比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的. 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件. 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的说明并不详细,在众人的博客中也比较零散. 我刚使用这个包的时候(2017年)还很难安装,需要预装各种依赖,不过现在的同学们很幸福了,可以直接用pip一键安装了. 软件包链接:https://github.com/tanghaibao/jcvi 安装过程很简单: pip install jcvi pi

目录 软件的安装 基因组的准备 一些细节 建议和示例 软件的安装 Python版McScan(jcvi工具包):https://github.com/tanghaibao/jcvi 以前只有python2,现在已有python3版本,建议用py3.安装可用pip: pip install jcvi ##或开发版 pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git pip可能会安装很慢.建议还是用conda,要快很多,最好新建环境. conda

本来是不会再写这个文档的,但是由于长时间没有用这个模块,这个模块不知道是我自己弄掉了,还是别的同学误删了,于是我重新安装一下. 首先下载conda,并下载好python which pip 直接安装 注意: 1. 请下载conda3版本,本模块由python3支持: 2. home目录和电脑C盘一样,如果home空间有限,请安装在其他目录下: 3. 将python执行路劲写进bashrc(类似Windows的注册表) 等着就行了: 其他模块自己安装就行了(Knet tools, Bedtools

最近有个需求需要画如下的图: 这些图的核心意思是一样的,就是connection,把不同的数据连到一起. 文章里把这图叫做共线性图,是按功能命名的,Google里搜不到. 搜到类似的,这个图叫 Parallel Coordinates Plot,但显然有些丑陋. Parallel Coordinates Plot in R matloff/parcoordtutorial origin里把它叫做Parallel plot,显然快接近我想要的了. 最终根据Google image的类似推送,终于找

经过几轮调试和修改,共线性图终于可以上眼了.如下: 图中红色的为目标基因,蓝色的为reference species目标基因周围15个基因,天蓝色为再往外15个基因,黄色为与reference species存在的共线性,灰色为相邻物种间的共线性. 标注有物种信息,scaffold信息,并用颜色加以区分物种的不同属性. 最后一章的代码和思路更新见公众号. 接下来公众号将继续更新R画图和文献等内容.

先上一个兼容性总结图:老版本ie可以直接用复杂方法了,套用某表情包的话:  2016年了,做前端你还考虑兼容IE6?你这简直是自暴自弃! 好了,知道了兼容性,我们可以放心的使用了. 在CSS3中扩展了颜色值包含 currentColor 关键字,相当于元素color属性的计算值,让没有默认继承的子元素或者颜色属性可以继承. 用于所有接受颜色的属性上,相当于 color: inherit. 如:background,可以设置background:currentColor,这样背景颜色就和页面当前的

在做搜索框的时候无意间发现html5的input里有个placeholder属性能轻松实现提示文字点击消失功能,之前还傻傻的在用js来实现类似功能... 示例 <form action="demo_form.asp" method="get"> <input type="search" name="user_search" placeholder="我是提示文字 在此输入文本我会消失" /

前面的话 赏心悦目的颜色搭配让人感到舒服,修改元素颜色的功能让人趋之若鹜.但颜色规划不当,会让网站用户无所适从.颜色从<font color="">发展至今,保留了很多内容,也增加了新的内容,本文将介绍关于颜色模式的内容 颜色模式 以前主要采用关键字.16进制和RGB这三种设置颜色的方式.CSS3出现后,增加了RGBA.HSL.HSLA这三种模式,极大地丰富了CSS颜色设置的方式 关键字 CSS颜色关键字包括命名颜色.transparent.currentColor属性值

本篇文章介绍EasyPR里新的定位功能:颜色定位与偏斜扭正.希望这篇文档可以帮助开发者与使用者更好的理解EasyPR的设计思想. 让我们先看一下示例图片,这幅图片中的车牌通过颜色的定位法进行定位并从偏斜的视角中扭正为正视角(请看右图的左上角). 图1 新版本的定位效果 下面内容会对这两个特性的实现过程展开具体的介绍.首先介绍颜色定位的原理,然后是偏斜扭正的实现细节. 由于本文较长,为方便读者,以下是本文的目录: 一.颜色定位 1.1起源 1.2方法 1.3不足与改善 二.偏斜扭正 2.1分析 2

“为革命,保护视力,预防近视,眼保健操开始......” 这个应该是最老版本的眼保健操了,你听过? 一堆废话 且不说上面这个眼保健操到底有木有用,让眼睛放松下还是很有必要的,尤其是现在天天对着不是手机.平板就是电脑,前阵子还听说有人因为长时间玩手机,导致失明的.所以,同志们,赶紧放松下眼睛吧~~~ 作为一位码农,经常需要一连几小时盯着屏幕敲键盘,时间长了眼睛就会很疲劳,工作效率就会受到影响,你知道为什么容易疲劳吗? 日本东京都港区梶田眼科医院院长梶田雅义解释,视线聚焦于一处主要用到两处眼肌,即调

