jellyfish进行基因序列比对

2024-09-01

Jellyfish详解

一.Jellyfish简介 JELLYFISH是CBCB(Center for Bioinformatics and Computational Biology)的Guillaume Marçais 和 Carl Kingsford 研发的一款计数 DNA 的 k-mers 的软件.该软件运用 Hash 表来存储数据,同时能多线程运行,速度快,内存消耗小.该软件只能运行在64位的Linux系统下.其文章于2011年发表在杂志 Bioinformatics 上. 二.Jellyfish安装 123

GPU keylogger && GPU Based rootkit(Jellyfish rootkit)

catalog . OpenCL . Linux DMA(Direct Memory Access) . GPU rootkit PoC by Team Jellyfish . GPU keylogger . DMA Hack 1. OpenCL OpenCL(Open Computing Language)是第一个面向异构系统通用目的并行编程的开放式.免费标准,也是一个统一的编程环境,便于软件开发人员为高性能计算服务器.桌面计算系统.手持设备编写高效轻便的代码,而且广泛适用于多核心处理器(CP

jellyfish K-mer analysis and genome size estimate

http://www.cbcb.umd.edu/software/jellyfish/ http://www.genome.umd.edu/jellyfish.html https://github.com/gmarcais/Jellyfish/releases wget https://github.com/gmarcais/Jellyfish/releases/download/v2.2.3/jellyfish-2.2.3-CentOS6.tar.gz tar -zxvf jel

JELLYFISH - Fast, Parallel k-mer Counting for DNA

kmer分析其实是非常耗费计算资源的,如果我们自己写脚本来分析kmer的话,首先要将所有的序列打断成一定长度的kmer,然后将所有的kmer存储起来,最后统计每个kmer出现的频率,或者统计出现指定次数的kmer一共有多少个. 为了节省资源,我们可以使用 Jellyfish 这个现成的软件来分析. JELLYFISH - Fast, Parallel k-mer Counting for DNA Jellyfish mer counter (原来和MaSuRCA是一个开发单位,我说怎么这么眼熟

SDUT 1305 查找基因序列问题 dp

题目: http://acm.sdut.edu.cn/sdutoj/problem.php?action=showproblem&problemid=1305 这个题就是一个类似公共子串的dp,但是加了权值,其实还是很简单. 当匹配时相似程度是5,不匹配是-4,添加空隙是-7.那么dp[i][j]的值就来自于三个方式: 1.在s2[j]后添加空隙,那么相似程度就是dp[i][j-1] - 7 2.在s1[i]后添加空隙,那么相似程度就是dp[i-1][j] - 7 3.直接拿s1[i]和s2[j

免费资源：JellyFish的iOS8应用图标集

本地下载包含设计和PNG效果图片的iOS8的图标集合.

20个不可思议的 WebGL 示例和演示

WebGL 是一项在网页浏览器呈现3D画面的技术,有别于过去需要安装浏览器插件,通过 WebGL 的技术,只需要编写网页代码即可实现3D图像的展示.WebGL 可以为 Canvas 提供硬件3D加速渲染,这样 Web 开发人员就可以借助系统显卡来在浏览器里更流畅地展示3D场景和模型了.在这篇文章中20个不可思议的 WebGL 示例来增强你对于这个新技术的理解. 1. Aquarium Image Source:www.webglsamples.org Created by Greggman an

DevExpress Carousel 设置水平滑动列表

DevExpress中Carousel控件的应用 Carousel,直译为旋转木马,即旋转视图,可以做为数据的展示或者菜单项. 要实现触摸左右滑动的效果,其实是比较容易的,直接在CarouselPanel上实现MouseDown/MouseUp事件,在后台添加逻辑,判断是否产生了位置移动,从而控制面板向左或者向右移动子项. 下面介绍一下,Carousel具体使用方法: 1.添加一个CarouselItemsControl 2.设置CarouselItemsControl的ItemContaine

vcf格式

Variant Call Format(VCF)是一个用于存储基因序列突变信息的文本格式.表示单碱基突变, 插入/缺失, 拷贝数变异和结构变异等.BCF格式文件是VCF格式的二进制文件. CHROM [chromosome]: 染色体名称. POS [position]: 参考基因组突变碱基位置,如果是INDEL(插入缺失),位置是INDEL的第一个碱基位置. ID [identifier]: 突变的名称.若没有,则用'.'表示其为一个新变种. REF [reference base(s)]:

