进入NCBI网站 在SNP的搜索框中输入SNP位点,比如“rs52811957” 在弹出的对话框中选择“Gene View” 进入以后会显示该变异相邻SNP.原始氨基酸.变异后的氨基酸.position等

一.合并文件 plink合并文件需要用到“merge”参数 如果是ped和map格式文件,则用以下命令: plink --file data1 --merge data2.ped data2.map --recode --out merge 如果是二进制文件和ped,map格式文件,则用以下命令: plink --bfile data1 --merge data2.ped data2.map --make-bed --out merge 如果都是二进制文件,则用以下命令: plink --bfi

原文:.Net 程序在自定义位置查找托管/非托管 dll 的几种方法 一.自定义托管 dll 程序集的查找位置 目前(.Net4.7)能用的有2种: #define DEFAULT_IMPLEMENT //#define DEFAULT_IMPLEMENT2 //#define HACK_UPDATECONTEXTPROPERTY namespace X.Utility { using System; using System.Collections.Generic; using System.

指定字符串位置查找 #指定字符查找 s = 'F:/my_pycharm/pycharm_project/CSV表格/10.csv' print(s.find('/')) # 2, 第一个/在2位置 print(s.rfind('/')) # 35, 最后一个/在35位置 print(s.index('/')) # 2, 第一个/在2位置 print(s.index('/',3)) # 13, 从3位开始查找,第一个/在13位置 print(s.count('/',4)) # 3, 从4位开始计

SQL Server分发服务器配置中,需要配置快照文件夹(Snapshot Folder),用于存储发布的数据和架构文件的工作目录,那么如何查找当前SQL Server数据库服务器的分发服务器的快照文件夹位置呢? 如果配置了具体发的发布和订阅,那么可以在对应的发布的属性->快照文件里面查看,如果还没有配置具体的发布和订阅,这个需要怎么查看呢? 今天恰巧遇到了这样的问题,研究了一下,其实这些值保存在表msdb.dbo.MSdistpublishers下面,如下所示. SELECT * FROM m

1.想要导入数据到一个数据库中,但是,无法导入,同时也无法删除数据库重新建立-----------------------------备份当前数据库 2,分析:很多资料显示说数据库下有异常文件,于是就去找数据库源文件存储位置 3.命令查找数据库源文件位置 show variables like '%datadir'; 4.查看到文件存储位置 C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 5.7\Data\ 可能看不到文件,所以要设置文件显示,对其选中沟 就可以看到,删除数据

先找到jenkines的主目录 系统-系统配置 然后工作区在主目录的workspace文件夹里面

SNP命名 [2016-11-24]       奶茶妹妹是谁,京东老板娘,咦?章泽天!没错! 国民老公是谁?万达少东家,王健林儿子,王思聪!恭喜你又答对了! 函数是谁?这不是数学上的名词吗?不对,是杨幂…… 人类这是有多么爱给人取外号,就连SNP的命名,也是各种各样,奇怪到令人发指(⊙o⊙) 关于SNP位点的命名其实是很乱的,不同的组织机构命名不统一,大家在文献中也是根据自己的习惯命名.具体表现有以下几种形式: 1. RS命名 RS 命名是目前最常用的SNP 命名法,NCBI 会对作者提交的S

这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖. 软件排名不分先后,优先顺序可以看推荐指数. 彩蛋在最后,请坚持看完 1.GWAS4D, 推荐指数:**** 网址:http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持输入格式 1) Variants Coordinates: Chr, Pos, [P-value] 支持输入格式 2) VCF-like Map: Chr, Pos, SNPID, Ref, Alt, [P-value] 支持输入格式 3) Single SN

SNP(单核苷酸多态性)准确性的验证,你造吗? [2016-12-12]       SNP(全称Single Nucleotide Polymorphisms)即单核苷酸多态性,主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异引起的DNA序列多态性,包括单个碱基的转换.颠换等.SNP定位分类:可分为基因编码区.基因周边以及基因间SNP等三类:SNP位置区域包括UTR区.编码区的外显子或内含子区 .可变剪切位点等等. SNP是人类可遗传变异中最常见的一种,占所有已知多态性的90%以上,所以SNP的应用范

