likes eating Krusty-burgers. It takes Homer m minutes to eat a Krusty- burger. However, there�s a new type of burger in Apu�s Kwik-e-Mart. Homer likes

UVA 10465 Homer Simpson(全然背包: 二维目标条件) http://uva.onlinejudge.org/index.php? option=com_onlinejudge&Itemid=8&page=show_problem&problem=1406 题意: 有两种汉堡包(汉堡数量无限多),第一种吃一个须要花n分钟,另外一种吃一个须要花m分钟. 如今你有t分钟的时间, 问你最少浪费几分钟不能吃汉堡(你每次要么完整的吃完一个汉堡,要么不吃). 当吃汉堡花费的

http://homer.salk.edu/homer/ [怪毛匠子-整理] 使用HOMER分析CLIP-SEQ数据 24 5 2月 2013   | 程序员 Tags: 生物信息学 · 软件 HOMER是一个使用perl和C写成的motif分析工具.之前在分析clip-seq分析时,按照文献中材料和方法所写的流程进行分析,却无法得到与文献一致的结果.想来多半是文章发表时,并没有把所有的细节写清楚,导致我在重复时参数选择方面并没有与原作者保持一致.另一个原因是基因组几经修改,原本的hg17的数据

ORF和CDS的区别 ORF的英文展开是open reading frame(开放阅读框). CDS的英文展开是coding sequences (编码区). CDS:DNA转录成mRNA,mRNA经剪接等加工后翻译出蛋白质,所谓CDS就是与蛋白质序列一 一对应的DNA序列,且该序列中间不含其它非该蛋白质对应的序列,不考虑mRNA加工等过程中的序列变化,总之,就是与蛋白质的密码子完全对应. ORF:理论上的氨基酸编码区,一般是在分析DNA核酸图谱中(主要是利用电脑程序)得到的.程序会自动在DNA

Homer Conferencing (short: Homer) is a free SIP softphone with advanced audio and video support. The software is available for Windows, Linux and OS X. Homer was developed as tool for video conferences and as streaming platform. The basic functions o

 题意 霍默辛普森吃汉堡  有两种汉堡  一中吃一个须要m分钟  还有一种吃一个须要n分钟  他共同拥有t分钟时间    要我们输出他在尽量用掉全部时间的前提下最多能吃多少个汉堡  假设时间无法用完  输出他吃的汉堡数和剩余喝酒的时间 非常明显的全然背包问题  求两次  一次对个数  一次对时间即可了   时间用不完的情况下就输出时间的 d1为个数的  d2为时间的  dt保存时间 #include<cstdio> #include<cstring> #include<a

研究可以做得很浅,查查genecard数据库,从数据库里找找motif,用工具跑跑target gene,构建一下基因调控网络GRN. 研究也可以做得很深,了解一个物种里面有哪些transcription factor families,这些转录因子各自是如何发挥作用的,这些家族是如何归类的,各自有什么特性. TRANSCRIPTION FACTORS: Structural Families and Principles of DNA Recognition[非常古老的综述1992年,也非常有

主流的motif数据库 JASPAR dbcorrdb - SCENIC使用的 TRANSFAC® 7.0 Public 2005 and TRANSCompel 7.0 Public 2005 - 现在最新版要收费了 motif格式问题 我关注的这个motif (ENCSR000ARI) 是Ezh2的,并没有被收录在常规的TF数据库里,所以Homer里面没有. dbcorrdb这个数据库里有,但是很老的JASPAR格式,可以转成meme格式.[dbcorrdb__EZH2__ENCSR000A

众所周知,全基因组关联分析(GWAS)发现的很多变异位点基本为非编码,这些变异位点1)要么调控基因表达(eQTL); 2)要么影响增强子活性; 3)要么影响转录因子(TF)结合特异性; 4)要么啥也不是. 针对以上四种情况: 1)是否调控基因表达(eQTL)可通过GTEx(https://gtexportal.org/home/)查询. 2)是否影响增强子活性可通过之前的推文查询:感兴趣的SNP/区域上是否有增强子/转录因子?增强子/转录因子调控哪个靶基因?(EnhancerDB) 3)是否影响

概述 HOMER是一款100%开源的针对SIP/VOIP/RTC的抓包工具和监控工具. HOMER是一款强大的.运营商级.可扩展的数据包和事件捕获系统,是基于HEP/EEP协议的VoIP/RTC监控应用程序,并可以使用即时搜索.处理和存储大量的信令.RTC事件.日志和统计信息. 之前的文章中,我们介绍过一款针对SIP的抓包工具sngrep,相比来说,HOMER有更加成熟完善的架构和体系,包括后台的数据库存储和前台的web页面展示数据. 在我们的生产环境中,一直有使用HOMER来作为呼叫信令的收集

最近由于业务需要,研究了一下Sencha ExtJS 6 ,虽然UI和性能上据相关资料说都有提升,但是用起来确实不太顺手,而且用Sencha cmd工具进行测试和发布,很多内部细节都是隐藏的,出了问题不好跟踪.更奇葩的是明明在sencha app watch上运行很好,但是sencha app build后会出现异常.即使是这样,但Sencha ExtJS 6 在UI控件和编程模式上确实比较强大.下面介绍一个 Widget Grid 用法,可以在表格grid中进行列样式渲染,是一个比较强大的功能

这部分在网上很容易找到详细教程,这里就略写了. 基础:系统有配置好的jdk,通过 命令行 java -version,有类似下面的提示,表示java环境以配好 下载maven:官网 http://maven.apache.org/,download模块下寻找 安装 window 配置环境变量 Path: ;%MAVEN_HOME%\bin M2_HOME: D:\Java\apache-maven-3.1.1 linux export MAVEN_HOME=/home/homer/Apache-

Android中可以通过WebView来实现与js的交互,让用户可以在android客户端看到js写的页面,接下来为大家介绍的就是怎样实现此功能: 首先android项目目录下有“assets”文件夹,开发者需要将html文件拷贝到此文件夹下. html代码: <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-tra

实体框架高级应用之动态过滤 EntityFramework DynamicFilters 我们开门见山,直奔主题. 一.EntityFramework DynamicFilters 是什么,它能做什么? EntityFramework DynamicFilters是一个开源项目.你可以到这里去下载它的源码.顾名思义,它为我们做的事,就是帮我们动态过滤数据.为了照顾初学者,我们从头道来. 1.何为数据过滤? 数据过滤说简单点,就是去掉我们不想要的数据.SQL语句中的where从句,Linq中的wh

参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥  &[学习笔记]KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应? 如何查询某一基因的信息,例如gltA ? 如何知道Bacillus subtilis是否有gltA? 如何查询 gl

1.索引器方法结构大致为<modifier><return type> this [argument list],它可以在接口中定义: 在为接口声明索引器的时候,记住声明只是表示索引器的存在.你只需要提供恰当的访问函数即可,不必包括范围修饰符.以下代码把索引器声明为接口IImplementMe的一部分: interface IImplementMe {  string this[int index]  {  get;  set;  } 相应实现的类则必须为IimplementMe的