目前有很多的数据库都存储了蛋白序列,比如NCBI Refseq, protein, swissprot 等,在各个数据库之间,或者是在某个数据库中,蛋白序列有大量冗余:为了方便使用,ncbi 构建了nr 库, 全称是 RefSeq non-redundant proteins: Non-redundant protein sequences from GenPept,  Swissprot, PIR, PDF, PDB, and NCBI RefSeq 完整的nr 数据库的蛋白序列和预先构建好的

参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast

目录 1.准备本地数据库文件 1.1 NR库下载 1.2 Taxonomy数据库下载 2.按物种拆分NR库 2.1 第一步:获得Aceesson和分类物种的对应关系 2.2 第二步:获得分类物种的序列 2.3 第三步:建库和比对 1.准备本地数据库文件 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列.Taxonomy物种分类数据库,包括大于7万余个物种的名字和系谱,这些物种都至

1)介绍 我们用SRAdb library来对SRA数据进行处理. SRAdb 可以更方便更快的接入  metadata associated with submission, 包括study, sample, experiment, and run. SRAdb 包通过 NCBI SRA数据库中的metadata信息 作用. 首先dbConnect ()接入 R system 中的local database systems, 所有的搜索就在本地文件的基础上进行.the queries we

通常,比对NR库后为m8格式,通过NR和GO数据库对应关系文件,写代码整理为Gene-->GO文件,如下: 这里是一对一的关系,要转换为WEGO格式文件,即一对多关系,如下: 用python脚本处理代码示例如下: #! /usr/bin/env python import optargs import os import sys usage=''' tidy go annotation file to wego file ''' option = optparse.OptionParser(us

我的车就差一个轮子啦,造好轮子,我就飞上天与太阳肩并肩啦,想想都激动.什么你要自己造轮子,是不是傻,商店里不都是别人造好的吗,又好又方便,只需一点money,你没有money,那你只能做个安静的美男子啦.幸运的是编程世界中的轮子不需要money,今天就来看看如何调用库中的轮子. 今天的内容: 一.修改bug  这篇博客是接着上篇的,没有看的,请点击此出查看:上一篇随笔 现在揭示那个程序的最大的bug:

现在的情景是,你已经在本地创建了一个Git仓库后,又想在GitHub创建一个Git仓库,并且让这两个仓库进行远程同步,这样,GitHub上的仓库既可以作为备份,又可以让其他人通过该仓库来协作,真是一举多得. 首先,登陆GitHub,然后,在右上角找到"Create a new repo"按钮,创建一个新的仓库: 在Repository name填入learngit,其他保持默认设置,点击"Create repository"按钮,就成功地创建了一个新的Git仓库:

[本文出自天外归云的博客园] 本次对Auty自动化测试框架做些收尾工作,由于在scripts文件夹中的脚本会需要调用其他包结构文件夹中的脚本,所以这里需要添加一下框架对于内部脚本间互相调用的支持,这里需要动态的在脚本运行时为脚本添加四行内容: # -*- coding: utf-8 -*- import os import sys sys.path.append("'+Auty的根目录路径+'") 并且在脚本运行完成后删除这四行.对应要修改execute_selection.py文件:

一.JspFragment类介绍 javax.servlet.jsp.tagext.JspFragment类是在JSP2.0中定义的,它的实例对象代表JSP页面中的一段符合JSP语法规范的JSP片段,这段JSP片段中不能包含JSP脚本元素. WEB容器在处理简单标签的标签体时,会把标签体内容用一个JspFragment对象表示,并调用标签处理器对象的setJspBody方法把JspFragment对象传递给标签处理器对象.JspFragment类中只定义了两个方法,如下所示: getJspCon

目录 . 引言 . 交叉编译 . Cygwin简介 . 静态库编译及使用 . 动态库编译及使用 . MinGW简介 . CodeBlocks简介 0. 引言 UNIX是一个注册商标,是要满足一大堆条件并且支付可观费用才能够被授权使用的一个操作系统.linux是unix的克隆版本,是由其创始人Linus和诸多世界知名的黑客手工打造的一个操作系统.为什么linux和unix之间有很多软件可以很轻松的移植?因为linux也满足POSIX规范,所以在运行机制上跟unix相近.同时,POSIX标准也是Li

Nexus原理 Maven的原理就是将jar从远程中央仓库下载到PC磁盘的本地仓库,当本地仓库没有发现需要的jar就会去Maven默认的远程中央仓库Maven Central(由Apache维护)中寻找,每次需要新的jar后都要从远程中央仓库上下载.那么问题来了?这个远程的中央仓库一定有很多人使用那下载速度一定很慢,这个暂且不用考虑. 重要的是万一哪天公司外网连不上了咋办?而Nexus私服恰好可以解决这个问题.搭建私服的好处是Nexus有效解决了Maven对Apache的远程中央仓库的依赖,当项

