首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,见如下命令: java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T VariantsToBinaryPed -R GRCh37.fa -V file.vcf --metaData sampleID.fam -mgq 0 -bed

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr

单倍型,即单倍体基因型,概念很好理解. 单倍型分型的过程就称之Phasing,定相或基因分型. Phasing的意义,在人类疾病遗传和动植物群体遗传中非常重要.也是imputation的必经过程. vcf文件中,./.和.|.分别表示未定相和已定相. Phasing的方法: 家系定相,最准确,一般根据一家三口(Trio样本)推断,直接简单: LD定相,最常用,根据群体LD block和统计模型,计算量大,只对高频突变(如>5%): 物理定相,仅依赖测序数据,通过reads(来自同一单倍体)拼接,

第七篇 前言 本篇文章主要讲解下载操作的相关知识,SDWebImageDownloaderOperation的主要任务是把一张图片从服务器下载到内存中.下载数据并不难,如何对下载这一系列的任务进行设计,就很难了.接下来我们一步一步的分析作者在开发中的思路和使用到的技术细节. NSOperation NSOperation想必大家都知道,为了让程序执行的更快,我们用多线程异步的方式解决这个问题,GCD与NSOperation都能实现多线程,我们这里只介绍NSOperation.如果大家想了解更多N

第一篇 前言 从今天开始,我将开启一段源码解读的旅途了.在这里先暂时不透露具体解读的源码到底是哪些?因为也可能随着解读的进行会更改计划.但能够肯定的是,这一系列之中肯定会有Swift版本的代码. 说说我的目的.想成为一名好的程序员,肯定绕不开模仿这条路.之所以做出这么一个决定,也是想提高自己写框架的能力,逻辑思维能力,扩展知识面.同时也能够给那些想了解这些框架的同学一些基本的解释.何乐而不为呢? 解读方法 对于框架的源码解读,我个人的习惯是先看头文件,先从头文件最简单的开始解读,也就是说首先看不

第二篇 前言 本篇是和GIF相关的一个UIImage的分类.主要提供了三个方法: + (UIImage *)sd_animatedGIFNamed:(NSString *)name ----- 根据名称获取图片 + (UIImage *)sd_animatedGIFWithData:(NSData *)data ----- 根据NSData获取图片 - (UIImage *)sd_animatedImageByScalingAndCroppingToSize:(CGSize)size -----

第三篇 前言 本篇主要解读SDWebImage的配置文件.正如compat的定义,该配置文件主要是兼容Apple的其他设备.也许我们真实的开发平台只有一个,但考虑各个平台的兼容性,对于框架有着很重要的意义.这篇文章的重点是抽取出对于iOS很重要的用法,能够在项目开发中提高效率. #import 导入这个头文件,我们就能访问系统提供的配置选项了,我们接下来会对该文件出现的配置属性做出解释. __OBJC_GC__ #ifdef __OBJC_GC__ #error SDWebImage does

第四篇 前言 首先,我们要弄明白一个问题? 为什么要对UIImage进行解码呢?难道不能直接使用吗? 其实不解码也是可以使用的,假如说我们通过imageNamed:来加载image,系统默认会在主线程立即进行图片的解码工作.这一过程就是把image解码成可供控件直接使用的位图. 当在主线程调用了大量的imageNamed:方法后,就会产生卡顿了.为了解决这个问题我们有两种比较简单的处理方法: 我们不使用imageNamed:加载图片,使用其他的方法,比如imageWithContentsOfFi

第五篇 前言 本篇主要讲解图片缓存类的知识,虽然只涉及了图片方面的缓存的设计,但思想同样适用于别的方面的设计.在架构上来说,缓存算是存储设计的一部分.我们把各种不同的存储内容按照功能进行切割后,图片缓存便是其中的一个. 我们在封装自己的图片缓存管理对象的时候,SDWebImageCache能够提供大约90%的代码给我们直接使用,基于这些代码,我们需要分析出作者的设计思想是什么?当需要缓存某个列表时,基于SDWebImageCache的设计思想,我们就能够设计出比较合理的缓存管理对象了. 所谓举一

第六篇 前言 我们在SDWebImageCache(上)中了解了这个缓存类大概的功能是什么?那么接下来就要看看这些功能是如何实现的? 再次强调,不管是图片的缓存还是其他各种不同形式的缓存,在原理上都极其相似,我们通过SDWebImageCache,来看看作者是如何实现这个功能的. 在业务中,经常要缓存数据,通过本篇的学习,我们写出的缓存管理者这个管理者对象,就能够有所进步. NSCache 对于很多开发者来说,NSCache是一个陌生人,因为大家往往对NSMutableDictionary情有独

承接上一篇AFNetworking 3.0 源码解读 总结(干货)(上) 21.网络服务类型NSURLRequestNetworkServiceType 示例代码: typedef NS_ENUM(NSUInteger, NSURLRequestNetworkServiceType) { NSURLNetworkServiceTypeDefault = 0, // Standard internet traffic NSURLNetworkServiceTypeVoIP = 1, // Voic

