比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的. 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件. 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的说明并不详细,在众人的博客中也比较零散. 我刚使用这个包的时候(2017年)还很难安装,需要预装各种依赖,不过现在的同学们很幸福了,可以直接用pip一键安装了. 软件包链接:https://github.com/tanghaibao/jcvi 安装过程很简单: pip install jcvi pi

目录 软件的安装 基因组的准备 一些细节 建议和示例 软件的安装 Python版McScan(jcvi工具包):https://github.com/tanghaibao/jcvi 以前只有python2,现在已有python3版本,建议用py3.安装可用pip: pip install jcvi ##或开发版 pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git pip可能会安装很慢.建议还是用conda,要快很多,最好新建环境. conda

本来是不会再写这个文档的,但是由于长时间没有用这个模块,这个模块不知道是我自己弄掉了,还是别的同学误删了,于是我重新安装一下. 首先下载conda,并下载好python which pip 直接安装 注意: 1. 请下载conda3版本,本模块由python3支持: 2. home目录和电脑C盘一样,如果home空间有限,请安装在其他目录下: 3. 将python执行路劲写进bashrc(类似Windows的注册表) 等着就行了: 其他模块自己安装就行了(Knet tools, Bedtools

欢迎关注博主主页,学习python视频资源,还有大量免费python经典文章 sklearn实战-乳腺癌细胞数据挖掘 https://study.163.com/course/introduction.htm?courseId=1005269003&utm_campaign=commission&utm_source=cp-400000000398149&utm_medium=share 在一个回归方程中,假如两个或两个以上解释变量彼此高度相关,那么回归分析的结果将有可能无法分清每

最近有个需求需要画如下的图: 这些图的核心意思是一样的,就是connection,把不同的数据连到一起. 文章里把这图叫做共线性图,是按功能命名的,Google里搜不到. 搜到类似的,这个图叫 Parallel Coordinates Plot,但显然有些丑陋. Parallel Coordinates Plot in R matloff/parcoordtutorial origin里把它叫做Parallel plot,显然快接近我想要的了. 最终根据Google image的类似推送,终于找

软件简介 MCScanX工具集对MCScan算法进行了调整,用于检测共线性和同线性区域,还增加了可视化和下游分析..MCscanX有三个核心工具,以及12个下游分析工具. 软件安装 进入官网http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm,下载安装 1 unzip MCscanX.zip 2 cd MCScanX 3 make 软件使用 所需要文件 两个或多个物种的gff文件,蛋白序列(** 该软件最多能做5个物种的共线性) 第一步:构建索引,进行blastp比对 注

汇总篇:http://www.cnblogs.com/dunitian/p/4822808.html#tsql 文章内容皆自己的理解,如有不足之处欢迎指正~谢谢 前天有学弟问逆天:“逆天,有没有一种方式可以让我一个表存到两个数据库文件中,或者说怎么把一个表的数据平摊到其他数据库文件中?” (⊙o⊙)…,逆天数据库优化不是很强悍,不过类似的情景倒是见过,可以给你一个思路.比如说我们在创建数据库的时候就可以好好利用文件组. 举个例子: 我们一般创建数据库都是这么来的: create database

一.本文所涉及的内容(Contents) 本文所涉及的内容(Contents) 背景(Contexts) 解决方案(Solution) 搬迁步骤(Procedure) 搬迁脚本(SQL Codes) 注意事项(Attention) 疑问(Questions) 参考文献(References) 二.背景(Contexts) 有一个数据库大概在700G左右,需要从服务器A搬迁到服务器B,两台服务器网络传输速度可以达到8MB/s,怎么做才能更快的搬迁并且宕机时间最短呢? 数据库业务逻辑概述:这个数据库

SQLSERVER将一个文件组的数据移动到另一个文件组 有经验的大侠可以直接忽视这篇文章~ 这个问题有经验的人都知道怎麽做,因为我们公司的数据量不大没有这个需求,也不知道怎麽做实验 今天求助了QQ群里的菠萝大侠,终于知道怎麽做了 我自己会把不明白的问题一定会问到底的,之前在论坛问过这个弱弱的问题,但是由于太弱了,人家随便答复了一下 然后斑竹就标记为答案了~ 移动数据: 1.有表分区 2.没有表分区 我这里只讨论没有表分区的情况,表分区的情况还不是很明白 例子 比如:你有三个文件组,其中一个是主文

    在谈到SQL Server的高可用性之前,我们首先要谈一谈单实例的高可用性.在单实例的高可用性中,不可忽略的就是文件和文件组的高可用性.SQL Server允许在某些文件损坏或离线的情况下,允许数据库依然保持部分在线,从而保证了高可用性.   文件和文件组     有关文件和文件组的基本概念,有很多文章已经阐述过了.这里我只是提一下,文件组作为SQL Server访问文件的一个抽象层而存在.因此SQL Server上所做的操作不是直接针对文件,而是针对文件组.     使用多个文件组和文

