plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf 生成

VCFtools can convert VCF files into formats convenient for use in other programs. One such example is the ability to convert into PLINK format. The following function will output the variants in .ped and .map files. ./vcftools --vcf input_data.vcf --

计算等位基因频率有两种方式,第一种用vcftool计算: /path/to/vcftools --vcf file.vcf --freq --chr 1 --out filefreq 很简单的一个命令行,file.vcf指的是你要输入的vcf文件,--freq表示计算等位基因频率,--chr后面的1表示你要计算的区域在1号染色体,当然,你也可以选择你想计算的染色体区域,filefreq指的是输出的文件名. 结果如下图所示: 第二种用plink计算: /path/to/plink-1.07-x86

一般来说有两种解决方案. 第一种:添加“--plink-tped”参数: 用vcftools的“--plink”参数生成plink格式文件时,小样本量测试可以正常生成plink格式,用大样本量时产生Writing PLINK PED and MAP files ... Error:  Could not open temporary file.报错,于是尝试将“--plink"参数修改为”--plink-tped“参数,成功运行,具体如下: /bin/vcftools --vcf 1000Gen

首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,见如下命令: java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T VariantsToBinaryPed -R GRCh37.fa -V file.vcf --metaData sampleID.fam -mgq 0 -bed

目录 前言 原因 解决方法 方法一:修改样本名 方法二:修改--id-delim 方法三:加入--double_id或--const-fid参数 前言 将vcf转化为plink格式时,命令如下: plink --vcf snp.vcf --recode --allow-extra-chr --out test 出现错误: Error: Multiple instances of '_' in sample ID. If you do not want '_' to be treated as a

目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f

当我们进行群体遗传分析时,得到vcf后,可利用plink进行主成分(PCA)分析: 一.软件安装 1 conda install plink 二.使用流程 第一步:将vcf转换为plink格式 1 plink --vcf F_M_trans.recode.vcf.gz --recode --out testacc --const-fid --allow-extra-chr 2 3 4 # --vcf vcf 或者vcf.gz 5 # --recode 输出格式 6 # --out 输入前缀 7

最近有需求,对WGS测序获得SNP信息进行筛减,可问题是测序个体少,call rate,maf,hwe,等条件过滤后,snp数量还是千万级别,所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大量SNP标记. 工具版本:PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一.格式转换 首先将准备好的vcf文件转换下格式,map和ped格式: 1 plink --allow-extra-chr --recode --chr-set 18 --vcf test.gz --out s_

Windows server 2012 添加中文语言包(英文转为中文)(离线) 相关资料: 公司环境:亚马孙aws虚拟机 英文版Windows2012 中文SQL Server2012安装包,需要安装操作系统的中文语言包 XenSource Windows guest agent EC2 ConfigService 参考资料 http://www.cnbeta.com/articles/226755.htmhttps://technet.microsoft.com/zh-cn/library/h

Given an integer, write an algorithm to convert it to hexadecimal. For negative integer, two’s complement method is used. Note: All letters in hexadecimal (a-f) must be in lowercase. The hexadecimal string must not contain extra leading 0s. If the nu

Convert a non-negative integer to its english words representation. Given input is guaranteed to be less than 231 - 1. For example, 123 -> "One Hundred Twenty Three" 12345 -> "Twelve Thousand Three Hundred Forty Five" 1234567 -&g

Given a singly linked list where elements are sorted in ascending order, convert it to a height balanced BST. 这道题是要求把有序链表转为二叉搜索树,和之前那道Convert Sorted Array to Binary Search Tree 将有序数组转为二叉搜索树思路完全一样,只不过是操作的数据类型有所差别,一个是数组,一个是链表.数组方便就方便在可以通过index直接访问任意一个元

Given an array where elements are sorted in ascending order, convert it to a height balanced BST. 这道题是要将有序数组转为二叉搜索树,所谓二叉搜索树,是一种始终满足左<根<右的特性,如果将二叉搜索树按中序遍历的话,得到的就是一个有序数组了.那么反过来,我们可以得知,根节点应该是有序数组的中间点,从中间点分开为左右两个有序数组,在分别找出其中间点作为原中间点的左右两个子节点,这不就是是二分查找法的核

Implement atoi to convert a string to an integer. Hint: Carefully consider all possible input cases. If you want a challenge, please do not see below and ask yourself what are the possible input cases. Notes: It is intended for this problem to be spe

我们知道,在.NET中所有的项目文件以.csproj为扩展名.内容是xml格式. 类库项目文件.csproj: <Project DefaultTargets="Build" xmlns="http://schemas.microsoft.com/developer/msbuild/2003"> <PropertyGroup> <Configuration Condition=" '$(Configuration)' == '

Variant Call Format(VCF)是一个用于存储基因序列突变信息的文本格式.表示单碱基突变, 插入/缺失, 拷贝数变异和结构变异等.BCF格式文件是VCF格式的二进制文件. CHROM [chromosome]: 染色体名称. POS [position]: 参考基因组突变碱基位置,如果是INDEL(插入缺失),位置是INDEL的第一个碱基位置. ID [identifier]: 突变的名称.若没有,则用'.'表示其为一个新变种. REF [reference base(s)]:

C# 将字符串或表达式直接转为可执行代码的办法 反射类 using System; using System.Data; using System.Configuration; using System.Text; using System.CodeDom.Compiler; using Microsoft.CSharp; using System.Reflection; namespace SSEC.Math { /// <summary> /// 本类用来将字符串转为可执行文本并执行 //

.net中,处于安全的考虑,RSACryptoServiceProvider类,解密时只有同时拥有公钥和私钥才可以.原因是公钥是公开的,会被多人持有.这样的数据传输是不安全的.C#RSA私钥加密,公钥解密出错的原因! C#中用RSA算法生成公钥和私钥 方法一: 公钥密钥生成后,保存在同名文件夹下面,如下图: 公钥密钥生成,所在路径[RSA\RSA\bin\Debug] using System; using System.IO; using System.Security.Cryptograph

例如一个6位数的10进制密码,共有106个密码,如果把每个6位数的密码编成号就是[0,106-1].这是十进制的情况,即6个位,每个位有10种选择.如果要遍历所有密码,需要6重for循环,每个循环10次.假如是100位的密码,每位15中选择呢,那就需要100重for循环根本,不可能写代码遍历. 那么对于n个位,每位m种选择呢,如何遍历每个密码?如果也把这样的密码编号成一个十进制数,如何由这个十进制数得到每个位上的数字呢? 下面的代码可以实现这种转换. void convert(int m,int