自定义SearchView的搜索图标和字体属性相对复杂一些,记下来. 一.自定义SearchIcon 1.API版本低于21:版本小于21时,要修改SearchIcon比较复杂,需要先获取到SearchView的ImageView,然后为ImageView设置图片,具体代码如下: (1)初始化SearchView控件 mSearch = (SearchView) view.findViewById(R.id.search); (2)设置自定义的搜索图标 if(mSearch==null){ re

iOS各种屏幕自动适配及颜色转换为十六进制 ★★★XLJMatchScreen自动适配屏幕★★★ 支持pod导入 pod 'XLJScreenMatching', '~> 1.0.3' 如果发现pod search XLJNewFeature 搜索出来的不是最新版本,需要在终端执行cd转换文件路径命令退回到desktop,然后执行pod setup命令更新本地spec缓存(可能需要几分钟),然后再搜索就可以了. 使用方法 直接在你的.pch文件中导入文件XLJMatchScreen.h 更新记录

Markdown字体颜色.背景色 字体颜色表 Markdwon测试 **粗体文字**,或__加文字__ 加粗 Markdown测试 *斜体文字*, 或_斜体_ 斜体 Markdwon测试 列表: 背景色表 如下: 背景色是 1 orange 背景色2 BlueViolet ``` 背景色是orange ``` __字体的设置__ ``` 我是黑体字 我是微软雅黑 我是华文彩云 color=#0099ff size=72 face="黑体" color=#00ffff color=gra

Atitit 动态按钮图片背景颜色与文字组合解决方案 转换背景颜色,setFont("cywe_img", fontScale, 50, 5) 设置文字大小与坐标 文字分拆,使用字根组合,也就256个字根就够了. public static void main(String[] args) throws FileNotFoundException { long startTime = System.currentTimeMillis(); // 获取开始时间 String out = 

说到 CSS 颜色,相比大家都不会陌生,本文是我个人对 CSS 颜色体系的一个系统总结与学习,分享给大家. 先用一张图直观的感受一下与 CSS 颜色相关大概覆盖了哪些内容. 接下来的行文内容大概会按照这个顺序进行,内容十分基础,可选择性跳到相应内容处阅读. 色彩关键字 嗯,色彩关键字很好理解.它表示一个具体的颜色值,且它不区分大小写.譬如这样 color:red 的 red 即是一个色彩关键字. 在 CSS3 之前,也就是 CSS 标准 2,一共包含了 17 个基本颜色,分别是: 而到了 CSS

1.服务器一直无法启动,图标颜色一直显示黄色,并且不可用. 2.解决办法: (1) C:\wamp\bin\apache\apache2.4.9\bin ->httpd.exe  找到该文件 (2) 打开cmd命令 (3) 把httpd.exe文件拖入到黑色运行框内(内部提示错误位置) 本次错误由配置文件错误和icuuc51.dll 文件丢失共同引起的. (4)  icuuc51.dll文件时windows系统文件,丢失后会引起某些文件无法正常启动 下载icuuc51.dll文件放到C:\Win

实现背景色透明效果的代码 实现各个浏览器中具备良好的透明特性的效果,IE中使用私有滤镜filter,高端浏览器使用CSS3中的rgba属性. 输入十六进制的颜色值以及透明度,自动在IE的过渡滤镜以及CSS3中的rgba属性之间进行十六进制与十进制的换算. 增加对IE9浏览器中的滤镜取消效果 ★ 鉴于需要做浏览器的hack,使用了:root来让IE9以前的浏览器不支持效果,所以增加了一个需要添加选择符类名的方式,对于这块需要大家在后期添加样式到代码中做单独的处理 把CSS代码中的backgroun

颜色 RGB和HSL都是CSS3支持的颜色表示方法,一般普遍使用是RGB.PS:HSL浏览器兼容. RGB RGB即是代表红.绿.蓝三个通道的颜色,通过对红(R).绿(G).蓝(B)三个颜色通道的变化以及它们相互之间的叠加来得到各式各样的颜色的. 表示方式 取值范围 优点 缺点 rgb(r, g, b) [0, 255] 每个分量 显示器容易分析, 目前的显示器大都是采用了RGB颜色标准 不符合人类描述颜色的习惯 #rrggbb 00 - FF 十六进制正整数     例子: HSL HSL即是

大家在使用View and Data API开发过程中,经常会用到的就是改变某些元素的颜色已区别显示.比如根据某些属性做不同颜色的专题显示,或者用不同颜色表示施工进度,或者只是简单的以颜色变化来提醒用户以示区别.作为开发者,一定会喜欢看的这样的API: //load the extension viewer.loadExtension('Autodesk.ADN.Viewing.Extension.Color'); // an array of node Id var elementIds= [

NPOI Excel 单元格颜色对照表,在引用了 NPOI.dll 后可通过 ICellStyle 接口的 FillForegroundColor 属性实现 Excel 单元格的背景色设置,FillPattern 为单元格背景色的填充样式. NPOI Excel 单元格背景颜色设置方法以及颜色对照表: 复制 1 2 3 4 5 6 ICellStyle style = workbook.CreateCellStyle(); style.FillForegroundColor = NPOI.HSS