最近做了一个关于基因开发的项目,要求最终输出的文件可以在专门的基因浏览器上边显示,类似统计图的东西.废话不说上图(表示表达不出来0.0)! 先说下Jbrowse这个东西吧,一句话:一个简单的,便携式依靠javascript的基因组浏览器.没用过觉得挺高大上的,难度挺高.实际上用过之后觉得也就是那回事,没多少难度,很容易上手.因为我是在虚拟机上边访问,用的是linux系统,所以这里我以linux为版本简述一遍: 1.安装 与其说是安装我还是觉得下载比较好.为什么?实际上也就是下载一个文件,文件夹里

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)

转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到

功能如下: 1.View 主要功能讲sam文件转位bam文件. 涉及的参数: -b 输出bam格式..默认是sam文件 -h 输出的sam文件带header..默认不带 -H 仅仅输出header -S 输入sam文件..默认bam文件 -u 输出bam文件不进行压缩..必须有-b参数 -c 输出比对上的数 -f 输出含有所有flag都reads -F 输出没有flag的reads..数字4代表改reads没有比对上,数字8表示mate序列没有比对上 -q 比对的最低质量值..一般20就可以 例

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集,包含有许多命令.以下是常用命令的介绍: view命令的主要功能: 将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式. bam

假设想要计算ATP1A4基因上的外显子碱基覆盖度 首先查询这个基因所有exon的起始和终止位置,查询链接:http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Exons?db=core;g=ENSG00000132681;r=1:160121360-160156767;t=ENST00000368081 如下图所示,可以看到该基因有6个转录本,假定选择第二个转录本ENST00000470705.1,点击进去,显示该转录本有5个外显子 具体外显子的详

gitbash 是 windows 环境下非常好用的命令行终端,可以模拟一下linux下的命令如ls / mkdir 等等,如果使用过程中遇到中文显示不完整或乱码的情况,多半是因为编码问题导致的,修改文本编码即可.操作过程如下: 问题描述 gitbash 在 win10 环境下显示中文出现乱码 处理办法 问题是由于编码不一致造成的,修改稿界面文字编码即可. 操作 1/问题回顾 2/控制台单击右键,选择options选项 3/设置文本本地语言为 zh_CN ,编码选择 GBK, 随后单击OK保存

话说这是2017年的第一篇博客,也是一篇技术博客.先从简单的一篇解决问题开始吧,千里之行,始于足下! --------------------------------------------------------------我是万恶的分割线------------------------------------------------------------- 最近遇到一个问题,textview的显示的数字与***要来回切换显示的,来回显示完全OK的,但是我们美丽温柔可爱的设计师要说***也要

按下F12之后,开发人员工具在桌面上看不到,但是任务栏里有显示.将鼠标放在任务栏的开发人员工具上,出现一片透明的区域,选中之后却出不来.将鼠标移动到开发人员工具的缩略图上,右键-最大化,工具就全屏出现了.(或者是右键-移动,然后手动调整窗口大小) 但是这时候是单独一个窗口,没有和IE页面结合在一起.点击右上角的固定按钮(快捷键CTRL+P),就和IE结合在一起了,位于页面的下方. 或者是打开工具后,直接按快捷键ctrl+p,就出来了.(当然了,必须先打开开发工具,否则ctrl+p是IE8的打印)

默认的上传样式我们总觉得不太好看,根据需求总想改成和上下结构统一的风格…… 实现方法和思路: 1.在input元素外加a超链接标签 2.给a标签设置按钮样式 3.设置input[type='file']为透明,并定位,覆盖在a上面 html代码: <a class="input-file input-fileup" href="javascript:;"> + 选择文件<input size="100" type="f

1.单行文本溢出显示省略号我们可以直接用text-overflow: ellipsis 实现方法: <style> .div_text{width: 300px; padding:10px;border:1px solid #001F33; overflow: hidden;text-overflow: ellipsis; white-space: nowrap;} </style> <div class="div_text"> 单行文本溢出显示省略