20161023 NOIP 模拟赛 T2 解题报告

Task 2.回文串计数 (calc.pas/calc.c/calc.cpp) [题目描述] 虽然是一名理科生,Mcx常常声称自己是一名真正的文科生.不知为何,他对于背诵总有一种莫名的热爱,这也促使他走向了以记忆量大而闻名的生物竞赛.然而,他很快发现这并不能满足他热爱背诵的心,但是作为一名强大的Boer,他找到了这么一条自虐的方式——背诵基因序列.不过这实在是太虐心了,就连Mcx也有些招架不住.不过他发现,如果他能事先知道这个序列里有多少对互不相交的回文串,他或许可以找到记忆的妙法.为了进一步验

WPF整理-二进制资源和内容

WPF中的Binary Resource(二进制资源)是相对于前面所说的Logical resource(逻辑资源)而说的,一般指Image.XML文件等. 注意:这里说的是Resource"资源",和Content"内容"是不同的. 1.Content VS Resource 一般我们向工程中添加一个二进制的资源,如图片.我们设置它的属性,设置成资源和内容是不同的! 简单的说下两者的区别: “When the Build Action is set to Cont

DDD 领域驱动设计－“臆想”中的实体和值对象

其他博文: DDD 领域驱动设计-三个问题思考实体和值对象 DDD 领域驱动设计-三个问题思考实体和值对象(续) 以下内容属于博主"臆想",如有不当,请别当真. 扯淡开始: 诺兰的最新电影<星际穿越>,最近非常的火热,每个人看完之后都会有不一样的感受,黑洞.虫洞.时间旅行.相对论.未来.人类.爱等等,这些都是这部电影的关键词,科学和艺术原来还可以这样子结合,真是令人叹服.网上有很多人去写一些东西进行分析探讨,也引发了全球"科学热",这些都是好电影所蕴含的

Unslider.js Tiny Sample

<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN"><html> <head> <title>Unslider.com arrow example</title> <meta http-equiv="Content-Type" content="text/htm

KEGG数据库的使用方法与介绍

KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系:基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图:另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签.下面就首先来讲一下KEGG orthology. 任找一个

So many many foods here!

水果类(fruits):西红柿 tomato 菠萝 pineapple 西瓜watermelon 香蕉banana 柚子 shaddock (pomelo) 橙子orange 苹果apple 柠檬lemon 樱桃 cherry 桃子peach 梨 pear 枣Chinese date (去核枣 pitted date ) 椰子coconut 草莓 strawberry 树莓 raspberry 蓝莓 blueberry 黑莓 blackberry 葡萄 grape 甘蔗 sugar cane 芒

三代PacBio reads纠错 - 专题

三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是为了组装,单纯的为了纠错而纠错是没有意义的. 目前的算法大致可以分为三种:1.三代数据自纠:2.二代对三代纠:3.二代三代混合纠错. 目前已有的三代纠错程序: PacBioToCA 自纠(falcon也是用MHAP,SMRT的HGAP使用的是另一种速度慢的自纠算法,自纠的核心是多重序列比对) CCS

KEGG数据库

参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥 &[学习笔记]KEGG数据库 - 微信学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应? 如何查询某一基因的信息,例如gltA ? 如何知道Bacillus subtilis是否有gltA? 如何查询 gl

机器学习&数据挖掘笔记_18（PGM练习二：贝叶斯网络在遗传图谱在的应用）

前言: 这是coursera课程:Probabilistic Graphical Models上的第二个实验,主要是用贝叶斯网络对基因遗传问题进行一些计算.具体实验内容可参考实验指导教材:bayes network for genetic inheritance. 大家可以去上面的链接去下载实验材料和stard code,如实验内容有难以理解的地方,欢迎私底下讨论.下面是随便写的一些笔记. 完成该实验需要了解一些遗传方面的简单知识,可参考:Introduction to heredity(基因遗

AC日记——基因相关性 openjudge 1.7 03

03:基因相关性总时间限制: 1000ms 内存限制: 65536kB 描述为了获知基因序列在功能和结构上的相似性,经常需要将几条不同序列的DNA进行比对,以判断该比对的DNA是否具有相关性. 现比对两条长度相同的DNA序列.首先定义两条DNA序列相同位置的碱基为一个碱基对,如果一个碱基对中的两个碱基相同的话,则称为相同碱基对.接着计算相同碱基对占总碱基对数量的比例,如果该比例大于等于给定阈值时则判定该两条DNA序列是相关的,否则不相关. 输入有三行,第一行是用来判定出两条DNA序列

luogu[1140]相似基因

题目背景大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列.它包含了4种核苷酸,简记作A,C,G,T.生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物. 在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度.因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用. 题目描述两个基因的相似度的计算方法如下: 对于两个已知基因,例如AGTGATG和GTTAG,将它们的碱基互相对应.当然,中间可以加入一些空碱基-,例如: 这样,两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述,碱基之间的

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