本文转载自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_b48a7ac30102w4km.html 注意:lammps中并没有完整的clayff势函数,需要将一下三者结合使用. angle_style harmonic bond_style harmonic pair_style lj/cut/coul/long 12.5 使用过程中data文件很重要,键类型,键角,电荷都需要制定完备.键系数可以放在in文件中,也可以放在data文件中.键系数需要查阅相关文献或者和MS中GUL

转载自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_64813e370100ngsz.html 注明:黄色部分基本上为不懂的部分,红色字体为所做注释 一.各种文件的介绍: 1 in file:建立该文件以便程序的写入 2 log file:写入状态信息(if the switch is used?) 3 screen file  决定结果的是否进行屏幕输出 4 var name file 定义一个变量,name指变量名,可为字母也可为字符串,形式$x / $ {abc} 二.屏

1,上传需要的软件包lammps-stable.tar.gz. 2,解压缩并进入安装目录 tar xvf lammps-stable.tar.gz cd lammps-30Oct14 3,如果需要reax.poems等模块,可以进入lib额外添加(标准安装可跳过此步骤). cd lib/reax 修改Makefile.ifort文件第31行为: F90FLAGS = -O3 -xHost -ip -no-prec-div -fPIC make -f Makefile.ifort cd ../me

很多蛋白质在行驶生物催化反应(如ATP水解,氨基酸的乙酰化,CoA的去乙酰化,甲基化等等)都需要金属离子(Mg,Zn,Ca等等)的参与,换句话说,金属离子对蛋白功能是必须的.模拟金属酶体系,现在也是分子动力学中的热点及难点,尤其现在结合量子力学与分子力学的方法(QM/MM)更是前言.以Amber为例 1.金属的参数文件(在amber中不包括): (1)Ca离子的 0 0 2 Calsium IonCALCAL INT 1CORR OMIT DU BEG0.0000001 DUMM DU M 0

前文提到,F = ma, E = mc^2,并且等效是传递的,等效概念具有同属性.所以不止能量,力场也可以弯曲空间. 实验:某人被头顶上方的电站10几万伏的设备吸收,烧毁双臂. (虽然这个实验不应具有可重复性) btw,这是意外事故,并非人为实验.

1. Can I use lammps to chemical reaction systems?Please note that you can only get as good an answer as you question is. nobody can tell without knowing what kind of chemical reaction. most likely not.In most cases that i know of you need to do ab in

题目描述 ZMiG成功粉碎了707的基因突变计划,为了人类的安全,他决定向707的科学实验室发起进攻!707并没有想到有人敢攻击她的实验室,一时间不知所措,决定牺牲电力来换取自己实验室的平安. 在实验室周围瞬间产生了一个无限大的力场护盾,它看上去无懈可击!不过ZMiG拥有惊人的双向观察能力,经过他的反复观察,找到了这个护盾的N个弱点,他本想逐一击破,却发现一股神秘力量阻止了他的行为.原来他身处力场之中,受到了两股神秘力量的影响,这两股力量来自两个不同的方向并形成了一个小于180度的角,ZMiG每

转载自:http://muchong.com/html/201411/8149677.html 写在开头:1.尽量列举了大部分(几乎)的命令2.带星号命令非常重要,大家在看mannual中命令的解释的时候可以重点先看带星号的3.非斜命令是运行一个 常用  模拟所必备的4.命令顺序为一个基本的脚本文件命令顺序,骨架如此5.我主要是做金属的,所以其他方向的希望有一个借鉴作用,大同小异6.对于初学者切不可认为in文件就是这个固定顺序,其实正常模拟过程中做平衡.以及随后的运行在某些阶段都会重复使用某一段

一.认清模型——data文件: 二.读懂in文件: 三.当遇到error时,we can do: 1.查错: (1)从out文件中,复制里边的错误信息(copy一部分,不用全部): (2)进入到lammps官网的13.3.Error messages中,输入“ctrl+F”,出现下图: (3)“粘贴”即可. 2. (1)进入“Mail list”: (2)进入“Source Forge”.

