转载:http://www.zilhua.com/2081.html 参考资料:http://bioinfo.mc.vanderbilt.edu/NGS/software.htm 1. Mapping BFAST: A fast and accurate tool for mapping of short reads to reference sequences. BWA: A fast light-weighted tool that aligns short nucleotide seque

随着大数据在各行业的落地生根和蓬勃发展,能从数据中挖金子的数据分析人员越来越宝贝,于是很多的程序员都想转行到数据分析, 挖掘技术哪家强?当然是R语言了,R语言的火热程度,从TIOBE上编程语言排名情况可见一斑.于是善于学习的程序员们开始了R语言的学习 之旅.对于有其他语言背景的程序员来说,学习R的语法小菜一碟,因为它的语法的确太简单了,甚至有的同学说1周就能掌握R语言,的确如 此.但是之后呢?……好像进行不下去了!死记硬背记住了两个分析模型却不明其意,输出结果如同天书不会解读,各种参数全部使用缺

一个简单的例子!环境:CentOS6.5Hadoop集群.Hive.R.RHive,具体安装及调试方法见博客内文档. 名词解释: 先验概率:由以往的数据分析得到的概率, 叫做先验概率. 后验概率:而在得到信息之后,再重新加以修正的概率叫做后验概率.贝叶斯分类是后验概率. 贝叶斯分类算法步骤: 第一步:准备阶段 该阶段为朴素贝叶斯分类做必要的准备.主要是依据具体情况确定特征属性,并且对特征属性进行适当划分.然后就是对一部分待分类项进行人工划分,以确定训练样本. 这一阶段的输入是所有的待分类项,输出

一个简单的例子!环境:CentOS6.5Hadoop集群.Hive.R.RHive,具体安装及调试方法见博客内文档. 线性回归主要用来做预测模型. 1.准备数据集: X Y 0.10 42.0 0.11 43.5 0.12 45.0 0.13 45.5 0.14 45.0 0.15 47.5 0.16 49.0 0.17 53.0 0.18 50.0 0.20 55.0 0.21 55.0 0.23 60.0 > s=read.table("test-1.txt", header

案例三比较简单,不需要自己写公式算法,使用了R自带的naiveBayes函数. 代码如下: > library(e1071)> classifier<-naiveBayes(iris[,1:4], iris[,5]) #或写成下面形式,都可以. > classifier<- naiveBayes(Species ~ ., data = iris) #其中Species是类别变量 #预测 > predict(classifier, iris[1, -5]) 预测结果为:

接着案例一,我们再使用另一种方法实例一个案例 直接上代码: #!/usr/bin/Rscript library(plyr) library(reshape2) #1.根据训练集创建朴素贝叶斯分类器 #1.1.生成类别的概率 ##计算训练集合D中类别出现的概率,即P{c_i} ##输入:trainData 训练集,类型为数据框 ## strClassName 指明训练集中名称为 strClassName列为分类结果 ##输出:数据框,P{c_i}的集合,类别名称|概率(列名为 prob) cla

一个简单的例子!环境:CentOS6.5Hadoop集群.Hive.R.RHive,具体安装及调试方法见博客内文档. KNN算法步骤:需对所有样本点(已知分类+未知分类)进行归一化处理.然后,对未知分类的数据集中的每个样本点依次执行以下操作:1.计算已知类别数据集中的点与当前点(未知分类)的距离.2.按照距离递增排序3.选取与当前距离最小的k个点4.确定前k个点所在类别的出现频率5.返回前k个点出现频率最高的类别作为当前点的预测类别 编写R脚本: #!/usr/bin/Rscript #1.对i

一个简单的例子!环境:CentOS6.5Hadoop集群.Hive.R.RHive,具体安装及调试方法见博客内文档. 1.分析题目--有一个用户点击数据样本(husercollect)--按用户访问的时间(时)统计--要求:分析时间和点击次数的聚类情况 2.数据准备 --创建临时表 DROP TABLE if exists tmp.t2_collect; CREATE TABLE tmp.t2_collect( h int, cnt int ) COMMENT '用户点击数据临时表'; --插入

NGS的duplicate的问题   duplicate的三个问题: 一.什么是duplicate? 二.duplicate来源? 三.既然PCR将1个reads复制得到成百上千copies,那为什么二代数据duplicate rate 一般才10+%? 什么是 duplicate? 摘自罗俊峰博士,阅尔基因研发总监陈云地博士,阅尔基因CTO  http://www.biotrainee.com/thread-1382-1-1.html 一.什么是Duplicated Reads1谈到NGS数据

R的优点:免费,开源,体积小.缺点:对大文本处理差,另外一个也在于开源,package如果出错,烦死你.当你跑比较大的simulation,对效率有要求的时候,有时还是不得不用C,这可能是10小时和10分钟的差别,毫不夸张.SAS流行于公司,R流行于研究机构和大学数据分析不是单纯的靠软件来做的,需要很好的数学基础. 统计学工具各有千秋.https://englianhu.wordpress.com/statistics/学了R,可以免去学spss,matalab,ucinet等等众多的软件,可以

学习一门语言就是不断实践,python是目前用于数据分析最流行的语言,我最近买了本书<利用python进行数据分析>(Wes McKinney著),还去图书馆借了本<Python数据分析基础教程--NumPy学习指南>(第二版),准备将python数据分析工具的门给入了哈哈,闲话少说,直接切入正题. 首先<利用python进行数据分析>此书的译者强烈建议计算机环境的配置最好与书上的一致,所以我找了半天书上要求用的安装包 第一,安装32位的EPDFree(书上的版本就是3