在2.1.栏目的前台显示中因右键没有添加视图把微软给鄙视了一下,后来有仔细研究了一下发现应该鄙视自己,其实这个功能是有的,是自己没搞清楚乱吐糟. 其实只要在NuGet中安装两个包(Microsoft.VisualStudio.Web.CodeGeneration.Tools和Microsoft.VisualStudio.Web.CodeGenerators.Mvc)就可以了.如下图: 是不是熟悉的感觉又回来了.. 现在可以用右键的在弹出的对话框中添加视图了.在实际的使用中模板,可以选择Creat

上次创建了栏目模型,这次主要做栏目的前台显示.涉及到数据存储层.业务逻辑层和Web层.用到了迁移,更新数据库和注入的一些内容. 一.添加数据存储层 1.添加Ninesky.DataLibrary(与上次添加方法相同) 在解决方案(Ninesky)上点右键->添加->新建项目 选择.NET Core –> Class Library(.NET Core) 名称输入:Ninesky.DataLibrary(数据访问存储功能在这个项目中实现) 2.为项目添加EntityFrameworkCor

kindeditor4.x代码高亮功能默认使用的是prettify插件,prettify是Google提供的一款源代码语法高亮着色器,它提供一种简单的形式来着色HTML页面上的程序代码,实现方式如下: 首先在编辑器里面插入javascript代码: 确定后会在编辑器插入这样的代码: <pre class="prettyprint lang-js"><script> var KE; KindEditor.ready(function(K) { KE = K.cre

DefaultFilesMiddleware中间件的目的在于将目标目录下的默认文件作为响应内容.我们知道,如果直接请求的就是这个默认文件,那么前面介绍的StaticFileMiddleware中间件会将这个文件响应给客户端.如果我们能够将针对目录的请求重定向到这个默认文件上,一切就迎刃而解了.实际上DefaultFilesMiddleware中间件的实现逻辑很简单,它采用URL重写的形式修改了当前请求的地址,即将针对目录的URL修改成针对默认文件的URL.[本文已经同步到<ASP.NET Cor

本文出处:http://www.cnblogs.com/wy123/p/6238844.html 最近遇到一个存储过程在某些特殊的情况下,效率极其低效, 至于底下到什么程度我现在都没有一个确切的数据,因为预期很快就可以查询出来结果的SQL,实则半个小时都出不来,后面会有截图 观察执行计划的时候发现中间有一步中出现一个类似如下非常规的连接提示警告,如下图 no join predicate 意思就是没有连接谓词,表之间join的时候没有指定连接谓词可以导致no join predicate, 但是

在Android Studio 当中,如果你选择的SDK的版本 与你所显示的视图版本不一致时,会出现这个错误 Exception raised during rendering:com/android/util/PropertiesMap (Details) 如下图所示 这个时候就得注意你的SDK版本和视图版本是否一致了

参考页面: http://www.yuanjiaocheng.net/webapi/parameter-binding.html http://www.yuanjiaocheng.net/webapi/action-method-returntype.html http://www.yuanjiaocheng.net/webapi/web-api-reqresq-format.html http://www.yuanjiaocheng.net/webapi/media-formatter.htm

前言:在用VB.NET开发射频检测系统ADS时,当激活已存在的目标MDI子窗体时,被其他子窗体遮住了,导致目标MDI子窗体不能显示. 这个问题怎么解决呢?网上看到一篇帖子VB.NET设置控件和窗体的显示级别,总结得挺不错的.现转载过来,以备后用. 解决方案: 1)使用Controls属性将子窗体作为子控件显示到Panel等的所有子控件最前方 有些控件可以作为容器使用如类似Panel.PictureBox等的控件,在向容器控件中加入其它控件时,这些子控件组合到一起成为一个控件集合,在这个控件集合中

---<PS:本人菜鸟,大手子还请高台贵手> 以下是我今天在做分页时所遇到的一个分页显示问题,使用拼写SQL的方式写的,同类型可参考哦~ ----------------------------------------------------------------------------------------------------------- ---------------------------------------------Model-Page-----------------