Illumina的SNP芯片原理 Illumina的SNP生物芯片的优势在于: 第1,它的检测通量很大,一次可以检测几十万到几百万个SNP位点 第2,它的检测准确性很高,它的准确性可以达到99.9%以上 第3,它的检测的费用相对低廉,大约一个90万位点的芯片(每个样本的)检测费用在一.两千人民币 Illumina的生物芯片系统,主要是由:芯片.扫描仪.和分析软件组成. Illumina的生物芯片,由2部分组成:第1是玻璃基片,第2是微珠. 这个玻璃基片,它的大小和一张普通的载玻片差不多大小,它起

目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f

本文转载于https://www.jianshu.com/p/e6d5dd774c6e SNP位点过滤 SNP过滤有两种情况,一种是仅根据位点质量信息(测序深度,回帖质量等)对SNP进行粗过滤.如果使用GATK对重测序结果进行SNP calling,那么可以考虑下面的标准 QD< 2.0 || FS> 60.0 || MQ< 40.0 || MQRankSum <−12.5 || ReadPosRankSum <−8.0 QUAL<30.0||QD<2.0||FS

最近有需求,对WGS测序获得SNP信息进行筛减,可问题是测序个体少,call rate,maf,hwe,等条件过滤后,snp数量还是千万级别,所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大量SNP标记. 工具版本:PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一.格式转换 首先将准备好的vcf文件转换下格式,map和ped格式: 1 plink --allow-extra-chr --recode --chr-set 18 --vcf test.gz --out s_

1,软件介绍 FreeBayes is a Bayesian genetic variant detector designed to find small polymorphisms, specifically SNPs (single-nucleotide polymorphisms), indels (insertions and deletions), MNPs (multi-nucleotide polymorphisms), and complex events (composite

GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同,更加趋于流程化. 软件安装 1 wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.5.0/gatk-4.1.5.0.zip 2 unzip gatk-4.1.5.0.zip GATK 简单说明 1 ## 帮助信息 2 gat --help 3 4 ## 列出所有的工具 5 gatk --list 6 7 ## 工具的说明,比如以VariantAnnotator 为例

Linux 利用 locate 和 find 查找文件 命令 locate 用于快速查找文件.文件夹.此命令并没有在磁盘上查找所有文件,而是在预先建立的数据库里进行搜索.可以使用 updatedb 命令建立.更新数据库. find 命令更加高级,使用方法:find 查找位置 查找参数:   1 2 3 4 5 find . -name *upliu* find / -name *.conf find . -type d find . -perm 777 find . -name "Do*&quo

一般公司在开发一类对的号码时,会预留一些号码给以后升级的会员使用,比如旺旺靓号,QQ号等,采用正则表达式实现较好,通过规则引擎的后台页面做成实时可配置的也是不错的选择. 一. 一般会有如下的正则需求 代码中每行都标有注释,这个就是需求,为设置靓号应该考虑的方面,这里特别提示下,不能忘记跟公司相关的业务,股票代码等检查. 代码如下: 对于以上正则,前面的大多人都很熟悉了,这里主要讲位置查找和前后向查找,即如下两种号码的判断 Java代码 收藏代码 // ABBABB levitPatterns.a

刚才遇到了把css装入一个文件夹下,然后有的图片失效了. 后来解决是在.css里把./images 换成 ../images 原来css找图片的地址是基于自身.css文件的位置寻找的,不是以引用它的.html文件的位置查找的.

以下方法都是java内置类String类的内置方法(不是构造方法哦,就是普通的方法),不需要我们写,直接拿过来用即可. indexOf方法对应Api介绍 lastIndexOf方法对应Api介绍 --------------indexOf方法对应Api介绍----------------------- 字符/char的查找 indexOf查找某个字符在字符串中的文字:indexOf(int ch) public class Demo { public static void main(Strin

本文,我们接着之前的框架继续扩展,这次扩展了一共有5个与字符串位置相关的方法 between( left, right ) 返回两个字符串之间的内容, 如果第二个参数没有传递,返回的是找到的第一个参数 之后 到 字符串结尾的所有字符串 如果第二个参数传递了,但是从left这个位置查找不到,就返回空字符串 例子: G( 'ghost wu tell you how to learn js' ).between( 'tell', 'learn' ).s    返回的是tell和learn之间的字符串