摘要:R语言的知识体系并非语法这么简单,如果都不了R的全貌,何谈学好R语言呢.本文将展示介绍R语言的知识体系结构,并告诉读者如何才能高效地学习R语言. 最近遇到很多的程序员都想转行到数据分析,于是就开始学习R语言.总以为有了其他语言的编程背景,学习R语言就是一件很简单的事情,一味地追求速度,但不求甚解,有些同学说2周就能掌握R语言,但掌握的仅仅是R语言的语法,其实这只能算是入门. R语言的知识体系并非语法这么简单,如果都不了R的全貌,何谈学好R语言呢.本文将展示介绍R语言的知识体系结构,并告诉读

unity3D用什么语言开发好? 一.总结 一句话总结:选c# 同时U3D团队也会把支持的重心转移到C#,也就是说文档和示例以及社区支持的重心都在C#,C#的文档会是最完善的,C#的代码实例会是最详细的,社区内用C#讨论的人数会是最多的. 1.unity3d中常用的开发语言有哪些? c# UlityScript 2.为什么ulity3d中c#速度比UnityScript快? 装箱拆箱 C#的速度更快,但原因是UnityScript会涉及到频繁的装箱拆箱操作,进而生成的CIL代码与C#有差异,而并

什么是R语言? R语言由新西兰奥克兰大学的Ross Ihaka和Robert Gentleman两人共同发明.其词法和语法分别源自Scheme和S语言. R定义:一个能够自有有效的用于统计计算和绘图的语言和环境,它提供了广泛的统计分析和绘图技术. R是用于统计分析.绘图的语言和操作环境,属于GNU系统的一个自由.免费.源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具. R语言语法通俗易懂,很容易学会和掌握语言的语法.而且学会之后,我们可以编制自己的函数来扩展现有的语言.这也就是为什么它

最近看了好多潜类别轨迹latent class trajectory models的文章,发现这个方法和我之前常用的横断面数据的潜类别和潜剖面分析完全不是一个东西,做纵向轨迹的正宗流派还是这个方法,当然了这个方法和潜增长和增长曲线模型在做法并没有实际区别,都是用的hlme这个函数.但是文献中的叫法和花样就比较多了. 像本文写的latent class trajectory models,之前写的潜类别增长模型LCGA和增长曲线模型GMM都是潜类别线性混合模型latent class linear

今天给大家写广义混合效应模型Generalised Linear Random Intercept Model的第一部分 ,混合效应logistics回归模型,这个和线性混合效应模型一样也有好几个叫法: Mixed Effects Logistic Regression is sometimes also called Repeated Measures Logistic Regression, Multilevel Logistic Regression and Multilevel Bina

前言: 又来到了周末,小匹夫也终于有了喘口气写写博客的时间和精力.话说周五的下午,小匹夫偶然间晃了一眼蛮牛的QQ群,又看到了一个Unity3D开发中老生长谈的问题,“我的开发语言究竟是选择JavaScript呢?还是C#呢?”.对这个问题,小匹夫也觉得的确该认真的梳理一下了.那么为何说JavaScript和C#的争论根本就不存在呢?首先,我们要知道Unity3D中的Js脚本究竟是什么?最准确的学名,我想应该叫做UnityScript (因为Unity-Technologies在github上托管

K-Means聚类算法是最为经典的,同时也是使用最为广泛的一种基于划分的聚类算法,它属于基于距离的无监督聚类算法.KMeans算法简单实用,在机器学习算法中占有重要的地位.对于KMeans算法而言,如何确定K值,确实让人头疼的事情. 最近这几天一直忙于构建公司的推荐引擎.对用户群体的分类,要使用KMeans聚类算法,就研究了一下. 探索K的选择 对数据进行分析之前,采用一些探索性分析手段还是很有必要的. 对于高维空间,我们可以采用降维的方式,把多维向量转化为二维向量.好在,R语言包里提供了具体的

大数据为什么要选择Spark Spark是一个基于内存计算的开源集群计算系统,目的是更快速的进行数据分析. Spark由加州伯克利大学AMP实验室Matei为主的小团队使用Scala开发开发,其核心部分的代码只有63个Scala文件,非常轻量级. Spark 提供了与 Hadoop 相似的开源集群计算环境,但基于内存和迭代优化的设计,Spark 在某些工作负载表现更优秀. 在2014上半年,Spark开源生态系统得到了大幅增长,已成为大数据领域最活跃的开源项目之一,当下已活跃在Hortonwor

TCIA就是基于TCGA数据开发的,不同的是TCIA只提供了20个癌种的免疫数据分析. 看网站首页的介绍就知道,这个数据库主要是根据TCGA的二代测序数据开发出来的.这里的20个癌种,点击每个柱子进去就可以分析对应的癌种,侧边的栏目则提供一些个性化选择. 01 Patients list模块 TCIA分别对每个病人进行分析,数据也提供下载,我们可以看到提供了ID.疾病.性别和年龄信息,我们重点关注IPS这一列的信息,IPS这一列有4个项目,有不同的属性,作者在文章中表示IPS(immunophe

转瞬之间,今年已进入为期不足一个月的倒计时模式.在编程语言界,谁将问鼎 2017 年度编程语言?诸多开发者众说纷纭,有人说是最近风头正盛且被纳入中国高考科目的 Python.有人认为还是老牌常青藤 Java.亦有人赞成是今年刚被 Google 拥抱的 Kotlin? 然而根据最新的 TIOBE 12 月编程语言排行榜来看,年度最佳候选人除了以上猜中的一个 Kotlin 之外,我们还发现了一个意想不到的候选人——C 语言. 年度编程语言最佳候选人:Kotlin vs. C 对于较新的 Kotlin