养成记笔记的习惯,对于一个软件工程师来说,我觉得很重要.记得在知乎上看到过一个问题,说是人类最大的缺点是什么?我个人觉得记忆算是一个缺点.它就像时间一样,会自己消散. 前言 终于写完了 AFNetworking 的源码解读.这一过程耗时数天.当我回过头又重头到尾的读了一篇,又有所收获.不禁让我想起了当初上学时的种种情景.我们应该对知识进行反复的记忆和理解.下边是我总结的 AFNetworking 中能够学到的知识点. 1.枚举(enum) 使用原则:当满足一个有限的并具有统一主题的集合的时候,我

MJRefresh这个刷新控件是一款非常好用的框架,我们在使用一个框架的同时,最好能了解下它的实现原理,不管是根据业务要求在原有的基础上修改代码,还是其他的目的,弄明白作者的思路和代码风格,会受益匪浅. 前言 随着开发经验的不断积累,个人的能力也会不断提高.每个人的进步都会有一个过程,这个过程就好比登山.一个框架对我们的意义从开始的简单实用,慢慢的就会过渡到了解,最终让它成为你大脑的一部分.这篇文章不会对代码进行逐行解读,最重要的目的是让朋友们明白 MJRefresh 是怎么做到刷新的,我们还能

AFNetworking的源码解读马上就结束了,这一篇应该算是倒数第二篇,下一篇会是对AFNetworking中的技术点进行总结. 前言 上一篇我们总结了 UIActivityIndicatorView UIRefreshControl UIImageView 这3个控件的分类.那么这一篇就总结下剩余的3个分类:UIButton UIProgressView UIWebView . UIButton+AFNetworking UIButton跟图片相关的属性大概有两个,Image和Backgro

我们应该看到过很多类似这样的例子:某个控件拥有加载网络图片的能力.但这究竟是怎么做到的呢?看完这篇文章就明白了. 前言 这篇我们会介绍 AFNetworking 中的3个UIKit中的分类.UIActivityIndicatorView UIRefreshControl UIImageView.读完本篇就能够明白控件是如何显示网络图片的.那么如果你有兴趣,可以尝试让一个控件的layer也能够加载网络图片. 提供的功能 我们解读源码不仅仅是了解内部实现原理,还要让开发者明白在这些分类中我能够使用那

让我们的APP像艺术品一样优雅,开发工程师更像是一名匠人,不仅需要精湛的技艺,而且要有一颗匠心. 前言 AFNetworkActivityIndicatorManager 是对状态栏中网络激活那个小控件的管理.在平时的开发中,我们很可能忽略了它的存在.然而,实现对它的管理,让我们的APP更符合人机交互,不也是件大快人心的事儿吗.看下边这张图片就明白了: AFNetworkActivityIndicatorManager 接口 // 这个宏的意思指下边的类不能被扩展 NS_EXTENSION_UN

AFImageDownloader 这个类对写DownloadManager有很大的借鉴意义.在平时的开发中,当我们使用UIImageView加载一个网络上的图片时,其原理就是把图片下载下来,然后再赋值.这也是AFImageDownloader这个类的核心功能. 前言 AFImageDownloader 专门管理一组图片的下载任务.试想,如果有一个界面的功能是对图片进行处理,要求下载高清图片,那么这个AFImageDownloader就用上了. 1.AFImageDownloadPrioriti

这篇我们就要介绍AFAutoPurgingImageCache这个类了.这个类给了我们临时管理图片内存的能力. 前言 假如说我们要写一个通用的网络框架,除了必备的请求数据的方法外,必须提供一个下载器来管理应用内的所有的下载事件.至于下载器能够提供的功能,在此先不做说明.但在 AFAutoPurgingImageCache 中我们能够借鉴一些东西. AFImageCache 通过这个协议,我们能够做下边四件事: AFImageRequestCache 这个协议继承自AFImageCache,然后又

AFHTTPSessionManager相对来说比较好理解,代码也比较短.但却是我们平时可能使用最多的类. AFNetworking 3.0 源码解读(一)之 AFNetworkReachabilityManager AFNetworking 3.0 源码解读(二)之 AFSecurityPolicy AFNetworking 3.0 源码解读(三)之 AFURLRequestSerialization AFNetworking 3.0 源码解读(四)之 AFURLResponseSeriali

在node中,只要涉及到文件IO的场景一般都会涉及到一个类-Stream.Stream是对IO设备的抽象表示,其在JAVA中也有涉及,主要体现在四个类-InputStream.Reader.OutputStream.Writer,其中InputStream和OutputStream类针对字节数据进行读写:Reader和Writer针对字符数据读写.同时Java中有多种针对这四种类型的扩展类,如节点流.缓冲流和转换流等.比较而言,node中Stream类型也和Java中的类似,同样提供了支持字节和