摘自:http://dxli75.blog.163.com/blog/static/106768289201142893419587/ lammps计算的应力有两种: 一是体系整体的应力状态,通过在thermo_style custom里加上pxx pyy pzz pxy pxz pyz字段可将给定时间步(由thermo N命令所指定)的体系应力值输出,再求时间平均即可(实际上求出的是压强张量,即负的应力值): 该应力的计算用的是统计力学里的Virial定理(参见<<Computer simu

材料模拟分子动力学课程 3月19号--22号 远程在线课 lammps分子动力学课程 3月12号--15号 远程在线课 第一性原理VASP实战课 3月25号-28号 远程在线课 量子化学Gaussian技术实战课 4月9号--12号 远程在线教学 报名联系方式:杨春娇 手机(微信同号):17777853361 官方咨询QQ:334700349 备注:正规增值税发票,可以开具培训费.会议费.资料费. lammps分子动力学QQ群号:753267868 (加群备注:杨春娇邀请) 第一性原理VASP模

体系压力太大:146981.52bar,体系压强太大 会把原子挤跑 出现原子丢失的情况(lost atoms). 原子丢失: 解决方法:增大体系体积.增加z方向的距离.

1.在lammps中通过car文件导出data文件 (进入工作目录xxx cd xxx/ msi2lmp.exe xxx -class I -frc clayff -i -ignore > out.log 生成后xxx文件夹会有data生成,可检查一下data力场对不对,不对的话检查一下frc_files里面的clayff.frc参数准不准.) 2.计算命令说明: source /opt/software/impi/mpivars.sh  (注意:只有source后边是有空格,其他的没有空格)

1.力场中的例子电荷是有效电荷(clayff),有别于化学式中的电荷. 2.游离状态的阳离子(如层间阳离子)的电荷不能变动:而Al-O八面体.Si-O四面体中的离子(Al.Si等)电荷可以微调. 3.minimize是在绝对0度.动能为0的条件下进行结构优化(分子静力学),只对从数据库中得来的模型进行minimize,加水后的模型不需要优化. 先对最小超晶胞(如Na-mmt的超小晶胞为4a*b*c)进行minimize,然后再进行下一步建模(如加水分子或者继续supercell),最后在进行优化

lammps做分子动力学模拟时,需要一个输入文件(input script),也就是in文件,以及关于体系的原子坐标之类的信息文件(data file)和势文件(potential file).lammps在执行计算的时候,从这个in文件中读入命令,所以对LAMMPS的使用最主要的就是对in文件的编写和使用. 下面是in文件书写方面的注意事项以及对4个模块的详细解释,原文来源于百度文库: http://wenku.baidu.com/view/152b56906bec0975f465e26a.h

转载:https://www.cnblogs.com/zll-52011/p/10960905.html 1.从美国矿物数据库下载矿物CIF(有晶格) 2.晶胞CIF导入MS 3.选择display style中的ball and stick视图 4.加键add bonds,看看有没有错.此步骤前根据需要是否补H 5.手动指定每个原子力场类型 edit-atom selection-比如选好H(先选不用区分类型的元素) edit-edit sets-new(定义一个集) View-Explore

一.流程:1.定义好每个原子力场类型:Edit Sets(分组) 2.加H(一般是仅与Al-O八面体中的Al相连的O原子).给H分组 3.“make P1”.校核化学式(正确与否) 4.扩成超晶胞(Na-mmt:4*1*1,Ca-mmt:4*2*1,illite:2*1*1,由化学式而定) 5.置换阳离子: mmt:模型中每 32 个 Si 4+有 1 个被 Al 3+ 取代,每 8 个 Al 3+ 有 1 个被 Mg 2+ 取代,因此晶格取代产生的层电荷为-0.75e/元胞,由层间 Na +

转载自:https://www.cnblogs.com/sysu/p/10817315.html  和   https://www.cnblogs.com/panscience/p/4953940.html lammps做分子动力学模拟时,需要一个输入文件(input script),也就是in文件,以及关于体系的原子坐标之类的信息文件(data file)和势文件(potential file).lammps在执行计算的时候,从这个in文件中读入命令,所以对LAMMPS的使用最主要的就是对in

部分内容参考http://www.linuxdiyf.com/linux/16315.html LIGGGHTS是一款开源的DEM软件,来自于著名的分子动力学软件LAMMPS,目前借助于CFDEM Coupling可与openfoam实现流体-颗粒耦合计算(类似于EDEM+Fluent). 在Ubuntu下安装LIGGGHTS及CFDEM coupling实际上是比较简单的,官方文档地址http://www.cfdem.com/system/files/githubaccess_public.p

案例目录 1 引子1.1 案例描述1.2 案例学习目标2 计算仿真目标3 启动FLUENT并读入网格4 FLUENT工作界面5 网格缩放及检查6 修改单位7 设置模型8 定义新材料9 计算域设置10 边界条件设置12 设置离散格式13 Monitors14 Initialization15 Run Calculation16 Results16.1 计算监测图形16.2 Graphics16.2.1 壁面温度分布16.2.2 创建截面16.2.3 显示截面物理量16.2.4 Pathline显示