历时一年,唯一一个尚未发布就获得Pony Ma与Allen Zhang站台的产品:微信小程序,将于2017年1月9日正式上线了.我很期待.唯一要警惕的是:防止长考出臭棋. 在上线前夕,我对于如何借助小程序的东风获得蓬勃发展,忧心忡忡.要不要押注小程序,以及如何押注小程序,如何抄袭小程序,相信这是摆在中国众多中小创业者和大公司面前的问题,区别在于前者关注如何拥抱,后者关注如何抄袭.支付宝小程序.今日头条小程序.百度小程序面世的时间为时不远了. 就我个人理解而言.allen两句话特别值得关注. 1,

线程组 在使用jmeter性能测试时,我们都得先添加个线程组,右键testplan-->添加-->Threads-->线程组.在线程组下执行. 问题:为了能够让jmeter在做性能测试的时候,能够像loadrunner场景设置中逐渐增加并发数,且逐渐减少并发用户数,在不同的并发用户数下,测试系统各个指标的变化.我们使用jmeter插件jp@gc - Stepping Thread Group 使用插件需要下载 JMeterPlugins-0.5.1.zip  下载地址:https://j

一.Windows非家庭版 第1步:按Win+R键调出运行对话框,输入命令“gpedit.msc”,按回车键启动组策略编辑器. 第2步:依次定位到“计算机配置→管理模板→Windows组件→Windows Update”. 第3步:在右侧窗格中找到“Turn off the upgrade to the latest version of Windows through Windows Update”项,双击打开它,将其设置为“已启用”. 重启电脑使这项修改生效,就不会再收到任何升级到Windo

config.yaml存储zabbix的信息(主要包括zabbix server的url .请求头部.登陆的用户名密码) Zabbix_Config: zabbix_url: http://192.168.1.179/zabbix/api_jsonrpc.php zabbix_header: {"Content-Type": "application/json"} zabbix_user: Admin zabbix_pass: zabbix auth.py文件,主要

SQL Server 在缺少文件组的情况下如何还原数据库 一.背景 我有一个A库,由于a,b两张表的数据量比较大,所以对表进行分区:在把A库迁移到一个新的集群上去,我只备份了A库的主分区过去进行还原为B库(主分区的备份还原可参考:SQL Server 维护计划备份主分区 和 主分区备份与还原),为了对a,b表进新的数据,我修改了a,b表名,在B库新建了两张不分区的a,b表: 这样运行都没有什么问题的,但是在一次我分离了数据库B,拷贝了mdf和ldf文件,现在想使用mdf和ldf还原为B库的时候出

1. 基本实例 通过在文本输入框 <input> 前面.后面或是两边加上文字或按钮,实现对表单控件的扩展. .input-group包含.input-group-addon给 .form-control 的前面或后面添加额外的元素. 输入框组只支持文本输入框 <input>,避免使用 <select>.<textarea>. 1.1 示例代码 <div class="input-group"> <span class=&

1. 基本实例 1.1 示例代码 <div class="btn-group"> <button type="button" class="btn btn-default">Left</button> <button type="button" class="btn btn-default">Middle</button> <button t

系列目录 距离上次发布22讲已经有少许日子了,真是太抱歉,最近年关项目比较急,时间太紧,没有时间发布.请大家见谅 接下来我们的目标是 角色组管理 角色组权限设置 用户管理 把角色组授权给用户 给用户分配角色组 所以最少我们还要讲多5讲才能结束这个管理系统,经过之前的样例程序,我们很熟悉这个套路了,如果你很喜欢这个系列,你可以为这种重复性的动作写一个简单的代码生成器,或者一套强大的T4模版,其实这2个我都有,而且也是刚写的,以后系统完善了,给发布出来. 是不是还可以呢,哈哈,T4我也写了一套,但毕

Neutron 默认的安全组规则会禁止掉所有从外面访问 instance 的流量. 本节我们会修改安全组的配置,允许 ping 和 ssh instance.有两种方法可以达到这个目的: 1. 修改 "default" 安全组. 2. 为 cirros-vm1 添加新的安全组. 这里我们采用第二种方法. 在安全组列表页面点击按钮. 为安全组命名并点击 "Create Security Group". 新的安全组 "allow ping & ssh&

环境:RHEL 6.4 + Oracle 11.2.0.4 需求:单机静默安装GI软件并创建ASM实例和ASM磁盘组,为后续迁移数据库文件到ASM做准备 1. 安装配置GI软件 2. 创建ASM实例 3. 创建ASM磁盘组DATA1 1. 安装配置GI软件 1.1 创建grid用户和相关组,创建目录,确认ASM磁盘权限,配置环境变量 -- 创建grid用户和相关组 groupadd asmadmin groupadd asmdba groupadd asmoper useradd -g oins