前言:此文是关于静态库的概念描述,如何制作及简单调试使用,不同版本的说明与场景使用. 1.关于库的简介: 库可以分为2种类型 开源库 公开源代码,能看到具体实现 比如SDWebImage.AFNetworking 闭源库 不公开源代码,是经过编译后的二进制文件,看不到具体实现 主要分为:静态库.动态库 2.静态库的特点:.a+.h; 为什么制作闭源库 国内的企业,掌握有核心技术,同时是又希望更多的程序员来使用其技术,因此采用"闭源"的方式开发使用 例如:百度地图,友盟,JPush等 在

文章转载至CSDN社区罗升阳的安卓之旅,原文地址:http://blog.csdn.net/luoshengyang/article/details/6598703 在开发Android应用程序时,少不了使用Log来监控和调试程序的执行.在上一篇文章Android日志系统驱动程序Logger源代码分析中,我们分析了驱动程序Logger的源代码,在前面的文章浅谈Android系统开发中Log的使用一文,我们也简单介绍在应用程序中使Log的方法,在这篇文章中,我们将详细介绍Android应用程序框架

1.分分钟扒一个网页下来 怎样扒网页呢?其实就是根据URL来获取它的网页信息,虽然我们在浏览器中看到的是一幅幅优美的画面,但是其实是由浏览器解释才呈现出来的,实质它是一段HTML代码,加 JS.CSS,如果把网页比作一个人,那么HTML便是他的骨架,JS便是他的肌肉,CSS便是它的衣服.所以最重要的部分是存在于HTML中的,下面我们就写个例子来扒一个网页下来. import urllib2 request = urllib2.Request("http://www.baidu.com"

前言 R语言不仅在统计分析,数据挖掘领域,计算能力强大.在数据可视化上,也不逊于昂贵的商业.当然,背后离不开各种开源软件包的支持,Cairo就是这样一个用于矢量图形处理的类库. Cairo可以创建高质量的矢量图形(PDF, PostScript, SVG) 和 位图(PNG, JPEG, TIFF),同时支持在后台程序中高质量渲染! 本文将介绍,Cairo在R语言中的使用. 目录 Cairo介绍 Cairo安装 Cairo使用 1. Cairo介绍 在信息领域中,cairo 是一个让用于提供矢量

!/bin/bash Time=$(date +%Y%md%H%M%S) Back_dir="$HOME/mysqlback/${Time}" function Detect_u_p { read -p "输入数据库用户名和密码,用空格分隔:" user passwd mysql -u${user} -p{passwd} -e "show databases" &>/dev/null [ $? -eq 0 ] &&

参考https://studygolang.com/pkgdoc 导入方式: import "io" o包提供了对I/O原语的基本接口.本包的基本任务是包装这些原语已有的实现(如os包里的原语),使之成为共享的公共接口,这些公共接口抽象出了泛用的函数并附加了一些相关的原语的操作. 因为这些接口和原语是对底层实现完全不同的低水平操作的包装,除非得到其它方面的通知,客户端不应假设它们是并发执行安全的. ⚠️os 包有三个可用变量 os.Stdout ,os.Stdin 和 os.Stder

Xu言: 今天,为了研究一个MySQL主从同步开机后报错 问题,如下图 故障原因分析: 经过分析,可能是主从服务器开机顺序导致.(有待下次断电再次测试) 主从错误提示:日志读取错误的问题.解决方法:更新日志记录文件,重新主从同步. 担心主从问题过程中有数据写入,想去确认下主从库上的数据是否一致.想到了查询下数据库行数的方式. 网上查询了下 ,一般有2种: 方法一:查看当前表的记录行数 SELECT count(*) from 表名 方法二:"查看数据库中所有表的记录数"  # 这里之所

1 urllib概述 1.1 urllib库中的模块类型 urllib是python内置的http请求库 其提供了如下功能: (1)error 异常处理模块 (2)parse url解析模块 (3)request 请求模块 (4)robotparser robots.txt解析模块 1.2 模块的引用方式 以下应用引用urllib库中的模块时均以 parse模块 为例 (1)引用方式一(正确) import urllib from urllib import parse (2)引用方式二(正确)

原作者:Eli Bendersky http://eli.thegreenplace.net/2011/11/11/position-independent-code-pic-in-shared-libraries-on-x64 之前的文章.以为x86架构编译的代码为样例,解释了位置无关代码(PIC)怎样工作.我承诺在还有一篇文章里涉及x64[1]上的PIC,如今就是了.本文将不会太进入细节,由于假定读者已经理解了理论上PIC怎样工作. 总之.对于这两个平台想法是相似的,但由于每一个架构独有的特